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新中國成立後，時任廣東省政府主席葉劍英任命麥蘊瑜為珠江水利工程總局顧問，後又任廣東省水利廳、廣東省水利水電廳總工程師。1958年廣東水利電力學院建立時，麥蘊瑜兼任院長；1962年廣東水利電力學院與中南科學技術學院合併成立廣東工學院，麥蘊瑜專職擔任院長。1964年麥蘊瑜帶領廣東工學院近百名學生參加東深供水工程建設。文革期間，麥蘊瑜在廣東工學院院長任上被打倒，關入牛欄，揪鬥數月，後來一直靠邊站直至1972年被迫退休。