Результаты работ по перетасовке ДНК также показывают, что оптимальным для комбинирования может оказаться отнюдь не тот материал, который больше всего сходен с производным. (Вопреки тому, что подсказывает интуиция, если вы хотите получить последовательность с хорошим элементом А и хорошим элементов В, то один исходный материал с хорошим элементом А, а другой с хорошим элементом В могут оказаться не лучшими для этой цели.) Это затрудняет попытки воспроизведения процесса при использовании метода направленной эволюции.
DNA重排的结果还表明，母序列的最佳组合不一定是把与子序列最为相近的母序列组合在一起。 (与人们的直觉相反的是，如果希望子序列有一个良好的A部分和一个良好的B部分，则一开始就把一个有良好A部分的母序列与另一个有良好B部分的母序列组合在一起，并不一定是最佳的。