В частности, было указано на отсутствие четкого разграничения функций между новыми фондами и учреждениями Организации Объединенных Наций как с точки зрения возможного дублирования структур на уровне стран, так и конкурентной борьбы за ресурсы; стабильность финансовых ресурсов, в частности с учетом тех вызовов, которые приходится преодолевать новым глобальным фондам, нередко требующим временных рамок от 10 до 15 лет, в то время как обязательства в отношении финансирования будут выдаваться на гораздо более короткий срок; относительно низкий уровень участия частного сектора в этих инициативах; и возможные негативные последствия от множащихся глобальных фондов для и без того раздробленной системы сотрудничества в области развития.
各利益相关者还提出了其他一些关切问题，其中包括这些新基金与联合国各机构的关系不明确，如国家一级的组织结构可能重复，另外，可能竞争资源；资金的可持续性问题，特别是考虑到新的全球基金正处理的挑战经常需要10到15年的时间，而供资承诺只适用于较短的时期；私营部门对这些倡议的参与程度较低；全球基金迅速增多对已经分散的发展合作系统可能有负面影响。