Основной целью сотрудничества пограничных ведомств государств-участников СНГ является взаимодействие по вопросам охраны границ, развитию и углублению сотрудничества в пограничной сфере, борьбе с преступной деятельностью через границу, в том числе с терроризмом.
独立国家联合体(独联体)成员国边境机构之间进行合作的主要宗旨是：就边境保护采取协调行动；发展和加强有关边境事务的合作；制止包括恐怖主义在内的跨境犯罪活动。