В декабре 2003 года соответствующим Указом Президента Кыргызстана была создана самостоятельная Пограничная служба Кыргызской Республики на базе Главного управления пограничной охраны, входившее ранее в состав Министерства обороны Кыргызстана.
2003年12月，根据有关吉尔吉斯斯坦总统令，在以前吉尔吉斯斯坦国防部的边防警卫总署的基础上建立了吉尔吉斯共和国边防局的独立机关。