Комиссия начала свою работу 18 ноября 1999 года в Женеве, а затем совершила поездку в Дарвин, Австралия, где она окончательно определила методику своей работы, провела встречи с несколькими должностными лицами Миссии Организации Объединенных Наций в Восточном Тиморе (МООНВТ), а также членами Индонезийской национальной комиссии по проведению расследования в Восточном Тиморе.
1999年11月18日，委员会在日内瓦开始工作，后来又于当月前往澳大利亚达尔文，最后确定了工作方法，并会晤了联合国东帝汶特派团的若干官员以及印度尼西亚东帝汶问题国家调查委员会的成员。