Руководство всеми различными компонентами МНБ осуществляет аппарат министра, в который входят несколько подразделений, таких, как Управление главного сотрудника по вопросам конфиденциальности, Управление по вопросам гражданских прав и свобод, Управление по борьбе с наркоторговлей, Управление юрисконсульта, Управление генерального инспектора, Управление по вопросам законодательства, Управление по делам частного сектора, Управление по связям с общественностью и Управление по вопросам готовности и координации работы с органами власти штатов и местными органами власти.
监管国土安全部各下属部门的是部长办公室，该办公室又包括一些下属科室，例如首席隐私保密长官、公民权利和公民自由事务办公室、反麻醉药品办公室、总法律顾问办公室、监察长办公室、立法事务办公室、私营部门事务办公室、公共事务办公室以及州政府和地方政府协调与准备事务办公室。