Позднее гн Дханапала был лично выбран Кофи Аннаном для трудной работы в качестве заместителя Генерального секретаря, который должен был возродить работу Департамента по разоружению после проведения в Организации Объединенных Наций реформ в 1997 году (1998 - 2003 годы).
后来，达纳帕拉先生被科菲·安南选定担任联合国副秘书长（1998-2003），肩负一项具有挑战性的职责，即在1997年的联合国改革之后重建裁军部。