К основным запасам, которыми управляет ИОТК, относятся: большеглазый, длинноперый, длиннохвостый, желтоперый, макрелевый, малый пятнистый, полосатый и скумбриевидный тунец, индо-тихоокеанский голубой и черный марлин, индо-тихоокеанский парчоник, меч-рыба, полосатая макрель, полосатый копьеносец и пятнистая пеламида.
印度洋金枪鱼委会还负责管理南部蓝鳍金枪鱼，但南部蓝鳍金枪鱼委会对这一鱼种负主要责任。