МКК, как коллегиальный совещательный орган АТЦ согласовывает концептуальные основы и проекты программ борьбы с терроризмом, рекомендации, направленные на усовершенствование общегосударственной системы борьбы с терроризмом, общие планы министерств и ведомств по предупреждению и недопущению террористических проявлений, планов региональных координационных групп; организовывает и проводит контртеррористические операции, командно-штабные и тактико-специальные учения.
委员会作为反恐中心的合议议事机关，讨论打击恐怖主义的基础概念和起草反恐方案，为改进全国性反恐系统、各部和各部门预警和防止恐怖主义现象总体规划以及地区协调组计划提出建议，并组织和进行反恐行动、设立指挥所和进行特种战术演习。