Кроме того, НЕАФК сотрудничает с соответствующими организациями, включая Комиссию по защите морской среды Северо-Восточной Атлантики и Межорганизационный консультативный форум, который был учрежден Генеральным директоратом Европейской комиссии по окружающей среде для координации работы в области распоряжения морской средой в европейских акваториях и ее защиты.
委员会还与相关的组织（包括《保护东北大西洋海洋环境公约》的奥巴委和欧洲共同体环境司所设的组织间协商论坛）进行合作，以协调欧洲水域海洋环境的管理和保护工作。