Кроме того, осуществляется регулирование ряда глубоководных видов, однако неясно, относятся ли все эти виды или какие-то из них к трансграничным или же они встречаются только в открытом море (американский полиприон, арктический, норвежский и шиповатый скат, атлантическая полярная, большая черная, бурая и серая короткошипая, длинноносая белоглазая, длиннорылая колючая, исландская черная кошачья, ночная, острозубая колючая, плащеносная, португальская, черноротая, шестижаберная акула и черная собачья акула Фабрициуса, атлантический и средиземноморский большеголов, бериксовые, большеглаз, большеглазый гидролаг, гладкоголов Бэрда и длиннорылый гладкоголов, глубоководный краб, голубая морская щука, глубоководная трахискорпия, далатия, европейская химера, исландский пилохвост, клюворылая антимора, красноперый пагель, ликод Эсмарка, малый морской и синеротый окунь, менек, мольва, мора, морской угорь, нитеперые налимы, обыкновенный угольщик, северный и тупорылый макрурус, североатлантическая аргентина, удивительная центрина, хвостатый лепидоп и черный палтус).
东北大西洋渔委会还负责管理多个深海种，但这些种群或者其中一些种群是属于跨界种群还是只出现在公海不得而知（大目金眼鲷、北极鳐鱼、贝氏平头鱼、喙吻田氏鯊、黑梭罗鱼、黑狗鲨、黑叉尾带鱼、黑咀狗鲨、黄吻六腮鲨、蓝无须鳕、蓝魣鳕、蓝咀鱼、深海鳕、康吉鳗、深水蟹、绵鳚、皱鳃鲨、褐鳕、大乌鲨、细鳞水珍鱼、马舌鲽、格陵兰鲨、大西洋刺鲨、冰岛光尾鲨、铠鲨、尖齿异鳞鲨、大眼银鲛、叶鳞刺鲨、长魣鳕、长吻荆鲨、冰岛锯尾鲨、挪威鳐鱼、大西洋胸棘鲷、葡萄牙狗鲨、银鲛、黄鲷、黑平头鱼、圆吻、突吻鳕、北大西洋长尾鳕、韦氏圆鳐、帆鳍尖背角鲨、红胸棘鲷、银叉尾带鱼、小鲈鳐、棘鲉、裸胸突吻鳕、单鳍鳕 、黑腹乌鲨和多锯鲷）。