Estas instituciones advierten, no obstante, que la adopción y el empleo del software libre sí que exige la aplicación de prácticas específicas para la gestión de riesgos que cubran riesgos estratégicos (compatibilidad e interoperabilidad, madurez, integración y apoyo del sistema, costo total de propiedad), riesgos operacionales (integridad del código, apoyo externo) y riesgos legales como la concesión de licencias, la infracción de los derechos de propiedad intelectual, las garantías y las indemnizaciones.
Вместе с тем они предупреждают, что для его внедрения и использования требуется применение особой практики управления рисками, охватывающей стратегические риски (соответствие и совместимость, зрелость, системная интеграция и поддержка, ОРВ), операционные риски (целостность кода, документация, внешняя поддержка) и правовые риски, такие, как лицензирование, нарушение ПИС, договорные и материальные гарантии.