Como el plan de mediano plazo, el presupuesto para el bienio 2006-2007 se elaboró en consulta con asociados fundamentales para hacer frente a las necesidades cada vez mayores de una población de refugiados en aumento, mejorar los servicios del Organismo y rehabilitar la infraestructura, incluidas las condiciones de los campamentos y las viviendas que han sufrido los efectos negativos de años de financiación insuficiente, y lograr que los servicios del Organismo alcancen los niveles de los gobiernos de acogida, así como los niveles establecidos por las Naciones Unidas para todo el mundo. El 9 septiembre de 2005 la Comisión Consultiva en Asuntos Administrativos y de Presupuesto examinó el presupuesto y recomendó su aprobación.
Как и среднесрочный план, бюджет на двухгодичный период 2006 - 2007 годов был подготовлен в консультации с основными партнерами для удовлетворения возрастающих потребностей все большего числа беженцев, повышения качества услуг, оказываемых Агентством, и восстановления инфраструктуры, включая улучшение условий проживания в лагерях и приютах, которые на протяжении многих лет финансировались в недостаточном объеме, и для приведения услуг, оказываемых Агентством, в соответствие со стандартами принимающих правительств, а также международными стандартами, принятыми Организацией Объединенных Наций. 9 сентября 2005 года бюджет был рассмотрен Консультативным комитетом по административным и бюджетным вопросам, который рекомендовал утвердить его.