El CISRI está compuesto por una secretaría con funciones ejecutivas, un consejo general que se ocupa de la coordinación y un programa subsidiario, la Institución Intergubernamental para la Utilización de la Microalga Spirulina contra la Malnutrición (Programa Intergubernamental sobre la Spirulina).
В структуру ИМСНИ входят секретариат, выполняющий функции административного руководства, Генеральный совет, отвечающий за обеспечение координации, и выступающий в качестве вспомогательной программы Межправительственный институт по использованию микроводоросли спирулина в борьбе с недоеданием (Межправительственная спирулиновая программа).