El desarrollo de un sistema de etiquetado ecológico entraña costos adicionales para el propio proceso de certificación, la inversión en prácticas de producción preferibles para el medio ambiente y la comercialización del producto etiquetado (envasado, determinación de los mercados, entre otros).
Экомаркировка влечет за собой дополнительные расходы, связанные как с самим процессом сертификации, так и с инвестициями в передовые с экологической точки зрения методы производства и маркетинга маркированной продукции (упаковка, идентификация рынков и т.д.).