Su estructura se basa en un proceso de adopción de decisiones a dos niveles, que supone la asignación central de fondos a los países que reúnen las condiciones para recibir su apoyo y la realización de un examen conjunto por el Gobierno nacional y el alto representante de las Naciones Unidas en el país de que se trate (denominado en adelante Representante Especial del Secretario General, tanto si es un representante ejecutivo de éste o un coordinador residente/coordinador de asuntos humanitarios cuando no haya una misión de mantenimiento de la paz) para desembolsar fondos con destino a actividades de programas y proyectos convenidas.
Построение Фонда основывается на двухуровневом процессе принятия решений, включая централизованное выделение средств странам, имеющим право на поддержку со стороны Фонда миростроительства, и -- на страновом уровне -- совместное рассмотрение правительством и высокопоставленным представителем Организации Объединенных Наций в стране (Исполнительным представителем Генерального секретаря или Координатором-резидентом/Координатором по гуманитарным вопросам там, где нет миссий по миростроительству, которые далее именуются Специальным представителем Генерального секретаря (СПГС)) вопроса о предоставлении средств на согласованную деятельность по программам и проектам.