La CEPA se organiza en torno a seis divisiones programáticas sustantivas (División de Gestión de Políticas de Desarrollo; División de Políticas Económicas y Sociales; Centro Africano para las Cuestiones de Género y Desarrollo; División de Servicios de Información sobre el Desarrollo; División de Desarrollo Sostenible; y División de Comercio e Integración Regional) y cinco oficinas subregionales que aportan una perspectiva subregional al programa de trabajo y prestan apoyo a las actividades de promoción.
Организационная структура ЭКА состоит из шести основных программных отделов (Отдел управления развитием, Отдел по вопросам экономической и социальной политики, Африканский центр по гендерным вопросам и вопросам развития, Отдел информационного обслуживания по вопросам развития, Отдел по вопросам устойчивого развития и Отдел торговли и региональной интеграции) и пяти субрегиональных отделений, которые содействуют учету субрегионального аспекта в программе работы и обеспечивают поддержку информационно-пропагандистской деятельности.