En los componentes de los programas de la ONUDI relativos a la energía y el medio ambiente, la Organización colabora estrechamente con los gobiernos y diversos órganos internacionales, incluidos el Fondo para el Medio Ambiente Mundial (FMAM), el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA) y el Fondo Multilateral del Protocolo de Montreal.
Как по энергетическим, так и по экологическим компонентам своих программ ЮНИДО тесно сотрудничает с правительствами и различными международными органами, в том числе с Глобальным экологическим фондом, Организацией Объединенных Наций по окружающей среде (ЮНЕП) и Многосторонним фондом Монреальского протокола.