La estructura del programa de actividades relativas a las minas incluye un cuartel general en Jartum, que supervisa dos oficinas regionales: una oficina regional septentrional en Kadugili, que supervisa suboficinas en Ed Damazine, Darfur y Kassala, y una oficina meridional sobre el terreno en Juba, que supervisa suboficinas en Rumbek, Wau y Malakal.
Организационная структура программы разминирования является следующей: штабу в Хартуме подчиняются два региональных отделения, а именно северное региональное отделение в Кадугли, которому подчиняются подотделения в Эд-Дамазине, Дарфуре и Кассале, и южное полевое отделение в Джубе, которому подчиняются подотделения в Румбеке, Вау и Малакале.