Las dificultades de integrar el IMIS con otros sistemas, como el Sistema Integrado de Seguimiento e Información sobre la Documentación (IMDRIS) y el Sistema de Información Presupuestaria (SIP), quedaron demostradas, por ejemplo, al implantar las técnicas de presupuestación basada en los resultados.
Трудности интегрирования ИМИС с другими системами, такими, как Комплексная информационная система контроля и документации (ИМДИС) и Система бюджетной информации (СБИ), проявились, например, в ходе внедрения методов составления бюджета, ориентированного на конкретные результаты.