وترى لجنة العفو الدولية أن العوامل الرئيسية التي أسهمت في انتهاكات حقوق اﻹنسان في اندونيسيا وتيمور الشرقية هي غياب اﻻرادة السياسية لتخفيف القيود على الحقوق المدنية والسياسية، واﻻستخدام التعسفي للسلطة من جانب قوات اﻷمن، واﻻفﻻت من العقاب عمليا بالنسبة ﻷعضاء قوات اﻷمن الذين يرتكبون انتهاكات لحقوق اﻹنسان.
Amnistía Internacional consideraba que los principales factores que contribuían a las violaciones de los derechos humanos en Indonesia y Timor oriental eran la falta de voluntad política de suavizar las restricciones de los derechos civiles y políticos, el uso arbitrario de poder por las fuerzas de seguridad y la virtual impunidad de los miembros de las fuerzas de seguridad que cometían violaciones de los derechos humanos.