المهمة الرئيسية لمركز التحليل المشترك للبعثة هي إعداد تقارير تحليلية بشأن جنوب السودان وتنفيذ اتفاق السلام الشامل، ودارفور، والحالة في شرق السودان، والحالة في البلدان المجاورة مثل تشاد، فضلا عن إعداد تقارير خاصة بشأن المخاطر ذات الطابع الاقتصادي والاجتماعي.
La tarea principal del Centro Mixto de Análisis de la Misión es producir informes analíticos sobre el Sudán meridional y la aplicación del Acuerdo General de Paz, Darfur, la situación en el Sudán oriental y la situación en los países vecinos, como el Chad, así como informes concretos sobre riesgos de naturaleza económica y social.