فبالرغم من أن وكالات منظومة الأمم المتحدة لا تزال تلتزم على نحو عميق بدعم مفوضية الاتحاد الأفريقي وأمانة الشراكة كلتاهما، نشأت عدة مشاكل لأن الأمانة لم تدمج على نحو كامل في مفوضية الاتحاد الأفريقي.
Aunque las entidades del sistema de las Naciones Unidas están plenamente dispuestas a apoyar a la Comisión de la Unión Africana y a la secretaría de la NEPAD, el hecho de que ésta última no esté totalmente integrada en la Comisión de la Unión Africana ha generado varios problemas.