ويتكون الهيكل التنظيمي للمعهد من أمانة لها اختصاصات تنفيذية، ومجلس عام عليه مسؤولية تنسيقية، وبرنامج تابع له، هو المؤسسة الحكومية الدولية لاستخدام مادة مايكرو - ألغا سبيرولينا في مكافحة سوء التغذية.
El CISRI está compuesto por una secretaría con funciones ejecutivas, un consejo general que se ocupa de la coordinación y un programa subsidiario, la Institución Intergubernamental para la Utilización de la Microalga Spirulina contra la Malnutrición (Programa Intergubernamental sobre la Spirulina).