وتتشكل اللجنة من ست شعب برنامجية فنية (شعبة إدارة التنمية، وشعبة السياسات الاقتصادية والاجتماعية، والمركز الأفريقي للمسائل الجنسانية والتنمية، وشعبة خدمات المعلومات الإنمائية، وشعبة التنمية المستدامة، وشعبة التجارة والتكامل الإقليمي)، وخمسة مكاتب دون إقليمية تسهم بتصور دون إقليمي في برنامج العمل وتدعم الاتصال.
La CEPA se organiza en torno a seis divisiones programáticas sustantivas (División de Gestión de Políticas de Desarrollo; División de Políticas Económicas y Sociales; Centro Africano para las Cuestiones de Género y Desarrollo; División de Servicios de Información sobre el Desarrollo; División de Desarrollo Sostenible; y División de Comercio e Integración Regional) y cinco oficinas subregionales que aportan una perspectiva subregional al programa de trabajo y prestan apoyo a las actividades de promoción.