وتتعاون المديرية التنفيذية مع الإدارات والوكالات والهيئات على امتداد منظومة الأمم المتحدة، بما فيها مكتب الأمم المتحدة المعني بالمخدرات والجريمة، ومكتب الشؤون القانونية، وإدارة الشؤون السياسية، وإدارة شؤون نزع السلاح، وإدارة عمليات حفظ السلام، ومكتب تنسيق الشؤون الإنسانية، ومفوضية الأمم المتحدة لحقوق الإنسان، ومفوضية الأمم المتحدة لشؤون اللاجئين، وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي عن طريق المشاركة في اجتماعات فرقة العمل المعنية بمكافحة الإرهاب التابعة للأمين العام، والزيارات المشتركة مع مكتب الأمم المتحدة المعني بالمخدرات والجريمة، ومنظمة الطيران المدني الدولي، ومنظمة الجمارك العالمية، والمنظمة البحرية الدولية، ومفوضية الأمم المتحدة لحقوق الإنسان، فضلا عن إدراج الوثائق أو المعلومات الإحصائية في قاعدة بيانات المديرية التنفيذية و/أو تقييمات التنفيذ الأولية.
La Dirección Ejecutiva coopera con departamentos, organismos y entidades de todo el sistema de las Naciones Unidas, como la Oficina de las Naciones Unidas contra la Droga y el Delito (ONUDD), la Oficina de Asuntos Jurídicos, el Departamento de Asuntos Políticos, el Departamento de Asuntos de Desarme, el Departamento de Operaciones de Mantenimiento de la Paz, la Oficina de Coordinación de Asuntos Humanitarios, la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos (ACNUDH), la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados y el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), mediante la participación en las reuniones del Equipo Especial para la lucha contra el terrorismo establecido por el Secretario General, visitas conjuntas con la ONUDD, la OACI, la Organización Mundial de Aduanas, la OMI y el ACNUDH, así como la incorporación de documentos y datos estadísticos en la base de datos de la Dirección y/o en las evaluaciones preliminares de aplicación.