ومن بين وحدات نظام أطلس التي تقرر تشغيلها في المرحلة الثانية منه ما يلي: وحدة تقديم طلبات التوظيف على الإنترنت eRecruit، وإعداد الفواتير، والسفر، ومخزن المؤسسة، والتخطيط والميزنة، وبرمجية تقييم الأداء، والشراء، والاستعانة بالمصادر الاستراتيجية، وإدارة الرأسمال البشري.
Se preveía que en el bienio 2006-2007 se comenzarían a usar otros 11 módulos. Se había determinado que en la segunda etapa se comenzarían a utilizar los módulos de contratación electrónica, facturación, viajes, almacenamiento, planificación y presupuestación, cuadro de mando integral, adquisiciones, abastecimiento estratégico y gestión del capital humano.