وبعض المعوقات التي تحول دون تحقيق اندماج وثيق بين جميع كيانات الأمم المتحدة في إطار حضور قطري موحد، هي معوقات هيكلية، منها مثلا، فيما يتعلق بنموذج المكتب المشترك، استخدام الوكالات المختلفة نظما مختلفة لتخطيط الموارد المؤسسية، وعدم تطبيق بعض الوكالات، مثل اليونيسيف ومفوضية الأمم المتحدة لشؤون اللاجئين، نظم تخطيط الموارد المؤسسية في المكاتب القطرية إلى الآن، والصعوبات المتعلقة بميزنة المكتب المشترك وتقديم التقارير إلى الوكالات المشاركة.
Algunos de los factores que impiden una integración más estrecha de todas las entidades de las Naciones Unidas en una presencia unificada en el país son de índole estructural: por ejemplo, respecto del modelo de la oficina conjunta, la utilización en los diferentes organismos de sistemas distintos de planificación institucional de los recursos, el hecho de que ciertos organismos, como el UNICEF y el ACNUR, todavía no hayan extendido a las oficinas en los países la aplicación de su sistema de planificación institucional de los recursos y las dificultades respecto de las actividades de presupuestación y presentación de informes por la oficina conjunta a los organismos participantes.