إلا أن الدليل يحذر من أن اعتماد البرمجيات الحرة والمفتوحة المصدر واستعمالها يتطلبان الأخذ بممارسات محددة لإدارة المخاطر، تشمل المخاطر الاستراتيجية (التوافق والتشغيل على عدة نُظم، والنضج، وإدماج النظم ودعمها، وتكلفة الامتلاك الكلية)، والمخاطر التشغيلية (سلامة الشفرة، والوثائق، والدعم الخارجي)، والمخاطر القانونية مثل الترخيص، والتعدي على حقوق الملكية الفكرية، والضمانات، والتعويضات.
Estas instituciones advierten, no obstante, que la adopción y el empleo del software libre sí que exige la aplicación de prácticas específicas para la gestión de riesgos que cubran riesgos estratégicos (compatibilidad e interoperabilidad, madurez, integración y apoyo del sistema, costo total de propiedad), riesgos operacionales (integridad del código, apoyo externo) y riesgos legales como la concesión de licencias, la infracción de los derechos de propiedad intelectual, las garantías y las indemnizaciones.