ويمكن أن تشمل العواقب الطويلة الأجل خُراجات وأكياساً جلدانية، وندباً جُدرية، واعتراضاً للمخاض يسفر عن زيادة خطورة مرض الأم والطفل أو وفاتهما، والعقم، وآثار نفسية دائمة.() ويزيد ختان البنت أيضاً خطورة إصابتها بفيروس نقص المناعة البشرية.
Las consecuencias a largo plazo pueden comprender abscesos, quistes dermoides y cicatrices queloides, trabajo de parto obstruido con el consiguiente incremento del riesgo de morbilidad y mortalidad materna e infantil, infecundidad y efectos psicológicos duraderos. La ablación o mutilación genital femenina también hace que las mujeres corran un mayor riesgo de infección por el VIH.