وتتصل المشاكل البيئية المتعلقة بالقطاع الزراعي بالاستعمال غير السليم للمواد الكيميائية (مبيدات الآفات والأسمدة)، والممارسات الزراعية غير الملائمة في الأراضي غير الصالحة للزراعة ونشاط إزالة الأحراج لزيادة مساحة الأراضي المتاحة للزراعة أو تربية الماشية على نطاق واسع، مما يؤثر سلبا على مستجمعات المياه ويؤدي إلى تلوث المياه والتحاتات وإطماء المجاري المائية الساحلية وزيادة خطر التعرض للفيضانات في المناطق الواطئة.
La problemática ambiental asociada al sector agropecuario está relacionada al manejo inadecuado de agroquímicos (plaguicidas y fertilizantes), a prácticas agrícolas inadecuadas en terrenos sin esta aptitud y a la deforestación activa para expandir la frontera agrícola o para la ganadería extensiva que generan impactos a nivel de cuenca hídrica, reflejados en contaminación del agua, erosión, azolvamiento de cuerpos de agua costeros y una mayor susceptibilidad a las inundaciones en tierras bajas.