ورغم أن كيانات منظومة الأمم المتحدة ما زالت ملتزمة التزاما عميقا بدعم كل من لجنة الاتحاد الأفريقي وأمانة الشراكة الجديدة، فإن عدم اندماج الشراكة الجديدة في لجنة الاتحاد الأفريقي اندماجا كاملا تسبب في عدة المشاكل، حيث منع منظومة الأمم المتحدة من تقديم دعم مترابط لبرامج لجنة الاتحاد الأفريقي والشراكة الجديدة، وأدى إلى تنظيم أنشطة منفصلة وتمويل منفصل للجنة الاتحاد الأفريقي وأمانة الشراكة الجديدة وأسفر عن وضع ترتيبات منفصلة لمساعدة كل منهما.
Aunque las entidades del sistema de las Naciones Unidas están plenamente dispuestas a apoyar a la Comisión de la Unión Africana y a la secretaría de la NEPAD, el hecho de que ésta última no esté totalmente integrada en la Comisión ha generado varios problemas. Ha impedido que el sistema de las Naciones Unidas preste un apoyo coherente a la Comisión de la Unión Africana y a los programas de la NEPAD, ha dado lugar al establecimiento de actividades y fondos separados para la Comisión de la Unión Africana y la secretaría de la NEPAD así como a la formulación de acuerdos separados para prestar asistencia a ambas entidades.