ويقوم هيكله الأساسي على عملية صنع قرارات تقوم على ركيزتين، تتمثل الأولى في تخصيص الموارد على مستوى مركزي للبلدان المؤهلة لتلقي الدعم من صندوق بناء السلام، والثانية على المستوى القطري في استعراض مشترك تجريه الحكومة وكبير ممثلي الأمم المتحدة في البلد (يطلق عليه هنا فيما بعد الممثل الخاص للأمين العام، سواء كان ممثلا خاصا للأمين العام أو ممثلا تنفيذيا للأمين العام أو منسقا مقيما/منسقا للشؤون الإنسانية في الحالات التي لا توجد فيها بعثة لحفظ السلام) لتوزيع الموارد المالية بناء على برنامج وأنشطة مشاريع متفق عليها.
Su estructura se basa en un proceso de adopción de decisiones a dos niveles, que supone la asignación central de fondos a los países que reúnen las condiciones para recibir su apoyo y la realización de un examen conjunto por el Gobierno nacional y el alto representante de las Naciones Unidas en el país de que se trate (denominado en adelante Representante Especial del Secretario General, tanto si es un representante ejecutivo de éste o un coordinador residente/coordinador de asuntos humanitarios cuando no haya una misión de mantenimiento de la paz) para desembolsar fondos con destino a actividades de programas y proyectos convenidas.