ويشمل هذا البرنامج حاليا 13 منطقة (وهي البحر الأسود، وشرق أفريقيا، وبحار شرق آسيا، والبحر الأبيض المتوسط، وشمال شرق المحيط الهادئ، وشمال غرب المحيط الهادئ، وجنوب المحيط الهادئ، والبحر الأحمر وخليج عدن ومنطقة بحار المنظمة الإقليمية لحماية البيئة البحرية، وبحار جنوب آسيا، وجنوب شرق المحيط الهادئ، وغرب ووسط أفريقيا، ومنطقة البحر الكاريبي الكبرى)، ويدعم كل منها من خلال اتفاقية إقليمية أو خطة عمل إقليمية.
Actualmente, el Programa abarca 13 regiones (Mar Negro, África Oriental, Mares de Asia Oriental, Mediterráneo, Pacífico del Nordeste, Pacífico del Noroeste, Pacífico Meridional, Mar Rojo y Golfo de Adén, Zona Marítima de la Organización Regional para la Protección del Medio Marino, Mares de Asia Meridional, Pacífico del Sudeste, África Occidental y Central, y el Gran Caribe), apoyadas ya sea con un convenio regional o un plan de acción regional.