وقامت هيئات معاهدات حقوق الإنسان وآليات حقوق الإنسان الإقليمية، بجانب عدد من المكلفين بولايات في إطار الإجراءات الخاصة، بتسليط الضوء على التحديات البارزة التي قد تنجم عن إنشاء المحاكم العسكرية وتوظيفها، في ما يتعلق بالإعمال التام والفعال لحقوق الإنسان، على النحو المنصوص عليه في العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية وفي صكوك حقوق الإنسان الدولية والإقليمية الأخرى.
人权条约机构、区域人权机制和一些特别程序任务负责人都突出强调，军事法庭的设立和运作可能会给充分切实地实现《公民权利和政治权利国际公约》以及其他国际和区域人权文书所载明的人权造成重大挑战。