وبحسب تصميمها، قد يكون للاتفاقات المتعددة الأطراف تأثير على بعض المبادئ الأساسية لمنظمة التجارة العالمية، مثل مبدأ الدولة الأكثر رعاية ومبدأ المعاملة الخاصة التفضيلية، وعلى فعالية آلية تسوية المنازعات، وقد تؤدي إلى تجزئة النظام التجاري المتعدد الأطراف القائم على مجموعة من القواعد.
复边协定依设计不同可能会对世贸组织一些基本原则产生影响，譬如最惠国及特殊和差别待遇，以及争端解决机制的效力，并可导致以规则为基础的多边贸易体制不成体系。