كما يتعاون الاتحاد الأفريقي مع الأمم المتحدة في بعثات حفظ السلام الرئيسية وحالات النزاع، بما في ذلك في السودان (العملية المختلطة للاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة في دارفور) والصومال (بعثة الاتحاد الأفريقي في الصومال).
非洲联盟和联合国还在包括苏丹(达尔富尔混合行动)和索马里(非索特派团)在内的主要维和特派团与冲突局势方面进行合作。