ونقلته المحكمة إلى البوسنة والهرسك في أيلول/سبتمبر 2005، حيث أدين وحكمت عليه محكمة البوسنة والهرسك في عام 2007 بعقوبة السجن لمدة 20 عاما. وهرب ستانكوفيتش من سجن فوكا في أيار/مايو 2007.
2005年9月，他被法庭移交给波斯尼亚和黑塞哥维那，2007年被波斯尼亚和黑塞哥维那法院定罪并判处20年徒刑，于2007年5月从富查的监狱逃脱。