وتعقّدت المفاوضات الخاصة بالنفط بسبب مسألة المتأخرات المستحقة على كل طرف إلى الطرف الآخر، والاستيلاء غير المصرّح به وتحويل نفط جنوب السودان من جانب جمهورية السودان خلال شهر كانون الأول/ديسمبر 2011 وشهر كانون الثاني/يناير 2012، وقرار جنوب السودان الذي تلا ذلك بوقف إنتاجه للنفط.
石油问题谈判变得复杂的因素是，每一方拖欠另一方的款项，苏丹共和国2011年12月至2012年1月期间擅自扣押和挪用南苏丹石油以及南苏丹随后决定停止石油生产。