وللقوة الإقليمية ثلاثة قطاعات تقع مقار قيادتها في دونغو، بجمهورية الكونغو الديمقراطية، وأوبو بجمهورية أفريقيا الوسطى، ونزارا بجنوب السودان وتقع تكاليف نفقتها ولوجستياتها ومعداتها وعملياتها على عاتق حكومة كل من هذه البلدان.
非洲联盟区域特遣部队有三个分区，其指挥部分别设在刚果民主共和国敦古、中非共和国奥博和南苏丹恩扎拉，指挥部的维护、后勤、设备和行动费用由各东道国政府承担。