وأجرت البعثة أيضا تحقيقا في الهجمات التي وقعت في جونقلي بين كانون الأول/ديسمبر 2011 وشباط/فبراير 2012، حيث سجلت مقتل 612 فردا من قبيلة المورلي و 276 من قبيلتي اللو نوير والدينكا، وأعدت تقريرا نُشر في 25 حزيران/يونيه 2012.
南苏丹特派团也对2011年12月至2012年2月期间在琼格莱州发生的攻击进行了调查，记录了612名穆尔勒人和276名洛乌努埃尔和丁卡族人的死亡，并编写了一份报告，该报告于2012年6月25日发表。