وقد واجهت البعثة خلال السنة الأولى من ولايتها تحديات كبيرة حدَّت من قدرتها في مجال حماية المدنيين، بما في ذلك الظروف السائدة في ولاية جونقلي والظروف الناجمة عن الاشتباكات على طول الحدود بين السودان وجنوب السودان.
在南苏丹特派团执行任务的第一年，由于苏丹和南苏丹边界的冲突，特派团在琼格莱州等地保护平民的能力面临严重挑战。