وقد عرض الصندوق آلياته المؤسسية الهادفة إلى تعزيز فعالية هذا النموذج، وتشمل سياسته العامة في التعامل مع الشعوب الأصلية؛ وبرامج الفرص الاستراتيجية القطرية؛ والمشاريع الممولة عن طريق القروض والمنح؛ ومرفق مساعدة الشعوب الأصلية؛ والمنتدى المعني بقضايا الشعوب الأصلية.
农发基金提出的促进这一模式有效性的体制机制包括：与土著人民接触的政策、国家战略机会方案、以贷款和赠款方式供资的项目、援助土著人民融资机制，以及农发基金的土著人民论坛。