وتقوم المديرية العامة للهجرة والأجانب، باعتبارها من مؤسسات الأمن القومي، بأنشطة متنوعة بالتنسيق مع مؤسسات أخرى. فهي تدعم التحقيقات والملاحقات القضائية في جرائم الاتجار بالمهاجرين وتهريبهم؛ وتوفر الحماية للأجانب القصَّر غير المصحوبين؛ وتقدم المساعدة للمهاجرين الهندوراسيين العائدين؛ وتدعم وزارة الخارجية في إعادة المهاجرين الذين لحقهم تشويه جسدي أو جثامين المهاجرين المتوفين بالخارج؛ وتساعد المهاجرين في حالات الهجرة غير الشرعية، حيث توفر خدمات الإيواء والتغذية والرعاية الصحية والاتصال بالبعثات الدبلوماسية أو القنصلية لبلدانهم الأصلية، وتوثيق وسرعة حل القضايا في مجال الهجرة، وتوفير الخدمات للأجانب.
移民和外侨事务总局被列为国家安全机构，与其他机构共同开展各项活动，配合调查并起诉贩卖与贩运移民罪行，保护无人陪护的外国未成年人，扶助回返的洪都拉斯移民，协助外交部遣返伤残移民或尸体，救助无合法身份的移民，提供住房、食品和医疗服务，联系来源国外交领事代表团，提供资料，并及时解决移民与外侨事务。