وتشمل التكلفة أيضاً تكاليف فرعية أو مخفية، مثل تكاليف تنقية البيانات؛ وتحديث الوثائق؛ ونقل البيانات إلى النظم الجديدة والتحقق منها ومطابقتها؛ وتطوير واجهات ربط بين نظم المعلومات الموروثة ونظام التخطيط؛ واختبارات المستخدمين؛ وإدارة عملية تعميم النظام؛ وتكاليف التدريب المستمر؛ ومسألة تراجع إنتاجية الموظفين بعد تفعيل النظام، وهي تكاليف يتحمل الجزء الرئيسي منها أصحاب العمل الذين يشرعون في استخدام النظام.
其中包括了相关费用和隐藏费用，如数据清理、文件的更新、数据的迁移、校正和调谐；传统信息系统与企业资源规划系统之间的交接口开发；用户测试；部署管理；持续不断的培训成本，在系统部署之后员工生产力的丧失，这些成本是由企业资源规划系统业务所有者承担的。