وأبرزت منظمة الصحة العالمية أيضا اثنين من التهديدات البيولوجية الرئيسية التي يمكن أن تؤدي بشكل كبير إلى انتكاس الجهود العالمية لمكافحة الملاريا، وهما: نشأة المقاومة لدى الطفيليات في جنوب شرق آسيا ضد الأرتيميسينين، وهو المركب الرئيسي في خط المعالجة الأولي الذي توصي به منظمة الصحة العالمية لعلاج حالات ملاريا البلازمود المنجلي غير المعقدة، وتزايد مقاومة البعوض للمبيدات الحشرية، بما يهدد جهود مكافحة ناقلات المرض.
世卫组织还强调了有可能极大阻碍全球防治疟疾工作的两项主要生物威胁：在东南亚新出现对青蒿素的寄生虫抗药性(而青蒿素是卫生组织推荐治疗无并发症恶性疟原虫疟疾第一线治疗手段),以及蚊虫对杀虫剂逐步增加的抗药性，这就危及到病媒控制措施的作用。