وسيتألف هيكل المكتب من مقر في نيروبي، يركز على السياسات والإدارة المالية والتخطيط الاستراتيجي والمهام الإدارية؛ وقاعدة للدعم في مومباسا (مع توفير خدمات المركز من حيث التخزين الخلفي والتدريب وتكنولوجيا المعلومات والاتصالات)؛ وهيئة العمليات في الصومال التي تدير الأنشطة المتعلقة بالتنفيذ والمجالات التكتيكية من العملية.
非索特派团支助办的结构是，以侧重于政策、财务管理、战略规划和行政职能的内罗毕总部为中心；1个蒙巴萨支助基地(提供后方仓储、培训以及信息和通信技术中心站服务)；以及管理实施与行动战术领域相关活动的索马里业务。