ولكن، نظراً إلى أن العديد من الدول الأعضاء في السوق المشتركة لشرق أفريقيا والجنوب الأفريقي هي أيضاً أعضاء في تجمعات إقليمية أخرى ذات عضويات متداخلة، فإنه توجد قضايا كثيرة تتعلق بالاختصاص، بما في ذلك عبء المقاضاة.
然而，由于东南非共同市场的许多成员国同时也是另一些区域集团的成员，有着重叠的成员身分，因此管辖问题很艰巨，其中包括诉讼负担。