وإذا كانت المحكمة الخاصة هي أول محكمة جنائية دولية تُمول بالكامل من تبرعات الحكومات، فإن هناك مشاكل ذات صلة بهذا التمويل، منها عدم ثبات التبرعات وتقييد أوجه الإنفاق وما يبدو أنه فقدان للاستقلالية أو تضارب للمصالح (انظر، على سبيل المثال، ما تقدمت به مجموعة الـ 77 من أفكار عامة تستند إليها في معارضة الاعتماد على التبرعات في ميزانية الأمم المتحدة العامة).
特别法庭是第一个完全由各国政府自愿捐款供资的国际刑事法庭，然而，自愿捐款会产生问题，包括缺乏可靠性，专款专用，看似缺乏独立性或产生利益冲突。 (如见77国集团就联合国预算总额所作的反对自愿捐款的一般性辩论)。