ومع ذلك، ووفقا لما تقدمت الإشارة إليه، فإن هذه الصناديق الرأسية قد أثارت عددا من الشواغل المتعلقة بفعالية المعونة، وخاصة فيما يتعلق بالاتساق مع تولي زمام المساعدة الإنمائية على الصعيد الوطني نتيجة لعدم كفاية تواؤم البرامج الممولة من الخارج مع الاستراتيجيات الصحية الوطنية وعدم كفاية تضمينها في النظم الصحية الوطنية أثناء تنفيذ البرامج.
尽管如此，如上所述，这些竖向基金引起了关于援助实效的一些关切，特别是关切外部供资方案不充分配合国家保健战略和方案执行不充分纳入国家保健系统的情况是否符合国家对发展援助的自主权。