والهيكل التنظيمي الشامل للأمم المتحدة يجعل من الأونكتاد جزءاً من صناديقها وبرامجها، ولكنه يعطيه مكانة فريدة يعبر عنها كون رئيسه التنفيذي أميناً عاماً بدلاً من أن يكون مديراً عاماً كما هي الحال عادة فيما يتعلق بالصناديق والبرامج والوكالات المتخصصة.
贸发会议在联合国的总机构图中排在基金(会)和方案(署)之列，但是它有个独特的地位，其行政首长是秘书长，而不像基金(会)、方案(署)和专门机构通常的那样是位总干事。