وفي عام 2003، أحالت حكومة أوغندا هذه المسألة إلى المحكمة الجنائية الدولية، وفي تشرين الأول/أكتوبر 2005، أصدرت المحكمة مذكرات توقيف بحق جوزف كوني، وفنسنت أوتي، وأوكوت أودويامبو، ودومينيك أونغوين، وراسكا لوكيا، بتهمة ارتكاب جرائم ضد الإنسانية وجرائم حرب في أوغندا في الفترة من عام 2002 إلى عام 2005.
2003年，乌干达政府将这一问题提交法院处理。 2005年10月，法院以自2002年至2005年在乌干达境内犯下反人类罪和战争罪为由，发出对约瑟夫·科尼、文森特·奥蒂、奥科特·奥齐阿姆布、多米尼克·翁古文和拉什卡·卢克维亚的逮捕令。