وقد نُظمت أمانة مجلس الرؤساء التنفيذيين منذ إنشائها في فرعين أحدهما في نيويورك ويتولى الإشراف على عمل أمانة المجلس ككل، ويقدم الدعم بصفة خاصة لأنشطة المجلس نفسه وأنشطة اللجنة الرفيعة المستوى المعنية بالبرامج، والفرع الآخر في جنيف ويقدم الدعم لأنشطة اللجنة الإدارية الرفيعة المستوى وشبكاتها.
首协会秘书处自成立以来设了两个分部：一个位于纽约，负责监督秘书处的总体工作，并专门支持首协会自己和方案问题高级别委员会的活动，另一个位于日内瓦，负责支持管理问题高级别委员会的活动。