وقد أنشأ مجلس الرؤساء التنفيذيين لجنتين رفيعتي المستوى لمساعدته، هما: اللجنة البرنامجية الرفيعة المستوى، التي يتمثل دورها المركزي في وضع سياسات واستراتيجيات وتوجيهات متسقة وفعالة لمنظومة الأمم المتحدة لمواجهة ما يستجد من تحديات ومسائل ذات صلة بالتعاون والتنمية الدوليين؛ واللجنة الإدارية الرفيعة المستوى، التي تقوم بوضع السياسة العامة وتقدم التوجيه إلى مؤسسات المنظومة في المسائل الإدارية والتنظيمية والمتعلقة بالأمن والسلامة التي تهم المنظومة برمتها، وتعزز التعاون والتنسيق بين الوكالات بشأن هذه المسائل، وتساعد في إدارة النظام الموحد للأجور والاستحقاقات.
行政首长协调会设立下列两个高级别委员会以协助其工作：方案问题高级别委员会，其核心作用是为联合国系统拟定协调有效的政策、战略和指导，以应对国际合作与发展方面新出现的挑战和问题；管理问题高级别委员会，其职责是就涉及全系统的行政、管理以及安保和安全问题制定政策和向全系统各组织提供指导，促进就这些问题进行机构间合作与协调，并协助管理薪资和福利共同制度。