والهيئة الرئيسية المعنية باتخاذ القرارات في المنظمة هي الجمعية العامة لوزراء النقل في الدول الأعضاء، التي تجتمع في دورات عادية كل سنتين وفي دورات استثنائية عند الحاجة.
西中非海事组织的最高决策机构是成员国的运输部长大会，其每两年举行一次常会，必要时举行特别会议。