وتعمل هذه الأمانة أيضاً بمثابة أمانة لاتفاق حفظ الطيور المائية الأفريقية - الأوروبية - الآسيوية المهاجرة، واتفاق حفظ الخفّاش الأوروبي، وبمثابة أمانة بصفة مؤقتة للاتفاق المتعلِّق بحفظ الحوتيات الصغيرة في بحر البلطيق، شمال شرق المحيط الأطلسي والبحر الآيرلندي وبحر الشمال، ويقدِّم خدمات الأمانة المؤقتة للاتفاق بشأن حفظ أنواع الغوريلا وموائلها.
《公约》秘书处也是《养护非洲 -- 欧亚移徙水鸟协定》和《养护欧洲蝙蝠协定》的秘书处，同时作为《养护波罗的海、东北大西洋、爱尔兰和北海小鲸类协定》的临时秘书处，并为《保护大猩猩及其栖息地协定》提供暂时的秘书处服务。