غير أن اللجنة تعاني من محدودية مواردها وصلاحياتها القانونيـة، وكثيرا ما تتجاهـل الحكومة الإندونيسية نتائجها أو لا تنفذها إلا بصورة جزئية.
Toutefois, comme Komnas HAM a des ressources et des pouvoirs juridiques limités, il arrive souvent que le Gouvernement indonésien ignore ses conclusions ou ne les applique que partiellement.