والأهداف الرئيسية لهذا المجلس هي القيام بدراسة شاملة للحالة الدينية في أذربيجان، والتحاور مع ممثلي مختلف الطوائف الدينية وزيادة التفاهم والاحترام المتبادل بينها، واتخاذ إجراءات وفقاً لهذا الغرض لضمان الاستقرار الديني، والعمل من أجل القضاء على الاتجاهات الأصولية والمتطرفة في صفوف المؤمنين، بما في ذلك الأفعال المعادية للأديان وعناصر التعصب والمعتقدات الخرافية، والاستفادة من تأثير الزعماء الدينيين لضمان استقرار الحالة الدينية في المجتمع وتنظيم التعليم الديني.
Основными целями создания Совета являются глубокое изучение религиозного положения в республике, организация диалогов представителей различных религиозных конфессий, усиление между ними понимания и чувства взаимного уважения, реализация соответствующих мероприятий с целью обеспечения стабильности в области религии, проведение работ по устранению радикальных и экстремистских тенденций среди верующих, в том числе, негативных действий на религиозное положение, а также элементов фанатизма и суеверия, использование влияния религиозных деятелей для обеспечения стабильности религиозного положения в обществе и организация религиозного просвещения.