وكانت المحكمة الجنائية الدولية من أجل رواندا قد أصدرت أمراً باعتقال نداييمانا ووجهت إليه في آب/أغسطس 2001 تهمة ارتكاب أعمال إبادة جماعية وجرائم ضد الإنسانية زعم أنه ارتكبها عام 1994 خلال عمليات الإبادة الجماعية في رواندا.
Ордер на арест Ндайиманы был выдан Международным уголовным трибуналом по Руанде (МУТР), который в августе 2001 года предъявил ему обвинение в геноциде и преступлениях против человечности, предположительно совершенных в 1994 году во время геноцида в Руанде.