وفي حين تورد التقارير أن معظم الضحايا من المقاتلين، لا يزال المدنيون يُقتلون بأعداد كبيرة لوقوعهم في مرمى النيران المتبادلة وإصابتهم في الهجمات التي تُشن بالمدفعية البعيدة المدى وقذائف الهاون. وفي 16 آب/أغسطس و 11 أيلول/سبتمبر، تعرضت سفن إمداد يستأجرها مكتب الأمم المتحدة لدعم بعثة الاتحاد الأفريقي في الصومال، كانت تحمل سلعا مرسلة إلى البعثة، لهجوم شنه عليها متمردون بقذائف الهاون وهي في ميناء مقديشو، مما أسفر عن مقتل 5 مدنيين و 17 مدنيا على التوالي.
Хотя, согласно сообщениям, большинство жертв были комбатантами, тем не менее было убито много гражданских лиц в ходе перестрелок и в ходе обстрелов из дальнобойной артиллерии и минометов. 16 августа и 11 сентября грузовые суда, нанятые по контракту Отделением Организации Объединенных Наций по поддержке АМИСОМ (ЮНСОА), которые доставляли грузы для АМИСОМ, подверглись минометному обстрелу повстанцев в момент, когда они находились в порту Могадишо, в результате чего было убито 5 и 17 гражданских лиц, соответственно.