وفي عامي 1988 و1989، حصل على مركز اللاجئ زهاء 000 200 أذربيجاني طهرتهم عرقياً حكومة أرمينيا وأعيد توطينهم في أذربيجان بسبب الحرب العدائية التي شنتها أرمينيا ضد أذربيجان، وسياسة أرمينيا في احتلال إقليم أذربيجان. وتم ذلك على أساس فردي لا جماعي، من خلال تقديم وثائق وطلبات تؤكد كونهم في الواقع من اللاجئين.
В 1988-1989 годах до 200 тысяч азербайджанцев, подвергнувшихся этнической чистке со стороны правительства Армении и разместившихся на территории Азербайджанской Республики в результате начатой Арменией военной агрессии и оккупационной политики в отношении Азербайджанской Республики получили статус беженцев не в массовом, а в индивидуальном порядке, на основе документов и ходатайств, подтверждающих что они действительно являются беженцами.