وبالإضافة إلى ذلك، فرغم أن الصناديق العالمية قد تخفّض تكاليف المعاملات للجهات المانحة، إلا أن عملياتها تؤدي عادة إلى زيادة كبيرة في الأعباء الإدارية بالنسبة لحكومات البلدان المستفيدة من البرامج، نظرا لضعف الاتساق مع النظم الوطنية ومع كيانات منظومة الأمم المتحدة.
Далее считается, что, хотя глобальные фонды могут снизить операционные расходы доноров, их собственные операции зачастую приводят к существенному увеличению административных расходов для правительств стран, в которых осуществляются программы помощи, в силу того, что они мало отвечают чаяниям национальных систем и организаций системы Организации Объединенных Наций.