تشمل وكالات وصناديق وبرامج الأمم المتحدة التي لها وجود في جيبوتي برنامج الأغذية العالمي، وصندوق الأمم المتحدة للسكان، وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي، ومنظمة الأمم المتحدة للطفولة، ومنظمة الصحة العالمية، ومفوضية الأمم المتحدة السامية لشؤون اللاجئين التي تقدم المساعدة في مجالات مثل بناء القدرات الوطنية في مجال الصحة والإصلاح الاقتصادي والتعليم والإسكان وإعادة اللاجئين إلى أوطانهم وتقديم المساعدة الإنسانية ومنع الكوارث والتأهب لها.
К числу учреждений, фондов и программ Организации Объединенных Наций, действующих в Джибути, относятся Мировая продовольственная программа, Фонд Организации Объединенных Наций в области народонаселения, Программа развития Организации Объединенных Наций, Детский фонд Организации Объединенных Наций и Управление Верховного комиссара Организации Объединенных Наций по делам беженцев, которые оказывают помощь в таких сферах, как создание национального потенциала в области здравоохранения, экономическая реформа, образование, жилищное строительство, репатриация беженцев, гуманитарная помощь и предупреждение стихийных бедствий и подготовка к ним.