ويتألف مكتب نيويورك من مكتب وكيل الأمين العام، الذي يساعد في إدارة المكتب ككل، ويكفل تكامل الأنشطة والتعاون الوثيق بين المكتبين؛ ومن أمانة اللجنة الدائمة المشتركة بين الوكالات/مكتب تنسيق الشؤون الإنسانية؛ وفرع وضع السياسات والدراسات، المسؤول عن تنفيذ البرنامج الفرعي 1؛ وفرع الدعوة والعلاقات الخارجية وإدارة المعلومات، المسؤول عن البرنامج الفرعي 5؛ وفرع حالات الطوارئ الإنسانية، الذي ينفذ بعض عناصر البرنامج الفرعي 2.
В структуру нью-йоркского отделения входят Канцелярия заместителя Генерального секретаря, которая оказывает ему помощь в руководстве работой Управления в целом, обеспечивая комплексную взаимодополняемость мероприятий и тесное сотрудничество между двумя отделениями; секретариат Межучрежденческого постоянного комитета/Исполнительного комитета по гуманитарным вопросам; Сектор разработки политики и исследований, отвечающий за осуществление подпрограммы 1; Сектор по вопросам пропагандистской деятельности и управления информацией, отвечающий за осуществление подпрограммы 5; и Сектор чрезвычайных гуманитарных ситуаций, осуществляющий ряд элементов подпрограммы 2.