ولقد وُضع تقييم النظام الإيكولوجي للألفية بشكل يجعله وثيق الصلة بعمليات تقييم عالمية أخرى، تشمل توقعات البيئة العالمية، والتقييم العالمي للمياه الدولية، والفريق الحكومي الدولي المعني بتغير المناخ، وسيعمل التقييم بشكل وثيق مع برامج البحـــوث مثل البرنامج الدولي للغلاف الأرضي والمحيط الحيوي، والنظام العالمي لمراقبة الأرض التابع للنظام العالمي لمراقبة المحيطات، والنظام العالمي لمراقبة المناخ.
Запланировано осуществлять ОЭРТ в тесной координации с другими глобальными процессами оценки, включая ГЭП, ГОМВ и Межправительственную группу экспертов по изменению климата (МГЭИК), а работа по линии ОЭРТ будет вестись в тесной привязке к таким научно-исследовательским программам, как Международная геосферно-биосферная программа (МГБП) и действующие в рамках ГСНО Глобальная система наблюдений за сушей (ГСНС) и Глобальная система наблюдений за климатом (ГСНК)).