ويعمل المرفق بوصفه آلية مالية لاتفاقية التنوع البيولوجي في حين يعمل البرنامج الإنمائي وبرنامج البيئة والبنك الدولي باعتبارها وكالات منفذة للمرفق.
ГЭФ действует в качестве финансового механизма Конвенции о биоразнообразии, а учреждениями-исполнителями выступают от его имени ПРООН, ЮНЕП и Всемирный банк.