كما أن برنامج الأمم المتحدة للبيئة هو أحد الوكالات المنفذة لبرنامج الصندوق متعدد الأطراف وقد أنشأ صندوقاً استئمانياً مستقلاً، وهو الصندوق الاستئماني للتعاون التقني لتنفيذ أنشطة الصندوق متعدد الأطراف من جانب برنامج الأمم المتحدة للبيئة.
Кроме того, ЮНЕП является одним из учреждений-исполнителей программы Многостороннего фонда, в связи с чем ею создан отдельный целевой фонд - Целевой фонд технического сотрудничества для осуществления деятельности по линии Многостороннего фонда.