وبدأ تنفيذ هذا النظام في النصف الثاني من عام 1999 ومن المخطط استخدام هذا التمويل في المجالات التالية: المراقبة الوبائية، ومراقبة الصحة البيئية، وحماية صحة السكان الأصليين ومكافحة الأمراض في ولاية أمازونيا ليغال، واقتناء تكنولوجيا المعلومات ومعدات ووسائط الاتصالات، وتحسين مختبرات الصحة العامة، وتنظيم دورات تدريبية وبرامج بناء القدرات، وإجراء دراسات وتنفيذ مشاريع بحث في جملة أمور عديدة أخرى.
El Sistema se puso en marcha en la segunda mitad de 1999, y en su marco se prevé financiar medidas de vigilancia epidemiológica, vigilancia de la salud medioambiental, atención sanitaria de las poblaciones indígenas y control de enfermedades en Amazonia, adquisición de tecnología de la información, equipo de comunicaciones y vehículos, mejora de los laboratorios de la sanidad pública, cursos de formación y programas de desarrollo de la capacidad, y realización de estudios y proyectos de investigación, entre otras muchas medidas.