ولإنجاز هذه المهام، يتوفر للمنظمة جهازان رئيسيان: المؤتمر الهيدروغرافي الدولي ومكتب الهيدروغرافيا الدولي الذي تديره لجنة إدارة.
Para llevar a cabo sus misiones, la Organización cuenta con dos órganos principales: la Conferencia Hidrográfica Internacional y la Oficina Hidrográfica Internacional, que dirige un Comité de Dirección.