ويتألف مكتب نيويورك من مكتب وكيل الأمين العام الذي يساعد في إدارة مكتب تنسيق الشؤون الإنسانية ككل، ويكفل تكامل الأنشطة والتعاون الوثيق بين المكتبين؛ وأمانة اللجنة الدائمة المشتركة بين الوكالات/مكتب تنسيق الشؤون الإنسانية؛ وفرع وضع السياسات والدراسات، المسؤول عن تنفيذ البرنامج الفرعي 1؛ وفرع الدعوة والعلاقات الخارجية وإدارة المعلومات، المسؤول عن البرنامج الفرعي 5؛ وفرع حالات الطوارئ الإنسانية، الذي ينفذ بعض عناصر البرنامج الفرعي 2.
La oficina de Nueva York comprende la Oficina del Secretario General Adjunto, que le presta asistencia en la administración de la Oficina de Coordinación de Asuntos Humanitarios en su conjunto, garantizando la complementariedad de las actividades y la estrecha cooperación entre ambas oficinas; la secretaría del Comité Permanente entre Organismos y el Comité Ejecutivo de Asuntos Humanitarios; la Subdivisión de Estudios y Formulación de Políticas, que se encarga de la ejecución del subprograma 1; la Subdivisión de Promoción, Relaciones Externas y Gestión de la Información, que se encarga del subprograma 5; y la Subdivisión de Emergencia Humanitaria, que ejecuta ciertos elementos del subprograma 2.