ولشعبة حماية البيئة الكاريبية، التابعة للوكالة، مكتب في سانت توماس تعمل منه مع الوكالتين الاتحادية والمحلية معا لمعالجة المشاكل المزمنة، مثل فقدان النظام الإيكولوجي، وسوء اختيار أماكن مقالب النفايات، بجانب الآثار المدمرة للأعاصير.
La División de Protección Ambiental del Caribe del Organismo tiene una oficina en Santo Tomás que colabora con los organismos tanto federales como locales para solucionar problemas crónicos como la desaparición de ecosistemas y la existencia de vertederos inadecuados, así como los efectos catastróficos de los huracanes.