فخلال عقد التسعينات، دعم الصندوق إدماج جهود الوقاية من الفيروس ضمن مجموعة واسعة من الأنشطة المضطلع بها بالشراكة مع الحكومات والمنظمات غير الحكومية والمنظمات الدولية الأخرى، ووكالات الأمم المتحدة، ولا سيما الجهات الأخرى المشاركة في رعاية برنامج الأمم المتحدة المشترك المعني بفيروس نقص المناعة البشرية/الإيدز وأمانة البرنامج - منظمة الأمم المتحدة للطفولة (اليونيسيف)، وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي، وبرنامج الأمم المتحدة للمراقبة الدولية للمخدرات، ومنظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة (اليونسكو)، ومنظمة الصحة العالمية، والبنك الدولي.
A lo largo del decenio de 1990, el FNUAP respaldó la integración de los esfuerzos para prevenir el VIH en una amplia gama de actividades realizadas en asociación con gobiernos, ONG, otras organizaciones internacionales y organismos de las Naciones Unidas, en especial la secretaría del ONUSIDA y otros copatrocinadores, a saber, el Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF), el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), el Programa de las Naciones Unidas para la Fiscalización Internacional de Drogas (PNUFID), la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO), la Organización Mundial de la Salud (OMS) y el Banco Mundial.