ومع ذلك، وبعد الابتهاج المبكر الذي صحب المرحلة الأولى من الثورة الخضراء، ظهرت للعيان طائفة من المشاكل: فقد أدت الحاجة إلى استخدام واسع النطاق لوسائل مكافحة الآفات والأعشاب الضارة القائمة على المواد الكيميائية الزراعية، إلى إثارة مشاغل تتعلق بالبيئة وبصحة الإنسان على حد سواء؛ فبقدر ما توسعت مناطق الري، استوجبت إدارة المياه مهارات لم تكن دائما متاحة وكانت ثمة تحديات علمية كان يتعين التصدي لها.
Sin embargo, una vez pasado el entusiasmo inicial con la primera revolución verde quedaron en evidencia diversos problemas: la necesidad de emplear grandes cantidades de productos agroquímicos para luchar contra las plagas y las malas hierbas fue motivo de preocupación en relación con el medio ambiente y la salud humana; conforme aumentó la superficie bajo regadío, no siempre se contó con expertos en ordenación de los recursos hídricos y fue necesario enfrentar nuevos retos científicos.