ويتدفق النهر عبر الجنوب الغربي لولاية مكسيكو، ثم الغرب من نيو مكسيكو ومن ثم إلى الشمال الغربي من نيو مكسيكو، ويمر على مسافة قصيرة من الركن الجنوبي الغربي من ولاية كولورادو وثم يستمر في مساره في الإتجاه الشمالي الغربي لولاية يوتا.
The San Juan River flows southwesterly into the state of New Mexico, then westerly across New Mexico, and then northwesterly from New Mexico, and for a short distance across the very southwestern corner of Colorado, and then continues in its northwesterly course for an appreciable distance into Utah.