رغم أنّ سلاسل البروتين تستخدم مصفوفات قوالب مصفوفة بدائل الحمض الأميني، لتسجيل المصفوفات على أساس الحدّ الأدنى لعدد تغييرات القاعدة المطلوبة لاستبدال محدّد, على المتطابقات وحدها, أو على قياس بديل للتشابه مثل النقطة القابلة للتغير، يمكن استخدامها أيضاً مع البرنامج.
Though protein sequences use the BLOSUM50 matrix, scoring matrices based on the minimum number of base changes required for a specific replacement, on identities alone, or on an alternative measure of similarity such as PAM, can also be used with the program.