بينما يمكن استخدام مواد أخرى فإن معظم الوحدات تستخدم ركائز الكواشف الفلورية وذلك لأنه من السهل بمكان اكتشافها حتى عند حد الجزيء المفرد.
While other materials can be used, most models use a fluorescence-based substrate because it is very easy to detect, even at the single molecule limit.