تم إنشاء الوكالة في 12 ديسمبر 2003 (في نفس اليوم الذي أصبح فيه بول مارتن رئيس وزراء كندا)، بأمر من مجلس الكندي وذلك بدمج جمارك كندا (بفصلها عن وكالة الجمارك والإيرادات) مع موظفي الحدود التابعين لدائرة الجنسية والهجرة الكندية (CIC) مع وكالة التفتيش الغذائي الكندية.
The Agency was created on December 12, 2003 (the same day Paul Martin became Prime Minister of Canada), by an order-in-council amalgamating Canada Customs (from the now-defunct Canada Customs and Revenue Agency) with border and enforcement personnel from the Department of Citizenship and Immigration Canada (CIC) and the Canadian Food Inspection Agency (CFIA).