يُستعمل التأشيب المتماثل أيضاً في نقل الجينات الأفقي، وفيه يتم تبادل المواد الوراثية بين أنواع مختلفة من البكتيريا أو الفيروسات.
Homologous recombination is also used in horizontal gene transfer to exchange genetic material between different strains and species of bacteria and viruses.