إن الخلايا الجذعية الجينينية أداة مهمة أيضا في الكميرات لأنه يمكن للجينات أن تتبدل فيها عبر استخدام إعادة ترتيب الجينات المتشابه مما يسمح باستهداف الجين.
ES cells are also a useful tool in chimeras because genes can be mutated in them through the use of homologous recombination, thus allowing gene targeting.