يشبه جهاز قياس التدفق الخلوي المجهر، غير أنه بدلا من إنتاج صورة من الخلية، يقوم جهاز قياس التدفق الخلوي بعرض معلومات كمية أوتوماتيكية فائقة الإنتاجية "high-throughput" (بالنسبة لعدد كبير من الخلايا) لمجموعة من العوامل.
A flow cytometer is similar to a microscope,except that, instead of producing an image of the cell, flow cytometry offers "high-throughput" (for a large number of cells) automated quantification of set parameters.