أقامت جامعة مقديشو شراكات مع العديد من المؤسسات الأكاديمية الأخرى، بما في ذلك جامعة البورج في الدنمارك، وثلاث جامعات في مصر، سبع جامعات في السودان، وجامعة جيبوتي، وجامعتين في اليمن.
Mogadishu University has established partnerships with several other academic institutions, including the University of Aalborg in Denmark, three universities in Egypt, seven universities in Sudan, the University of Djibouti, and two universities in Yemen.