وبالتالي، فإن أساليب التنبؤ بالبنية الثانوية المعروفة مثل Mfold و Pfold لا يمكنها التنبؤ بهياكل العقدة الكاذبة عند الاستعلام عن التسلسل، بل ستحدد فقط الساق الأكثر استقرارا من العقدة الكاذبة.
Thus, popular secondary structure prediction methods like Mfold and Pfold will not predict pseudoknot structures present in a query sequence; they will only identify the more stable of the two pseudoknot stems.