صيغة ملف فاستا المستخدمة كمدخل لهذه البرامج تستعمل الآن بشكل كبير من قبل أدوات بحث قاعدة بيانات بتسلسل آخر (مثل أداة بحث الاصطفاف المحلية الأساسية) وبرامج اصطفاف التسلسل (كلوستال، T-Coffee ,الخ).
The FASTA file format used as input for this software is now largely used by other sequence database search tools (such as BLAST) and sequence alignment programs (Clustal, T-Coffee, etc.).