كما أن تطبيق اتفاقية المرور العابر على الطرق البرية بين الدول، التي جاءت بكراسة تحل محل مستندات العبور الوطنية، وتكون بمثابة مستند عبور واحد للجماعة الاقتصادية لدول غرب أفريقيا، قد ابتُلي بقضايا تتعلق باقتسام العائدات من بيع كراسة هذه الاتفاقية، وبخلافات تتعلق بنظام الضمانات الذي أتاحته الاتفاقية، والممانعة في قبول مستندات العبور الصادرة عن دول أعضاء أخرى نظراً للشكوك بشأن نوعية نظام التخليص الجمركي في بلدان شريكة.
The application of the ISRT Convention, which was to replace national transit documents by a ISRT booklet, representing a single ECOWAS transit document, has been plagued by issues related to the sharing of revenues from the ISRT booklet sales, differences regarding the ISRT guarantee system and reluctance to accept transit documents issued by other member States since there were doubts about the quality of the customs clearance system in partner countries.