القضية البارزة الثانية في اتفاق وقف إطلاق النار - بالرغم من أنها أقل إشكالية نسبيا من قضية تمويل القوات المسلحة - هي الإطار الزمني لإدماج جماعات مسلحة أخرى في هياكل القوات المسلحة السودانية أو الحركة الشعبية/الجيش الشعبي لتحرير السودان حسب اختيارها الشخصي، كما نص على ذلك في اتفاق الترتيبات الأمنية الذي وقع عليه الطرفان في أيلول/سبتمبر 2003، والذي ينص في الفقرة 7 (أ) على أن عملية إدماج مجموعات مسلحة أخرى يجب الانتهاء منها قبل دخول اتفاق السلام الشامل حيز النفاذ لكي لا تكون هناك عندها إلا قوتان مسلحتان - القوات المسلحة السودانية والحركة الشعبية/الجيش الشعبي لتحرير السودان - كما تم الاتفاق عليه.
The second outstanding issue in the ceasefire agreement — although relatively less problematic than that of funding the armed forces — is the time frame for incorporating other armed groups into SAF or SPLM/A structures, depending on their individual choice, as stipulated in the security arrangements agreement signed by the parties in September 2003, which states in paragraph 7 (a) that the process of the integration of other armed groups should be accomplished before the comprehensive peace agreement comes into effect so that by then there will be only two armed forces — the SAF and the SPLM/A — as agreed upon.