كانت فترة ولاياتها الثانية (1993-1996) أطول وأفضل، إلا أن حكومتها سقطت مبكراً مرة أخرى، بسبب اتهامات بسوء الإدارة والفساد. ولقد لعبت الدسائس من جانب أجهزة الاستخبارات دوراً في ذلك السقوط. كما كانت المؤسسة العسكرية تحمل تجاهها شعوراً عميقاً بعدم الثقة، نظراً لوضعها كزعيمة شعبية مؤيدة للغرب، فضلاً عن رغبتها في إحلال السلام بين باكستان والهند.
In reality, machinations by the intelligence agencies also played a part. The military had developed an entrenched distrust of her, given her position as a popularly supported pro-Western leader who wanted peace with India.