بيد أن قدراً كبيراً من المياه المعبأة اليوم لا تأتي من أنهار جليدية أو ينابيع طبيعية، بل هي مياه معالجة محلية المصدر أو مستخرجة بشكل مباشر في أكثر الأحيان من المياه الجوفية التي أخضعت للتناضح العكسي أو غير ذلك من أساليب التنقية. ومن غير المستغرب أن تتورط شركات التعبئة في نزاعات مع السلطات المحلية وجماعات المواطنين في العديد من الأماكن بسبب الدور الذي تلعبه في استنزاف المياه، بل وحتى تلويثها. ففي ولاية كاليفورنيا التي يسفعها الجفاف، واجهت بعض شركات تعبئة المياه احتجاجات وتحقيقات؛ بل إن إحدى الشركات منعت من استغلال مياه الينابيع.
तथापि, आज का अधिकांश बोतल-बंद पानी हिमनद या प्राकृतिक झीलों का नहीं है, बल्कि संसाधित पानी है जो महानगरपालिकाओं या बहुधा सीधे ज़मीन से खींचा गया पानी होता है जिसका शोधन रिवर्स ओस्मोसिस या अन्य शोधन उपचारों से किया जाता है। इसमें कोई आश्चर्य नहीं है कि बोतल-बंद पानी के कारोबारी पानी के अपक्षय और प्रदूषण तक में अपनी भूमिका को लेकर बहुत-सी जगहों पर स्थानीय प्राधिकारियों और नागरिक समूहों के साथ विवादों में घिरे हुए हैं। सूखे से झुलसे कैलिफ़ोर्निया में बोतल-बंद पानी के कुछ कारोबारियों को विरोधों और जांचों का सामना करना पड़ा है; एक कंपनी पर तो झरने के पानी के दोहन पर पाबंदी भी लगा दी गई थी।