أما في ما يتعلق بالخطط الرقابية والوسائل المستخدمة من قِبل موظفي الجمارك لحماية البضائع التي تدخل وتخرج من الحدود بكافة وسائل النقل، وذلك لمكافحة الأفعال الإرهابية، فإن هذه الخطط والوسائل تتعلق بتطبيقات وإجراءات واردة في قانون الجمارك رقم (20) لسنة 1998 وتعديلاته، حيث تشتمل، من جملة أمور أخرى، على معاينة البضائع فعليا وتدقيق الوثائق وفق نظام انتقائية المخاطر وأسلوب التعامل مع المسارب، وتملك الدائرة أيضا صلاحية فتح الطرود لمعاينتها عند الاشتباه بوجود بضائع ممنوعة أو مخالفة، وتتعامل الدائرة مع البضائع وفق تصنيفات مقررة بموجب التشريعات، ومنها على سبيل المثال البضائع الممنوعة، والتي تشمل كل البضائع التي يُمنع تصديرها أو استيرادها استنادا إلى قانون الجمارك أو أي تشريع آخر تلتزم الدائرة بتطبيقه أثناء ممارسة دورها في الرقابة الجمركية في المنافذ الحدودية الجمركية، وقد أصدرت دائرة الجمارك بمقتضى قانون الجمارك قائمة حددت بموجبها البضائع الممنوعة المعينة لفرض الرقابة الجمركية عليها وتشمل المخدرات والمؤثرات العقلية بكافة أنواعها والمواد السامة المضرة بالصحة العامة وكافة أنواع الأسلحة والذخائر والمتفجرات.
The Customs Department is also authorized to open packages for inspection when they suspect that they contain prohibited or illegal materials. The Customs Department deals with merchandise in accordance with the categories established by law, for example, the laws concerning prohibited goods or any merchandise whose import or export is prohibited under the Customs Act or any other law the Customs Department is required to enforce in exercise of its monitoring functions at customs border posts. In accordance with the Customs Act, the Customs Department has published a list of prohibited merchandise subject to customs control, including any types of narcotic drugs and psychotropic substances, poisonous substances detrimental to public health and any types of weapons, munitions and explosives.