Selon une méta-analyse britannique récente, les émissions d'ammoniac, le lessivage à l'azote et les émissions d'oxyde d'azote par unité de production étaient plus élevés dans les systèmes biologiques que dans l'agriculture conventionnelle, de même que l'utilisation des terres et le potentiel d'eutrophisation (les réactions des écosystèmes défavorables à l'ajout d'engrais et de déchets) et l'acidification.
De acordo com uma meta-análise Britânica, as emissões de amónia, a lixiviação de nitratos e as emissões de óxido nitroso por unidade de produção eram mais elevadas nos sistemas biológicos do que na agricultura convencional, como eram também a utilização dos solos e o potencial para a eutrofização – a resposta adversa dos ecossistemas à adição de adubos e de desperdícios – e para a acidificação.