En 2006, un estudio determinó que el 13% de los hombres que tienen sexo con hombres en Nigeria eran VIH-positivos, en comparación con el 4,5% del total de los nigerianos. En 2012, la incidencia de VIH entre hombres que tienen sexo con hombres había saltado al 17%.
官方认可的尼日利亚恐同氛围已经破坏了抗击艾滋病斗争的成果。2006年， 一项研究发现尼日利亚男同性性交群体13%的人艾滋病毒测试呈阳性，而该数据在尼全体民众中仅有4.5%。截止2012年，男同性性交群体中的艾滋病毒感染率已经上升至17%。此外，报告在医疗中心遭遇同性恋恐惧症的人越来越多，使他们寻求治疗的积极性大打折扣。