Al igual que otros países, Japón ha enfrentado disputas jurisdiccionales entre organismos de asuntos exteriores, defensa y policía que han dificultado la agrupación y el análisis de información de inteligencia. Pero, con la creación del CSN, cada ministerio y entidad de gobierno comunicará al nuevo secretariado la información que considere importante para la seguridad nacional.
与其他国家一样，日本也面临着外交政策、防务和政策机构之间的管辖权限范围之争，妨碍了情报的汇总和分析。但是，随着NSC的组建，各省和各机构将向新的秘书处报告重要国家安全情报，由后者进行综合分析，写成报告呈送首相和各部门。