Más adelante, el CNT no consiguió imponer disciplina en la infinidad de milicias que se formaron para luchar contra las tropas de Gadafi o incluso dirigir eficazmente las armas extranjeras hasta el naciente Ejército Nacional Libio. Cuando el Jefe del Estado Mayor del Ejército fue asesinado en julio en circunstancias misteriosas, el CNT no pudo dar respuestas concretas a un público irritado.
事实上，革命从来都不是一帆风顺的。当革命人士未能击败政府军时，外部力量就会被迫介入。大量民兵都参与进来同卡扎菲军队进行作战。之后，NTC无法向这些民兵施加纪律，甚至无法将外国武器有效地运用于刚刚成立的利比亚国家军队。7月份，军事参谋长被秘密暗杀，而NTC却无法给愤怒的公众提供任何确凿的解释。因无法动用利比亚的任何国外冻结资产，它经常将工资拖欠几周之久。