Además, la división entre suníes y chiíes podría representar un grave obstáculo para las relaciones entre Egipto y el Irán. Los Hermanos Musulmanes están procurando fortalecer los vínculos con aliados suníes, como, por ejemplo, Arabia Saudí, Qatar e incluso Turquía, en lugar de con el régimen chií del Irán, que amenaza a los regímenes suníes exportando la revolución y enfrentando a las minorías chíies con sus gobiernos.
此外，逊尼派和什叶派的分歧可能严重影响埃伊两国关系。相比伊朗的什叶派政权，穆斯林兄弟会正努力加强与沙特阿拉伯、卡塔尔、甚至土耳其等逊尼派盟友的关系。伊朗什叶派政权通过输出革命及鼓动什叶派少数民族对抗其各自政府而对逊尼派政权构成威胁。