Si bien las negociaciones son nuevas, las cuestiones que separan a ambas partes son de larga data y ampliamente conocidas. Una de las más difíciles es la limitación de la UE a las importaciones de alimentos genéticamente modificados, que presenta un gran problema para la agricultura estadounidense.
TTIP分成了15个具体的工作组。谈判是新的，但双方存在分歧的问题是长期存在且广为人知的。最困难之处之一是欧盟限制转基因食品进口，而这对美国农业来说构成了一个大问题。另一个是金融监管，美国银行偏好欧盟规则，而本国的框架更加严格（比如，最近美国金融监管者提出显著提高大银行的资本标准）。