Al identificarse abiertamente con el aparato de seguridad militar liderado por Ahmadinejad, Khamenei ha alienado a un segmento importante de la elite clerical gobernante. También ha reducido su propio status como el máximo árbitro de la sociedad iraní, un papel que fue central para el dominio del sistema por parte de Khomeini.
而作为伊斯兰共和国的领袖，阿亚图拉赛义德·阿里·哈梅内伊公开对伊朗革命自卫队窃取总统选举结果的决定表示赞成。通过对内贾德领导的军事安全机构的直接支持，哈梅内伊不但疏远了作为统治阶层重要组成部分的宗教精英学者，同时也贬低了自己作为伊朗社会最终仲裁者的地位 —— 这也是霍梅尼从前得以掌控伊朗社会系统的核心角色。透过这一系列的行动，他在革命政权的两级 —— 宗教学者精英和军事安全集团之间 —— 制造了裂痕。