La crisis amainó cuando los barcos soviéticos que transportaban más misiles regresaron a su punto de partida y Jrushchev accedió a retirar los misiles que ya había en la isla. Como dijo el entonces Secretario de Estado, Dean Rusk: “Estábamos mirándonos fijamente a los ojos y creo que el contrario pestañeó”.
肯尼迪某些顾问敦促发动空袭和入侵来销毁导弹。肯尼迪调集了部队，但同时宣布对古巴实施海上封锁来争取时间。携带后续导弹的苏联船只掉头返回后危机逐渐消退，赫鲁晓夫也答应移走岛上已有的导弹。正如时任美国国务卿迪安·腊斯克所言：“双方的相互对峙最终以对方的退缩而告结束。”