Al final del decenio de 1980, con la retirada de los soviéticos del Afganistán, algunos elementos de los muyahidines se transformaron en Al Qaeda, que en árabe significa “la base”, como referencia a las instalaciones militares y campos de entrenamiento para los muyahidines creados en el Afganistán por Ben Laden y la CIA. Después de la retirada de los soviéticos, el término Al Qaeda de base militar específica pasó a significar la base organizativa de las actividades yijadistas.
20世纪80年代末，随着苏联从阿富汗撤军，圣战部队的某些单位演变成为基地组织（阿拉伯语意为“基地”），指的是由本·拉登和中情局在阿富汗建造的训练场地和军事设施。苏联撤军后，基地一词从代指某个具体军事基地转而代指组织圣战活动的大本营。