Mubarak nunca realizó una visita de estado oficial a Israel, y con frecuencia rechazó peticiones de primeros ministros israelíes de visitar El Cairo. Cuando EE.UU. trató de ampliar el Tratado de No Proliferación Nuclear en 1994, Mubarak movilizó al mundo árabe en contra de la iniciativa porque Israel se negó a firmar el TNP.
穆巴拉克与以色列的关系时远时近，在任期间一直对这个美国在中东地区最亲密的盟友相当疏离。在他任总统30年间大概有十年埃及都没有向特拉维夫派驻大使。穆巴拉克从来没有对以色列进行过正式访问，还经常拒绝以色列总理访问埃及的意愿。当美国试图在1994年扩大《不扩散核武器条约》覆盖范围时，穆巴拉克甚至动员整个阿拉伯世界反对该意向，原因是以色列拒绝签署该条约。