Aunque fue elegido como miembro del Consejo Legislativo Palestino en 1996, la reputación de Barghouti aumentó notablemente cuando comenzó la actual Intifada, en septiembre de 2000. Su apoyo a los ataques contra soldados y colonos israelíes en los territorios ocupados, que califica como legítimos según la ley internacional, le ha significado una inmensa popularidad entre los palestinos, pero también una sentencia de cinco cadenas perpetuas más 40 años en una prisión israelí.
虽然他在1996年就当选巴勒斯坦立法委员会，但是他声名大振还是在2000年9月开始的因提法达起义中。他主张暴力袭击在巴被占领土上的以色列士兵和定居者，且认为这在国际法框架内属合法行为。他的这一立场另他在许多巴勒斯坦人中享有威望，但他也因此被以色列判了5次终身监禁另加40年监禁。