Se redujo su tamaño y categoría desde un puesto ministerial a estar bajo las órdenes del Departamento de Seguridad Nacional. Su misión de planeamiento y preparación ante desastres fue abandonada por completo, y se cambió su foco para luchar contra los terroristas.
布什政府裁减了联邦紧急措施署的规模，剥夺了该署原来在内阁的席位，将其转划给国土安全部管辖。该署灾前规划和准备等方面的职能已经彻底停止，其工作重点转向了与恐怖分子做斗争。紧急措施署的领导人根本不具备灾害管理的任何经验。上一任署长是布什在得克萨斯州的得力亲信，而现任署长曾担任过法官署署长，以及国际阿拉伯马协会干事，并在那里由于“管理失误”被要求辞职。