Hace poco, el ejército bloqueó una medida del gobierno de poner el ISI, el servicio de inteligencia paquistaní de negra fama, bajo el control del ministro del interior en lugar del primer ministro. Musharraf respaldó la oposición del ejército a esta reforma, ganando cierta gratitud de sus comandantes.
然而，有迹象表明在政府和军队之间在一些重大问题上存在分歧。军队最近阻止了政府将巴基斯坦声名狼藉的情报机构ISI置于内政部长而不是总理控制之下的动议。穆沙拉夫对军队反对这一改革给予支持，从而为他从军队指挥官那里获得了一些感激之情。