Los desafíos en los niveles locales y estatales son aun mayores. Alrededor de 23% de los departamentos de salud locales informaron que los programas de preparación de salud públicos se redujeron, y en algunos casos se eliminaron en 2011, mientras que otro 15% informó de recortes similares en 2012.
州和地方一级所面临的挑战可能更为严峻。2011年约23%的地方卫生部门反映公共卫生应急计划数量锐减甚至消失。还有15%反映2012年也有过类似的削减开支。仅2014年一年，连接地区医院与地方医疗卫生部门、为潜在公共卫生突发事件做准备的医院应急计划就蒙受了1亿美元的预算损失。