Al partir los británicos de la India en 1947 le arrancaron, como hogar para los musulmanes indios, lo que pasaría a ser Pakistán, pero hasta hace poco (a medida que la población pakistaní continúa creciendo a una tasa mayor que la de India) más musulmanes permanecieron en India de los que se quedaron a vivir en Pakistán. Desde entonces la relación bilateral se ha visto asolada por una enconada disputa por el territorio dividido de Cachemira, el único estado de mayoría musulmana en India (pero hogar de solo 3% de los musulmanes indios, que están repartidos en grandes cantidades en todo el país).
1947年英国撤离时硬生生地将巴基斯坦从卑躬屈膝的印度剥离开去，成为印度穆斯林人口的家园；但直到不久前（因为巴基斯坦人口增长速度持续超过印度），多数穆斯林仍然居住在在印度，而并未生活在巴基斯坦。自此之后的双边关系一直饱受不断恶化的克什米尔地区领土纷争的困扰，克什米尔是印度唯一一个以穆斯林为主的省份（但那里只居住着3%的印度穆斯林人口，其余绝大部分都分散在印度全国的各个省份）。