Sin embargo, aun utilizando esta tecnología, una reconstrucción total de cerebros enteros es posible sólo para sistemas nerviosos relativamente simples. Por cierto, incluso en el caso de un mamífero pequeño como el ratón, es imposible reconstruir el cerebro completamente a nivel ultraestructural, porque la magnificación necesaria para visualizar las sinapsis arroja imágenes relativamente pequeñas.
自动电子显微镜技术的最新发展让我们得以实现快速而自动的大组织体积的序列重建，这是定义突触连接体的选择方法。尽管如此，即使使用了这一技术，完全重建整个大脑也只能在相对简单的神经系统上实现。事实上，即使对于老鼠这样的小型哺乳动物，在超微结构水平上完全重建大脑也是不可能的，因为突触需要的放大倍数决定了产生的图像较小。