Pero el tratado es indirectamente aplicable a la República Popular a través del acuerdo de paz bilateral entre la República de China y Japón. Este acuerdo también se firmó en 1952, horas antes de que entrara en vigor el Tratado de San Francisco, que ratificó los términos del acuerdo de paz, especialmente, la renuncia de Japón a Taiwán.
但1952年中华民国－日本双边和平条约间接适用于中华人民共和国，该条约于旧金山条约正式生效前几小时签署且重申旧金山条约规定，特别是日本放弃对台湾的主权要求。事实上，旧金山条约要求中华民国－日本条约遵守其相关规定，从而防止日本在与中华民国的条约中将其他任何权利或所有权移交给旧金山条约以外的国家。日本因此不承认台湾是中华人民共和国的领土。