Consideremos la vieja pregunta metafísica: ¿acaso un barco de madera cuyas planchas se van reemplazando gradualmente a medida que se pudren sigue siendo el mismo barco después de que se han cambiado todas las planchas? La biología "de sistemas" es una biología que reconoce que lo que permanece es el diseño del barco --aquello que determina las relaciones entre las planchas.
须被遗传的并非最终那个有机体，而是导致遗传发生的“配方”。想想那道古老的哲学谜题：当木船上的厚木板逐渐腐烂到面目全非，以至破坏原船，这些木板是不是一直处于不断的替换之中呢？“系统”生物学正是认识到了这一点，即不变的是木船的设计——它决定了木船与厚木板之间的关系。