Se dice que el jefe del Estado Mayor, Yousef Al Manqous, prefiere las milicias cirenaicas a las unidades militares bajo su mando; al mismo tiempo, los funcionarios de gobierno se quejan de la falta de una cadena de mando efectiva. Por ejemplo, el pasado junio, el ministro de defensa Osama Al Juwali cuestionó al CNT por no consultar sus decisiones con los funcionarios pertinentes y agregó que su tarea como ministro había quedado reducida a “poner la firma en los planes del jefe del Estado Mayor”.
这样的庇护也牵涉到军事编制本身。Yousef al-Manqous参谋长据传偏向手下昔兰尼加民兵更胜于军队，而政府官员则抱怨缺乏有效的指挥体系。比方说六月，国防部长朱瓦利即攻击全国过渡委员会决策时并未与有关官员商议，并称他的作用仅仅是在“参谋长的计划书上签字”。