En junio de 2012, Morsi derrotó a su rival Ahmed Shafik, último primer ministro de Mubarak, por un margen de 52 por ciento a 48 por ciento para obtener la presidencia. En un referéndum nacional celebrado en diciembre de 2012, una mayoría del 64 por ciento de los que acudieron a votar aprobó un proyecto de constitución respaldado por los Hermanos Musulmanes (si bien la participación fue escasa).
2011年末、2012年初，埃及举行了议会选举。穆尔西的正义和公正党（Freedom and Justice Party，由穆斯林兄弟会创立）赢得多数，伊斯兰两大阵营加起来获得了约三分之二的选票。2012年6月，穆尔西击以52%对48%的优势败对手、穆巴拉克的最后一任总理沙菲克（Ahmed Shafik）赢得总统选举。在2012年12月的全民公投中，64%多数投票赞成穆斯林兄弟会支持的宪法草案（尽管投票率并不高）。