El principal interés científico de Bernal fue al comienzo la estructura atómica de los cristales, metales y minerales, luego la de las hormonas y esteroles, y de algunos aminoácidos, componentes básicos de las proteínas.
Основной научный интерес для Бернала на первых порах представляла атомная структура кристаллов, металлов и минералов, а затем уже гормонов и стеринов, а также некоторых аминокислот - основных составляющих белков.