Las tres cuestiones institucionales centrales a las que se enfrenta la Conferencia Intergubernamental son la organización futura de la Comisión y del Consejo, así como la definición del papel del futuro Presidente del Consejo Europeo.
Межправительственной конференции предстоит решить три основных институциональных вопроса, а именно определить организационную структуру Комиссии и Совета, а также роль будущего президента Европейского Совета.