De acuerdo con un reciente meta-análisis británico, las emisiones de amoníaco, la lixiviación de nitrógeno y las emisiones de óxido nitroso por unidad de producción eran superiores en los sistemas orgánicos que en la agricultura convencional, al igual que el uso de la tierra y el potencial de eutroficación -respuestas adversas del ecosistema a la incorporación de fertilizantes y desechos- y acidificación.
Согласно недавнему британскому мета-анализу, выбросы аммиака, выщелачивания азота и выделения закиси азота на единицу продукции были выше в органических системах, чем в традиционном сельском хозяйстве. Использование земли и возможность этерификации - неблагоприятной реакции экосистемы на удобрения и отходы - и подкисления, также были превышены.