Aunque fue elegido como miembro del Consejo Legislativo Palestino en 1996, la reputación de Barghouti aumentó notablemente cuando comenzó la actual Intifada, en septiembre de 2000. Su apoyo a los ataques contra soldados y colonos israelíes en los territorios ocupados, que califica como legítimos según la ley internacional, le ha significado una inmensa popularidad entre los palestinos, pero también una sentencia de cinco cadenas perpetuas más 40 años en una prisión israelí.
Bien qu'il ait été élu en 1996 au Conseil législatif palestinien, la réputation de M. Barghouti a pris son envol au commencement de l'actuelle Intifada en semptembre 2000.