मुट्ठी भर देशों ने, जो जीएम फसलें उगाते हैं, महत्त्वपूर्ण लाभ अर्जित किए हैं. उदाहरण के लिए, दक्षिण अफ्रीका में लाई गई मक्का, सोयबीन और कपास की जीएम किस्मों से 1998 से 2012 तक किसानों की आमदनी एक अरब डालर से अधिक बढ़ाने में मदद मिली है. यह वृहत् तौर पर मक्का की जीएम किस्मों का नतीजा है कि सालाना उपज 32% तक बढ़ी है. और आज देश में मक्का के कुल रकबे में 90% जीएम मक्का का हिस्सा है. अवश्य ही ऊंचे उत्पादन के बावजूद दक्षिण अफ्रीका मक्का का पर्याप्त निर्यात नहीं कर पाता है कि दुनिया की मांग को पूरा किया जा सके.
种植转基因作物的极少数非洲国家收获了巨大的好处。比如，南非引进的转基因玉米、大豆和棉花帮助其农民收入在1998至2012年间提高了10亿多美元。这大部分是由转基因玉米品种贡献的，转基因玉米让年产量提高了32%，目前已占南非玉米作物总量的近90%。事实上，尽管产出剧增，但南非的玉米出口仍无法跟上全球需求。