जेनेटिक इंजीनियरिंग (जीई) फसल की अन्य किस्मों, उदाहरण के लिए जो रोग-प्रतिरोधी और कीट-प्रतिरोधी होती हैं, से परोक्ष रूप से पानी के उपयोग की कुशलता में सुधार होता है। क्योंकि रोगों और कीटों के कारण होनेवाला नुकसान ज्यादातर पौधों के पूरी तरह से बड़े हो जाने के बाद – अर्थात उनके विकास के लिए आवश्यक पानी की अधिकतर आपूर्ति कर दिए जाने के बाद होता है – इसलिए उनके प्रतिरोध का अर्थ प्रति इकाई निवेश किए गए पानी की दृष्टि से अधिक कृषि उत्पादन है। संक्षेप में, किसान हर बूंद से अधिक फसल प्राप्त कर सकते हैं।
Andere types van GT-gewassen variëteiten, zoals die ziekte- en plagenresistent zijn, verbeteren indirect de efficiency van het watergebruik. Omdat veel van het verlies aan ziektes en plagen voorkomt nadat de planten volwassen zijn (dat betekent nadat het meeste van het water dat nodig is voor hun groei al is gebruikt) betekent weerstand voor hun meer landbouwopbrengst per unit water die geïnvesteerd is.