जेनेटिक इंजीनियरिंग (जीई) फसल की अन्य किस्मों, उदाहरण के लिए जो रोग-प्रतिरोधी और कीट-प्रतिरोधी होती हैं, से परोक्ष रूप से पानी के उपयोग की कुशलता में सुधार होता है। क्योंकि रोगों और कीटों के कारण होनेवाला नुकसान ज्यादातर पौधों के पूरी तरह से बड़े हो जाने के बाद – अर्थात उनके विकास के लिए आवश्यक पानी की अधिकतर आपूर्ति कर दिए जाने के बाद होता है – इसलिए उनके प्रतिरोध का अर्थ प्रति इकाई निवेश किए गए पानी की दृष्टि से अधिक कृषि उत्पादन है। संक्षेप में, किसान हर बूंद से अधिक फसल प्राप्त कर सकते हैं।
Otros tipos de variedades de cultivos modificados genéticamente, como aquellos que son resistentes a las enfermedades y las pestes, mejoran de manera indirecta la eficiencia del uso del agua. Dado que gran parte de la pérdida por enfermedades o pestes se produce después de que las plantas han crecido plenamente -es decir, después de que ya se ha suministrado la mayor parte del agua necesaria para su crecimiento-, la resistencia implica una mayor producción agrícola por unidad de agua invertida.