Für ein Land, in dem Anwälte zu den Zielen von Gewalt während des Völkermordes zählten, in dem wenige amtierende Richter eine ordentliche juristische Ausbildung besitzen und in dem gerichtliche Unabhängigkeit geringe Tradition hat, ist das eine ganz besondere Herausforderung. Es gibt also Bedenken, dass einige Vertreter der kambodschanischen Regierung - von denen einige einst in Diensten der Roten Khmer standen - versuchen werden, die Gerichtsverfahren für politische Zwecke zu missbrauchen.
柬埔寨的特别法庭将会是第一个国内法官占多数的国际法庭。这一事实本身就造成了第二个障碍。这样的构成在柬埔寨这样的国家更具挑战性。该国的法官曾是大屠杀的目标，现任法官几乎没有受到过正式的法律培训，而且柬埔寨也几乎没有司法独立的传统。因此让人担心的是柬埔寨政府中的某些人-包括曾在红色高棉时期任职的官员-会为了政治目的而试图控制审判。