Obgleich er bereits 1996 in den Palästinensischen Legislativrat gewählt wurde, wuchs Barghoutis Ansehen während der gegenwärtigen Intifada, die im September 2000 begann, deutlich. Seine Unterstützung der seiner Argumentation zufolge völkerrechtlich legitimen Angriffe gegen israelische Soldaten und Siedler in den besetzten Gebieten haben ihm eine immense Popularität unter den Palästinensern eingetragen, aber auch eine Verurteilung zu fünfmal lebenslänglich plus 40 Jahren in einem israelischen Gefängnis.
虽然他在1996年就当选巴勒斯坦立法委员会，但是他声名大振还是在2000年9月开始的因提法达起义中。他主张暴力袭击在巴被占领土上的以色列士兵和定居者，且认为这在国际法框架内属合法行为。他的这一立场另他在许多巴勒斯坦人中享有威望，但他也因此被以色列判了5次终身监禁另加40年监禁。