Generalstabschef Yousef al-Mangush soll die Milizen aus der Kyrenaika gegenüber den Militärverbänden unter seinem Kommando bevorzugen, während Regierungsvertreter den Mangel an einer wirksamen Befehlskette beklagen. So griff beispielsweise Verteidigungsminister Osama al-Juwali im Juni den NTC an, weil dieser sich hinsichtlich seiner Entscheidungen nicht mit den zuständigen offiziellen Vertretern beriet.
这样的庇护也牵涉到军事编制本身。Yousef al-Manqous参谋长据传偏向手下昔兰尼加民兵更胜于军队，而政府官员则抱怨缺乏有效的指挥体系。比方说六月，国防部长朱瓦利即攻击全国过渡委员会决策时并未与有关官员商议，并称他的作用仅仅是在“参谋长的计划书上签字”。