Bei abnormaler Aktivität anderer Gehirnregionen führt eine hyperaktive Amygdala zu unregelmäßigen Schlaf- und Aktivitätsmustern sowie zu einer abweichenden Ausschüttung von Hormonen und anderen Botenstoffen, die viele Körperfunktionen steuern. So steigt beispielsweise der Wert des Stresshormons Cortisol am Abend an, wenn er eigentlich niedrig sein sollte.
亢进的类扁桃体，加上大脑其他区域的不正常活动，会导致中断的睡眠模式和身体活动，以及控制身体许多组织的荷尔蒙和其他化学调节因子的无规律分泌。例如，应激荷尔蒙血浆皮质醇水平会在夜间升高，而正常情况下应该保持低水平。