Ebenso weigerte sich Mubarak in den 1990er Jahren, amerikanische Pläne zur Isolierung Libyens aufgrund seiner Verstrickung in den Absturz des Pan-Am-Fluges 103 im schottischen Lockerbie zu unterstützen. Statt den libyschen Herrscher Oberst Muammar Gaddafi zu ächten, empfing er ihn in Kairo.
在1990年代穆巴拉克拒绝加入美国因利比亚参与泛美航空公司洛克比空难而对其执行的孤立政策，同时不但没有排斥利比亚领导人卡扎菲，甚至还邀请他到开罗访问。在联合国在1992年禁止一切国际航班进出利比亚后，该国与埃及的陆地边界就成为了利比亚的经济命脉（或许也是卡扎菲没有倒台的原因），利比亚在某种程度上通过从埃及进口食品和石油生产设施挺过了制裁，并在穆巴拉克的帮助下出口汽油和钢材。