Ihre Erfahrung im Guerillakrieg brachte Anführer wie die Brüder Abdurajak und Khadaffy Janjalani hervor. Bei ihnen handelt es sich um die Gründer der Terrorgruppe Abu Sayyaf, die momentan auf den Philippinen verheerenden Schaden anrichtet.
八十年代苏联在阿富汗战争最猛烈的时候，巴基斯坦是菲律宾穆斯林武装份子来往于阿富汗和棉兰老岛的秘密渠道。棉兰老岛一直是穆斯林反叛者的据点。他们在游击战中德经历产生了像阿布巴卡尔兄弟那样的领导人。这对兄弟建立了阿布萨耶夫恐怖集团，这一集团现在在菲律宾造成巨大危害。