Diese Methode lässt jedoch vieles von dem, was in den letzten 25 Jahren über Genomevolution in Erfahrung gebracht wurde, außen vor. Mutationsprozesse sind wesentlich komplexer, als man vor einigen Jahrzehnten dachte; das “Verrutschen” von Strängen, Transposition und illegitime Rekombination führen zu qualitativen Unterschieden zwischen eng verwandten Genomen.
如果比较一下人类和黑猩猩的遗传物质，就会发现确实每100个可比位置中，有99个都完全相同。但这种方法忽略了过去四分之一世纪来染色体进化研究的大部分成果。突变过程比几十年前所认识到的要复杂得多，链滑、重复、换位和异常重组都会使密切相关的染色体产生本质上的不同。