Mubarak stattete Israel keinen einzigen offiziellen Staatsbesuch ab und er lehnte Anfragen israelischer Premierminister hinsichtlich eines Besuchs in Kairo häufig ab. Als die USA im Jahr 1994 den Atomwaffensperrvertrag ausweiten wollten, mobilisierte Mubarak die arabische Welt gegen diese Initiative, weil sich Israel weigerte, den Vertrag zu unterzeichnen.
穆巴拉克与以色列的关系时远时近，在任期间一直对这个美国在中东地区最亲密的盟友相当疏离。在他任总统30年间大概有十年埃及都没有向特拉维夫派驻大使。穆巴拉克从来没有对以色列进行过正式访问，还经常拒绝以色列总理访问埃及的意愿。当美国试图在1994年扩大《不扩散核武器条约》覆盖范围时，穆巴拉克甚至动员整个阿拉伯世界反对该意向，原因是以色列拒绝签署该条约。