Verdeutlicht werden kann dies am Ableger dieser Gruppe in Pakistan unter Abu Musab al-Zarqawi: Im Mesopotamien wurde die Gruppe zwecks Rekrutierung und Propaganda Al Qaida genannt, aber sie war organisatorisch und operativ ziemlich autonom. Als Ayman al-Zawahiri, ein enger Vertrauter Bin Ladens, al-Zarqawi bat, keine Schiiten anzugreifen, verstärkte al-Zarqawi die Gewalt gegen diese noch.
自9/11事件后，基地组织已经与等级森严的邪教组织大相径庭。这一点在阿布·穆萨布·扎卡维的基地组织伊拉克海外分部问题上得到了充分的证明：该组织为方便招募和宣传起见在美索不达米亚对外自称为基地组织，但无论在机构还是运作方面都具有相当的自主性。本·拉登的亲密合作者艾曼·扎瓦希里要求扎卡维不要袭击什叶派的时候，扎卡维反而加强了对什叶派的进攻。