Weiterhin wird die Evolutionstheorie durch die wachsende Erkenntnis destabilisiert, dass die Entwicklung eines Organismus nicht nur durch das Genom, sondern auch von vielen weiteren Faktoren bestimmt wird. Ironischerweise hat die Entdeckung der Struktur der DNA – ursprünglich als der endgültige Sieg der Neuen Synthese gefeiert – zwar zu einem besseren Verständnis der Funktionsweise des Genoms geführt, aber letztlich den Glauben an dessen ausschließlicher Rolle bei der Steuerung biologischer Entwicklung geschwächt.
进一步动摇进化论的是人们逐渐意识到，许多因素（而不仅仅是基因组）决定了个体生命的发展。讽刺的是，DNA结构的发现——当初被称为新综合范式彻底胜利的最后一击——使人们更好地理解了基因组的功能，最终却削弱了人们关于它们单独决定了生物发展方向的观念。那些长期以来强烈抗议进化模型忽略发育过程的人——几十年来，这一批评被冠以进化发育生物学的名号——以及坚持生命体的发育需要利用各种资源的人被证明是正确的。