Indem der Islamismus die Wiederkehr des Islam als Lösung für die Probleme der Region propagierte, hatte er die Marginalisierung von Nichtmuslimen zur Folge, die teilweise über Jahrhunderte im wirtschaftlichen, kulturellen und politischen Leben der Region eine große Rolle gespielt hatten. So wurden in Ländern wie Ägypten Christen sozialer Diskriminierung und Gewalt ausgesetzt, teilweise sogar durch die Hand des formal säkularen Staates.
1967年阿拉伯-以色列六日战争后兴起的政治伊斯兰教是对宗教少数派的又一沉重打击。伊斯兰教将树立伊斯兰教敌对势力作为解决地区弊端的方法，从而导致非穆斯林的边缘化，其中包括许多几百年来在地区经济、文化和政治生活中扮演重要角色的群体。结果，在埃及等地，基督徒面临着严峻的社会歧视和暴力，有时连名义上的世俗国家也对他们进行打击。