Obasanjo ist allerdings ein glühender Verfechter einer einheitlichen Regierung und zählt viele einflussreiche Personen aus dem Norden zu seinen persönlichen Freunden. Die wirtschaftliche und politische Elite des Nordens sieht ihn als Bollwerk gegen die zunehmend widerspenstigen Rivalen aus dem Süden, die offen mit einer Abspaltung drohen, wie sie im Jahr 1967 von den Igbo versucht wurde und den Biafra-Konflikt auslöste.
随着尼日利亚经济的迅速衰退，要求仿效20世纪60年代早期尼日利亚第一共和国的样式制定新宪法的呼声日益高涨，当时的共和国是由一系列强大地区组成的联邦，在财政上享有很大程度的自主权。但奥巴桑乔是单一政府的积极倡导者，很多颇有影响的北方人都是他的私人朋友。北方的商界和政界精英把他当作阻挡越来越难以控制的南方对手的一道屏障，这些南方人公开威胁要步1967年伊博族退出联邦的后尘，这次行动是比夫拉冲突的导火索，他们离开时带走了尼日尔三角洲富庶的油田。