Im Lauf der folgenden zwanzig Jahre hat der Staat die Arbeit der Universität zunehmend behindert, so etwa, indem die Freigabe von Mitteln verweigert und Widerstand gegen die Ernennung von Professoren geleistet wurde. Dieses Gebaren erreichte 1862 einen Höhepunkt, als die Legislative die Ernennung eines Universitätspräsidenten blockierte.
哈佛几乎是立刻受到了口诛笔伐，人们认为它太过精英主义、太排外、太昂贵。甚至哈佛大学的课程也受到了挑战。在此后20年中，马萨诸塞州通过拒绝出资和阻挠教授任命等方式越来越多地影响哈佛大学的运转。这类行为的高峰在1862年，立法机构驳回了哈佛的校长任命议案。