Dieser Name bezog sich auf die von bin Laden und der CIA für die Mudschaheddin errichteten militärischen Einrichtungen und Ausbildungsstätten in Afghanistan. Nach dem Abzug der Sowjets unterlief auch der Ausdruck Al Qaida einen Bedeutungswandel und bezog sich nun nicht mehr auf die militärische, sondern auf die organisatorische Basis dschihadistischer Aktivitäten.
20世纪80年代末，随着苏联从阿富汗撤军，圣战部队的某些单位演变成为基地组织（阿拉伯语意为“基地”），指的是由本·拉登和中情局在阿富汗建造的训练场地和军事设施。苏联撤军后，基地一词从代指某个具体军事基地转而代指组织圣战活动的大本营。