Ebenso gibt es Hinweise dafür, dass auch der präfrontale Kortex - eine der wichtigsten Strukturen für die emotionale Regulation, die Entscheidungsfindung und für ein funktionierendes Gedächtnis - bei einer starken Depression schrumpft. Auf der anderen Seite zeigt die Amygdala, der Sitz des emotionalen Gedächtnisses, jedoch keine Zeichen von Schrumpfung, sondern entwickelt sowohl bei posttraumatischen Stressstörungen als bei depressiven Erkrankungen Hyperaktivität.
同样地，有证据显示，在主导型抑郁症中，前额叶皮层--情绪调节、做决定以及工作记忆的关键组织--也会萎缩。另一方面，在创伤后压力障碍症和抑郁症中，类扁桃体--感情记忆的所在--非但不萎缩，还会变得亢进。动物研究得到的证据还显示反复的压力之后神经细胞会变得过度肥大。