Die Verhandlungen sind zwar neu, aber die Probleme, die zwischen den beiden Seiten stehen, bestehen schon lang und sind gut bekannt. Eins der schwierigsten besteht in den Einschränkungen des Imports genetisch manipulierter Nahrungsmittel in die EU, was die US-Landwirtschaft vor große Probleme stellt.
TTIP分成了15个具体的工作组。谈判是新的，但双方存在分歧的问题是长期存在且广为人知的。最困难之处之一是欧盟限制转基因食品进口，而这对美国农业来说构成了一个大问题。另一个是金融监管，美国银行偏好欧盟规则，而本国的框架更加严格（比如，最近美国金融监管者提出显著提高大银行的资本标准）。