In den Neunzigerjahren weitete Anwar jedoch seinen Einfluss in der Partei aus, was viele Mitglieder der alten Garde beunruhigte. Nach der Finanzkrise 1997 spitzte sich die Lage zu, als Anwar als stellvertretender Premierminister in der Wirtschaftspolitik einen noch liberaleren Ansatz verfolgte als Mahathir.
ただし 1990 年代の間、アンワルは党内での影響力を強め、従来の安全装置を不安定化した。1997 年の経済危機後、アンワル副首相がマハティールよりも経済的にリベラルな手法を採用した際にこの問題が取り上げられた。アンワルはこの挑戦への措置を一因として、解任された。