Když koncem 80. let Sověti z Afghánistánu odcházeli, některé složky mudžáhedínů se transformovaly v al-Káidu; tento název arabsky znamená „základna“ a odkazoval na vojenská zařízení a výcvikové tábory v Afghánistánu, jež pro mudžáhedíny zřídil ibn Ládin a CIA. Po sovětském stažení se význam pojmu al-Káida posunul od konkrétní vojenské základny k organizační základně džihádistických aktivit.
20世纪80年代末，随着苏联从阿富汗撤军，圣战部队的某些单位演变成为基地组织（阿拉伯语意为“基地”），指的是由本·拉登和中情局在阿富汗建造的训练场地和军事设施。苏联撤军后，基地一词从代指某个具体军事基地转而代指组织圣战活动的大本营。