Armáda nedávno zablokovala vládní snahu převést nechvalně proslulou pákistánskou zpravodajskou službu ISI pod kontrolu ministra vnitra namísto dosavadního premiéra. Mušaraf podpořil zamítavý postoj armády k této reformě, za což se mu od vojenských velitelů dostalo jistého vděku.
然而，有迹象表明在政府和军队之间在一些重大问题上存在分歧。军队最近阻止了政府将巴基斯坦声名狼藉的情报机构ISI置于内政部长而不是总理控制之下的动议。穆沙拉夫对军队反对这一改革给予支持，从而为他从军队指挥官那里获得了一些感激之情。