Zamysleme se nad starou metafyzickou hádankou: je dřevěný člun, jehož prkna se postupně nahrazují, když stará shnijí, stále stejným člunem, jsou-li už vyměněna všechna prkna? Biologie systémů je právě takovou biologií, která si uvědomuje, že tím, co zůstává, je totožná konstrukce člunu – to, co určuje vztahy mezi prkny.
须被遗传的并非最终那个有机体，而是导致遗传发生的“配方”。想想那道古老的哲学谜题：当木船上的厚木板逐渐腐烂到面目全非，以至破坏原船，这些木板是不是一直处于不断的替换之中呢？“系统”生物学正是认识到了这一点，即不变的是木船的设计——它决定了木船与厚木板之间的关系。