Houževnatost MAAE také vrhla světlo na většinu íránského jaderného programu, třebaže až poté co existenci některých tajných zařízení režimu prozradila skupina íránských disidentů. Na počátku roku 2003 terénní přítomnost v Iráku dospěla k závěru, že Saddám nemá program vývoje jaderných zbraní, navzdory výkladům Bushovy administrativy.
该机构坚持不懈，还发现了伊朗的核子项目，尽管这是伊朗的异议团体揭发伊朗政权的某些秘密设施之后才发现的。在2003年早些时候，与布什当局的说法相反的是，其在伊拉克的现场检查员确认萨达姆并没有核子武器项目。在2004年，该机构揭发了南韩没有防护的钸和浓缩试验。