V době, kdy vzhledem k těmto vojenským ústupům narůstal neklid, americké pobřežní jednotky monitorovaly a zadržovaly džihádisty, kteří chtěli proniknout do Somálska, zatímco Keňa a Etiopie bránily tomu, aby neklid metastázoval do celého regionu. Dobytí somálského hlavního města Mogadišu Islámskými soudy v roce 2006 vyvolalo přízrak džihádistického státu, avšak Somálsko záhy ukázalo, že bezvýchodné situace nejsou jen doménou USA.
军事撤退之后骚乱增加，国外的美军对那些试图进入索马里的杰哈德圣战者进行监视和拦截，肯尼亚和埃塞俄比亚则防止骚乱越过这一地区向外转移。2006年，索马里首都被伊斯兰法院联盟占领，人们担心会一个杰哈德圣战者国家会由此出现。但是索马里很快显示困境也有两条路。在埃塞俄比亚的干预下，伊斯兰分子发现他们被权力摒弃在外。