Druhá sekce, spadající pod Pákistánský výbor pro atomovou energii a Národní rozvojový komplex (NDC), má mnohem větší škálu zodpovědností - přeměnu plynného uranu na kov, projektování zbraní a jejich výrobu a jaderné testy.
Le Dr Khan fut rarement mentionné par le directeur du NDC, le Dr Samar Mubarakmand, dans le discours qu'il prononça après les essais nucléaires réussis de mai 1998.