Druhý způsob porovnávání se zaměřoval na takzvané paralogní bílkoviny, které pocházejí ze společného předka v rámci určitého tvora jako výsledek genových duplikací.
Le second type de comparaison concernait les protéines paralogues , protéines d'une créature donnée, ayant divergées par duplication à partir d'un gène ancestral commun.