Druhý způsob porovnávání se zaměřoval na takzvané paralogní bílkoviny, které pocházejí ze společného předka v rámci určitého tvora jako výsledek genových duplikací.
El segundo tipo de comparación se centró en proteínas parálogo , que descienden de un antepasado común dentro del mismo ser a consecuencia de duplicaciones de genes.