Druhá sekce, spadající pod Pákistánský výbor pro atomovou energii a Národní rozvojový komplex (NDC), má mnohem větší škálu zodpovědností - přeměnu plynného uranu na kov, projektování zbraní a jejich výrobu a jaderné testy.
En sus discursos después de los exitosos ensayos nucleares que se llevaron a cabo en mayo de 1998, el jefe del CND, el Dr. Samar Mubarakmand, apenas mencionó al Dr. Khan.