Navzdory raným pokrokům v této oblasti je však keňský boj o GM plodiny zbytečně zpolitizovaný. V roce 2012 zakázal kabinet bez konzultace s NBA dovoz GM plodin – své rozhodnutí přitom založil na všeobecně odsuzované a později odvolané studii, která nepravdivě spojovala GM potraviny s rakovinou.
इसके अलावा केन्या उन गिने-चुने अफ्रीकी देशों में से एक है जिनके यहां मजबूत नियामक तंत्र सक्रिय है जो फसलों की नई किस्मों की समीक्षा कर सकता है और उन्हें मंजूरी दे सकता है. केन्या के बायोसेफ्टी एक्ट, 2009 के अधीन नैशनल बायोसेफ्टी ऑथोरिटी (एनबीए) की स्थापना की गई, जो इस महाद्वीप में इस प्रकार का पहला निकाय है. परंतु, इस क्षेत्र में पहले पदार्पण करने के बावजूद केन्या में जीएम फसलों के खिलाफ अनावश्यक रूप से राजनीतिक लड़ाई लड़ी जा रही है. सन् 2012 में वहां की कैबिनेट ने एनबीए से परामर्श किये बगैर जीएम फसल के आयात पर पाबंदी लगा दी. यह निर्णय एक ऐसे अध्ययन पर आधारित था जिसकी व्यापक आलोचना हुई और बाद में जिसे बंद कर दिया गया. इस अध्ययन में जीएम फसलों को कैंसर पैदा करने वाला बताया गया था. यह दावा झूठा साबित हुआ.