Druhá sekce, spadající pod Pákistánský výbor pro atomovou energii a Národní rozvojový komplex (NDC), má mnohem větší škálu zodpovědností - přeměnu plynného uranu na kov, projektování zbraní a jejich výrobu a jaderné testy.
Dr. Khan was barely mentioned by the head of the NDC, Dr. Samar Mubarakmand, in his victory speeches after the successful May 1998 nuclear tests.