Druhý způsob porovnávání se zaměřoval na takzvané paralogní bílkoviny, které pocházejí ze společného předka v rámci určitého tvora jako výsledek genových duplikací.
Ein anderer Vergleichsansatz konzentrierte sich auf die sogenannten paralogen Proteine, die in derselben Kreatur von einem gemeinsamen Vorfahren als Folge von Genduplikationen entsteht.