Když byl z úřadu vypoklonkován diktátor Parvíz Mušaraf, nová pákistánská civilní vláda nařídila, aby ISI podléhala ministerstvu vnitra. Tato snaha prosadit civilní kontrolu však nezískala podporu USA, což armádě umožnilo rychle toto úsilí zhatit.
Nachdem der Diktator Pervez Musharraf aus dem Amt gedrängt worden war, ordnete die neue pakistanische Zivilregierung den Geheimdienst an, an das Innenministerium zu berichten, hat in diesem Bemühen die zivile Kontrolle durchzusetzen aber keine Unterstützung durch die USA erhalten, was die Armee in die Lage versetzt hat, das Bestreben rasch zu durchkreuzen.