في الفترة ما بين عامي 1993 و1996، كان أنان مساعداً للأمين العام لعمليات حفظ السلام التابعة للأمم المتحدة، ثم أصبح وكيلاً للأمين العام. ولقد كانت إحدى الكارثتين العظميين اللتين يتحمل عنهما أنان قدراً هائلاً من المسئولية، المذبحة التي قتل فيها الصرب سبعة آلاف إنسان في مدينة سربرينتشا البوسنية، والتي ربما كانت أسوأ مذبحة تشهدها أوروبا فيما بعد الحرب العالمية.
В период с 1993 по 1996 год Аннан был помощником Генерального секретаря ООН по миротворческим операциям, а затем заместителем Генерального секретаря. Одним из двух величайших бедствий, произошедших во многом по его вине, является убийство сербами 7000 человек в боснийском городе Сребреница - наверное, самое страшное массовое убийство в послевоенной Европе.