يثير هذا الكشف أسئلة جديدة مثيرة للاهتمام، لأن د. خان كان بعيداً عن العمل الفعلي المرتبط بتصنيع الأسلحة. فالمؤسسة النووية في باكستان تنقسم إلى قسمين أساسيين. أحد هذين القسمين، والذي تولى د. خان رئاسته ذات يوم، مسئول عن إنتاج غاز اليورانيوم المستخدم في القنابل والذي يوفر الوقود اللازم لإحداث التفجير النووي حين يتم تحويله إلى معدن. أما القسم الآخر والذي يخضع لوكالة الطاقة النووية ومجمع التنمية الوطنية بباكستان فهو يتحمل نطاقاً أكثر اتساعاً من المسئوليات ـ تحويل غاز اليورانيوم إلى معدن وتصميم الأسلحة وتصنيعها وإجراء الاختبارات النووية.
Первое, некогда возглавляемое доктором Ханом, занимается производством уранового газа для атомной бомбы, из которого после его превращения в металл получают топливо, необходимое для ядерного взрыва. Другое подразделение, находящееся в ведении Пакистанской комиссии по атомной энергии, а также National Development Complex (NDC) - государственной компании - производителя вооружений в Пакистане, имеет гораздо более широкие обязанности: превращение уранового газа в металл, разработка и производство оружия, и проведение ядерных испытаний.