إن أفغانستان تُـعَد منطقة ذات أهمية حيوية بالنسبة لمنظمة شنغهاي للتعاون. والحقيقة أن أعضاء المنظمة يتطلعون إلى مساعدة الحكومة الأفغانية في التصدي لتجارة المخدرات الإقليمية والإرهاب. وكان الرئيس الأفغاني
Президент Хамид Карзай был регулярным гостем на саммитах ШОС с 2004 года, а также неоднократно призывал ШОС сделать приоритетом борьбу с торговлей наркотиками. Члены организовали рабочую группу из представителей Афганистана и ШОС, чтобы создать координационный механизм для большего количества инициатив ШОС, касающихся Афганистана.