كما نجحت هيئة الطاقة الذرية أيضاً بفضل مثابرتها وعنادها في فضح القدر الأعظم من برنامج إيران النووي، ولو أن ذلك لم يحدث إلا بعد أن كشفت مجموعة من الإيرانيين المنشقين عن وجود بعض المنشآت السرية التابعة للنظام الحاكم في إيران. وفي أوائل العام 2003، كان بوسع الهيئة أن تثبت بفضل تواجدها على الأرض في العراق أن صدّام لم يكن لديه أي برنامج لتصنيع الأسلحة النووية، وذلك في تناقض واضح مع مزاعم إدارة بوش . وفي العام 2004 كشفت الهيئة عن التجارب غير الشرعية التي كانت كوريا الشمالية تجريها على البلوتونيوم وتخصيب اليورانيوم.
Настойчивость МАГАТЭ также пролила свет на большинство ядерных программ Ирана, хотя это стало возможным только после, того как группа иранских диссидентов рассказала о секретных планах режима. В начале 2003 года расследования организации в Ираке показали, что у Саддама не было военной ядерной программы, что противоречило утверждениям администрации Буша.