تولى مُـشَرَّف ، باعتباره رئيساً لأركان الجيش الباكستاني، توجيه الغزو المأساوي لإقليم كارغيل في العام 1999، حين أرسلت باكستان جنودها سراً عبر خطوط وقف إطلاق النار للاستيلاء على المرتفعات ذات الأهمية الإستراتيجية والتي تطل على ممر حيوي في الهند. ولقد نجحت الاستخبارات الهندية في تسجيل محادثة هاتفية تباهى فيها مُـشَرَّف بذلك التحرك أثناء زيارة قام بها إلى بكين. ولأن الغزو كان مخالفاً للقانون واستفزازياً بوضوح، فقد أنكرت باكستان تورط أي مسئولين عسكريين رسميين فيها، حتى أن مُـشَرَّف رفض تسلم رفات جنوده بعد أن تمكنت الهند من صد القوات الباكستانية، بتكاليف فادحة على الجانبين. وكانت هذه نقطة سوداء في العلاقات الهندية الباكستانية، ومنذ ذلك الوقت لم يبد أي من الزعماء في دلهي أي استعداد للثقة في مُـشَرَّف .
Разведывательные службы Индии запечатлели, как Мушарраф хвастался о проведенной операции по открытой телефонной линии во время визита в Пекин. Поскольку вторжение было показательно незаконным и провокационным, Пакистан отвергал участие официальной армии, что привело к тому, что когда они получили отпор с большими жертвами с обеих сторон, Мушарраф отказался принимать тела своих собственных солдат.