إن الإقليم عرضة للخطر أيضاً بسبب الآثار التي تخلفها تجارة المخدرات. ومع أن المخدرات غير المشروعة تنتقل عبر كافة دول آسيا الوسطى، إلا أن طاجيكستان تتحمل الوطأة العظمى من العقاب والتوبيخ بسبب موقعها على الحدود الشمالية لأفغانستان. وطبقاً للتقديرات فإن ما يصل إلى مائة طن من الهيروين تمر عبر طاجيكستان كل عام، وهذا ما يعادل إجمالي الطلب السنوي المقدر في أميركا الشمالية وغرب أوروبا. وما لم تتعاون دول آسيا الوسطى مع الدول المجاورة لها من أجل السيطرة على إنتاج المخدرات واستخدامها وتهريبها، فإنها لن تتمكن أبداً من استئصال هذا المصدر المستمر للمخاطر الصحية الشديدة والفساد والجريمة.
По оценкам до 100 тонн героина проходит через Таджикистан каждый год, что эквивалентно ежегодному оценочному спросу стран Северной Америки и Западной Европы. Если страны Центральной Азии и их соседи не начнут сотрудничать в области контроля над производством наркотиков, их использованием и трафиком, этот источник, создающий угрозу здоровью, коррупцию и преступления не будет устранен.