إن منظمة شنغهاي للتعاون لا تتمتع ببنية عسكرية سياسية متكاملة، ولا مقر تنفيذي دائم. كما لا تملك قوة ردع سريع، ولا تنخرط في المداولات السياسية العادية. وفي حين يركز حلف شمال الأطلنطي على التهديدات الأمنية الخارجية فإن منظمة شنغهاي للتعاون تستهدف القضايا الأمنية داخل حدود أراضيها.
В ШОС отсутствует силы быстрого реагирования и организация не проводит регулярных политических совещаний. В то время как НАТО фокусируется на внешних угрозах безопасности, члены ШОС сосредотачиваются на вопросах безопасности в собственных территориториальных пределах.