وعلى الرغم من انتخابه لعضوية المجلس التشريعي الفلسطيني في عام 1996، إلا أن صيت البرغوثي ذاع وانتشر على نطاق واسع منذ بدأت الانتفاضة الحالية في سبتمبر عام 2000. ولقد كان تأييده للهجمات التي تستهدف الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في المناطق المحتلة، والتي اعتبرها مشروعة وفقاً للقانون الدولي، سبباً في اكتسابه لشعبية هائلة بين الفلسطينيين، لكنها أيضاً كانت السبب في خمسة أحكام صدرت ضده بالسجن مدى الحياة علاوة على حكم بالسجن لمدة أربعين عاماً في سجن إسرائيلي.
Хотя Баргхути был избран в Палестинское законодательное собрание в 1996 году, настоящую репутацию он приобрел с началом нынешней интифады в сентябре 2000 года. Его поддержка нападений на израильских солдат и поселенцев на оккупированных территориях, - он утверждает, что, согласно международному праву, такие действия законны , - принесла ему как огромную популярность среди палестинцев, так и осуждение на пять пожизненных сроков плюс 40 лет в израильской тюрьме.