وفي نفس الوقت تفاقمت المصاعب الداخلية. فمع تنامي المشاعر المعادية له داخل باكستان، وبعد أن كلفته الإجراءات القمعية التي اتخذها ضد النظام القضائي والصحافة خسارة المزيد من الدعم بين أهل الفكر في البلاد، بدأ زمام السلطة يفلت من بين يديه. وكانت الجهود التي بذلها لعقد اتفاق مع بينظير بوتو مجرد محاولة أخيرة للتشبث بالمنصب من خلال انتخاب زعيمة مدنية مقبولة بين عامة الناس في باكستان (وفي الغرب). ولكن أتى اغتيالها على يد عناصر إسلامية ليحرمه من ذلك الخيار. ونتيجة لسلطته المنهكة أصبح أقل نفوذاً وتأثيراً، بل وأقل نفعاً: فقد عادت طالبان إلى الظهور بقوة على الحدود الباكستانية الأفغانية، كما تبين أن جهاز استخباراته كان متورطاً في قصف السفارة الهندية في كابول.
По мере того, как в Пакистане росли настроения против Мушаррафа, и репрессивные меры направлялись на судей и прессу, что стоило ему потери поддержки среди интеллигенции, он начал терять власть. Его попытка договориться с Беназир Бхутто стала последней попыткой удержаться на посту через выборы гражданского лидера, приемлемого для общества (и Запада).