إن اعتراف د. خان الذي بثته شاشات التلفاز وقبوله منفرداً للمسئولية عن أنشطة الانتشار النووي لم يقلل من الشك في أن ما خفي كان أعظم، وفي اشتراك المؤسسة العسكرية الباكستانية في ذلك الانتشار. يقول زعيم الدولة الجنرال برويز مشرف إن تصدير د. خان لتكنولوجيا الطرد المركزي لم يكن معلوماً للحكومات المتعاقبة في باكستان. ولكن لأكثر من عقد من الزمان كان د. خان يعلن بشكل مكشوف عن بضاعته النووية.
Переданное по телевидению признание доктора Хана и принятие им полной и исключительной ответственности за распространение ядерных технологий не уменьшает подозрений, что это далеко не полная картина, и что пакистанские военные имеют непосредственное отношение к этому делу. По словам лидера страны генерала Первеза Мушаррафа, последующим правительствам Пакистана не было известно об экспорте доктором Ханом технологии центрифугирования.