ومرة أخرى، رفض مبارك الرضوخ لخطط الولايات المتحدة الرامية إلى عزل ليبيا في التسعينيات بسبب تورطها في إسقاط طائرة بان آم 103 فوق لوكيربي باسكتلندا. وبدلاً من نبذ الزعيم الليبي معمر القذافي، رحب به مبارك في القاهرة. وبعد القرار الذي اتخذته الولايات المتحدة بفرض حظر دولي للطيران ضد ليبيا في عام 1992، أثبتت معابرها البرية مع مصر أهميتها الحاسمة بالنسبة للاقتصاد الليبي (بل وربما بالنسبة لبقاء القذافي سياسيا). والواقع أن ليبيا صمدت في وجه العقوبات جزئياً باستيراد المواد الغذائية ولوازم البنية الأساسية النفطية عن طريق مصر، وتصدير البترول والفولاذ بمساعدة مبارك.
После того как ООН ввела международный запрет полетов в отношении Ливии в 1992 году, пересечение египетской территории сыграло решающую роль в экономике Ливии (и, возможно, политическом выживании Каддафи). Ливия частично выдержала санкции за счет импорта продуктов питания и нефтяных поставок через Египет, а также за счет экспорта нефти и стали с помощью Мубарака.