في نفس الوقت، يُـذَكِرنا التسلسل القيادي المعقد المفترض في قوة السلام المشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة، ببعض أسوأ مظاهر العمليات المشتركة التي قام بها حلف شمال الأطلنطي والأمم المتحدة في يوغوسلافيا السابقة في فترة التسعينيات. حيث من المفترض أن يتولى قادة قوة الاتحاد الأفريقي على الأرض السيطرة التكتيكية، بينما تتولى قيادة مشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة الإشراف على العمليات، أما الأمم المتحدة فتتولى تحديد الأهداف الإستراتيجية الكلية للقوة المشتركة. إن هذا النظام القيادي المعقد الملتف من شأنه أن يزيد من صعوبة التفاعل السريع مع أي أزمة أو تهديد.
В то же самое время сложная цепь командования, предусмотренная для совместных сил ООН и АС, напоминает некоторые наихудшие черты совместных операций НАТО и ООН в 1990-х годах в Югославии. Командующие АС на местах сохранят тактический контроль, совместное командование АС и ООН будет осуществлять контроль над операциями, тогда как ООН будет устанавливать общие стратегические цели.