ولكن المعاهدة تنطبق على جمهورية الصين الشعبية بشكل غير مباشر من خلال معاهدة السلام الثنائية بين جمهورية الصين (تايوان) واليابان في عام 1952، والتي تم التوقيع عليها قبل ساعات فقط من دخول معاهدة سان فرانسيسكو حيز التنفيذ والتأكيد على شروطها ــ وخاصة تنازل اليابان عن تايوان. والواقع أن معاهدة سان فرانسيسكو ألزمت المعاهدة بين جمهورية الصين واليابان بالتوافق معها، وبالتالي منعت اليابان من تعيين أي حقوق إضافية في معاهدتها مع جمهورية الصين أو أي حق قانوني لدى أي دولة أخرى من غير الأطراف الموقعة على معاهدة سان فرانسيسكو. ونتيجة لهذا فإن اليابان لا تستطيع الاعتراف بتايوان كجزء من الأراضي الخاضعة لسيادة جمهورية الصين الشعبية.
Но данный договор косвенно применим к КНР через двусторонний мирный договор 1952 года между Китайской Республикой и Японией, подписанный всего за несколько часов до того, как Сан-Францисский договор вступил в силу и подтвердил его условия – особенно отказ притязаний Японии на Тайвань. Сан-Францисский договор требовал, чтобы договор между Китайской Республикой и Японией соответствовал ему, тем самым предотвращая передачу Японией в ее договоре с Китайской Республикой своих прав или притязаний любой стране, не являющейся стороной Сан-Францисского договора.