ولكن البرنامج النووي ظل يشكل عقبة . فقد استمر القذافي في استيراد التكنولوجيا النووية سراً، حتى بينما كان دبلوماسيوه يتفاوضون سراً على التوصل إلى اتفاقية للتعايش السلمي مع الولايات المتحدة وبريطانيا. وفي شهر أكتوبر/تشرين الأول من عام 2003، كشف المفتشون الإيطاليون لسفينة ألمانية راسية في تارانتو بإيطاليا عن كمية من أجهزة الطرد المركزي كانت في طريقها إلى ليبيا.
Каддафи продолжил импортировать ядерные технологии тайно, его дипломаты как-то даже вели тайные переговоры о временном соглашении с США и Великобританией. В октябре 2003 года итальянские инспекторы обнаружили на германском судне, пришвартовавшемся в итальянском городе Таранто, тайник с центрифугами, предназначенными для Ливии.