ويعكس تورط إيران في الأمر صراعاً مختلفاً وأقدم عهدا ــ بين السُنّة والشيعة للسيطرة على الشرق الأوسط. فمع حرص إيران التي يهيمن عليها الشيعة على توفير الأسلحة والمال والقوات والتدريب لقوات الأسد، اكتسب البعد الطائفي للصراع قدراً أعظم من الأهمية. والواقع أن القوات الحكومية تحولت إلى جيش طائفي، بدافع من الخوف من إقدام المتمردين السُنّة في حال انتصارهم على إبادة الأقلية العلوية التابعة للشيعة التي حكمت سوريا عقوداً من الزمان.
С учетом того что шиитский Иран поставляет оружие, деньги, войска, а также обучает вооруженные силы Асада, религиозная сторона конфликта приобретает большую значимость. Действительно, правительственные войска превратились в сектантскую армию и мотивированы страхом, что если победят повстанцы с большой долей суннитов, они уничтожат находящихся в меньшинстве и поддерживаемых шиитами алавитов, которые правят Сирией на протяжении десятилетий.