ويشكل إصلاح القضاء قضية أخرى ملحة. فالنظام القضائي في الوقت الحالي عاجز عن نظر قضية سرقة بسيطة، فما بالك بتأمين حقوق الإنسان. فقد تولت محكمة عليا تسيطر عليها الطوائف المحافظة اختيار القضاة وممثلي الادعاء، ولا يملك الأفغانيون إلا قدراً ضئيلاً من التعويض القضائي في نظام يسمح للقادة المحليين، الذين يفرضون سيطرتهم على النظام القضائي، بالعمل في ظل حصانة تعفيهم من العقاب.
В настоящее время судебная власть не способна даже рассматривать дела о мелком воровстве, как же тогда она может обеспечить соблюдение прав человека. Верховный Суд, который находится под давлением консервативных фракций, избирал судей и прокуроров, и у афганцев мало правового удовлетворения от системы, которая разрешает местным командующим, руководящим судебной властью, действовать безнаказанно.