يتلخص أهم التحديات التي تواجه الهيئة في فشلها في التغلب على مقاومة إتمام العديد من الاتفاقيات الشاملة. فبعض الدول تعارض تطبيق شروط معاهدة منع انتشار السلاح النووي على الكميات الصغيرة من المواد النووية. والحقيقة أن رفض ما يزيد على نصف أعضاء معاهدة منع الانتشار النووي لتطبيق هذا البروتوكول الإضافي، الذي يمنح الهيئة قدراً أكبر من المرونة في الكشف عن الأنشطة النووية السرية، من شأنه أن يقوض الأمن العالمي.
Некоторые страны против применения положений До��овора о нераспространении к небольшим количествам ядерного материала. Нежелание более половины членов Договора о нераспространении принять Дополнительный протокол, который дает новые полномочия МАГАТЭ в поиске скрытых испытаний в ядерной сфере, подрывает глобальную безопасность.