ثم جاءت أحداث الحادي عشر من سبتمبر/أيلول 2001 حين اضطر إلى التبرؤ من الجهاديين ـ تحت ضغوط مكثفة من جانب الولايات المتحدة لحمله على دعم الانتقام الأميركي في أفغانستان أو مواجهة العواقب. ومن المعروف أن حركة طالبان، التي وجد أسامة بن لادن في حكمها لأفغانستان ملاذاً آمناً، تأسست على يد عناصر من جهاز الاستخبارات الداخلية الباكستاني. ولكي يحافظ على تحالف بلاده مع القوة العظمى المنفردة في العالم (وأكبر جهة مانحة لبلاده)، اضطر مُـشَرَّف إلى خيانة أنصاره.
Затем произошли события 11 сентября – под сильным давлением со стороны США он должен был поддержать американскую операцию возмездия в Афганистане или взять на себя ответственность за последствия – он был вынужден отречься от своих подзащитных. Во время правления Талибана, когда Осама бен-Ладен нашел безопасную гавань для себя, было создана Межведомственная разведка Пакистана (ISI) (подразделения которой также принимали участие в ключевых сражениях).