في أواخر عام 2011 وأوائل عام 2012، عقدت مصر انتخابات برلمانية. ونجح حزب الحرية والعدالة الذي أنشأته جماعة الإخوان المسلمين في تأمين الأغلبية، وحصلت الكتلتان الإسلاميتان الرئيسيتان الأخريان معاً على نحو ثلثي الأصوات. وفي يونيو/حزيران 2012، فاز مرسي على منافسه أحمد شفيق، آخر رئيس وزراء في عهد مبارك، بهامش 52% إلى 48%، لكي يفوز بمنصب الرئاسة. وفي استفتاء شعبي جرى في ديسمبر/كانون الأول 2012، وافقت أغلبية بلغت 64% من المصوتين على مشروع الدستور الذي دعمته جماعة الإخوان المسلمين (ولو أن الإقبال على التصويت كان منخفضا).
В июне 2012 года Мурси победил своего соперника, Ахмеда Шафика, последнего премьер-министра со времен правления Мубарака, победив на президентских выборах с перевесом 52-48%. На всенародном референдуме в декабре 2012 года 64% большинство принявших участие в голосовании поддержало проект конституции, поддерживаемый «Братьями-мусульманами» (хотя явка была низкой).