وفي مجال السياسة الدينية، فإن خامنئي كان يستخدم راديكالية أحمدي نجاد وتطرفه بحرص. ومن المعتقد على نطاق واسع أن الرئيس يتمنى لو يتمكن من الحد من نفوذ رجال الدين وزيادة السلطات التي يتمتع بها الحرس الثوري، الذي يشكل المصدر الرئيسي الذي يستمد منه الدعم المؤسسي. وعلى هذا فإن خامنئي يستطيع أن يقدم نفسه بوصفه المدافع عن رجال الدين، الذين يعملون على تعزيز موقفه، في ضوء التشكيك الواسع النطاق في مؤهلاته الدينية منذ تولى السلطة قبل 21 عاما.
Многие считают, что президент хотел бы ослабить влияние духовенства и усилить власть Стражей исламской революции, его основного источника институциональной поддержки. Так Хаменеи может позиционировать себя как защитника духовенства, которое, при широко распространённых сомнениях в его духовных полномочиях с тех пор, как он принял власть 21 год назад, может усилить его позиции.