وتعمل أنواع أخرى من المحاصيل المهندسة وراثيا، كتلك المقاوِمة للأمراض والآفات على تحسين كفاءة استخدام المياه بشكل غير مباشر. ولأن قسماً كبيراً من الفاقد في المحاصيل بسبب الأمراض والآفات يحدث بعد نضوج النباتات بالكامل ــ أي بعد حصولها على أغلب المياه اللازمة لنموها ــ فإن مقاومة الأمراض والآفات تعني زيادة الناتج الزراعي عن كل وحدة من المياه المستثمرة. وباختصار، بات بوسع المزارعين أن يزيدوا من إنتاجية محاصيلهم في مقابل كل قطرة مياه.
Другие типы GE культур, таких, как те, которые не трогают болезни и вредители, косвенно повышают эффективность использования воды. Поскольку большая часть потерь из-за болезней и вредителей происходит после того, как растения отрастут - то есть, после того, как большая часть воды, необходимой для их роста уже поставляется - устойчивость против этих болезней означает, что происходит больше сельскохозяйственной продукции на единицу вложенной воды.