وتعمل أنواع أخرى من المحاصيل المهندسة وراثيا، كتلك المقاوِمة للأمراض والآفات على تحسين كفاءة استخدام المياه بشكل غير مباشر. ولأن قسماً كبيراً من الفاقد في المحاصيل بسبب الأمراض والآفات يحدث بعد نضوج النباتات بالكامل ــ أي بعد حصولها على أغلب المياه اللازمة لنموها ــ فإن مقاومة الأمراض والآفات تعني زيادة الناتج الزراعي عن كل وحدة من المياه المستثمرة. وباختصار، بات بوسع المزارعين أن يزيدوا من إنتاجية محاصيلهم في مقابل كل قطرة مياه.
Andere types van GT-gewassen variëteiten, zoals die ziekte- en plagenresistent zijn, verbeteren indirect de efficiency van het watergebruik. Omdat veel van het verlies aan ziektes en plagen voorkomt nadat de planten volwassen zijn (dat betekent nadat het meeste van het water dat nodig is voor hun groei al is gebruikt) betekent weerstand voor hun meer landbouwopbrengst per unit water die geïnvesteerd is.