وتمتد هذه الرعاية إلى المؤسسة العسكرية ذاتها. ويُقال إن رئيس الأركان يوسف المنقوش يفضل ميليشيات برقة على الوحدات العسكرية تحت قيادته، في حين يشكو مسؤولون حكوميون بشأن الافتقار إلى سلسلة قيادة فعّالة. على سبيل المثال، في يونيو/حزيران، هاجم وزير الدفاع أسامة الجويلي المجلس الوطني الانتقالي بسبب تقاعسه عن التشاور مع المسؤولين المناسبين في قراراته، مشيراً إلى أن دوره تقلص إلى "التوقيع على خطط رئيس الأركان".
Generalstabschef Yousef al-Mangush soll die Milizen aus der Kyrenaika gegenüber den Militärverbänden unter seinem Kommando bevorzugen, während Regierungsvertreter den Mangel an einer wirksamen Befehlskette beklagen. So griff beispielsweise Verteidigungsminister Osama al-Juwali im Juni den NTC an, weil dieser sich hinsichtlich seiner Entscheidungen nicht mit den zuständigen offiziellen Vertretern beriet.