في أوج الحرب السوفييتية الأفغانية في ثمانينيات القرن العشرين، كانت باكستان تخدم كقناة سرية للمقاتلين المسلمين الفلبينيين، يمرون عبرها إلى أفغانستان ثم يعودون إلى جزيرة مينداناو، التي ظلت لمدة طويلة معقلاً للمتمردين المسلمين. ولقد كانت خبراتهم وتجاربهم في حرب العصابات سبباً في ظهور الزعماء بينهم، من أمثال الأخوين عبد الرزاق و خدافي جنجلاني اللذين أسسا جماعة أبو سيف الإرهابية، والتي تعيث فساداً ودماراً في الفلبين الآن.
Am Höhepunkt des Krieges zwischen der Sowjetunion und Afghanistan in den 1980er Jahren war Pakistan das geheime Transitland für militante philippinische Muslime, die nach Afghanistan und von dort zurück auf die Insel Mindanao wollten, die lange eine Hochburg der muslimischen Rebellen war. Ihre Erfahrung im Guerillakrieg brachte Anführer wie die Brüder Abdurajak und Khadaffy Janjalani hervor.