ومنذ البداية، ثارت التشككات في أروقة وزارة الدفاع حين أمر بوتن بضم مسألة إنشاء هيئة لمكافحة الإرهاب إلى جدول الأعمال العسكري. فاقترحت وزارة الدفاع بدلاً من هذا أن يلعب الجيش دوراً ثانوياً في عمليات مكافحة الإرهاب.
Das Verteidigungsministerium war von Beginn an skeptisch über Putins Anordnung, den Kampf gegen den Terrorismus auf die militärische Agenda zu setzen. Stattdessen wurde vorgeschlagen, dass die Armee bei Anti-Terror-Operationen eine sekundäre Rolle spielen sollte.