حين بدأت محاكمته حاول الادعاء إقصاء حمدان عن قاعة المحكمة أثناء إدلاء أحد الشهود بشهادته ضده. وكانت الحكومة بذلك ترغب في حماية مصادرها. لكن هذا الإجراء الغريب الذي تسمح به اللجان العسكرية، يخالف معايير القانون الفيدرالي، والدستوري، والدولي. وعلى هذا فقد سارع الدفاع إلى المطالبة بأمر قضائي من محكمة فيدرالية يقضي بمنع الاستمرار في هذه المحاكمة.
Diese ungewöhnliche Vorgangsweise, die vor Militärkommissionen gestattet ist, widerspricht allerdings sämtlichen Grundsätzen amerikanischer Bundesgesetze, des Verfassungsrechts und des Völkerrechts. Die Verteidigung versuchte daraufhin, eine richterliche Verfügung eines Bundesgerichtes zu erwirken, um das Verfahren zu stoppen.