وفي نفس الوقت تفاقمت المصاعب الداخلية. فمع تنامي المشاعر المعادية له داخل باكستان، وبعد أن كلفته الإجراءات القمعية التي اتخذها ضد النظام القضائي والصحافة خسارة المزيد من الدعم بين أهل الفكر في البلاد، بدأ زمام السلطة يفلت من بين يديه. وكانت الجهود التي بذلها لعقد اتفاق مع بينظير بوتو مجرد محاولة أخيرة للتشبث بالمنصب من خلال انتخاب زعيمة مدنية مقبولة بين عامة الناس في باكستان (وفي الغرب). ولكن أتى اغتيالها على يد عناصر إسلامية ليحرمه من ذلك الخيار. ونتيجة لسلطته المنهكة أصبح أقل نفوذاً وتأثيراً، بل وأقل نفعاً: فقد عادت طالبان إلى الظهور بقوة على الحدود الباكستانية الأفغانية، كما تبين أن جهاز استخباراته كان متورطاً في قصف السفارة الهندية في كابول.
Als sich die Anti-Musharraf-Stimmung in Pakistan verstärkte und ihm repressive Maßnahmen gegen Justiz und Presse immer mehr Unterstützung in intellektuellen Kreisen kostete, begann Musharrafs Macht zu schwinden. Seine Bestrebungen, mit Benazir Bhutto einen Deal auszuhandeln, war ein letzter Versuch, durch die Wahl eines für die Öffentlichkeit (und den Westen) annehmbaren zivilen Regierungschefs, im Amt zu bleiben.