وهذا أحد الأسباب التي جعلت بوتن يختار أن يكون واحداً من رؤساء الدول القلائل الذين لم يحضروا جنازة البابا يوحنا بولس. ومع أن الكنيسة الأرثوذكسية أرسلت وفداً لحضور الجنازة، إلا أن البطريرك أليكسي حذر فور انتهاء الجنازة من أن الخلافات بين فرعي المسيحية تمتد إلى جذور أعمق كثيراً من جنسية البابا السابق البولندية، والتي كانت تشكل دوماً منطقة مؤلمة على نحو خاص بالنسبة للسلافيين الأرثوذكس في روسيا.
Das ist ein Grund, warum Putin eines der wenigen Staatsoberhäupter war, die nicht zur Beisetzung von Papst Johannes Paul erschienen sind. Obwohl die orthodoxe Kirche eine Delegation schickte, warnte Patriarch Alexej unmittelbar nach der Beerdigung, dass die Unstimmigkeiten zwischen den beiden Strömungen des Christentums weit über die polnische Staatsangehörigkeit des ehemaligen Papstes hinausreichten, die immer einen besonders wunden Punkt für russisch-orthodoxe Slawen darstellte.