كانت علاقة مبارك بإسرائيل متوترة، وكان حريصاً على إبقاء الحليف الأول لأميركا في الشرق الأوسط على مبعدة منه طيلة فترة رئاسته. فعلى مدى عشرة أعوام تقريباً من سنواته الثلاثين التي أمضاها في منصبه، لم يكن لمصر سفير في تل أبيب. ولم يقم مبارك بأي زيارة رسمية لدولة إسرائيل، وكثيراً ما كان يرفض طلبات رؤساء الوزراء الإسرائيليين لزيارة القاهرة. وعندما سعت الولايات المتحدة إلى توسيع نطاق معاهدة منع انتشار الأسلحة النووية في عام 1994، سارع مبارك إلى حشد العالم العربي ضد المبادرة، لأن إسرائيل رفضت التوقيع على معاهدة منع الانتشار.
Mubarak stattete Israel keinen einzigen offiziellen Staatsbesuch ab und er lehnte Anfragen israelischer Premierminister hinsichtlich eines Besuchs in Kairo häufig ab. Als die USA im Jahr 1994 den Atomwaffensperrvertrag ausweiten wollten, mobilisierte Mubarak die arabische Welt gegen diese Initiative, weil sich Israel weigerte, den Vertrag zu unterzeichnen.