إن إخفاق مولدوفا في تبني عملية الإصلاح يرجع جزئياً إلى الحركات الانفصالية التي تدعمها روسيا. ولقد كانت محاولاتها بائسة فيما يتصل بالاستقلال، حين أعلن إقليم ترانسدنستريا استقلاله، وهو الإقليم الذي يسكنه ناطقون باللغتين الروسية والأوكرانية، والذين كانوا يخشون أن تقيم الأغلبية من أهل مولدوفا، وهم من أصل روماني، علاقات أكثر قوة مع رومانيا. وفي أعقاب ذلك نشبت الحرب الأهلية، وفي العام 1992 دخلت القوات الروسية إلى ترانسدنستريا ، ولم ترحل منذ ذلك الوقت. ولم يُـعترف باستقلال ترانسدنستريا قط، سواء من جانب مولدوفا أو على المستوى الدولي، حيث يقال إن ذلك الإقليم يعاني من الفساد الشديد وانعدام القانون.
Dass sich die industrialisierte Region Transnistrien – deren russisch und ukrainisch sprechende Bevölkerung fürchtete, die Mehrheit der Moldauer, die rumänischer Abstammung ist, plane engere Verbindungen zu Rumänien – von Moldau lossagte, hat der Unabhängigkeit des Landes gleich zu Beginn einen schweren Schlag versetzt. Es folgte ein Bürgerkrieg, und im Jahre 1992 marschierten russische Truppen in Transnistrien ein, wo sie heute noch sind.