يتلخص أهم التحديات التي تواجه الهيئة في فشلها في التغلب على مقاومة إتمام العديد من الاتفاقيات الشاملة. فبعض الدول تعارض تطبيق شروط معاهدة منع انتشار السلاح النووي على الكميات الصغيرة من المواد النووية. والحقيقة أن رفض ما يزيد على نصف أعضاء معاهدة منع الانتشار النووي لتطبيق هذا البروتوكول الإضافي، الذي يمنح الهيئة قدراً أكبر من المرونة في الكشف عن الأنشطة النووية السرية، من شأنه أن يقوض الأمن العالمي.
Einige Länder weigern sich, Sicherheitsmaßnahmen gemäß dem Atomwaffensperrvertrag auf kleine Mengen von Nuklearmaterial anzuwenden. Die mangelnde Bereitschaft von mehr als der Hälfte der Unterzeichnerstaaten des Vertrages, das Zusatzprotokoll anzuwenden, welches der IAEA neue Flexibilität bei der Aufdeckung heimlicher Nuklearaktivitäten gibt, untergräbt die globale Sicherheit.