ولكن هناك من العلامات ما يشير إلى الاختلاف بين الحكومة والجيش فيما يتصل بأمور مهمة. فقد منع الجيش مؤخراً التحرك الذي أرادت به الحكومة وضع جهاز الاستخبارات الباكستاني سيئ السمعة تحت سيطرة وزير الداخلية بدلاً من رئيس الوزراء. ولقد دعم مُـشَرَّف معارضة المؤسسة العسكرية لهذا الإصلاح، فاكتسب بذلك قدراً من العرفان بالجميل من جانب القادة العسكريين.
Das Militär blockierte vor kurzem einen Zug der Regierung, mit dem sie Pakistans berüchtigten Nachrichtendienst, den ISI, der Kontrolle des Innenministers anstelle des Ministerpräsidenten unterstellen wollte. Musharraf unterstützte den Widerstand des Militärs gegen diese Reform, wofür ihm die Militärkommandeure eine gewisse Dankbarkeit entgegenbringen.