ولكن البرنامج النووي ظل يشكل عقبة . فقد استمر القذافي في استيراد التكنولوجيا النووية سراً، حتى بينما كان دبلوماسيوه يتفاوضون سراً على التوصل إلى اتفاقية للتعايش السلمي مع الولايات المتحدة وبريطانيا. وفي شهر أكتوبر/تشرين الأول من عام 2003، كشف المفتشون الإيطاليون لسفينة ألمانية راسية في تارانتو بإيطاليا عن كمية من أجهزة الطرد المركزي كانت في طريقها إلى ليبيا.
Gaddafi importierte weiterhin insgeheim nukleare Technologie, sogar noch, als seine Diplomaten privat bereits einen Modus Vivendi mit den USA und Großbritannien aushandelten. Im Oktober 2003 entdeckten italienische Inspekteure auf einem deutschen Schiff, das in Taranto, Italien lag, Zentrifugen mit Ziel Libyen.