ومع ذلك فإن التعاون داخل منظمة شنغهاي للتعاون ما زال مركَزاً على أهداف وطنية وليس على أهداف جماعية، وذلك لأن مصالح أعضائها تتفاوت إلى حد كبير. فالصين على سبيل المثال، تسعى إلى إيجاد أسواق لمنتجاتها وتوسيع مواردها من الطاقة، بينما تسعى روسيا إلى استغلال منظمة شنغهاي للتعاون للترويج لأجندتها المعادية للغرب. كما ترغب بقية الدول الأعضاء في المنظمة ـ وعلى رأسها الصين وكازاخستان ـ في تعزيز مستويات التعاون الاقتصادي مع الغرب. ولهذا السبب لم تتمكن روسيا، أثناء القمة التي عقدتها منظمة شنغهاي للتعاون في أغسطس/آب، من الحصول على دعم بقية الدول الأعضاء لها فيما يتصل بالنزاع في جورجيا.
Dennoch konzentriert sich die Zusammenarbeit innerhalb der SOZ weniger auf gemeinsame als vielmehr auf nationale Ziele, weil die Mitgliedsstaaten so unterschiedliche Interessen verfolgen. China, beispielsweise, ist auf der Suche nach weiteren Energieressourcen und Märkten für seine Produkte, während Russland darauf abzielt, die SOZ zur Förderung seiner antiwestlichen Agenda zu benutzen.