ولكن هومولا نفسه ليس بقديس. إذ أنه أخفى ماضيه العسكري في بداية الحملة الانتخابية، وهو يخضع الآن للتحقيق في تهم تتعلق بانتهاك حقوق الإنسان. وقد حضر في عام 1983 دورات تدرب خلالها على قمع حركات التمرد في مدرسة الأمريكاس سيئة الصيت، مدرسة اكتسب فيها معظم أفظاظ المنطقة العسكريون مهاراتهم. وفي عام 1992 كان هومولا قائداً لقاعدة عسكرية في قرية من قرى الأمازون كان يُزرع فيها نبات الكوكا ـ قرية عملت فيها مرتزقة السيندرو لومينيسو وعصابات تهريب وتجارة الكوكائين يداً بيد. أخبرت عائلات المختفين والمقتولين والمعذبين الصحافة بأن هومولا كان الآمر في تنفيذ تلك الفظاعات.
1983 nahm er an einem Lehrgang der berüchtigten School of the Americas teil, dabei handelt es sich um das Ausbildungszentrum für Aufstandsbekämpfung, an dem viele der brutalsten Militäroffiziere ihr Handwerk lernten. 1992 war er Befehlshaber eines Militärstützpunktes in einem Amazonasdorf, in dem Kokapflanzen angebaut wurden und Guerillakämpfer des Sendero Luminoso mit Drogenringen zusammenarbeiteten.