ولا يوجد شك أيضاً في شرعية المخاوف بشأن عناصر المعارضة السورية. فقد أثبتت الجماعات السلفية المتطرفة والتي يقودها تنظيم القاعدة بين قوات المتمردين، مثل جبهة النُصرة"، أنها لا تقل شراسة وخبثاً عن الحكومة وحلفائها مثل الوكيل الإيراني حزب الله والحرس الثوري الإيراني. ولكن الرأي الموحد للأجهزة الاستخباراتية الغربية هو أنه لا يوجد دليل على أن هذه الجماعات المتمردة شنت الهجوم بالأسلحة النووية.
Die von Al Kaida angeführten und salafistischen Gruppen unter den Rebellen, wie die Al-Nusra-Front, erwiesen sich als ebenso grausam wie die Regierung und ihre Verbündeten, die iranische Stellvertreterorganisation Hisbollah und die iranischen Revolutionsgarden. Doch sind sich die westlichen Geheimdienste einig, dass es keine Beweise dafür gibt, dass diese Rebellengruppen die Chemiewaffenangriffe durchgeführt hätten.