كانت فترة ولاياتها الثانية (1993-1996) أطول وأفضل، إلا أن حكومتها سقطت مبكراً مرة أخرى، بسبب اتهامات بسوء الإدارة والفساد. ولقد لعبت الدسائس من جانب أجهزة الاستخبارات دوراً في ذلك السقوط. كما كانت المؤسسة العسكرية تحمل تجاهها شعوراً عميقاً بعدم الثقة، نظراً لوضعها كزعيمة شعبية مؤيدة للغرب، فضلاً عن رغبتها في إحلال السلام بين باكستان والهند.
In Wirklichkeiten spielten auch Intrigen der Geheimdienste eine Rolle. Angesichts ihrer Position als prowestliche Machthaberin, die den Rückhalt des Volkes genoss und Frieden mit Indien wollte, hatte das Militär ihr gegenüber ein tief sitzendes Misstrauen entwickelt.