غير أن اكتشافات حديثة ألقت بظلال من الشك على قيمة مؤشر كتلة الجسم. على سبيل المثال، برغم ارتباط مؤشر كتلة الجسم بكتلة الدهون في الأشخاص البدينين، فإن هذا الارتباط يتضاءل أو ينعدم في الأفراد الطبيعيين أو الذين يعانون من نقص الوزن. ففي أي درجة من مؤشر كتلة الجسم، تتراوح كتلة الدهون على نطاق واسع، وتعمل متغيرات أخرى مثل الجنس أو السن على تشويه النتائج بدرجة أكبر، مع ملاحظة زيادات أكبر في كتلة الدهون عن كل وحدة من مؤشر كتلة الجسم في النساء وكبار السن.
Obwohl es zum Beispiel eine Beziehung zwischen BMI und der Fettmasse bei fettleibigen Menschen gibt, besteht diese nicht oder kaum zwischen dem BMI und Personen mit Normal- oder Untergewicht. Die Fettmasse kann bei einem bestimmten BMI-Wert sehr unterschiedlich sein, und andere Variablen wie Geschlecht oder Alter verzerren die Erkenntnisse weiter, mit großer Zunahme in der Fettmasse pro BMI-Einheit bei Frauen und älteren Menschen.