وفي مجال السياسة الدينية، فإن خامنئي كان يستخدم راديكالية أحمدي نجاد وتطرفه بحرص. ومن المعتقد على نطاق واسع أن الرئيس يتمنى لو يتمكن من الحد من نفوذ رجال الدين وزيادة السلطات التي يتمتع بها الحرس الثوري، الذي يشكل المصدر الرئيسي الذي يستمد منه الدعم المؤسسي. وعلى هذا فإن خامنئي يستطيع أن يقدم نفسه بوصفه المدافع عن رجال الدين، الذين يعملون على تعزيز موقفه، في ضوء التشكيك الواسع النطاق في مؤهلاته الدينية منذ تولى السلطة قبل 21 عاما.
Weithin wird angenommen, dass der Präsident den Einfluss des Klerus beschneiden und die Macht der Revolutionsgarden, seiner wichtigsten Quelle institutioneller Unterstützung, stärken möchte. So kann sich Khamenei selbst als Verteidiger des Klerus präsentieren, der angesichts weit verbreiteter Zweifel an Khameneis theologischer Qualifikation seit seinem Amtsantritt vor 21 Jahren so seine Position stärkt.