كان العديد من الشخصيات الروسية البارزة يستحسنون نموذج بينوشيه الذي يقوم على الاستبداد السياسي والتحرر الاقتصادي. إلا أن الاستبداد المتنامي ضرب الأعمال التجارية أيضاً. ففي أكتوبر/تشرين الأول 2003 فرض بوتن إجراءات صارمة على ميخائيل خودوركوفسكي ، المدير التنفيذي والمالك الرئيسي لشركة يوكوس للنفط، وهي الشركة الأعظم قيمة في روسيا، فألقي به إلى السجن باتهامات مريبة تتعلق بالتهرب الضريبي، بعد دعمه لخصوم بوتن السياسيين. فضلاً عن ذلك، كان شركاء بوتن يريدون الحصول على ثروة يوكوس، التي صودرت لصالح شركة روزنفط المملوكة للدولة عن طريق فرض ضريبة غير شرعية، الأمر الذي أودى بمصداقية الإصلاحات الضريبية والقضائية التي كان بوتن قد طبقها، وألحق بحقوق الملكية ضرراً شديداً.
Nachdem er politische Gegner Putins unterstützt hatte, wurde Chodorkowski aufgrund dubioser Anklagepunkte wegen Steuerbetrugs zu einer Haftstrafe verurteilt. Außerdem hatten es Putins Getreue auf das Yukos-Vermögen abgesehen, das anschließend von der staatlichen Ölgesellschaft Rosneft durch gesetzwidrige Steuernachzahlungen konfisziert wurde.