وتفرض التسلسلات الجينية غير المعرفة مشكلة أخرى، لأنه من غير المعروف ما إذا كانت مركبات أخرى غير الفيروسات، والبكتريا، والعتيقات، وحقيقيات النوى لها وجود حقا. بل إننا على العكس من ذلك نعلم أن جينات جديدة، يطلق عليها وصف (الجينات اليتيمة)، تنشأ عادة عن طريق استنساخ أو اندماج الجينات أو آليات أخرى غير معلومة. ولكن على الرغم من هذا، فإن هذه الظاهرة مستحيلة وفقاً لمفهوم شجرة الحياة الذي أتى به دارون.
Diese nicht identifizierten Gensequenzen stellen ein Problem dar, weil nicht bekannt ist, ob außer Viren, Bakterien, Archaeen und Eukaryoten noch andere Vehikel existieren. Umgekehrt wissen wir jedoch, dass durch Genduplikation, Genfusion oder weitere unbekannte Mechanismen neue Gene, so genannte ORFans („Orphangene“) gebildet werden.