تكمن العقبة الثانية في أن المحكمة الكمبودية ستكون أول محاكمة دولية تتشكل من أغلبية من القضاة المحليين. وهذه الحقيقة تفرض تحدياً من نوع خاص في دولة كان محاموها هدفاً لأحداث العنف العرقي، ولم يمارس سوى عدد قليل من قضاتها تدريباً رسمياً قضائياً، ولم تتعود إلا قليلاً على استقلال القضاء. وعلى هذا، فهناك من الأسباب ما يدعو إلى القلق والتخوف من محاولة استغلال المحاكمات لغايات سياسية من قِبَل بعض أعضاء الحكومة الكمبودية والتي تتضمن أشخاصاً خدموا ذات يوم تحت حكم الخمير الـحُمر .
Für ein Land, in dem Anwälte zu den Zielen von Gewalt während des Völkermordes zählten, in dem wenige amtierende Richter eine ordentliche juristische Ausbildung besitzen und in dem gerichtliche Unabhängigkeit geringe Tradition hat, ist das eine ganz besondere Herausforderung. Es gibt also Bedenken, dass einige Vertreter der kambodschanischen Regierung - von denen einige einst in Diensten der Roten Khmer standen - versuchen werden, die Gerichtsverfahren für politische Zwecke zu missbrauchen.