وعلى الرغم من انتخابه لعضوية المجلس التشريعي الفلسطيني في عام 1996، إلا أن صيت البرغوثي ذاع وانتشر على نطاق واسع منذ بدأت الانتفاضة الحالية في سبتمبر عام 2000. ولقد كان تأييده للهجمات التي تستهدف الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في المناطق المحتلة، والتي اعتبرها مشروعة وفقاً للقانون الدولي، سبباً في اكتسابه لشعبية هائلة بين الفلسطينيين، لكنها أيضاً كانت السبب في خمسة أحكام صدرت ضده بالسجن مدى الحياة علاوة على حكم بالسجن لمدة أربعين عاماً في سجن إسرائيلي.
Obgleich er bereits 1996 in den Palästinensischen Legislativrat gewählt wurde, wuchs Barghoutis Ansehen während der gegenwärtigen Intifada, die im September 2000 begann, deutlich. Seine Unterstützung der seiner Argumentation zufolge völkerrechtlich legitimen Angriffe gegen israelische Soldaten und Siedler in den besetzten Gebieten haben ihm eine immense Popularität unter den Palästinensern eingetragen, aber auch eine Verurteilung zu fünfmal lebenslänglich plus 40 Jahren in einem israelischen Gefängnis.