إن النجاحات الملموسة التي حققها الصندوق العالمي كانت راجعة إلى إجراءاته التنفيذية الجادة . فقد أنشاء الصندوق عدداً من اللجان النوعية المتخصصة لمكافحة الأمراض، تحت مسمى &quot;آلية التنسيق القطري&quot;، والتي تم تشكيلها في كلٍ من بلدان العالم النامي. وتتولى الحكومات الوطنية في هذه البلدان رئاسة هذه الآلية، ولكنها تشتمل أيضاً على مساهمات من المنظمات غير الحكومية في صياغة الخطط الوطنية النوعية في مكافحة الأمراض، والتي يتم رفعها إلى الصندوق العالمي.
Für jede Krankheit werden in den einzelnen Entwicklungsländern spezielle Ausschüsse eingesetzt, die sogenannten Länderkoordinierungsmechanismen (Country Coordination Mechanism, CCM). Die jeweiligen CCM unterstehen den nationalen Regierungen, nehmen jedoch Anregungen und Informationen von Nichtregierungsorganisationen auf, um nationale, krankheitsspezifische Pläne zu formulieren, die dem Globalen Fonds vorgelegt werden.