وحتى النباتات المزروعة بطريقة الزراعة الصيدلانية البيولوجية والتي خضعت للتجارب الميدانية لم تخل من الإشكاليات. ففي عام 2003، أعلنت وزارة الزراعة في الولايات المتحدة عن قواعد جديدة مرهِقة لاختبار المحاصيل المهندسة لإنتاج المستحضرات الصيدلانية. وكان الهدف الظاهري للقواعد التنظيمية تجنب تلويث المواد الغذائية بالعقاقير، وخاصة عندما تستخدم المحاصيل الصالحة كغذاء للبشر لإنتاجها. ولكن مخاوف الصناعات الغذائية من تلويث النباتات المزروعة بيولوجيا لمنتجاتها مبالغ فيها إلى حد كبير. وفي كل الأحوال، يكمن تخفيف المخاطر بطرق عديدة، وأوضح هذه الطرق استخدام النباتات غير الغذائية مثل التبغ.
2003 kündigte das US-Landwirtschaftsministerium für Pflanzen, die zur Produktion von Arzneimitteln genetisch verändert wurden, erdrückende neue Regeln an. Offensichtlich ist das Ziel der Regulierung, die Kontaminierung von Lebensmittelvorräten mit Medikamenten zu verhindern, insbesondere wenn zur ihrer Produktion essbare Pflanzen verwendet werden.