في الفترة ما بين عامي 1993 و1996، كان أنان مساعداً للأمين العام لعمليات حفظ السلام التابعة للأمم المتحدة، ثم أصبح وكيلاً للأمين العام. ولقد كانت إحدى الكارثتين العظميين اللتين يتحمل عنهما أنان قدراً هائلاً من المسئولية، المذبحة التي قتل فيها الصرب سبعة آلاف إنسان في مدينة سربرينتشا البوسنية، والتي ربما كانت أسوأ مذبحة تشهدها أوروبا فيما بعد الحرب العالمية.
Zwischen 1993 und 1996 war Annan zunächst für UNO-Friedensmissionen zuständiger Assistent des Generalsekretärs und anschließend stellvertretender Generalsekretär. Eine der beiden großen Katastrophen, für welche er zu einem großen Teil der Verantwortung trägt, ist die Niedermetzelung von 7.000 Menschen in der bosnischen Stadt Srebrenica durch die Serben, vielleicht das schlimmste Massaker in der europäischen Geschichte seit dem Zweiten Weltkrieg.