أما فيما يتصل بمسائل خاصة بالعقيدة الكاثوليكية الرومانية، فقد اعتُبِرَت وجهات نظره مخالِفة للكنيسة الحديثة إلى الحد الذي جعل الفاتيكان يعزله ويحرمه كنسياً في عام 1988، إلى جانب آخرين من أعضاء جمعية القديس بيوس العاشر المحافظة المتطرفة، والتي أسسها مارسيل لفيفر الذي اشتهر بتعاطفه مع الفاشية. ومن بين أنصار وليامسون المؤرخ البريطاني ديفيد ايرفينغ ، الذي سُجِن مؤخراً في النمسا لتمجيد النازية.
Zu Fragen der römisch katholischen Lehre wurden seine Ansichten als derart abweichend von denen der modernen Kirche bewertet, dass der Vatikan im Jahr 1988 ihn und andere Mitglieder der vom faschistischen Sympathisanten Marcel Lefebvre gegründeten ultrakonservativen Pius-Bruderschaft exkommunizierte. Zu den Unterstützern Williamsons gehört der britische Historiker David Irving, der vor kurzem in Österreich wegen Verherrlichung der Nazis im Gefängnis landete.