في نفس الوقت، يُـذَكِرنا التسلسل القيادي المعقد المفترض في قوة السلام المشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة، ببعض أسوأ مظاهر العمليات المشتركة التي قام بها حلف شمال الأطلنطي والأمم المتحدة في يوغوسلافيا السابقة في فترة التسعينيات. حيث من المفترض أن يتولى قادة قوة الاتحاد الأفريقي على الأرض السيطرة التكتيكية، بينما تتولى قيادة مشتركة بين الاتحاد الأفريقي والأمم المتحدة الإشراف على العمليات، أما الأمم المتحدة فتتولى تحديد الأهداف الإستراتيجية الكلية للقوة المشتركة. إن هذا النظام القيادي المعقد الملتف من شأنه أن يزيد من صعوبة التفاعل السريع مع أي أزمة أو تهديد.
Zugleich erinnert die vorgesehene komplizierte Befehlskette einer möglichen AU/UNO-Truppe an einige der schlimmsten Eigentümlichkeiten der gemeinsamen Operationen von UNO und NATO im ehemaligen Jugoslawien während der 1990er Jahre. Die AU-Kommandeure vor Ort würden weiterhin die taktische Kontrolle innehaben, ein gemeinsames Oberkommando von AU und UNO würde die operative Überwachung übernehmen, und die UNO würde die allgemeinen strategischen Zielsetzungen festlegen.