وتشكل قضية الأمن المجال الرئيسي للانزعاج اليوم فيما يتصل بالإدارة الإلكترونية ـ سواء الأمن المادي في عصر الإرهاب، أو أمن الفضاء الإلكتروني. والواقع أن استخدام التكنولوجيا لتوفير الأمن سوف يشكل قدراً أعظم من الأهمية في مجالات مثل تبادل المعلومات، وإدارة الكوارث، ومعايير خصوصية البيانات.
Klíčovou oblastí elektronické veřejné správy je dnes bezpečnost – jak fyzická, ve věku terorismu, tak kybernetická. Využití techniky k zajištění bezpečnosti bude ještě důležitější v oblastech, jako je sdílení informací, řízení mimořádných situací a normy důvěrnosti dat.