يجري الآن تقسيم اتفاقية الشراكة عبر الأطلسية للتجارة والاستثمار إلى 15 مجموعة عمل محددة. وبرغم أن المفاوضات جديدة، فإن القضايا التي تفصل بين الجانبين قائمة منذ فترة طويلة ومعروفة على نطاق واسع. ومن بين أكثر هذه القضايا صعوبة تلك القيود التي يفرضها الاتحاد الأوروبي على الواردات من الأغذية المعدلة وراثيا، والتي ت��ثل مشكلة كبرى بالنسبة لقطاع الزراعة في الولايات المتحدة. ويشكل التنظيم المالي قضية أخرى صعبة، حيث تفضل البنوك الأميركية القواعد المعمول بها في الاتحاد الأوروبي على الإطار الأكثر صرامة الناشئ في الولايات المتحدة (مثل فرض معايير رأسمالية أعلى كثيراً على البنوك الكبيرة، وهي المعايير التي اقترحتها الهيئات التنظيمية المالية في أميركا مؤخرا).
Mezi nejsložitější patří omezování dovozu geneticky upravených potravin ze strany EU, což představuje velký problém pro americké zemědělství. Další spornou otázkou je finanční regulace, kde americké banky preferují pravidla EU před přísnějším rámcem, jenž se pro ně rýsuje doma (například mnohem vyššími kapitálovými standardy pro velké banky, které nedávno navrhli američtí finanční regulátoři).