ومنذ البداية، ثارت التشككات في أروقة وزارة الدفاع حين أمر بوتن بضم مسألة إنشاء هيئة لمكافحة الإرهاب إلى جدول الأعمال العسكري. فاقترحت وزارة الدفاع بدلاً من هذا أن يلعب الجيش دوراً ثانوياً في عمليات مكافحة الإرهاب.
Ministerstvo obrany se vůči Putinovu nařízení začlenit antiterorismus do vojenské agendy stavělo již od počátku skepticky. Místo toho navrhovalo, aby armáda hrála při protiteroristických operacích podružnou roli.