ولقد تفاقمت هذه التوترات بسبب الخلافات بين بيوكانيت و أردوغان فيما يتصل بصراع تركيا ضد الانفصاليين الأكراد تحت قيادة حزب العمال الكردستاني، الذي تعتبره القوات المسلحة تهديداً خطيراً لسلامة الأراضي التركية. فقد أسفرت الهجمات التي قامت بها عصابات تابعة لحزب العمال الكردستاني عن مقتل ما يزيد على 35 ألف شخص منذ العام 1984. ومنذ شهر يناير/كانون الثاني 2006 أسفرت الغارات التي يشنها حزب العمال الكردستاني عبر الحدود من ملاجئ آمنة في شمال العراق عن مقتل ما يقرب من 600 شخص، أغلبهم أفراد في قوات الأمن التركية.
Toto napětí ještě dále zesílily spory mezi Büyükanitem a Erdoganem ohledně tureckého zápasu s kurdskými separatisty vedenými Stranou pracujících Kurdistánu (PKK), již armáda považuje za vážnou hrozbu pro tureckou územní celistvost. Od roku 1984 způsobily gerilové útoky PKK smrt více než 35 tisíc lidí.