وتعمل أنواع أخرى من المحاصيل المهندسة وراثيا، كتلك المقاوِمة للأمراض والآفات على تحسين كفاءة استخدام المياه بشكل غير مباشر. ولأن قسماً كبيراً من الفاقد في المحاصيل بسبب الأمراض والآفات يحدث بعد نضوج النباتات بالكامل ــ أي بعد حصولها على أغلب المياه اللازمة لنموها ــ فإن مقاومة الأمراض والآفات تعني زيادة الناتج الزراعي عن كل وحدة من المياه المستثمرة. وباختصار، بات بوسع المزارعين أن يزيدوا من إنتاجية محاصيلهم في مقابل كل قطرة مياه.
Jiné typy geneticky upravených odrůd, jako jsou odrůdy odolné vůči onemocněním a škůdcům, zlepšují efektivitu využívání vody nepřímo. Protože k velké části ztrát následkem nemocí a škůdců dochází až poté, co rostliny plně vzrostou – tedy poté, co již byla většina vody potřebné k jejich růstu dodána –, přináší odolnost vůči nim vyšší zemědělský výkon na jednotku investované vody.