إن النجاحات الملموسة التي حققها الصندوق العالمي كانت راجعة إلى إجراءاته التنفيذية الجادة . فقد أنشاء الصندوق عدداً من اللجان النوعية المتخصصة لمكافحة الأمراض، تحت مسمى &quot;آلية التنسيق القطري&quot;، والتي تم تشكيلها في كلٍ من بلدان العالم النامي. وتتولى الحكومات الوطنية في هذه البلدان رئاسة هذه الآلية، ولكنها تشتمل أيضاً على مساهمات من المنظمات غير الحكومية في صياغة الخطط الوطنية النوعية في مكافحة الأمراض، والتي يتم رفعها إلى الصندوق العالمي.
V každé rozvojové zemi jsou pro jednotlivé nemoci zřizovány komise označované jako koordinační mechanismy země. Koordinačnímu mechanismu vždy předsedá národní vláda, ale zapracovává přispění nevládních organizací a následně formuluje celonárodní plány pro jednotlivé nemoci, které se předávají Globálnímu fondu pro boj s AIDS, tuberkulózou a malárií.