كان التزام حكومة السودان باتفاقية السلام الشامل غير قاطع دائماً. فمنذ نهاية الحرب الأهلية في عام 2005 كان جيش التحرير الشعبي في جنوب السودان يضطر على نحو متكرر إلى الاشتباك مع الميليشيات التي تعمل بوكالة من الحكومة. فضلاً عن ذلك فما زالت قوات الأمن السودانية مستمرة في تسليح القبائل العربية المحيطة بجانبي الحدود بين الشمال والجنوب، بهدف زعزعة استقرار الجنوب الذي تقطنه أغلبية مسيحية.
Ostatně od konce občanské války v roce 2005 se Súdánská lidově osvobozenecká armáda (SLOA) na jihu musí často střetat s milicemi, které fungují jako prodloužená ruka vlády. Súdánské bezpečnostní složky navíc nadále vyzbrojují arabské kmeny usazené kolem severo-jižní hranice s cílem destabilizovat převážně křesťanský jih.