إن أفغانستان تُـعَد منطقة ذات أهمية حيوية بالنسبة لمنظمة شنغهاي للتعاون. والحقيقة أن أعضاء المنظمة يتطلعون إلى مساعدة الحكومة الأفغانية في التصدي لتجارة المخدرات الإقليمية والإرهاب. وكان الرئيس الأفغاني
Prezident Hamíd Karzáí je už od roku 2004 pravidelným hostem summitů ŠOS a tuto organizaci vyzval, aby boj proti obchodování s omamnými látkami učinila svou prioritou. Členové organizace založili pracovní skupinu ŠOS-Afghánistán, aby si zajistili koordinační mechanismus pro značný počet iniciativ ŠOS, které se týkají Afghánistánu.