إن إخفاق مولدوفا في تبني عملية الإصلاح يرجع جزئياً إلى الحركات الانفصالية التي تدعمها روسيا. ولقد كانت محاولاتها بائسة فيما يتصل بالاستقلال، حين أعلن إقليم ترانسدنستريا استقلاله، وهو الإقليم الذي يسكنه ناطقون باللغتين الروسية والأوكرانية، والذين كانوا يخشون أن تقيم الأغلبية من أهل مولدوفا، وهم من أصل روماني، علاقات أكثر قوة مع رومانيا. وفي أعقاب ذلك نشبت الحرب الأهلية، وفي العام 1992 دخلت القوات الروسية إلى ترانسدنستريا ، ولم ترحل منذ ذلك الوقت. ولم يُـعترف باستقلال ترانسدنستريا قط، سواء من جانب مولدوفا أو على المستوى الدولي، حيث يقال إن ذلك الإقليم يعاني من الفساد الشديد وانعدام القانون.
Vyhlášení nezávislosti země začalo nešťastně, když průmyslová oblast Podněstří – obývaná rusky a ukrajinsky hovořícími občany, kteří se obávali, že většinoví Moldavané, již jsou rumunského původu, plánují navázání užších styků s Rumunskem – vyhlásila vlastní nezávislost. Následovala občanská válka a v roce 1992 vstoupily do Podněstří ruské jednotky, které zde setrvávají dodnes.