وفي نفس الوقت تفاقمت المصاعب الداخلية. فمع تنامي المشاعر المعادية له داخل باكستان، وبعد أن كلفته الإجراءات القمعية التي اتخذها ضد النظام القضائي والصحافة خسارة المزيد من الدعم بين أهل الفكر في البلاد، بدأ زمام السلطة يفلت من بين يديه. وكانت الجهود التي بذلها لعقد اتفاق مع بينظير بوتو مجرد محاولة أخيرة للتشبث بالمنصب من خلال انتخاب زعيمة مدنية مقبولة بين عامة الناس في باكستان (وفي الغرب). ولكن أتى اغتيالها على يد عناصر إسلامية ليحرمه من ذلك الخيار. ونتيجة لسلطته المنهكة أصبح أقل نفوذاً وتأثيراً، بل وأقل نفعاً: فقد عادت طالبان إلى الظهور بقوة على الحدود الباكستانية الأفغانية، كما تبين أن جهاز استخباراته كان متورطاً في قصف السفارة الهندية في كابول.
Jak v Pákistánu houstly vůči Mušarafovi nepřátelské nálady a represivní opatření namířená proti justici a tisku čím dál víc srážela jeho podporu v řadách inteligence, moc mu začala vyklouzávat z rukou. Snaha uzavřít dohodu s Bénazír Bhuttovou byla posledním pokusem udržet se u moci skrze volbu civilního lídra přijatelného pro veřejnost (a pro Západ).