لكن الفئة الثانية من المفجرين الانتحاريين تشكل تحدياً أعظم، ذلك أنها تشتمل على منظمات مثل حماس والجهاد الإسلامي تناضل من أجل أهداف وطنية معلن عنها ومعترف بها. وعلى الرغم من أن الإرهاب يُـنْـظَر إليه عن حق باعتباره وسيلة غير مشروعة، إلا أن الوطنية تعبر عن هدف معقول، ومشروع في كثير من الأحيان، وتعكس شعوراً يتقاسمه العديد من الناس الذين لا شأن لهم بالإرهاب من قريب أو بعيد. وعلى النقيض من الإرهابيين من أمثال تنظيم القاعدة، الذين يعلنون أهدافاً قومية تفتقر إلى أية هيئة واضحة، فإن أفراد الفئة الثانية يتبنون أهدافاً أكثر واقعية، وهذا من شأنه أن يجعل من الممكن التعامل معهم وتحييدهم من خلال معالجة القضايا الأساسية التي تحركهم (على سبيل المثال، إنشاء دولة فلسطينية قابلة للاستمرار والبقاء).
Zatímco terorismus se právem považuje za nelegitimní prostředek, nacionalismus je racionální a často legitimní cíl a za svůj jej považuje mnoho lidí, již teroristy nejsou. Na rozdíl od chiliastických teroristů, jako je al-Káida, jejichž cíl je amorfní, realističtější mety nacionalistických extremistů by mohly skýtat možnost je potlačit tím, že se bude řešit podstata věci (například vytvořením životaschopného palestinského státu).