كانت وفاة آية الله خوميني ـ ووفاة مراجع دينية أخرى، مثل آية الله أبو القاسم خوي في النجف بالعراق ـ بمثابة الإشارة إلى نهاية نموذج الحاكم القادر على تولي المسئولية الدينية والمسئولية السياسية في ذات الوقت. ولم يتول المرجع الأعلى الحالي في إيران سيد علي خامنئي ـ الذي كانت درجته الدينية عبارة عن تركيز للشكوك في المعاهد الدينية والذي كان من بين صفوة رجال الدين ـ منصب الفقيه الوالي بسبب جدارته. وعلى ذلك فقد سمح افتقار خامنئي الواضح إلى الشرعية الدينية للحكومة بفرض سيطرتها الكاملة على المؤسسة الدينية، وحرمان المعاهد الدينية من استقلالها التاريخي.
Smrt ajatolláha Chomejního – a dalších náboženských autorit (mardžů), jako byl ajatolláh Abúl Kásim Chújí z iráckého Nadžafu – představovala konec ideálu vládce, jenž si osvojil jak náboženství, tak politiku. Současný íránský nejvyšší vládce Sajjad Alí Chameneí, jehož náboženská hodnost byla v semináři a mezi duchovní elitou terčem podezřívání, nebyl dle zásluh považován za právníka.