ولكن حتى بعد حلول السلام هناك ظلت مشاكل كبرى معلقة. فقد تم تقسيم البوسنة بين اتحاد فيدرالي مؤلف من المسلمين والكروات، وجمهورية صربية، في ظل حكومة مركزية تتمتع بسلطات وصلاحيات ضئيلة، والحاجة إلى تواجد قوة دولية عسكرية ـ ثم مدنية في النهاية ـ ضخمة للحفاظ على تماسك الحكومة. أما كوسوفو فقد اعتبرت منطقة واقعة تحت حماية الأمم المتحدة ولم يتم الفصل في &quot;وضعها النهائي&quot;.
Bosna se rozdělila na muslimsko-chorvatskou federaci a srbskou republiku, přičemž centrální vládě byly propůjčeny slabé pravomoci a bylo zapotřebí rozsáhlé mezinárodní vojenské – a později civilní – přítomnosti, aby se udržela pohromadě. Kosovo zůstalo protektorátem Organizace spojených národů, jehož „konečný status“ byl nejistý.