كما نجحت هيئة الطاقة الذرية أيضاً بفضل مثابرتها وعنادها في فضح القدر الأعظم من برنامج إيران النووي، ولو أن ذلك لم يحدث إلا بعد أن كشفت مجموعة من الإيرانيين المنشقين عن وجود بعض المنشآت السرية التابعة للنظام الحاكم في إيران. وفي أوائل العام 2003، كان بوسع الهيئة أن تثبت بفضل تواجدها على الأرض في العراق أن صدّام لم يكن لديه أي برنامج لتصنيع الأسلحة النووية، وذلك في تناقض واضح مع مزاعم إدارة بوش . وفي العام 2004 كشفت الهيئة عن التجارب غير الشرعية التي كانت كوريا الشمالية تجريها على البلوتونيوم وتخصيب اليورانيوم.
Houževnatost MAAE také vrhla světlo na většinu íránského jaderného programu, třebaže až poté co existenci některých tajných zařízení režimu prozradila skupina íránských disidentů. Na počátku roku 2003 terénní přítomnost v Iráku dospěla k závěru, že Saddám nemá program vývoje jaderných zbraní, navzdory výkladům Bushovy administrativy.