وعلى الفور تقريبا، أصبحت هارفارد هدفاً للهجوم لكونها نخبوية، وخاصة، ومكلفة بدرجة أكبر مما ينبغي. وحتى مناهجها لم تسلم من الطعن. وعلى مدى العقدين التاليين، عملت الولاية على نحو متزايد على عرقلة عمل جامعة هارفارد من خلال رفض صرف الأموال وإعاقة تعيين الأساتذة على سبيل المثال. وبلغ هذا السلوك ذروته في عام 1862، عندما منعت السلطة التشريعية تعيين رئيس للجامعة.
V průběhu následujících dvou desetiletí kladl stát fungování Harvardovy univerzity stále větší překážky – například tím, že pro ni odmítal uvolňovat prostředky a brzdil jmenování profesorů. Toto chování vyvrcholilo v roce 1862, kdy zákonodárný sbor zablokoval jmenování rektora.