ويشكل إصلاح القضاء قضية أخرى ملحة. فالنظام القضائي في الوقت الحالي عاجز عن نظر قضية سرقة بسيطة، فما بالك بتأمين حقوق الإنسان. فقد تولت محكمة عليا تسيطر عليها الطوائف المحافظة اختيار القضاة وممثلي الادعاء، ولا يملك الأفغانيون إلا قدراً ضئيلاً من التعويض القضائي في نظام يسمح للقادة المحليين، الذين يفرضون سيطرتهم على النظام القضائي، بالعمل في ظل حصانة تعفيهم من العقاب.
Soudcovský sbor v současné době není schopen odsoudit drobnou krádež, natožpak aby dokázal zajistit lidská práva. Soudce i prokurátory zvolil Nejvyšší soud ovládaný konzervativními frakcemi a Afghánci mají jen malé právní zastání v systému, který umožňuje beztrestné jednání místních velitelů uplatňujících nad soudcovským stavem moc.