تكمن العقبة الثانية في أن المحكمة الكمبودية ستكون أول محاكمة دولية تتشكل من أغلبية من القضاة المحليين. وهذه الحقيقة تفرض تحدياً من نوع خاص في دولة كان محاموها هدفاً لأحداث العنف العرقي، ولم يمارس سوى عدد قليل من قضاتها تدريباً رسمياً قضائياً، ولم تتعود إلا قليلاً على استقلال القضاء. وعلى هذا، فهناك من الأسباب ما يدعو إلى القلق والتخوف من محاولة استغلال المحاكمات لغايات سياسية من قِبَل بعض أعضاء الحكومة الكمبودية والتي تتضمن أشخاصاً خدموا ذات يوم تحت حكم الخمير الـحُمر .
To představuje obzvláštní problém v zemi, kde byli právníci jedním z terčů genocidních násilností, kde jen málo soudců absolvovalo formální právní přípravu a kde existuje jen malá tradice soudcovské nezávislosti. Panuje proto obava, že někteří činitelé v kambodžské vládě - v níž působí i lidé, kteří kdysi sloužili pod Rudými Khmery - se budou snažit zneužít procesů k politickým cílům.