ولكن هناك من العلامات ما يشير إلى الاختلاف بين الحكومة والجيش فيما يتصل بأمور مهمة. فقد منع الجيش مؤخراً التحرك الذي أرادت به الحكومة وضع جهاز الاستخبارات الباكستاني سيئ السمعة تحت سيطرة وزير الداخلية بدلاً من رئيس الوزراء. ولقد دعم مُـشَرَّف معارضة المؤسسة العسكرية لهذا الإصلاح، فاكتسب بذلك قدراً من العرفان بالجميل من جانب القادة العسكريين.
Armáda nedávno zablokovala vládní snahu převést nechvalně proslulou pákistánskou zpravodajskou službu ISI pod kontrolu ministra vnitra namísto dosavadního premiéra. Mušaraf podpořil zamítavý postoj armády k této reformě, za což se mu od vojenských velitelů dostalo jistého vděku.