من المخاطر الأخرى المحتملة في جنوب القوقاز أن تبادر روسيا (بتأييد من أرمينيا) إلى الاعتراف بالاستقلال الذي أعلنه إقليم ناغورنو كاراباخ من جانبه عن أذربيجان. يرجع إقليم ناغورنو كارباخ تاريخياً إلى أرمينيا، ولقد عاش هذا الإقليم حرباً انفصالية دموية في الفترة من العام 1988 إلى العام 1994. وأسفرت تلك الحرب عن مقتل ثلاثين ألف إنسان واحتلال 14% من أراضي أذربيجان من جانب القوات الأرمينية التي تدعمها روسيا.
Dalším rizikem na jižním Kavkaze je to, že Rusko (s arménskou podporou) uzná nezávislost Náhorního Karabachu na Ázerbájdžánu, kterou si region sám vyhlásil. Náhorní Karabach, historicky arménský, prožil v letech 1988 až 1994 krvavou odštěpeneckou válku, kdy bylo zabito 30 tisíc lidí a 14% ázerbájdžánského území okupovaly Ruskem podporované arménské síly.