بيد أن التهديد الأكثر إلحاحاً يتلخص في أن أي نوع من التعديل الوراثي للخط الجنسي البشري قد يؤدي إلى ضرر دائم في الأمد البعيد. وطبقاً لتقرير فريق الخبراء التابع لهيئة التخصيب وعلم الأجنة البشرية في المملكة المتحدة فإن إثبات سلامة تقنيات الميتوكوندريا بالنسبة للمستخدمين الحاليين لا يزال بعيدا. ولا أحد يستطيع أن يجزم ماذا قد تعني هذه التقنيات بالنسبة لذريتهم.
Ještě naléhavější je však nebezpečí, že jakákoliv forma genetické úpravy zárodečné linie by mohla napáchat dlouhodobé či trvalé škody. I expertní komise samotného HFEA uvedla, že bezpečnost mitochondriálních metod zdaleka není pro současné uživatele prokázaná.