أما التحدي الثاني فيكمن في فهم الكيفية التي تتفاعل بها الجينات فيما بينها أو مع عوامل أخرى لإنتاج حالة معينة، وهو ما ينبغي أن يمكننا من التوصل إلى تدابير وقائية جديدة أو علاجات تستند إلى التفاصيل الخاصة بكيفية بداية نشوء الحالة وتطورها. وهذا بطبيعة الحال أكثر إثارة للاهتمام ـ وتنفيذه أشد صعوبة. فهذا يشكل بمعنى من المعاني الفارق بين مطابقة الكلمات المتماثلة في نَصٍ ما وبين فهم النص بالكامل.
Druhou výzvou je porozumět tomu, jak vzájemným působením genů či vlivem dalších faktorů chorobný stav vzniká, což by mělo umožnit vývoj nových preventivních opatření či terapií vycházejících z podrobností o tom, jak daná zdravotní komplikace vzniká a jak se vyvíjí. To je samozřejmě mnohem zajímavější – a mnohem těžší.