وهناك مشكلات أخرى تواجه المجلس الوطني الانتقالي. ففي شهر يوليو/تموز، قُتِل قائده العسكري عبد الفتاح يونس في ظروف غامضة بعد أن أصدر المجلس أمراً باعتقاله. ولقد طالبت قبيلته بإجابات لم يتمكن المجلس الوطني من تقديمها. ويقول أشخاص قريبون من القضية إن عدداً من كبار المسؤولين في المجلس الوطني الانتقالي ضالعون في مقتل يونس.
V červenci byl za mlhavých okolností zavražděn armádní náčelník štábu Abdal Fatah Júnis poté, co na něj rada vydala zatykač. Jeho kmen požaduje odpovědi, které NTC nemá.