من بين مسئولياته المتعددة، يخدم خامنئي كقائد أعلى للمؤسسة العسكرية، ويسيطر على أجهزة الاستخبارات، ويتولى تعيين مديري الأجهزة الإعلامية الوطنية. ويسيطر المعينون من قِـبَله فعلياً على أغلب الوزارات والمدن الرئيسية في إيران.
V rámci svých povinností Chameneí působí jako vrchní velitel vojsk, řídí tajné služby a dosazuje ředitele státních sdělovacích prostředků. Jím jmenovaní kandidáti fakticky řídí většinu ministerstev a přední íránská města.