بيد أن الصندوق العالمي، وخاصة الدول المانحة التي تدعمه، يواجه الآن تحديين هائلين. ويتمثل التحدي الأول في نقص التمويل. فقد أحرز الصندوق العالمي نجاحاً كبيراً إلى الحد الذي حمل بلدان العالم على تقديم برامج متزايدة الطموح للنظر في تنفيذها.
Globální fond pro boj s AIDS, tuberkulózou a malárií a především dárcovské země, které jej podporují, dnes čelí dvěma obrovským výzvám. První je nedostatek financí.