إن الإقليم عرضة للخطر أيضاً بسبب الآثار التي تخلفها تجارة المخدرات. ومع أن المخدرات غير المشروعة تنتقل عبر كافة دول آسيا الوسطى، إلا أن طاجيكستان تتحمل الوطأة العظمى من العقاب والتوبيخ بسبب موقعها على الحدود الشمالية لأفغانستان. وطبقاً للتقديرات فإن ما يصل إلى مائة طن من الهيروين تمر عبر طاجيكستان كل عام، وهذا ما يعادل إجمالي الطلب السنوي المقدر في أميركا الشمالية وغرب أوروبا. وما لم تتعاون دول آسيا الوسطى مع الدول المجاورة لها من أجل السيطرة على إنتاج المخدرات واستخدامها وتهريبها، فإنها لن تتمكن أبداً من استئصال هذا المصدر المستمر للمخاطر الصحية الشديدة والفساد والجريمة.
Odhaduje se, že rok co rok projde Tádžikistánem až 100 tun heroinu, což se rovná odhadu roční poptávky celé severní Ameriky a západní Evropy. Nebudou-li středoasijské státy a jejich sousedé spolupracovat při kontrole výroby, užívání a obchodování s drogami, nepodaří se tento zdroj závažných zdravotních rizik, korupce a zločinnosti vymýtit.