ولم تقتصر المشاكل على أفغانستان، فالخسائر المدنية الناجمة عن هجمات الولايات المتحدة كانت مصدراً رئيسياً للصعوبات في العلاقات الأميركية الباكستانية. ففي سبتمبر/أيلول، أصدر بين إيمرسون، المقرر الخاص للأمم المتحدة المعني بحقوق الإنسان ومكافحة الإرهاب تقريراً مفاده أن الولايات المتحدة تسببت في 400 وفاة على الأقل بين المدنيين في باكستان، فضلاً عن 200 وفاة أخرى من أولئك الذين قتلوا بوصفهم "غير مقاتلين محتملين". (بعيداً عن مشكلة معرفة من الذي قُتِل، هناك المسألة المنفصلة حول كيف في حرب بلا جيوش يستطيع المرء أن يحدد من ينطبق عليه وصف مقاتل. فهل يجعلك طهي الطعام للمقاتلين هدفاً للقتل؟).
Civilní oběti způsobené Spojenými státy jsou významným zdrojem nesnází i v americko-pákistánských vztazích. Ben Emmerson, zvláštní pozorovatel OSN pro lidská práva a boj proti terorismu, v září uvedl, že USA v Pákistánu zapříčinily nejméně 400 civilních obětí, přičemž dalších 200 zabitých byli „pravděpodobně nebojovníci“.