هددت المنظمات الزراعية بسحب تأييدها للمعاهدة ما لم تهدد الحكومة باستخدام حق النقض في رفض مقترحات مندلسون . ورغم أن اتحاد المزارعين الأيرلنديين حث أعضاءه الذين يبلغ عددهم 85 ألفاً على تأييد المعاهدة في مرحلة متأخرة، إلا أن استطلاعات الرأي تشير إلى أن المزارعين الأيرلنديين يعارضون لشبونة بأغلبية اثنين إلى واحد. وقد يكون لأصوات المزارعين أهمية حاسمة في تغليب صوت أي من الجانبين.
Farmářské organizace hrozí stažením podpory smlouvě, pokud vláda nepohrozí vetem Mandelsonových návrhů. Ačkoliv Irská asociace farmářů (IFA) opožděně vyzvala svých 85 000 členů, aby Lisabonskou smlouvu podpořili, výzkumy veřejného mínění ukazují, že farmáři se v poměru dva ku jednomu stavějí proti ní.