Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Ciononostante, nella valutazione delle singole istituzioni, specie le agenzie europee, emergono continuamente delle carenze, ad esempio nelle procedure di assunzione del personale, nelle procedure relative agli appalti pubblici, in materia di trasparenza o nelle procedure di controllo interno.