И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Fin dalla prima lettura, il regolamento ha fatto tuttavia emergere vari punti di disaccordo tra il Consiglio e il Parlamento sui seguenti aspetti: il rilevamento delle impronte nei bambini fino ai sei anni di età, con il rischio di trascurare i costi e i disagi cui i genitori andrebbero incontro a ogni cambiamento nelle impronte del bambino; le nuove sfide relative all'organizzazione del rilevamento dei dati biometrici; non da ultimo, la mancanza di esperienza degli Stati membri negli ambiti della memorizzazione dei dati e della risoluzione degli errori tecnici.