Необходима е също по-добра координация между управляващите органи и съществуващите трансгранични институции, като еврорегионите, по време на изпълнението на трансграничните програми, за да се гарантира високо равнище на качество, прозрачност и близост до гражданите.
Ir jānodrošina arī piemērotāka saskaņotība starp pārvaldes iestādēm un jau pašreizējām pārrobežu iestādēm, piemēram, Eiroreģioniem, īstenojot pārrobežu programmas, lai nodrošinātu projektu augstu kvalitāti, pārredzamību un pieejamību iedzīvotājiem.