Всъщност Договорът предоставя ново правно основание, посредством което един нов регламент би могъл да замени съществуващата Конвенция за използване на информационните технологии за митнически цели ("Конвенция CIS") - регламент, който би имал пряко влияние върху държавите-членки и който няма да изисква транспониране в националното законодателство, преди да бъде въведен, какъвто понастоящем е случаят с Регламент (ЕО) № 766 от 2008 г. относно административната част на митническата информационна система.
Patiesībā Lisabonas līgumā ir paredzēts jauns juridiskais pamats, saskaņā ar kuru pašreizējo MIS Konvenciju varētu aizstāt ar jaunu regulu, kurai būtu tieša ietekme dalībvalstīs un kas nav jātransponē dalībvalstu tiesību aktos, pirms tā stājas spēkā; patlaban šādas regulas piemērs ir Regula (EK) Nr. 766/2008 par MIS administratīvo daļu.