Противоречивата ядрена програма също поражда сериозна загриженост поради липса на прозрачност и отказ от сътрудничество с Международната агенция за атомна енергия и неспазване на задълженията по Договора за неразпространение на ядрено оръжие.
Pretrunīgā kodolprogramma izraisa arī nopietnas bažas pārredzamības trūkuma dēļ un tāpēc, ka Irāna nesadarbojas ar Starptautisko Atomenerģijas aģentūru un nepilda pienākumus, kas noteikti Kodolieroču neizplatīšanas līgumā.