Целите, които следва да бъдат постигнати и хармонизирани, включват модернизирането на пристанищата, подобряването на плавателността на реката (с коридори за превоз на товари, взаимни връзки и интермодалност със Северно море), като се подобрява качеството на водата, опазва се целият басейн на Дунав и не на последно място, опазват се екосистемите, които попадат в мрежата на Натура 2000.
Ar šo stratēģiju ES ir iecerējusi sasniegt un saskaņot šādus mērķus: modernizēt ostas, uzlabot upes piemērotību kuģošanai (izmantojot kravas koridorus, savstarpējos sakarus un dažāda veida transportlīdzekļus Ziemeļjūrā), uzlabot ūdens kvalitāti, aizsargāt visu Donavas baseinu, un pēdējais, bet ne mazāk svarīgais mērķis ir aizsargāt ekosistēmas, kas iekļautas Natura 2000 tīklā.