Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Tomēr, novērtējot atsevišķas iestādes, jo īpaši Eiropas aģentūras, nepārtraukti tiek atklātas nepilnības, piemēram, personāla pieņemšanas darbā procesā, publiskajā iepirkumā, problēmas ar pārredzamību vai problēmas ar iekšējo kontroli.