Този важен подход обаче в много случаи има вероятност да бъде затруднен от значителната автономия и силната конкуренция, които съществуват между различни органи, отговарящи за управлението на всяка еднофондова програма.
Taču daudzos gadījumos šo būtisko pieeju traucē īstenot ļoti plašā autonomija un spēcīgā konkurence, kāda ir starp dažādām iestādēm, kuras atbildīgas par atsevišķu viena fonda programmu pārvaldību.