Сметната палата обаче неизменно констатира някои слабости, и по-конкретно: (i) висок процент на преноси и освобождаване на бюджетни кредити (49% от наличните бюджетни кредити за 2008 г. не са били усвоени през финансовата година, близо 69% - за 2007 г. и 55% - за 2006 г.); (ii) поети правни задължения преди съответните бюджетни задължения; и (iii) процедури по подбор на персонал, които не са съобразени с правилата, и по-специално по отношение на принципите на прозрачност и недискриминация при прилагането на посочените процедури.
Tomēr Revīzijas palāta ir sistemātiski konstatējusi vairākus trūkumus, jo īpaši (i) pārnesto un atcelto apropriāciju augsto līmeni (2008. finanšu gadā netika izlietoti aptuveni 49 % no šajā gadā pieejamajām apropriācijām, 2007. gadā - gandrīz 69 % un 2006. gadā - 55 %), (ii) juridiskās saistības, ko Aģentūra bija uzņēmusies pirms attiecīgajām budžeta saistībām, un (iii) darbā pieņemšanas procedūras, kas neatbilst noteikumiem, it īpaši attiecībā uz to pārredzamību un nediskriminējošo raksturu.