Агенцията в момента координира няколко съвместни операции и пилотни проекти по морските, сухопътните и въздушните граници с оглед на борбата с нелегалната имиграция, и по-конкретно по отношение на определени високорискови области, като например южните морски граници на ЕС, макар че северните и източните граници също са обхванати.
Aģentūra pašlaik koordinē vairākas kopējas operācijas un izmēģinājuma projektus uz jūras, zemes un gaisa robežām, lai apkarotu nelegālo imigrāciju, īpašu uzsvaru liekot uz atsevišķiem paaugstināta riska apgabaliem, piemēram, ES dienvidu jūras robežām, lai gan ir iekļautas arī ziemeļu un austrumu robežas.