Макар да е вярно, че програмите се прилагат от държавите-членки, институцията, на която европейските данъкоплатци поверяват своите пари, е Европейската комисия.
Lai gan programmas tiešām tiek īstenotas dalībvalstīs, tomēr Eiropas Komisija ir tā iestāde, kurai Eiropas nodokļu maksātāji uztic savu naudu.