В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Tādējādi praksē aizsardzību parasti cenšas saņemt konkrētā ES teritorijas daļā, radot nopietnas problēmas attiecībā uz to preču apriti, ko aizsargā patents dažās jurisdikcijās, bet ko var brīvi ražot citās jurisdikcijās.