Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между ЕС и Съюза Коморски острови, като се разшири рамката за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови в интерес и на двете страни.
Galvenais jaunā protokola mērķis bija noteikt zvejas iespējas, kas Eiropas Savienības kuģiem piešķirtas attiecībā uz pieejas tiesībām un nozares atbalstu, un turpināt Eiropas Savienības un Komoru salu sadarbību, izveidojot partnerattiecības, kurām atbilstīgi varētu īstenot ilgtspējīgu zivsaimniecības politiku un pareizu zivsaimniecības resursu izmantošanu Komoru salu zvejas zonā abu iesaistīto pušu interesēs.