И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Tomēr šī regula jau no pirmā lasījuma ir uzrādījusi vairākas domstarpības starp Padomi un Parlamentu šādos aspektos: pirkstu nospiedumu noņemšana bērniem līdz sešu gadu vecumam ar risku ignorēt izmaksu detaļas un vecāku neērtības katru reizi, kad bērnu pirkstu nospiedumi mainās; jauni uzdevumi, kā organizēt biometrisko datu vākšanu; un pēdējais, bet ne mazāk svarīgais - dalībvalstu pieredzes trūkums attiecībā uz personas datu glabāšanas pārvaldību un tehniskajām kļūdām.