Ефективността на ваксинацията може да се компрометира от много неща, включително от прилагането й при животни, които вече са заразени с болестта, срещу която биват ваксинирани.
Vakcinācijas efektivitāti var traucēt dažādi apstākļi, piemēram, situācija, kad tiek vakcinēts dzīvnieks, kurš jau ir inficēts ar slimību, pret ko viņš tiek potēts.