По силата на мандата, предвиден в нейния процедурен правилник, Frontex отговаря за извършване на анализ на риска въз основа на информацията, събрана от компетентните органи в държавите-членки, улесняване на оперативното сътрудничество между държавите-членки и трети страни, също така за сътрудничеството с компетентните органи на трети страни или с международни организации, например чрез обмяна на опит по въпросите на граничния контрол, обучението на национални граничари, обмена на оперативна информация и съвместните операции.
Saskaņā ar pilnvarām, kas noteiktas FRONTEX reglamentā, šī aģentūra ir atbildīga par risku analīzi, pamatojoties uz dalībvalstu kompetento iestāžu savākto informāciju, par operatīvās sadarbības veicināšanu starp dalībvalstīm un trešām valstīm un par sadarbību ar trešo valstu kompetentajām iestādēm un starptautiskajām organizācijām, apmainoties, piemēram, ar pieredzi robežkontroles jautājumos, robežsargu mācībās, kā arī ar operatīvo informāciju un piedaloties kopējās operācijās.