В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Taču vienlaicīgi rodas jautājums, vai ir iespējams saskaņot Donavas stratēģijā noteiktos reizēm pretrunīgos mērķus, piemēram, uzlabot ūdens kvalitāti un vides situāciju, navigāciju un energopatēriņu vai veicināt ekotūrismu?