В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Ennek eredményeként az oltalmat gyakran csak az EU területének egy bizonyos részére kérik, súlyos problémákat teremtve ilyen módon az egyes joghatóságok alatt oltalmat élvező, más joghatóságok alatt pedig szabadon gyártható áruk szabad mozgása tekintetében.