Въпреки това предложението на Комисията има определени недостатъци, например липсва оценка за въздействието на предлаганите мерки, сроковете за усвояване, спорното широко използване на резервите на ЕС или продължаващият проблем с недостатъчното финансиране на функция 4, които Комисията правилно посочи в доклада си за оценка на функционирането на междуинституционалното споразумение.
Mindazonáltal a Bizottság javaslatának vannak bizonyos hiányosságai, például a javasolt intézkedések hatásvizsgálatának hiánya, a lehívások időzítése, az európai uniós erőforrások nagybani felhasználásának kérdése, vagy a 4. fejezet elégtelen finanszírozása, amelyeket a Bizottság korrekt módon meg is jelölt az intézményközi megállapodást értékelő jelentésében.