Тъй като селското стопанство не е само икономическа дейност и тъй като политиките в областта на селското стопанство и храните трябва да служат за основни цели, като доставки на храни и продоволствена сигурност, главното предизвикателство е ефективното хармонизиране на търговските и нетърговските аспекти.
Mivel a mezőgazdaság nem csupán gazdasági tevékenység és a mezőgazdasági és élelmiszer-politikának olyan alapvető célkitűzéseket kell szolgálnia, mint az élelmezés és élelmiszer-biztonság, a fő kihívást a kereskedelmi és nem kereskedelmi megfontolások hatékony összehangolása jelenti.