След влизането в сила на регламента беше създадена Европейската агенция за управление на оперативното сътрудничество по външните граници на държавите-членки на Европейския съюз (Frontex), чиито основни задачи са да координира оперативното сътрудничество между държави-членки в областта на управлението на външните граници; да подкрепя държавите-членки за обучението на националните граничари; да извършва анализи на риска; да следи за напредъка в изследванията в областта на контрола и наблюдението на външните граници; да подкрепя държавите-членки при обстоятелства, които изискват засилена техническа и оперативна помощ по външните граници и да им предоставя необходимата подкрепа за организирането на съвместни операции по екстрадиция.
A rendelet kihirdetése óta létrejött a Frontex ügynökség, amelynek az a feladata, hogy összehangolja a tagállamok közötti operatív együttműködést a külső határok igazgatása terén, segítse a tagállamokat a nemzeti határőrök képzésében, kockázatelemzéseket végezzen, felügyelje a külső határellenőrzést és a megfigyelésekkel kapcsolatos kutatást, segítse a tagállamokat olyan körülmények között, amikor fokozott műszaki és operatív segítségnyújtásra van szükség a külső határokon, valamint biztosítsa a szükséges támogatást a közös visszatérési műveletek megszervezése során.