Компромисът, постигнат със Съвета, изяснява също взаимните зависимости между ЕЕН ІІ и Европейската агенция за авиационна безопасност, като се взема предвид, че разширяването на пълномощията на агенцията по летищата, УВД/АНО и РВД на практика е елемент от пакета, свързан с безопасността.
A Tanáccsal kötött kompromisszum az Egységes Európai Égbolt II és az Európai Repülésbiztonsági Ügynökség (ESEA) közötti kapcsolatokat is tisztázza, szem előtt tartva azt, hogy az Ügynökség hatásköreinek repülőterekre, a légiforgalmi szolgáltatásokra (ATM), a léginavigációs szolgáltatásokra (ANS) és a légiforgalmi irányító szolgálatra (ATC) történő kiterjesztése tulajdonképpen a csomag "biztonsági” eleme.