Независимо от изявленията за зачитане на позицията на държавите-членки по отношение на ЕКПЧ, присъединяването на Европейския съюз към конвенцията ще усложни и евентуално ще попречи на свободата на държавите-членки да ползват дерогация или отделно да тълкуват аспекти на ЕКПЧ.
A tagállamok EJEE-vel kapcsolatos álláspontjának tiszteletben tartására vonatkozó kijelentések ellenére az EU-nak az egyezményhez történő csatlakozása bonyolultabbá teszi és talán akadályozni fogja a tagállamok azzal kapcsolatos szabadságát, hogy eltérjenek az EJEE bizonyos vonatkozásaitól vagy egyéni értelmezést alkalmazzanak.