И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Ez a rendelet azonban már az első olvasat során számos nézeteltérést jelzett a Tanács és a Parlament között az alábbi kérdésekben: a 6 év alatti gyermekektől vett ujjlenyomatok esetében a felmerülő költségek részleteinek, valamint annak a kényelmetlenségnek a figyelmen kívül hagyása, amellyel a szülőknek szembe kell nézniük valahányszor a gyermekeik ujjlenyomata változik; a biometrikus adatok gyűjtésének megszervezésével kapcsolatos új kihívások; és végül, de nem utolsósorban, a tagállamok tapasztalatlansága a személyes adatok tárolásának megszervezését, valamint a műszaki hibák kezelését illetően.