Необходима е също по-добра координация между управляващите органи и съществуващите трансгранични институции, като еврорегионите, по време на изпълнението на трансграничните програми, за да се гарантира високо равнище на качество, прозрачност и близост до гражданите.
Ugyanakkor a határokon átnyúló programok végrehajtása során szorosabb koordinációra van szükség az irányító hatóságok és az eurorégiókhoz hasonló, határokon átnyúló intézmények között, hiszen ezzel garantálható, hogy a projektek megvalósítása magas szinten, átláthatóan és a polgárokhoz közeli módon történik meg.