От една страна, тя е изправена пред военни и стратегически предизвикателства, активизирането на прояви на насилие сред бивши военни ръководители от движението за отделяне, намеса от страна на някои милиции, приватизация на вътрешната сигурност, гранични инциденти със суданци мюсюлмани, както и проблема за подялбата на приходите от петрола с ислямския Север.
Egyrészt katonai és stratégiai kihívásokkal kell szembenéznie, az erőszak feltámadásával az elszakadási mozgalom korábbi katonai vezetői között, bizonyos milíciák beavatkozásával, a belső biztonság privatizálásával, a muzulmán Szudánnal való határincidensekkel, az olajbevételek elosztásának ügyével.