В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Ugyanakkor kérdéses, hogy miként hangolhatók össze a Duna-stratégiában rögzített, egymással esetenként ellentétes célkitűzések, így a vízminőség, a környezet állapotának fejlesztése, a hajózhatóság, az energetikai hasznosítás vagy az ökoturizmus.