В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Följaktligen ansöker man ofta bara om skydd i en viss del av EU, vilket skapar allvarliga problem för den fria rörligheten för varor som skyddas av ett patent i vissa jurisdiktioner men som kan produceras fritt i andra.