И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Men i samband med förordningen visade det sig redan från början att rådet och Europaparlamentet har olika uppfattning om följande aspekter: att ta fingeravtryck på barn upp till sex års ålder med risken att man glömmer bort de kostnader och besvär som föräldrarna skulle ställas inför varje gång barnens fingeravtryck ändras, nya utmaningar när det gäller hur man ska organisera insamlingen av biometriska uppgifter och sist men inte minst bristen på erfarenhet i medlemsstaterna när det gäller att hantera förvaringen av personuppgifter samt risken för tekniska fel.