В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Men samtidigt är det ovisst hur det ska gå att harmonisera vissa motstridiga mål i Donaustrategin såsom vattenkvalitet, bättre miljö, farbarhet, energiutnyttjande och ekoturism.