Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между Европейския съюз и Съюза Коморски острови, като се насърчи създаването на рамка за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови.
Huvudmålet för det nya protokollet är att fastställa de fiskemöjligheter som erbjuds EU-fartygen för tillträdesrätter och sektorsstöd samt att fortsätta samarbetet mellan EU och Komorerna för att främja inrättandet av en partnerskapsram för att utveckla en hållbar fiskeripolitik och ett sunt utnyttjande av fiskeresurserna i Komorernas fiskezon.