След влизането в сила на регламента беше създадена Европейската агенция за управление на оперативното сътрудничество по външните граници на държавите-членки на Европейския съюз (Frontex), чиито основни задачи са да координира оперативното сътрудничество между държави-членки в областта на управлението на външните граници; да подкрепя държавите-членки за обучението на националните граничари; да извършва анализи на риска; да следи за напредъка в изследванията в областта на контрола и наблюдението на външните граници; да подкрепя държавите-членки при обстоятелства, които изискват засилена техническа и оперативна помощ по външните граници и да им предоставя необходимата подкрепа за организирането на съвместни операции по екстрадиция.
Sedan förordningen antogs har Frontex inrättats och har i uppdrag att samordna det operativa samarbetet mellan medlemsstaterna när det gäller förvaltningen av de yttre gränserna, hjälpa medlemsstaterna att utbilda nationella gränsvakter, genomföra riskanalyser, övervaka utvecklingen av kontrollen vid unionens yttre gränser och övervakningsforskningen, bistå medlemsstaterna i situationer som kräver ökat tekniskt och operativt bistånd vid de yttre gränserna och ge dem nödvändigt stöd för genomförandet av gemensamma återsändningsinsatser.