Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
I forbindelse med vurderingen af de enkelte institutioner konstateres der imidlertid til stadighed mangler, f.eks. i forbindelse med ansættelsesprocedurer, udbudsprocedurer, problemer med gennemsigtighed eller problemer med intern kontrol.