В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Beskyttelsen søges derfor i praksis ofte kun for en vis del af EU's territorium, hvilket skaber alvorlige problemer, når det gælder den frie bevægelighed for varer, som i visse jurisdiktioner er beskyttet af et patent, men som frit kan fremstilles i andre.