И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Lige fra førstebehandlingen af denne forordning har der dog været en række uoverensstemmelser mellem Rådet og Parlamentet om følgende aspekter: fingeraftrykstagning af børn op til seks år med risiko for at overse de omkostninger og den ulejlighed, det vil medføre for forældre, hver gang deres børns fingeraftryk ændrer sig, nye udfordringer i tilknytning til, hvordan indsamlingen af biometriske data skal foregå, og sidst men ikke mindst medlemsstaternes manglende erfaring med forvaltning af opbevaringen af personoplysninger og tekniske fejl.