От една страна, тя е изправена пред военни и стратегически предизвикателства, активизирането на прояви на насилие сред бивши военни ръководители от движението за отделяне, намеса от страна на някои милиции, приватизация на вътрешната сигурност, гранични инциденти със суданци мюсюлмани, както и проблема за подялбата на приходите от петрола с ислямския Север.
På den ene side står Sydsudan over for militære og strategiske udfordringer, genopblussen af vold blandt tidligere militærledere i løsrivelsesbevægelsen, nogle militsers indblanding, privatisering af den interne sikkerhed, grænseepisoder med det muslimske Sudan og spørgsmålet om fordelingen olieindtægterne med sidstnævnte.