И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Cependant, dès la première lecture, ce règlement a mis au jour un certain nombre de désaccords entre le Conseil et le Parlement concernant les aspects suivants: l'enregistrement des empreintes digitales des enfants de moins de six ans, au risque d'ignorer les détails des coûts et des problèmes pratiques auxquels les parents pourraient être confrontés chaque fois que les empreintes de leurs enfants évoluent; de nouvelles difficultés concernant l'organisation de la collecte des données biométriques; et, dernier point mais non des moindres, le manque d'expérience des États membres dans la gestion du stockage de données personnelles et les erreurs techniques.