Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
No entanto, na avaliação das instituições individuais, especialmente das agências europeias, detectam-se constantemente deficiências, por exemplo, no processo de recrutamento, nos contratos públicos, em problemas com transparência ou problemas com o controlo interno.