Във всички случаи при липсата на самостоятелен бюджет Агенцията на практика е част от Комисията. Това може да предизвика въпроси относно структурата и автономността й, които могат да бъдат разгледани в бъдеще.
Por isso mesmo, e para todos os efeitos, na ausência de um orçamento autónomo, a Agência está de facto integrada na Comissão, o que pode levantar questões relativas à sua estrutura e autonomia que podem ser analisadas futuramente.