И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Todavia, este regulamento deixou claro desde a primeira leitura um número de divergências entre o Conselho e o Parlamento sobre os seguintes aspectos: impressões digitais de crianças com menos de seis anos de idade com o risco de descurar o aspecto dos custos e a inconveniência que se depararia aos pais sempre que as impressões digitais das crianças mudassem; novos reptos sobre a organização da recolha de dados biométricos; e por último, mas não de somenos importância, a falta de experiência dos Estados-Membros em relação à gestão do armazenamento dos dados pessoais e de erros técnicos.