Също както и прекомерният улов, замърсяването на водите значимо допринесе за сегашното състояние на намаляване на запасите от някои видове, които са важни рибни ресурси. Поради това Рамковата директивата за морска стратегия, която е екологичният стълб на стратегията за комплексна морска политика, трябва да бъде прилагана в пълен обем.
Á semelhança do que sucede com a sobrepesca, também a poluição das águas tem contribuído de forma significativa para o actual estado de depauperação de alguns stocks de espécies que constituem recursos haliêuticos importantes, exigindo-se portanto uma plena aplicação da Directiva para o Meio Marinho, pilar ambiental da Estratégia para a Política Marítima Integrada.