Сред причините за това положение са: първо, късното приемане на регламента за ЕФР; второ, забавеното приемане на оперативните програми, някои от които бяха одобрени през втората половина на 2008 г.; трето, проблемите със създаването на системите за управление и контрол, чието одобрение е предварително условие за отчитане на плащанията пред Комисията и, четвърто, последиците от финансовата и икономическа криза за сектора на рибарството.
As razões desta situação são, em primeiro lugar, a adopção tardia do regulamento do FEP, em segundo lugar o atraso na adopção dos programas operacionais, alguns dos quais adoptados apenas no segundo semestre de 2008, em terceiro lugar problemas na criação dos sistemas de gestão e controlo, cuja aprovação é uma condição para se enviar os pagamentos à Comissão, e, em quarto lugar, os efeitos da crise económica e financeira no sector das pescas.