Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между Европейския съюз и Съюза Коморски острови, като се насърчи създаването на рамка за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови.
O principal objectivo do novo protocolo consiste em definir as possibilidades de pesca oferecidas às embarcações da UE a título de direitos de acesso e de apoio sectorial, e em prosseguir a cooperação entre a União Europeia e a União das Comores, por forma a favorecer o estabelecimento de um quadro de parceria para o desenvolvimento de uma política de pesca sustentável e uma exploração responsável dos recursos haliêuticos na zona de pesca das Comores.