И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Jednakże już od samego początku prac nad przedmiotowym rozporządzeniem występowało wiele rozbieżności w opiniach Rady i Parlamentu w odniesieniu do następujących aspektów: pobieranie odcisków palców dzieci do szóstego roku życia oraz ryzyko zlekceważenia takich szczegółów jak koszty i kłopot, z którym musieliby się borykać rodzice za każdym razem w związku ze zmianą odcisków palców ich dzieci; nowe wyzwania związane ze sposobem organizacji procesu gromadzenia danych biometrycznych; i na koniec - brak doświadczenia państw członkowskich w zarządzaniu danymi osobowymi, ich przechowywaniu oraz w eliminowaniu błędów technicznych.