В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
W praktyce często prowadzi to do sytuacji, że o ochronę wnioskuje się jedynie na części terytorium UE, co stwarza poważne problemy pod względem swobodnego obrotu towarami, które są chronione patentem w niektórych krajach, lecz mogą być dowolnie produkowane w innych.