В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Jednocześnie, wątpliwe jest, czy można zharmonizować często sprzeczne cele określone w strategii na rzecz regionu Dunaju, takie jak jakość wód, poprawa stanu środowiska naturalnego, możliwość żeglugi, wykorzystanie energii, czy ekoturystyka.