И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Samas on antud määrus põhjustanud juba esimesest lugemisest peale palju erimeelsusi nõukogu ja parlamendi vahel järgnevates küsimustes. Kuni kuueaastastelt lastelt sõrmejälgede võtmine, riskides kulusid ja ebamugavust puudutavate detailide eiramisega, millega vanemad peavad iga kord kokku puutuma, kuid nende laste sõrmejäljed muutuvad; uued väljakutsed biomeetriliste andmete kogumise organiseerimisel; ja lõpetuseks, liikmesriikide kogemuse puudumine seoses isikuandmete haldamisega ja tehniliste tõrgetega toimetulekuga.