Сметната палата обаче неизменно констатира някои слабости, и по-конкретно: (i) висок процент на преноси и освобождаване на бюджетни кредити (49% от наличните бюджетни кредити за 2008 г. не са били усвоени през финансовата година, близо 69% - за 2007 г. и 55% - за 2006 г.); (ii) поети правни задължения преди съответните бюджетни задължения; и (iii) процедури по подбор на персонал, които не са съобразени с правилата, и по-специално по отношение на принципите на прозрачност и недискриминация при прилагането на посочените процедури.
Kahjuks on kontrollikoda leidnud mitmeid korduvalt esinevaid puudusi, sh: i) assigneeringute ulatuslik ülekandmine ja tühistamine (49 % 2008. aastal agentuuri käsutuses olnud assigneeringutest jäeti eelarveaasta jooksul kasutamata, 2007. aastal oli vastav näitaja ligikaudu 69 % ja 2006. aastal 55%); ii) juriidiliste kohutuste võtmine enne vastavaid eelarvelisi kulukohustusi; ja iii) töötajate värbamiseeskirjadest mittekinnipidamine, eelkõige seoses kõnealuste menetluste läbipaistvuse ja mittediskrimineeriva olemusega.