Необходима е също по-добра координация между управляващите органи и съществуващите трансгранични институции, като еврорегионите, по време на изпълнението на трансграничните програми, за да се гарантира високо равнище на качество, прозрачност и близост до гражданите.
Piiriüleste programmide elluviimisel peab ka paremini kooskõlastama asutuste ja olemasolevate piiriüleste institutsioonide, näiteks euroregioonide juhtimist, et kindlustada projektide kvaliteet, läbipaistvus ja lähedus kodanikele.