Агенцията в момента координира няколко съвместни операции и пилотни проекти по морските, сухопътните и въздушните граници с оглед на борбата с нелегалната имиграция, и по-конкретно по отношение на определени високорискови области, като например южните морски граници на ЕС, макар че северните и източните граници също са обхванати.
Praegu koordineerib Frontex mitmeid ühisoperatsioone ja katseprojekte mere-, maismaa- ja õhupiiridel, et võidelda ebaseadusliku sisserändega, kusjuures erilist rõhku pannakse mõningatele suure riskiga piirkondadele, näiteks ELi lõunapoolsele merepiirile, kuid hõlmatud on ka põhja- ja idapiirid.