Съгласно Договора от Амстердам през 1999 г. ЕС включи Шенгенското сътрудничество в рамките на своите законодателни правомощия.
Amsterdami lepingu jõustudes 1999. aastal integreeriti Schengeni koostöö ELi õigusliku pädevuse raamistikku.