Най-голямото предизвикателство е свързано конкретно с обществените поръчки и освен това повечето проблеми, свързани с кохезионните фондове, се асоциират с усложнените правила за прилагане и с правните актове, произтичащи от Финансовия регламент, който не отчита в достатъчна степен сложната мрежа от участници в регионалното развитие.
Suurimad neist probleemidest on seotud just riigihangetega ning lisaks on enamik ühtekuuluvusfondidega seonduvaid probleeme seotud ka keerukate rakenduseeskirjadega ja meetmetega, mis tulenevad finantsmäärusest, kus ei võeta piisavalt arvesse regionaalarengus osalejate keerukat võrgustikku.