От една страна, тя е изправена пред военни и стратегически предизвикателства, активизирането на прояви на насилие сред бивши военни ръководители от движението за отделяне, намеса от страна на някои милиции, приватизация на вътрешната сигурност, гранични инциденти със суданци мюсюлмани, както и проблема за подялбата на приходите от петрола с ислямския Север.
Ühest küljest peab ta hakkama saama militaarsete ja strateegiliste ülesannetega, setsessiooni liikumise endiste sõjaväeliste juhtide vahel taaspuhkeva vägivallaga, miilitsaüksuse sekkumistega, sisejulgeoleku privatiseerimisega, islamistliku Sudaaniga tekkivate piiritülide ja naftatulude jagamise küsimusega.