С влизането му в сила на 1 декември 2009 г. много предложения, които бяха внесени от Комисията въз основа на Договорите, но бяха текущи към онази дата (намираха се на различни етапи от законодателния или незаконодателния процес), ще бъдат променени.
Lissaboni lepingu jõustumisega 1. detsembril 2009 kohaldatakse muudatusi paljude komisjoni ettepanekute suhtes, mis olid kavandatud aluslepingute põhjal, kuid olid selleks ajaks veel otsustamata (seadusandliku või muu kui seadusandliku protsessi erinevates etappides).