По силата на мандата, предвиден в нейния процедурен правилник, Frontex отговаря за извършване на анализ на риска въз основа на информацията, събрана от компетентните органи в държавите-членки, улесняване на оперативното сътрудничество между държавите-членки и трети страни, също така за сътрудничеството с компетентните органи на трети страни или с международни организации, например чрез обмяна на опит по въпросите на граничния контрол, обучението на национални граничари, обмена на оперативна информация и съвместните операции.
Frontexi kodukorras sätestatud võimupiiride kohaselt on selle pädevuses koostada liikmesriikide pädevate asutuste kogutud informatsiooni põhjal riskianalüüse, hõlbustada liikmesriikide ja kolmandate riikide vahelist operatiivkoostööd ning teha koostööd kolmandate riikide pädevate asutuste ja rahvusvaheliste organisatsioonidega, näiteks vahetades kogemusi piirikontrolli küsimuses, koolitades piirivalvureid, vahetades operatiivteavet ja korraldades ühisoperatsioone.