Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Sellest hoolimata tulevad üksikute institutsioonide, eriti Euroopa ametite analüüsimisel pidevalt esile puudused, näiteks värbamismenetluses, riigihangetes, läbipaistvuse probleemides või sisekontrolliprobleemides.