Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между ЕС и Съюза Коморски острови, като се разшири рамката за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови в интерес и на двете страни.
Uue protokolli peamine eesmärk on määrata kindlaks Euroopa Liidu laevadele pakutavad kalapüügivõimalused seoses varudele juurdepääsu ning tegevusalapõhise toetuse saamisega ning tihendada koostööd Euroopa Liidu ja Komoori Liidu vahel, luues mõlema lepinguosalise huvides partnerlusraamistiku jätkusuutliku kalanduspoliitika ja kalavarude vastutustundliku kasutuse väljaarendamiseks Komooride püügipiirkonnas.