В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Samal ajal on küsitav, kuidas ühtlustada Doonau strateegia mõnikord vastuolulisi eesmärke, nagu vee kvaliteedi, keskkonnaseisundi, laevatatavuse ja energiakasutuse parandamine või ökoturism.