Ефективността на ваксинацията може да се компрометира от много неща, включително от прилагането й при животни, които вече са заразени с болестта, срещу която биват ваксинирани.
Vaktsineerimise tõhusust võivad vähendada mitmed tegurid, näiteks see, kui vaktsiini manustatakse loomale, kes juba põeb seda haigust, mille vastu kaitsepookimist tehakse.