Въпреки това предложението на Комисията има определени недостатъци, например липсва оценка за въздействието на предлаганите мерки, сроковете за усвояване, спорното широко използване на резервите на ЕС или продължаващият проблем с недостатъчното финансиране на функция 4, които Комисията правилно посочи в доклада си за оценка на функционирането на междуинституционалното споразумение.
Sellest olenemata esinevad komisjoni ettepanekus teatavad puudused: näiteks kavandatud meetmete mõju hinnangu puudumine, ülekannete ajakava, ELi reservide küsitav laiaulatuslik kasutamine ja asjaolu, et rubriigi 4 vahendeid ei ole ikka veel piisavalt, millele komisjon oma hindamisaruandes institutsioonidevahelise kokkuleppe toimimise kohta väga õigesti tähelepanu juhtis.