В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Selle tulemusena taotletakse tegelikult kaitset ainult ELi territooriumi teatud piirkonnale ning see tekitab tõsiseid probleeme nende kaupade vaba ringluse jaoks, mida mõnes jurisdiktsioonis kaitseb patent, kuid mida teises jurisdiktsioonis võib vabalt toota.