Обаче най-сериозното препятствие за оформянето на ЕПС на изток остават неуредените конфликти в Приднестровието и Южен Кавказ, които са дълбоката причина за нестабилността и политическите и икономически проблеми на региона.
Kõige rohkem takistavad Euroopa idasuunalise naabruspoliitika formaliseerimist lahendamata konfliktid Transnistrias ja Lõuna-Kaukaasias, mis on piirkonna ebastabiilsuse ning poliitiliste ja majanduslike probleemide peapõhjus.