Бяха изказани също и опасения относно институционални въпроси като този дали разрастването на ЕАО ще доведе до намаляване на числеността на армиите на някои държави-членки и дали това ще бъде в противоречие с компетентността и целите на Европейската служба за външна дейност.
Samuti on väljendatud institutsiooniliste küsimustega seotud hirme, näiteks kas Euroopa Kaitseagentuuri laienemisega väheneb teatavate liikmesriikide sõjaväe suurus ning kas võib tekkida konflikt Euroopa välisteenistuse pädevusvaldkonna ja eesmärkidega.