Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между Европейския съюз и Съюза Коморски острови, като се насърчи създаването на рамка за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови.
El principal objetivo del nuevo protocolo es definir las posibilidades de pesca ofrecidas a los buques de la UE en cuanto a derechos de acceso y de apoyo sectorial y continuar la cooperación entre la Unión Europea y la Unión de las Comoras, con el fin de fomentar la creación de un marco asociativo en el que desarrollar una política pesquera sostenible y la explotación racional de los recursos pesqueros en la zona de pesca de las Comoras.