Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Sin embargo, al evaluar de forma independiente cada institución, y más concretamente las agencias europeas, se han hallado numerosas deficiencias, por ejemplo en lo que respecta a los procesos de contratación, en especial la de carácter público, y a problemas en materia de transparencia y de control interno.