В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Gleichzeitig stellt sich die Frage, wie die bisweilen widersprüchlichen Ziele der Donaustrategie, wie beispielsweise Wasserqualität, Verbesserung der Umweltsituation, Schiffbarkeit, energetische Nutzung oder Ökotourismus, unter einen Hut gebracht werden können.