И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Diese Verordnung hat jedoch seit der ersten Lesung zu einer Reihe von Unstimmigkeiten zwischen Rat und Parlament geführt. Hiervon betroffen sind Fingerabdrücke von Kindern bis zum sechsten Lebensjahr, wo die Gefahr besteht, die Kosten und den Aufwand unberücksichtigt zu lassen, die den Eltern jedes Mal entstehen, wenn sich die Fingerabdrücke ihrer Kinder ändern; außerdem neue Herausforderungen bezüglich der Organisation der Sammlung biometrischer Daten und schließlich die mangelnde Erfahrung, die die Mitgliedstaaten mit der Verwaltung persönlicher Daten und im Hinblick auf den Umgang mit technischen Fehlern haben.