Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Trotzdem tauchen bei der Bewertung einzelner Einrichtungen, insbesondere der europäischen Agenturen, regelmäßig Defizite auf, zum Beispiel beim Einstellungsverfahren, im öffentlichen Auftragswesen, bei Problemen bei der Transparenz oder bei Problemen mit der internen Kontrolle.