След влизането в сила на регламента беше създадена Европейската агенция за управление на оперативното сътрудничество по външните граници на държавите-членки на Европейския съюз (Frontex), чиито основни задачи са да координира оперативното сътрудничество между държави-членки в областта на управлението на външните граници; да подкрепя държавите-членки за обучението на националните граничари; да извършва анализи на риска; да следи за напредъка в изследванията в областта на контрола и наблюдението на външните граници; да подкрепя държавите-членки при обстоятелства, които изискват засилена техническа и оперативна помощ по външните граници и да им предоставя необходимата подкрепа за организирането на съвместни операции по екстрадиция.
De la punerea în aplicare a regulamentului, a fost înființată agenția Frontex care are misiunea de a coordona cooperarea operațională dintre statele membre în domeniul gestionării frontierelor externe, de a oferi asistență statelor membre în formarea polițiștilor de frontieră la nivel național, de a efectua analize de risc, de a monitoriza dezvoltarea cercetării în materie de control al frontierelor externe și supraveghere, de a ajuta statele membre în situații care necesită un nivel ridicat de asistență tehnică și operațională la frontierele externe și de a le oferi sprijinul necesar în organizarea operațiunilor de returnare comune.