В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
În același timp, este discutabil modul în care se pot armoniza obiectivele uneori contradictorii prevăzute în strategia Dunării, precum calitatea apei, îmbunătățirea stării mediului, navigabilitatea, exploatarea energetică sau ecoturismul.