Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Cu toate acestea, în evaluarea instituțiilor individuale, în special a agențiilor europene, apar în mod constant deficiențe, de exemplu, în procesul de recrutare, în domeniul achizițiilor publice, în probleme de transparență sau probleme privind controlul intern.