И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Cu toate acestea, prezentul regulament a semnalat încă de la prima lectura o serie de neconcordante între Consiliu şi Parlament privind aspecte precum: amprentarea copiilor până la 6 ani cu riscul de a ignora detalii ce privesc costurile şi inconveniențele cu care părinţii s-ar confrunta odată cu schimbarea amprentelor digitale ale copiilor ; noile provocări referitoare la organizarea colectării datelor biometrice şi nu în ultimul rând lipsa de experienţă a Statelor Membre cu privire la gestionarea păstrării datelor personale şi greșelile tehnice