От септември 2008 г., Съветът е използвал този инструмент, за да притиводейства на пиратството край бреговете на Сомалия, първо чрез координационното звено EU NAVCO (Военно координиращо действие на ЕС в подкрепа на резолюция 1816 (2008) на Съвета за сигурност на ООН), базирано в Брюксел и след това, през декември, чрез военноморската операция, наречена EU NAVFOR Atalanta (Военноморски сили под ръководството на ЕС).
Începând din septembrie 2009, Consiliul a utilizat acest instrument pentru a combate pirateria din largul coastei somaleze, mai întâi prin celula de coordonare NAVCO a UE, amplasată la Bruxelles, iar apoi, începând din decembrie 2008, prin operaţiunea maritimă numită UE NAVFOR Atlanta.