Зони, които се ползват с особено внимание от "Натура 2000" попадат под компетенцията на различни Генерални дирекции на Комисията.
Oblasti, ktorým sa podľa programu Natura 2000 venuje špeciálna pozornosť, patria do pôsobnosti rôznych generálnych riaditeľstiev Komisie.