Допълнителните разходи и необходимостта от нови инвестиции, ако миграцията към ШИС II не успее и бъде включена в плана за действие в извънредни ситуации ШИС 1+RE, означават, че е необходим много по-строг бюджетен контрол, особено за новата служба, отговорна за регулирането и координирането на изпълнението на ШИС, ВИС и Евродак.
Ak sa prechod na systém SIS II skončí neúspechom a bude zahrnutý do núdzového plánu systému SIS 1+RE, dodatočné náklady a potreba nových investícií budú znamenať, že je potrebná omnoho prísnejšia rozpočtová kontrola, najmä v prípade novej agentúry zodpovednej za reguláciu a koordináciu zavádzania systémov SIS, VIS a Eurodac.