Агенцията в момента координира няколко съвместни операции и пилотни проекти по морските, сухопътните и въздушните граници с оглед на борбата с нелегалната имиграция, и по-конкретно по отношение на определени високорискови области, като например южните морски граници на ЕС, макар че северните и източните граници също са обхванати.
Agentúra v súčasnom období koordinuje niekoľko spoločných operácií a pilotných projektov na námorných, pozemných a vzdušných hraniciach zameraných na boj proti nezákonnému prisťahovalectvu s osobitným dôrazom na určité vysoko rizikové oblasti, ako sú južné námorné hranice EÚ, ale operácie prebiehajú aj na severných a východných hraniciach.