След влизането в сила на регламента беше създадена Европейската агенция за управление на оперативното сътрудничество по външните граници на държавите-членки на Европейския съюз (Frontex), чиито основни задачи са да координира оперативното сътрудничество между държави-членки в областта на управлението на външните граници; да подкрепя държавите-членки за обучението на националните граничари; да извършва анализи на риска; да следи за напредъка в изследванията в областта на контрола и наблюдението на външните граници; да подкрепя държавите-членки при обстоятелства, които изискват засилена техническа и оперативна помощ по външните граници и да им предоставя необходимата подкрепа за организирането на съвместни операции по екстрадиция.
Po prijatí tohto nariadenia bola zriadená agentúra Frontex, ktorej misiou je koordinovať operačnú spoluprácu medzi členskými štátmi v oblasti riadenia vonkajších hraníc, pomáhať členským štátom vo vzdelávaní príslušníkov vnútroštátnej pohraničnej stráže, vypracúvať analýzy rizika, monitorovať rozvoj kontroly na vonkajších hraniciach a výskum sledovania, pomáhať členským štátom v situáciách, ktoré vyžadujú zvýšenú technickú a operačnú pomoc na vonkajších hraniciach, a poskytovať im potrebnú podporu pri organizovaní operácií v prípadoch spoločného navracania.