Сред причините за това положение са: първо, късното приемане на регламента за ЕФР; второ, забавеното приемане на оперативните програми, някои от които бяха одобрени през втората половина на 2008 г.; трето, проблемите със създаването на системите за управление и контрол, чието одобрение е предварително условие за отчитане на плащанията пред Комисията и, четвърто, последиците от финансовата и икономическа криза за сектора на рибарството.
K dôvodom tohto stavu patria: po prvé, neskoré prijatie nariadenia o Európskom fonde pre rybné hospodárstvo; po druhé, oneskorené prijatie operačných programov, z ktorých niektoré boli prijaté v druhej polovici roka 2008; po tretie, problémy pri stanovovaní riadiacich a kontrolných systémov, prijatie ktorých je nevyhnutnou podmienkou odoslania platieb Komisii; a po štvrté, účinky finančnej a hospodárskej krízy na odvetvie rybného hospodárstva.