Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Napriek tomu sa v hodnotení jednotlivých inštitúcií, predovšetkým európskych agentúr, neustále vyskytujú nedostatky, napríklad v procese prijímania zamestnancov, v oblasti verejného obstarávania, problémy s transparentnosťou alebo problémy s vnútornou kontrolou.