В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
V dôsledku toho sa v praxi často žiada len o ochranu v určitej časti územia EÚ, čo vytvára vážne problémy pri voľnom obehu výrobkov, ktoré sú v niektorých jurisdikciách patentovo chránené, ale v iných sa môžu voľne vyrábať.