По силата на мандата, предвиден в нейния процедурен правилник, Frontex отговаря за извършване на анализ на риска въз основа на информацията, събрана от компетентните органи в държавите-членки, улесняване на оперативното сътрудничество между държавите-членки и трети страни, също така за сътрудничеството с компетентните органи на трети страни или с международни организации, например чрез обмяна на опит по въпросите на граничния контрол, обучението на национални граничари, обмена на оперативна информация и съвместните операции.
Vzhľadom na právomoci uvedené v jej pracovnom poriadku má agentúra Frontex za úlohu vykonávať analýzy rizika na základe informácií, ktoré jej poskytujú príslušné úrady členských štátov, uľahčovať operačnú spoluprácu medzi členskými štátmi a tretími krajinami, spolupracovať s príslušnými orgánmi tretích krajín a s medzinárodnými organizáciami, napríklad prostredníctvom výmeny skúseností v otázkach kontroly hraníc, vzdelávania príslušníkov pohraničnej stráže, výmeny operačných informácií a prostredníctvom spoločných operácií.