Въпреки това предложението на Комисията има определени недостатъци, например липсва оценка за въздействието на предлаганите мерки, сроковете за усвояване, спорното широко използване на резервите на ЕС или продължаващият проблем с недостатъчното финансиране на функция 4, които Комисията правилно посочи в доклада си за оценка на функционирането на междуинституционалното споразумение.
Návrh Komisie však má určité nedostatky, akým je napríklad absencia posúdenia vplyvu v súvislosti s navrhovanými opatreniami, načasovanie čerpania, sporné rozsiahle používanie rezerv EÚ alebo neustály problém nedostatočného financovania v rámci okruhu 4, na ktoré Komisia správne upozornila vo svojej hodnotiacej správe o fungovaní medziinštitucionálnej dohody.