В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Zároveň vzniká otázka, ako bude možné zosúladiť ciele stanovené v stratégii pre podunajskú oblasť, ktoré sú niekedy protichodné, ako napríklad kvalita vody, zlepšenie stavu životného prostredia, lodná doprava, využívanie energie alebo ekologický cestovný ruch.