И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Toto nariadenie však hneď od prvého čítania naznačilo niekoľko nezhôd medzi Radou a Parlamentom, ktoré sa týkajú nasledujúcich aspektov: odber odtlačkov prstov u detí mladších ako šesť rokov s rizikom ignorovania podrobností o nákladoch a nepríjemnostiach, ktorým by rodičia čelili vždy, keď sa zmenia odtlačky prstov ich detí; nové problémy s organizáciou zberu biometrických údajov; a v neposlednom rade, nedostatok skúseností, ktoré majú členské štáty, pokiaľ ide o správu uchovania osobných údajov a riešenie technických chýb.