Дунавската стратегия, както и другите макрорегионални стратегии, планирани от ЕС, има за цел засилването на интеграцията чрез сътрудничество на регионално и местно равнище.
Stratégia pre podunajskú oblasť, ako ostatné makroregionálne stratégie, ktoré naplánovala EÚ, si kladú za hlavný cieľ posilnenie integrácie pomocou spolupráce na regionálnej a miestnej úrovni.