Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между Европейския съюз и Съюза Коморски острови, като се насърчи създаването на рамка за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови.
Hlavným cieľom nového protokolu je určiť rybolovné možnosti, ktoré sa naskytujú plavidlám EÚ, čo sa týka prístupových práv a sektorovej podpory, a pokračovať v spolupráci medzi Európskou úniou a Komorským zväzom, aby sa podporilo vytvorenie rámca partnerstva, v ktorom sa bude rozvíjať trvalo udržateľná politika rybolovu a rozumné využívanie rybolovných zdrojov vo výlovných oblastiach Komorského zväzu.