Този важен подход обаче в много случаи има вероятност да бъде затруднен от значителната автономия и силната конкуренция, които съществуват между различни органи, отговарящи за управлението на всяка еднофондова програма.
Značná autonómia a silná konkurencia existujúca medzi jednotlivými orgánmi zodpovednými za riadenie každého programu financovaného z jedného fondu však často vedú k zmareniu tohto dôležitého prístupu.