Nicméně návrh Komise vykazuje určité nedostatky jako je absence analýzy dopadů navrhovaných opatření, otázka časování čerpání prostředků, diskutabilní rozsáhlé využívání rezerv Unie či neustálý problém nedostatečného financování okruhu 4, na který správně upozornila Komise ve své hodnotící zprávě o fungování interinstitucionální dohody.
Cu toate acestea, propunerea Comisiei are cu siguranță anumite deficiențe, precum lipsa unei evaluări a impactului în ceea ce privește măsurile propuse, sincronizarea tragerilor, utilizarea îndoielnică la scară largă a rezervelor UE sau problema constantă privind finanțarea insuficientă a rubricii 4, pe care Comisia le-a indicat în mod corect în raportul său de evaluare a funcționării acordului interinstituțional.