Zazněly i obavy ohledně institucionálních otázek, jako například zda by rozvoj Evropské obranné agentury nevedl ke snížení velikosti armád některých členských států a zda by nebyla v rozporu s kompetencemi a cíli Evropské služby pro vnější činnost.
De asemenea, au fost exprimate temeri cu privire la aspectele instituționale, precum cel al creșterii AEA și dacă aceasta va rezulta într-o reducere a dimensiunii armatelor anumitor state membre și dacă va exista un conflict cu domeniul de acțiune și obiectivele Serviciului European de Acțiune Externă.