Nicméně v hodnocení jednotlivých institucí, zejména evropských agentur, se neustále vyskytují nedostatky, např. v procesu přijímání zaměstnanců, při zadávání veřejných zakázek, problémy s transparentností nebo problémy s interní kontrolou.
Cu toate acestea, în evaluarea instituțiilor individuale, în special a agențiilor europene, apar în mod constant deficiențe, de exemplu, în procesul de recrutare, în domeniul achizițiilor publice, în probleme de transparență sau probleme privind controlul intern.