Uzavření dohod EPA nezbytně vyžaduje nejen zajištění součinnosti jejich institucí s institucemi Dohody z Cotonou, ale neobejde se rovněž bez aktualizace obchodních ustanovení Dohody z Cotonou, protože obchodní režim zavedený Dohodou z Cotonou zastaral.
Elaborarea APE nu implică doar necesitatea de a asigura sinergia dintre acestea şi instituţiile Cotonou, ci presupune şi o actualizare a prevederilor comerciale ale Acordului de la Cotonou, având în vedere că regimul comercial Cotonou s-a învechit.