Nicméně toto nařízení se již od prvního čtení vyznačovalo spoustou neshod mezi Radou a Parlamentem v následujících aspektech: snímání otisků prstů dětí do věku šesti let s rizikem přehlédnutí podrobností o nákladech a nepohodlí, kterému by byli vystaveni rodiče pokaždé, když se otisky prstů jejich dětí změní; nové výzvy ve způsobu organizace shromažďování biometrických údajů; a v neposlední řadě nedostatek zkušeností členských států, pokud jde o správu uchovávání osobních údajů a technické chyby.
Cu toate acestea, prezentul regulament a semnalat încă de la prima lectura o serie de neconcordante între Consiliu şi Parlament privind aspecte precum: amprentarea copiilor până la 6 ani cu riscul de a ignora detalii ce privesc costurile şi inconveniențele cu care părinţii s-ar confrunta odată cu schimbarea amprentelor digitale ale copiilor ; noile provocări referitoare la organizarea colectării datelor biometrice şi nu în ultimul rând lipsa de experienţă a Statelor Membre cu privire la gestionarea păstrării datelor personale şi greșelile tehnice