Hlavním cílem nového Protokolu k Dohodě je vymezit rybolovná práva nabízená plavidlům Evropské unie za přístupová práva a za podporu odvětví, pokračovat ve spolupráci mezi Evropskou unií a Komorským svazem a vybudovat tak rámec pro partnerství, jehož smyslem je rozvíjet politiku udržitelného rybolovu a zodpovědně využívat rybolovné zdroje v rybolovné oblasti Komorského svazu.
Obiectivul principal al noului protocol este de a defini posibilitățile de pescuit oferite navelor UE în ceea ce privește drepturile de acces și sprijinul sectorial și de a continua cooperarea dintre UE și UC în vederea extinderii cadrului de parteneriat pentru dezvoltarea unei politici durabile în domeniul pescuitului și pentru exploatarea responsabilă a resurselor halieutice din zona de pescuit a Uniunii Comorelor, în interesul ambelor părți.