Po uzákonění daného nařízení byla zřízena agentura FRONTEX, jejímž úkolem je koordinovat operativní spolupráci mezi členskými státy v oblasti řízení vnějších hranic, napomáhat členským státům při odborné přípravě vnitrostátní pohraniční stráže, provádět analýzu rizik, sledovat rozvoj výzkumu v oblasti kontroly a ostrahy vnějších hranic; napomáhat členským státům v situacích, které vyžadují zvýšenou technickou a operativní pomoc na vnějších hranicích a poskytovat členským státům nezbytnou podporu při organizaci společných návratových operací.
De la punerea în aplicare a regulamentului, a fost înființată agenția Frontex care are misiunea de a coordona cooperarea operațională dintre statele membre în domeniul gestionării frontierelor externe, de a oferi asistență statelor membre în formarea polițiștilor de frontieră la nivel național, de a efectua analize de risc, de a monitoriza dezvoltarea cercetării în materie de control al frontierelor externe și supraveghere, de a ajuta statele membre în situații care necesită un nivel ridicat de asistență tehnică și operațională la frontierele externe și de a le oferi sprijinul necesar în organizarea operațiunilor de returnare comune.