Avšak bližší analýza poukazuje na skutečnost, že určité zásady interinstitucionální spolupráce jsou ignorovány, jak na úrovni Evropské unie, tak mezi členskými státy EU.
O analiză mai detaliată scoate însă în evidenţă neglijarea unor principii de cooperare interinstituţională, atât la nivelul Uniunii Europene, cât şi între statele membre ale Uniunii.