Патентната система на ЕС обаче страда от много слабости, препятстващи установяването на единна патентна защита, но също и развитието на вътрешния пазар, намалявайки с това правната сигурност за инвеститорите и фирмите, извършващи иновации.
Tačiau ES patentų sistema kenčia dėl daugybės trūkumų, kurie trukdo ne tik sukurti bendrą patentinę apsaugą, bet ir vidaus rinkos plėtrai, ir dėl to mažėja išradėjų ir inovatyvių įmonių teisinis tikrumas.