Въпреки това предложението на Комисията има определени недостатъци, например липсва оценка за въздействието на предлаганите мерки, сроковете за усвояване, спорното широко използване на резервите на ЕС или продължаващият проблем с недостатъчното финансиране на функция 4, които Комисията правилно посочи в доклада си за оценка на функционирането на междуинституционалното споразумение.
Nepaisant to, Komisijos pasiūlyme yra trūkumų, pvz., nėra siūlomų priemonių poveikio vertinimo, išmokėjimo tvarkaraščio, abejonių kyla dėl didelio masto ES atsargų naudojimo, vis dar neišspręsta nepakankamo 4 išlaidų kategorijos finansavimo problema, ir Komisija tai teisingai nurodsavo tarpinstitucinio susitarimo vykdymo vertinimo ataskaitoje.