Независимо от това при оценяването на отделните институции, по-специално европейските агенции, постоянно възникват проблеми, например свързани с процеса на наемане на работна ръка при възлагане на обществени поръчки, а също проблеми, свързани с прозрачността или с вътрешния контрол.
Nepaisant to, vertinant atskiras institucijas, ypač Europos agentūras, nuolat atsiranda trūkumų, susijusių su, pvz., įdarbinimo procesu, viešaisiais pirkimais, skaidrumo problemomis arba vidaus kontrolės problemomis.