Необходима е също по-добра координация между управляващите органи и съществуващите трансгранични институции, като еврорегионите, по време на изпълнението на трансграничните програми, за да се гарантира високо равнище на качество, прозрачност и близост до гражданите.
Reikėtų taip pat siekti geresnio valdymo institucijų ir jau esamų tarpvalstybinių institucijų, pvz., euroregionų, koordinavimo, įgyvendinant tarpvalstybines programas, kad būtų užtikrinama projektų kokybė, skaidrumas ir artimumas piliečiams.