В резултат на това на практика защита често се търси само в определена част от територията на ЕС, като с това се създават сериозни проблеми от гледна точка на свободното движение на стоки, които са защитени с патент в някои юрисдикции, но могат да бъдат произвеждани безпрепятствено в други.
Todėl praktikoje patento apsaugą dažnai siekiama užtikrinti tik tam tikroje ES teritorijoje, taip sukuriant didelių sunkumų laisvam prekių, kurias kai kuriose teritorijose apsaugo patentas, o kitose jos gali būti laisvai gaminamos, judėjimui.