Сред причините за това положение са: първо, късното приемане на регламента за ЕФР; второ, забавеното приемане на оперативните програми, някои от които бяха одобрени през втората половина на 2008 г.; трето, проблемите със създаването на системите за управление и контрол, чието одобрение е предварително условие за отчитане на плащанията пред Комисията и, четвърто, последиците от финансовата и икономическа криза за сектора на рибарството.
Tokia padėtis susidardėl tam tikrų priežasčių, visų pirma dėl vėlyvo EŽF reglamento patvirtinimo; antra, dėl atidėto veiklos programų patvirtinimo, nes kai kurios programos buvo patvirtintos 2008 m. antroje pusėje; trečia, dėl problemų su kuriomis susidurta kuriant valdymo ir kontrolės sistemas, kurias būtina patvirtinti prieš siunčiant mokėjimus Komisijai; ir ketvirta, dėl finansų ir ekonomikos krizės poveikio žuvininkystės sektoriui.