През първата фаза (1999-2005 г.), ЕС опита да хармонизира подхода на политиките на държавите-членки на базата на общи минимални стандарти.
Per pirmąjį Europos bendros prieglobsčio sistemos diegimo etapą (1999-2005 m.) ES, remdamasi bendraisiais minimaliais standartais, stengėsi suderinti valstybių narių politikos metodus.