Агенцията в момента координира няколко съвместни операции и пилотни проекти по морските, сухопътните и въздушните граници с оглед на борбата с нелегалната имиграция, и по-конкретно по отношение на определени високорискови области, като например южните морски граници на ЕС, макар че северните и източните граници също са обхванати.
Šiuo metu Agentūra koordinuoja daugelį bendrų operacijų ir bandomųjų projektų prie jūrų, sausumos ir oro sienų, kovodama su nelegalia imigracija ir ypatingą dėmesį skirdama didelės rizikos zonoms, pvz., pietinėms ES jūrų sienoms, nors taip pat saugo šiaurines ir rytines sienas.