Основната цел на новия протокол е да се определят възможностите за риболов, предлагани на кораби от ЕС, по отношение на права на достъп и подкрепа за сектора и да се продължи сътрудничеството между ЕС и Съюза Коморски острови, като се разшири рамката за партньорство, в която да се развива политика на устойчиво рибарство и отговорно използване на рибните ресурси в риболовната зона на Коморските острови в интерес и на двете страни.
Pagrindinis naujojo protokolo tikslas - apibrėžti ES laivams siūlomas naudojimosi žvejybos galimybe teises bei paramą sektoriui ir tęsti ES ir Komorų Sąjungos bendradarbiavimą siekiant plėsti partnerystės programą, kurioje būtų plėtojama tausios žuvininkystės politika ir atsakingai naudojami žuvininkystės ištekliai Komorų žvejybos zonoje, atsižvelgiant į abiejų šalių interesus.