И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
Vis dėlto jau per pirmąjį svarstymą dėl šio reglamento kilo daugybnesutarimų tarp Tarybos ir Parlamento šiais aspektais: vaikų iki šešerių metų amžiaus pirštų atspaudų ėmimas, rizikuojant neatsižvelgti į tai, kiek išlaidų ir nepatogumų tai sukeltų jų tėvams, kiekvieną kartą pakitus jų vaikų pirštų atspaudams; nauji iššūkiai dėl biometrinių duomenų rinkimo organizavimo; ir paskutinis, bet ne mažiau svarbus aspektas, tai valstybių narių patirties, susijusios su asmeninių duomenų laikymu ir susidorojimu su techninėmis klaidomis, trūkumas.