В същото време е спорно как понякога противоречащи си цели от дунавската стратегия като качеството на водите, подобряването на състоянието на околната среда, корабоплаването, потреблението на енергия или екотуризма, могат да бъдат хармонизирани.
Kartu abejotina ir galimybsuderinti kartais prieštaringus Dunojaus strategijoje išdėstytus tikslus, pvz., dėl vandens kokybės, aplinkos gerinimo, tinkamumo laivybai, energijos vartojimo arba ekologinio turizmo.