Тъй като селското стопанство не е само икономическа дейност и тъй като политиките в областта на селското стопанство и храните трябва да служат за основни цели, като доставки на храни и продоволствена сигурност, главното предизвикателство е ефективното хармонизиране на търговските и нетърговските аспекти.
Kadangi žemės ūkis nėra tik ekonominveikla ir kadangi žemės ūkio ir maisto politika turi būti tarp pagrindinių tikslų, tokių kaip aprūpinimo maistu saugumas ir maisto tiekimas, pagrindinis iššūkis yra veiksmingai suderinti komercines ir nekomercines aplinkybes.