Трансевропейската транспортна система допринася също така за планираното намаляване на емисиите на парникови газове, като въвежда по-добро управление на различните видове транспорт и насърчава тяхната оперативна съвместимост.
Siūlant geresnį transporto rūšių valdymą ir remiant jų sąveiką, transeuropiniu transporto tinklu taip pat prisidedama prie išmetamųjų šiltnamio efektą sukeliančių dujų kiekio mažinimo plano.