While her husband, Franklin, was very supportive of her, they didn't always agree, and sometimes they publicly disagreed. In fact, right before he became president, Eleanor disagreed so strongly with his policies on public spending that she wrote an editorial about it. She also disagreed with his policy of not accepting more refugees from Nazism during World War II, as well as his internment of Japanese-Americans during the war.
Kocası Franklin her ne kadar ona destek olsa da, bu her zaman anlaştıkları anlamına gelmezdi. Bazen kamuoyu önünde fikir ayrılıkları yaşadıkları da olurdu. Hatta, tam başkan olmadan önce, Eleanor kamu harcamaları konusundaki politikalarına kamuoyu önünde o kadar şiddetli karşı çıktı ki, bununla ilgili bir başmakale kaleme aldı. Ayrıca daha fazla 2. Dünya Savaşı süresince Nazizm’den kaçan göçmen almama politikasına da katılmıyordu, savaş sırasındaki Japonya kökenli Amerikalıların gözaltına alınma politikalarına katılmadığı gibi.