He was the sub-Governor of Bağcılar district of İstanbul between 2003-2005. Between 2005-2007 he was the Governor of Siirt and between 2007-2010 Governor of Diyarbakır. In 2010, he was assigned as Governor of İstanbul.
2003-2005 yılları arasında İstanbul’un Bağcılar ilçesi Kaymakamlığını yürüttü. 2005-2007 yılları arasında 2 yıl süre ile Siirt Valiliği , 2007-2010 yılları arasında 3 yıl süre ile Diyarbakır Valiliği yapan Hüseyin Avni Mutlu Mayıs 2010'da İstanbul Valiliğine atandı.