Οι ωοθήκες δεν λειτουργούν σωστά, αυτά τα προβλήματα μπορεί να οφείλονται σε γενετικές βλάβες που εμφανίζονται στη μήτρα ή μετά τη γέννηση άλλων γεννητικών ανωμαλιών όγκων σε πολλές περιπτώσεις η αιτία της πρωτοπαθούς αμηνόρροιας δεν είναι γνωστή.