Σε περιπτώσεις που σχετίζονται με πρωτοπαθή αμηνόρροια περιλαμβάνονται αδρενογεννητικό σύνδρομο ανορεξίας νευροσωματικές ανωμαλίες όπως σύνδρομο Τέρνερ ή σύνδρομο Σόγιερ συγγενή καρδιακή νόσο κυανοτική συγγενική υπερπλασία των επινεφριδίων κρανιφαρυγγίωμα χρόνιες μακροχρόνιες ασθένειες κατακλύζει τη νόσο κυστική ίνωση δυσγενετική υποθυρεοειδι όγκοι της υπόφυσης ή των επινεφριδίων όγκοι των ωοθηκών