αν και δεν υπάρχουν δεδομένα μερικοί γιατροί μπορεί να εξετάσει τη χρήση φαρμάκων που καταστέλλουν ισχυρά το ανοσοποιητικό σύστημα, όπως η αζαθειοπρίνη και 6 μερκαπτοπουρίνη μεταξύ των ασθενών με σοβαρή μικροσκοπική κολίτιδα που δεν ανταποκρίνεται σε άλλες θεραπείες