קמבודיה קיבלה עצמאות בשנת 1953, ומאז שתי המדינות היו יחסים קשים. סכסוך התעורר בסוף שנות החמישים על הבעלות על מקדש פרה ויהיר, השוכן ליד הגבול בהרי דנגרק. ב-1962 הועבר המקרה לבית המשפט הבינלאומי של צדק, שהוציא פסק-דין לטובת קמבודיה, אך תאילנד הביעה הסתייגויות לגבי התוצאה. באמצע שנות השישים היה גם מחלוקת על הבעלות על האי קו קוט. המחלוקות הללו נעלמו כאשר קמבודיה נבלעה בסדרה של סכסוכים בעשורים הבאים ובשלטון הרסני של הקמרים האדומים, עם אלפי פליטים שחצו את הגבול. עד 1981, יותר מ-250,000 פליטים מקמבודיה וויאטנאם חיו בעשרים מחנות לאורך הגבול, בתמיכת סוכנויות סיוע בינלאומיות ומבצע הסיוע הגבולי של האו"ם. קרבות מפוזרים פרצו לאורך הגבול בעקבות הפלישה של וייטנאם.
של קמבודיה בשנת 1979, המשיכה לאורך שנות השמונים עד שווייטנאם נסוגה מהמדינה בשנת 1989. במאמץ לעצור את חדירת החמרים האדומים מטאילנד, קמבודיה בנתה גדר מבוצרת גדולה לאורך הגבול במחצית השנייה של שנות השמונים. מאז הגעת השלום בקמבודיה בתחילת שנות ה-90 יחסיו עם תאילנד שוב חממו על נושא פרה ויהיר, כמו גם, במידה פחותה, על אי קו קוט. ועדת גבול הוקמה ב-1995 בניסיון לפתור את הבעיות בדרכי שלום, אך היא השיגה מעט התקדמות, וההגדרה המלאה של הגבול, שמספקת את שני הצדדים, עדיין לא הושגה.