לאחר פירוק אגודת ישו בשנת 1773, האוניברסיטה הוחלט על ידי מסדר ההוראה הפיאריסטי, שהיה אחראי לשיפור החינוך המודרני: הפקולטה למשפטים הוקמה בשנת 1774, עם הפקולטה לרפואה בעקבות 1775. מחלקות רבות היו מהוות את הפקולטות הללו. המלך יוסף השני הוריד את רמת האוניברסיטה ל"קולג' המלכותי של האקדמיה" בשנת 1784, מה שהפריע להתקדמותה הלאה. עם זאת, המוסד הפך לקולג' הגדול ביותר של טרנסילבניה. הפקולטה לתיאולוגיה נסגרה בשנת 1786, והפקולטה האחרת הציעה מגוון רחב של לימודים, כולל כלכלה ומדעים. בעקבות המהפכה האזרחית ומלחמת העצמאות של 1848<unk>1849
בשנת 1863, הפקולטה לאמנויות והפקולטה למשפטים נסגרו, כאשר האחרון פעל כאקדמיה עצמאית החל משנת 1863.