רוב החיידקים נכנסים לריאות באמצעות שאיפות קטנות של אורגניזמים המתגוררים בגרון או באף. למחצית מהאנשים הנורמליים יש שאיפות קטנות אלה במהלך השינה. בעוד שהגרון תמיד מכיל חיידקים, אלה הפוטנציאליים זיהומים מתגוררים שם רק בזמנים מסוימים ותחת תנאים מסוימים. מיעוט של סוגי חיידקים כגון Mycobacterium tuberculosis וLegionella pneumophila מגיעים לריאות באמצעות טיפות מזוהמות באוויר. חיידקים יכולים להתפשט גם דרך הדם. ברגע שבריאות, חיידקים עשויים לפלוש למרחבים בין תאים ובין אלבוליים, שם המקרופגים והניוטרופילים (תאי דם לבנים מגן) מנסים להפסיק את הפעילות של החיידקים. הניוטרופילים משחררים גם ציטוקינים, מה שגורם להפעילות כללית של מערכת החיסון. זה מוביל לחום, עייפות, עייפות נפוצות.
חסין