באותה שנה, הוא הצטרף לחיל הים במלחמת הקונפדרציה.
על סיפון הקרבט "ליברטד", אשר תפס את "סוקבאיה", שנשאר תחת פיקודו. לאחר שחזר לצ'ילה, הוא הועלה לדרגת קפטן. בשל שירותו המצטיין בקרב קסמה, הוא קיבל מדליה מהמושל של צ'ילה. הוא פיקד על הספינה "מגלאנס" בשנת 1846 ועל הספינה "קאזדור" מ-1851 עד 1856, אשר טבעה באחת האסונות הימיים הגרועים ביותר של צ'ילה.