במהלך השלבים המאוחרים יותר של תוכנית מבחני הטיסה, בדיקות התנודד הראו כי הכנפיים סבלו מהטלטלות בתנאים מסוימים. קושי זה פוענח בחלקו על ידי הפחתת נוקשותם של כמה מרכיבי הכנפיים. עם זאת, בעיית התנודד במהירות גבוהה חמורה במיוחד פוענחה רק על ידי הצגת משקולות נגד אורניום מופחת כבלסט במנוע החיצוני של מנוע ה- 747 המוקדם. אמצעי זה גרם לדאגה כאשר מטוסים אלה התרסקו, למשל טיסת אל אל 1862 באמסטרדם בשנת 1992 עם 282 קילוגרם (622 פאונד) של אורניום בצינור האחורי (יציון אופקי). תוכנית בדיקת הטיסה הונעה על ידי בעיות עם מנועי ה- JT9D של ה-747. קשיים אלה נגרמו על ידי תנועות מהירות של מנוע הדחיקה ועיוות של תרירירי הטורבינה לאחר תקופה קצרה של שירות.
חמישה מטוסי ניסוי נפגעו קשות במהלך ניסיון הנחיתה.