פדרר נולד בבזל, שווייץ. אביו, רוברט פדרר, הוא שוויצרי-גרמני מברנק שבקנטון סנט גלן, ואמו, לינט פדרר (נייתו דוראנד), היא אפריקנית מקמפטון פארק, גאוטנג, בדרום אפריקה. לפדרר יש אח אחד, אחותו הגדולה, דיאנה, שאימא של זוג תאומים. מאחר ואמו דרום אפריקאית, הוא מחזיק גם באזרחות שוויצרית וגם בדרום אפריקה. הוא גדל בבירפלסדן הסמוכה, ריהן, ולאחר מכן מינכשטיין, קרוב לגבולות הצרפתיים והגרמניים, והוא דובר שוויצרית גרמנית, גרמנית סטנדרטית, אנגלית וצרפתית באופן שוטף, כמו גם איטלקית ושבדית; שוויצרית גרמנית היא שפת האם שלו. פדרר שימש כילד בכדור בעיר הולדתו, בבזל, שוויץ, בטורניון הפנים, בשנת 1992 ושנת 1993. שאלה: מה שמו של רוג'ר פדרר
לינט.