ב-1921 הוא מונה למרצה בכיר באוניברסיטת המבורג החדשה. בין השנים 1919-1923 עשה וגנר עבודות חלוציות בנושא שיקום האקלים של עידנים עברו (הידוע כיום בשם "פאלאוקלימאטולוגיה"), בשיתוף פעולה הדוק עם מילוטין מילנקוביץ', ופרסם את Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>The Climates of the Geological Past<unk>) יחד עם חותנו, ולדימיר קופן, בשנת 1924. במהדורה השלישית, שוחזרה לחלוטין של <unk>מוצא היבשות והאוקיינוסים<unk>, התחיל הדיון על תיאוריית הזחילה שלו, תחילה בשטח היבשת בגרמנית ובהמשך עם מומחים בינלאומיים. התשובה המיידית של רוב הביקורת הייתה: מי עוד היה חלק מהמשפחה?
אשתו ושתי בנותיהם.