ב-10 ביוני, דיוויזיה 1 של ספינות קרב עזבה את טוויטאווי לBatjan בהכנות למבצע קון, התקפת נגד מתוכננת נגד הפלישה האמריקאית של Biak
אני לא יודע. שלושה ימים לאחר מכן, כאשר אדמירל סומו טויודה, מפקד הצי המשולב, הודיע על התקפות אמריקאיות על סייפאן, מבצע קון בוטל וכוחותיו של אוגקי הוזזו לאיי מריאנה. ספינות הקרב נפגשו עם הכוח העיקרי של אוזאווה ב-16 ביוני. במהלך קרב ים הפיליפינים, "נגאטו" ליווה את נושאות המטוסים, ואת נושאת האור. היא ירתה 41 ס"מ סוג 3 "סנקיידן" שריפה נגד מטוסים רסיסים כדורי שריפה על מטוסים מהנשאית הקלה שתקפה את "ג'ונ'יו" וטענה כי הורידה שני מפציצי טורפדו Grumman TBF Avenger. הספינה הותקפה מטוסים אמריקאים במהלך הקרב, אך לא נפגעה ולא נפגעה אף אחת. במהלך הקרב הצילה "נגאטו" ניצולים מ"היו" שהועברו לשדה התעופה לאחר שהספינה הגיעה לאוקינאווה ב-22 ביוני. היא המשיכה לקורה, שם הותקנה מחדש עם מכשירי רדאר נוספים ואקדחים קלים. ב-8 ביולי הוצאה "נגאטו" מהעגלה, והטילה יחידה של חיל הרגלים ה-28 ביום שלמחרת והביאה אותם לאוקינאווה ב-11 ביולי. היא הגיעה ללינגה דרך מנילה ב-20 ביולי.