הפריה של זרעי גינקו מתרחשת באמצעות זרע נעים, כמו בסיקדות, צפרדעים, אצות ואצות. הזרע גדול (כ-70<unk>90 מיקרומטרים) ודומה לזרע של צפרדעים, שהם מעט גדולים יותר. זרע גינקו התגלה לראשונה על ידי הבוטניסט היפני סאקוגורו היראסה בשנת 1896. הזרע בעל מבנה מורכב רב שכבתי, שהוא חגורה רציפה של גופים בסיסיים המהווים את הבסיס של כמה אלפי פלגלות שיש להן למעשה תנועה דמויית קרום העין. המכשיר של פלגלה/קרום העין מושך את גוף הזרע קדימה. הזרע צריך רק למסע למרחק הארכיגוניה, שבהם בדרך כלל יש שניים או שלושה זרע. שניים מיוצרים, שאחד מהם מפרה בהצלחה את הביצית. למרות שדוע כי הפריה של זרעי גינקו מתרחשת ממש לפני שהם נופלים או לפני שהם נופלים מהעץ, זרע גינקו מתג בדרך כלל בתחילת הסתיו, ומיד לאחר שהם
-1896.