השלים את המשפט הבא: ב-1 בדצמבר 1983, פנאדוס מונה כארכיבישוף מטרופוליטני של גואטמלה סיטי והכומר של אסקיפולס על ידי האפיפיור יוחנן פאולוס השני. במהלך שנות שירותו כארכיבישוף הגואטמלאני, פנאדוס שינה את הגישה השמרנית של הכנסייה הקתולית כלפי הסצינה הפוליטית של האומה, אשר באותה עת סבלה מאחת השנים הקשות ביותר של
מלחמת אזרחים. היה לו תפקיד מרכזי במשא ומתן לשלום על ידי גינוי הפרות רבות של זכויות האדם במהלך המשטרים הצבאיים הקודמים ועל ידי צבא גואטמלה, ועל ידי תמיכתו בפעילות זכויות האדם וקורבנות השואה הגואטמלית. הוא היה המייסד של "משרד זכויות האדם של ארכיבישוף גואטמלה" (ODHA / משרד זכויות האדם של הארכיבישוף) בשנת 1990.