על היבשה, לאלקסיב היו חילוקי דעות רציניים ומתמשכים עם הגנרל קורופאטקין, שר המלחמה לשעבר, על האסטרטגיה שהשתמש נגד היפנים. אלכסייב אילץ את קורופאטקין לנקוט עמדה תוקפנית יותר, למרות ההתעקשות של קורופאטקין לנהל מלחמה הגנתית של התשישות עד השלמת מסילת הרכבת הטרנס-סיבירית, אשר תביא תגבורות ואספקה. בעקבות פקודה ישירה מהצאר, אלכסייב עזב את פורט ארתור ב-5 במאי 1904 למוקדן, ולאחר התבוסה הרוסית בקרב שאהו
(5 עד 17 באוקטובר 1904, נוסח חדש), שוחרר מפקודתו והורה לו לחזור לסנט פטרבורג ב -12 באוקטובר 1904.