כתוב המשך לקטע זה - כובשים ספרדים בראשות הרנן קורטס כבשו את בירת האצטקים של טנוצ'טיטלאן
(במקום של מקסיקו סיטי של ימינו) בשנת 1521, ומיסיונרים פרנציסקנים עקבו אחריהם זמן קצר לאחר מכן בשנת 1524. סאהגון לא היה בקבוצה הראשונה של 12 הנזירים, שהגיעו לניו ספרד בשנת 1524. תיאור, הן בספרדית והן בנאואטל, של המחלוקת שהחזיקו הנזירים הפרנציסקנים בטנוצ'טיטלן זמן קצר לאחר הגעתם, נכתב על ידי סאהגון בשנת 1564, כדי לספק מודל למיסיונרים עתידיים. הודות למוניטין האקדמי והדתי שלו, סאהגון גויס בשנת 1529 להצטרף למאמץ המיסיונרי בניו ספרד. הוא יבלה שם את 61 השנים הבאות.