במהלך המצור על פטרסבורג, הוא פיקד על החטיבה השנייה, הדיוויזיה הראשונה, חיל החמישי בחווה של צ'אפין והפעולות הבאות לאורך דרכי דארביטאון וניו מרקט. לאחר מכן, צבא ג'יימס הוקם מחדש ופיקודו הפך לגדוד השני, הדיוויזיה השנייה, חיל XXIV, שהיה מחובר לגדוד המשלחת של פורט פישר תחת פיקודו של בריגדנרל אלפרד ה. טרי, והשתתף בקרב השני של פורט פישר.
ולקחתו של וילמינגטון. אף על פי שאבוט לא מונה לדרגת גנרל מלאה, ב-25 בינואר 1865, הנשיא אברהם לינקולן מינה את אבוט לדרגת בריגדיר גנרל של המתנדבים, לדרגה החל מ-15 בינואר 1865 עבור שירותי גאלות בהשתלטות על פורט פישר, וסנאט ארצות הברית אישר את הפרס ב-14 בפברואר 1865. במהלך השלבים האחרונים של המלחמה, הוא היה מוצב בווילמינגטון, צפון קרוליינה.