השלים את המשפט הבא: הצבא היה מאורגן מחדש, וחלקו הונח תחת פיקודו של אנדרה מסנה והיתמזג עם צבא הלווטיה. בעקבות התארגנות מחדש ושינויי הפיקוד, השתתף הצבא במספר עימותים ופעולות בחלק המזרחי של הרמה השוויצרית, כולל קרב וינטרתור. לאחר פעולה זו, שלושה כוחות של הצבא הקיסרי התאחדו מצפון לציריך, והשלמו את המצור החלקי של צבא הדנובה והצבא השוויצרי של מאסנה. כמה ימים לאחר מכן, בקרב הראשון של ציריך, מאסנה נאלץ מערבה, מעבר ללימט. בסוף הקיץ 1799 קיבל צ'ארלס פקודה לתמוך בפעילויות האימפריאליות במרכז ריינלנד; הוא נסוג צפונה מעבר לריין, וצעד לכיוון מאנהיים, והותיר את ציריך ואת צפון שוויץ בידי אלכסנדר קורסקוב חסר הניסיון ו-25,000 חיילים רוסים. אף על פי שפרידריך פרייהר פון הוטזה, בעל היכולות הגבוהות ביותר, נשאר בתמיכה, 15,000 אנשיו לא הצליחו להילחם בהסדרים ההגנה של קורסקוב. שלושה שבועות מאוחר יותר, ב
הקרב השני של ציריך, הכוח הרוסי הושמד, והוטזה נהרג מדרום ציריך. זה השאיר את מאסנה בשליטה על צפון שוויץ, והסגר הכריח את סובורוב לצעוד ארוך של שלושה שבועות לתוך פורלברג, שם הגיעו חייליו, רעבים ומנוטים, באמצע אוקטובר.