כתוב המשך לפרק זה - מקדונלד נרשם ברובים של המלכה של קנדה ב-13 באוקטובר 1868 כקצין. הוא בילה את הקיץ של 1866 עם הגדוד ה-14 של חיילי המיליציה המתנדבים ליד קורנוול, בהמתנה לפלישה של הפנים.
אני לא יודע. הוא עלה לדרגת סמל לפני שהוקם לסמל ב-22 באפריל 1870. לאחר מכן הצטרף מקדונלד למשלחתו של קולונל גראנט ג'וזף וולסלי ונסע אל יישוב הנהר האדום במניטובה. משלחת וולסלי הוקמה כדי לכבות את מרד הנהר האדום של לואיס ריאל. לאחר שהשתתף בכיבוש ללא שפיכות דמים של פורט גארי העליון (אחרי עזיבתו של ריאל) הוא חזר לטורונטו, אך השתתף בהדחת המרד השני של ריאל. הוא פרש מ-QOR ב-26 באפריל 1882 ועבר לוויניפג. במהלך המרד בצפון-מערב ב-1885, מקדונלד שירת כסגן בחטיבת הרובים ה-90 (וויניפג), יחידה שעזר לארגן. מאוחר יותר הוא נלחם בפיש קריק בססקצ'ואן.