מרטין ואגנר (נולד ב-16 במרץ 1984 ב-Jaroměř, צ'כוסלובקיה) הוא שחקן הוקי קרח צ'כי. הוא נבחר בסיבוב הראשון, 26 בסך הכל, על ידי הדאלאס סטארס בדראפט ה-NHL 2002. הוא נכנס שוב, עם זאת, ב-2004.
ונבחר בסיבוב התשיעי, 268 במספר הכללי, על ידי הוריקנס קרוליינה. הוא עדיין לא שיחק בליגת ההוקי הלאומית, מבלה את הקריירה שלו עד כה ב-Czech Extraliga.