ב-15 ביוני 1940, ברית המועצות כבשה את ליטא, והקצינים, כמו שאר הצבא, קיבלו פקודה לא להתנגד. אלכסנדרס בראוסקאס, רובה ושומר גבול, נהרג על ידי חיילי הצבא האדום בבוקר 15 ביוני. ממשלת העם הסובייטית החדשה של ליטא מיד נקטה צעדים כדי להשמיד את האיחוד. מפקדה, קולונל פרנאס סלאדג'יוס, פוטר ב-19 ביוני 1940, ומפקד הדיוויזיה הגנה גנרל וינקס ויטקאוסקאס, ששיתף פעולה עם הסובייטים, הורה לרבנים למסור את נשקם לצבא ב-25 ביוני 1940. ב-13 ביולי 1940, צו סובייטי לפזר את האיגוד. בחודשים שלאחר מכן, מספר מהקצינים הפעילים ביותר נעצרו כ"אויבי העם" ונשלחו למחנות גולאג שונים. ביוני 1941, הסובייטים החלו גירוש המוני
שנקבעה כ"גורמים אנטי-סובייטיים", כולל הרובים. בין אלה שגורשו היו מפקד LRU, קולונל פראנס סלאדג'יוס, מפקד כבוד של סעיף הנשים אמיליה פוטבינסקינה, מפקד גדוד אוטנה, סגן קולונל פראנס ברונביצ'וס, ראש סעיף התרבות וינס פילטוואראס ואחרים.