כתוב המשך לפרק זה - ניכפרוס נולד בשנת 1002 למייקל בוטניאטס ואשתו, חברים במשפחת בוטניאטס, משפחה צבאית בולטת מהתימה האנטולית. על פי אטליאטס, סבו של ניקפרוס ניקפרוס ואביו מייקל שניהם שירתו כמפקדים תחת באסיל השני (בג'ורג'יה) במהלך מסעותיו נגד הגאורגים וכניסתו של בולגריה.
Attaleiates הוא המקור היחיד שנותן את המידע הזה. אטליאטס גם מציין כי משפחת בוטניאטי הייתה קשורה לקיסר הביזנטי ניקפרוס השני פוקהס ולמשפחת פוקהס. זה כמעט בוודאות שימש את ניכפורוס כדי להוסיף לגיטימציה לשלטונו מאוחר יותר, וזה מאושר על ידי פסלוס, שקורא לניכפורוס השלישי "פוקאס" בהדפסתו של המלך הביזנטי מיכאל השביעי דוקאס' מכתב אליו. בתאריך לא ידוע, ניקפורוס התחתן עם אישה בשם וודנה, אך מאוחר יותר הוא התחתן עם מריה מאלאניה, אשתו לשעבר של מיכאל השביעי. נראה שהיה לו לפחות ילד אחד עם וודנה, כפי שאנה קומננה מזכירה את נכדו ב"אלקסיאדה". מעט מאוד ידוע על חייו של ניקפרוס לפני 1053, מלבד העובדה כי הוא שירת כמפקד תחת הקיסר קונסטנטין התשיעי מונומאכוס במהלך מרד הפצ'נגים של 1048-1053.