השלים את המשפט הבא: זמן קצר לאחר הקרב התחתן עם בתו של את'ני מפורסם, ומאז ועד מותו היה פעילותו קשורה באופן בלתי ניתוק לעיר הזאת. לאחר שהאתונה נכבשה על ידי אברהם פאשה ביוני 1826, Makriyannis עזר לארגן את ההגנה על האקרופוליס, והפך למפקד הזמני של חיל המצב לאחר מותו של המפקד, יאניס גוראס. הוא הצליח להדוף התקפה אכזרית נגד האודיאון של הורדוס אטיקוס ב-7 באוקטובר, ובמהלך ההגנה על האקרופוליס, הוא ספג פציעות כבדות שלוש פעמים, בראש ובצוואר. פצעים אלה הטרידו אותו למשך שארית חייו, אך הם לא שיכנעו אותו להשתתף בשלב האחרון של המלחמה: באביב 1827 הוא השתתף בקרבות פיראוס ובקרב
פלרון.