כתוב המשך לפרק זה - בתקופה זו, מרד היו נפוצים. בסביבות שנת 1656, פדרו בוחורקס כתר את עצמו לאינקה (קיסר) של האינדיאנים קלצ'אקי, והסית את האוכלוסייה הילידית למרד. משנת 1665 עד 1668, בעלי המכרה העשירים חוזה וגספר סלצ'דו מרדנו נגד ממשלת הקולוניות. הכוהנים התנגדו לנימוי הכמרים מספרד. סגן המלך דייגו לאדרון דה גווארה נאלץ לנקוט צעדים נגד מרד של עבדים בחסינדה של הוואצ'יפה דה לימה. היו רעידות אדמה נוראיות (1655, 1687
) וגם מגיפות.