ב-31 בינואר 2013 הסכים קובאצ'יץ' להעברה לאינטר מילאן. התגלה כי העסקה הייתה שווה 15 מיליון יורו בסך הכל, כאשר 11 מיליון יורו שילמו מייד ו-4 מיליון יורו כאשר אינטר זכתה בליגת האלופות של אירופה. עם הגעתו, קובאצ'יץ' קיבל את החולצה מספר 10, שנשא בעבר על ידי ווסלי סניידר. שאלה: לאן קובאצ'יץ' אמר שהוא יעבור?
אינטר מילאן