מאחר שחלבונים קטנים מדי מכדי להיראות במיקרוסקופ אור, יש להשתמש בשיטות אחרות כדי לקבוע את מבנהם. שיטות ניסיוניות נפוצות כוללות קריסטלוגרפיה קרן-X וספקטרוסקופיה NMR, ששתיהן יכולות לייצר מידע מבני ברזולוציה אטומית. עם זאת, ניסויים NMR מסוגלים לספק מידע שממנו ניתן להעריך תת-קבוצה של מרחקים בין זוגות אטומים, וההתאמות הסופיות האפשריות עבור חלבון נקבעות על ידי בעיה של גיאומטריה מרחקים. קרטוגרפיה של אינטרפרזציה קוטרנטית היא שיטה אנליטית כמותית לדיאטת התאימות הכוללת של החלבון וההתאמות התאימותיות של חלבון עקב שינויים וירוסקופיים או סביסולריים, או על ידי ניסוי קריסטלוגרפי של חלבונים. מידע נוסף על חלבונים גדולים ניתן להשיג בקלות על ידי ניסוי קריסטלוגרפי של חלבונים בקריסטל
קריסטלוגרפיה אלקטרונית