כתוב המשך לפרק זה - בשנת 1887 ווסקונצ'לוס הפך לפרופסור בפקולטה לתיאולוגיה. בתפקיד זה הוא לימד קורסים שונים, כולל תיאולוגיה דוגמטית ואסגוגיקה כללית וארכיאולוגיה, הרמניאטיקה והוריסטיקה. ואסקונצ'לוס היה מארגן ארכיון האוניברסיטה משנת 1897 ואילך. הוא מילא תפקיד חשוב בהקמת הפקולטה למכתבים באוניברסיטת קוימברה והפך לדקן הראשון שלה בשנת 1911, לאחר שהפקולטה לתיאולוגיה נסגרה בשל מחסור בסטודנטים. במשך מספר שנים הוא היה מנהל הקפלה האוניברסיטאית, עליה כתב ספר, תוך שימוש בעמדה שלו כדי להגן על רבים מהחפצים הדתיים של הקפלה במהלך ההפרעות בפורטוגל לאחר המהפכה של 5 באוקטובר 1910.
אני לא יודע. הוא כתב עבור מגזינים ועיתונים שונים, במיוחד עבור "Correio de Coimbra", העיתון של הבישוף, ו"O Instituto", שבו הוא היה חבר במועצת העורכים. כחוקר הוא היה ידוע בעקרונותו ועיניו האובססיביות לפרטים, כוחות שהוא העביר לתלמידיו. מחקריו היו מוגבלים בעיקר לקוימברה ואוניברסיטתה, ובכך פיתח באופן אפקטיבי את המושג של היסטוריה מקומית בפורטוגל, אך הוא גם כתב ביוגרפיות, והיה ידוע בעיקר בזכות אלו על החייל והמשורר הפורטוגלי ברס גרסיה דה מסקרנהס והפילוסוף הספרדי פרנסיסקו סוארז. הוא היה ידוע גם בעבודתו בשני כרכים על אבולוציה של פולחן אליזבת מאראגון.