רק חמישה ימים לאחר מכן, עם פרוץ מלחמת הבורים, נוקס קיבל פיקוד על חטיבת חיל הרגלים ה-13 על גיוס הדיוויזיה השישית תחת גנרל קלי-קני, שהייתה חלק מכוח השדה הדרום אפריקאי. לאחר ההקלה של קימברלי, הוא השתתף בקרב פאארדברג.
בפברואר 1900, ונפצע קשה מפגיעה בחזה. במרץ 1902 מונה למפקד חיל המצב בלומפונטין במושבת נהר אורנג'. לאחר סיום המלחמה ביוני באותה שנה, קנוקס חזר לבריטניה ב"אס אס דנוטר קאסל", שהגיע לסאות'המפטון ביולי 1902. עבור שירותיו במהלך המלחמה, הוא הוזכר שלוש פעמים במשלחים, הוענק לו מדליית דרום אפריקה של המלכה ומדליית דרום אפריקה של המלך, הועלה לגנרל רב רב (ב-4 בדצמבר 1899), והוקם לכיסא אבירות כמפקד אבירים של מסדר האמבטיה (KCB) ברשימת הכבוד של דרום אפריקה באפריל 1901 (הסדר נקבע ב-29 בנובמבר 1900, והוא הוכרז ככזה רק לאחר שחזר הביתה, על ידי המלך אדוארד השביעי בארמון בקינגהאם ב-24 באוקטובר 1902).