השלים את המשפט הבא: בסוף שנת 2000, "בונקר היל" הוצב עם קבוצת הקרב. היא השתתפה שוב במבצע Southern Watch וביצעה עלייה על 40 ספינות סחר ותקיפה בתמיכת סנקציות האו"ם נגד עיראק. "בונקר היל" ליוויה גם את קבוצת הכוחות הימית (ARG) בעת ביצוע מבצעים הומניטריים מטימור המזרחית ומתרגלי אימונים בכווית. "בונקר היל" שימשה כמפקדת ההגנה האווירית עבור ARG, שם היא עיצבה ויישמה נוהלים חדשניים לשילוב CG לתוך ARG. בעקבות
במהלך ההתקפה על המשחתת, "בונקר היל" יצאה מהחריין כדי לספק תמיכה והגנה לשבע ספינות חיל הים של ארצות הברית וספינות חיל הים של ארצות הברית (ספינות עזר) הממוקמות שם ולאחר מכן נשארה בים במשך 67 ימים רצופים. "בונקר היל" חזר מפריסה בפברואר 2001.