ב-1939, לאחר פלישת פולין, כוחות הכיבוש הגרמנים הנאצים
סגרו את האוניברסיטה. גברים בעלי גוף כשיר נדרשו לעבוד, כך שבין 1940 ל-1944 ווויטילה עבד במגוון תפקידים, כמו שליח במסעדה, כעובד ידני במחצבת אבן גיר ובמפעל הכימיקלים סולביי, כדי להימנע מגירוש לגרמניה. בפברואר 1940, הוא פגש את יאן טירנובסקי שהציג לו את רוחניות הקרמל והקבוצות הנועריות "רוזרי חי". באותה שנה היו לו שתי תאונות גדולות, סבל שבר גולגולת לאחר שנפגע על ידי חשמלית, ופציעות שגרמו לו להשאיר כתף אחת גבוהה יותר מהשנייה, ו... אביו, סגן קצין אוסטרו-הונגרי לשעבר ואחר כך קצין בצבא הפולני, מת מהתקף לב בשנת 1941, והותיר את וויטילה כחבר המשפחה הקרובה היחיד ששרד. "לא הייתי במותה של אמי, לא הייתי במותו של אחי, לא הייתי במותו של אבי", הוא אמר, תוך שהוא משקף את התקופות האלה בחייו, כמעט ארבעים שנה מאוחר יותר, "בגיל עשרים, כבר איבדתי את כל האנשים שאהבתי".