רוב אוניברסיטת סטנפורד ממוקמת בקמפוס של 8,180 דונם, אחד הגדולים בארצות הברית. היא ממוקמת בחצי האי סן פרנסיסקו, בחלק הצפון מערבי של עמק סנטה קלרה (עמק הסיליקון) בערך 37 מייל (60 ק"מ) מדרום מזרח סן פרנסיסקו וכמעט 20 מייל (30 ק"מ) צפון מערב סן חוזה. בשנת 2008, 60% מהקרקע הזו נותרה לא מפותחת. הקמפוס הראשי של סטנפורד כולל מקום שנקבע על ידי מפקד האוכלוסין במחוז סנטה קלרה שאינו מאוחד, אם כי חלק מהקרקע האוניברסיטאית (כגון מרכז הקניות סטנפורד ופארק המחקר של סטנפורד) נמצאת בתוך גבולות העיר פאלו אלטו. הקמפוס כולל גם הרבה קרקע בחלקים שאינם מאוחדים של מחוז סן מאטו (כולל המעבדה הלאומית של SLAC ומעגן האקסלרטור הלאומי של ג'אספר), כמו גם גבול
20 קילומטרים