הוא רדף אחרי פומפיי לאלכסנדריה, שם פומפיי נרצח על ידי קצין רומאי לשעבר שירת בחצרו של המלך פטולמיוס ה-13. לאחר מכן, קיסר היה מעורב במלחמת האזרחים באלכסנדריה בין פטולמי ואחותו, אשתו, ומלכתו השותפה, פרעה קליאופטרה השביעית. ייתכן שבגלל תפקידו של פטולמי ברצח פומפיי, קיסר הצטרף לקליאופטרה; לדבריו, הוא בכה כשראה את ראשו של פומפיי, שהוצע לו מתנה על ידי פוטינוס, סמל הבית של פטולמי. בכל מקרה, קיסר עמד בפני המצור על אלכסנדריה.
ואחרון הוא הביס את הכוחות הטולמאיים בשנת 47 לפנה"ס בקרב הנילוס והציב את קליאופטרה כמנהיג. קיסר וקליאופטרה חגגו את ניצחונם במלחמת האזרחים באלכסנדריה עם צעדת ניצחון על הנילוס באביב של 47 לפנה"ס. הספינה המלכותית הצטרפה ל-400 ספינות נוספות, והכניסו את קיסר לאורח החיים המפוארים של פרעה המצרי.