כתוב המשך לקטע זה - הבניין נפגע במלחמת העולם השנייה. הוא נפגע במהלך הפצצה על בלגרד.
, חלק מההתקפה הגרמנית על יוגוסלביה ב-6 באפריל 1941. מיד לאחר הכניסה לבילגרד, הגרמנים בנו בניין נייד מאולתר ליד הבניין הפגוע, במקום שבו הוצגה רכבת טיטו הכחולה בשנת 1980. הבניין הזה נבנה על ידי האדריכל האוגרייני פאבל קראט. הבניין המודרני היה ידוע במסדרון הצר שאפשר לסוכני הגסטאפו ולמשטרה המיוחדת של נדיץ' לשלוט על הנוסעים. התחנה נפגעה עוד יותר במהלך הפצצות הפסחא הכבדות, שנערכו על ידי בעלות הברית בשנת 1944. הבניין נבנה מחדש לאחר המלחמה, והושלם לחלוטין בשנת 1953. שני המגדלים הצדדיים, אחד מסמכים האדריכליים והוויזואליים העיקריים של התחנה בכיוון רחוב קראג'ורג'יבה, לא נבנו מחדש אלא נהרסו לחלוטין במקום.