כתוב המשך לפרק הזה - הוא נעשה קפטן במרץ 1805. בחודש יולי 1805 הוא הורה מחדש ל-22 תותחים לשירות בים התיכון, ובאוקטובר 1806 קיבל את פיקודו על 36 תותחים. אליוט פיקד עליה במשך שש השנים הבאות, ונסע להודו המזרחית ולסין ב-15 בפברואר 1807. ב-8 באוקטובר 1808 הוא רדף ולקח את קורבטה הצרפתית "Iéna" בת 18 תותחים במפרץ בנגל, וב-15 ביולי 1809 סירות מ"Modeste" וחתך את "Tuijneelar" בת 8 תותחים במפרץ סונדה. אליוט לקח חלק במבצעים ללכידת ג'אווה.
בין אוגוסט לספטמבר 1811. הוא קיבל פיקוד על 38 תותחים בשנת 1813 והיה מעורב בדיכוי פיראטים בורנאו ביוני. פעולותיו במהלך המערכות הללו הביאו את תשומת לבם של הממונים עליו, כמו גם סיועו לקולונל מקגרגור בהחזרתו של סולטן פאלמבנג. סופו של מלחמות נפוליאון השאיר אותו ללא כל פקודות, אם כי הוא הצליח להבטיח משרה לפקוד על ה- HMS "Victory", ואז שירת כספינת השמירה בפורטסמות' מ-1 במאי 1827 עד 24 בינואר 1832. שירותו בתקופה זו זכה לאליוט לשבח הדוכס מקלרנס, המלך העתידי ויליאם הרביעי.