ביוני 1916, הוועידה הלאומית הרפובליקנית בחרה ביוז כפשרה בין הכנפיים השמרניות והפרוגרסיביות של המפלגה. יוז ניצח את ג'ון וו. וויקס, אליהו רוט, וכמה מועמדים אחרים בהצבעה השלישית של הוועידה. בעוד הרפובליקנים השמרנים והפרוגרסיביים היו מחולקים בבחירות של 1912 בין מועמדויותיו של הנשיא המכהן ויליאם הווארד טאפט והנשיא לשעבר תיאודור רוזוולט, הם התאחדו בעיקר סביב יוז בניסיונו להדיח את וילסון. יוז נשאר השופט הנוכחי או לשעבר היחיד בבית המשפט העליון ששימש כמועמד הנשיאותי של מפלגה גדולה. וילסון היה מועמד מחדש בכנס הדמוקרטי הלאומי של 1916
כמה ימים לאחר מכן, ללא התנגדות. בעוד סגן הנשיא של וילסון, תומאס מרשל, הוג'ס היה שותף לניצחון של צ'ארלס וו. פיירבנקס, שהיה סגן הנשיא של תיאודור רוזוולט בתקופת כהונתו השנייה.