כתוב המשך לקטע זה - בספטמבר 1939, במהלך הפלישה המשותפת הגרמנית-סובייטית לפולין, שהחלה את מלחמת העולם השנייה, פולהוי נכבש על ידי הוורמאכט, ולאחר מכן נכבש על ידי גרמניה
אני לא יודע. שלושה מחנות ריכוז גרמניים פעלו בסביבת פולהוי. ב-1940 ביצעו הגרמנים מעצרים המונית של האינטליגנציה הפולנית המקומית, אשר נאסרה לאחר מכן בלובלין, ולאחר מכן גורשה לעיתים קרובות למחנות ריכוז או נרצחה ברורי, לובלין. במהלך הכיבוש, התגוררה בעיר המשוררת הפולנית קריסטינה קרחלסקה מ-1940 עד 1942 והייתה חלק מתנועת ההתנגדות הפולנית המחתרת. היא ידועה בעיקר ככותבת השיר הפופולרי ביותר של תנועת ההתנגדות הפולנית ("Hej chłopcy, bagnet na broń"), שהוצגה לראשונה בשנת 1943 בוורשה, שם נהרגה במרד ורשה בשנת 1944. האוכלוסייה היהודית של העיר, כ-3,600 איש, נכלאה בתחילה בגטו, ואז נרצחה במחנה סוביבור. האוכלוסייה היהודית חדלה להתקיים ומעולם לא הוקמה מחדש. העיר נשארה תחת כיבוש גרמני עד 25 ביולי 1944, כאשר היא שוחררה על ידי צבא המולדת, כמו גם על ידי הצבא האדום.