לאחר תיקון באמצע המסלול בשנת 1987, הקרבה הקרובה ביותר של וויאג'ר 2 לנפטון התרחשה ב-25 באוגוסט 1989. באמצעות סימולציות מבחן ממוחשבות חוזרות ונשנות של מסלולים דרך מערכת נפטון שנערכו מראש, קבלני הטיסה קבעו את הדרך הטובה ביותר לנתב את וויאג'ר 2 דרך מערכת נפטון-טריטון. מאחר שטח מסלול הטריטון מוטה באופן משמעותי ביחס לטווח של האקליפטיקה, באמצעות תיקונים באמצע המסלול, וויאג'ר 2 הונחה למסלול של כ-4950 ק"מ (3000 מייל) מעל צפון נפטון. חמש שעות לאחר שוויאג'ר 2 התקרב הכי קרוב לנפטון, היא ביצעה טיסה קרובה של טריטון, הירח הגדול מבין שני הירחים הידועים של נפטון, ועברה בטווח של כ-40,000 ק"מ (25,000 מייל). למרות גילוי ניסויים ממוחשבים חוזרים של טבעות נפטון ושימות נפטון שנערכו מראש
25 באוגוסט, 1989