במהלך מלחמת שלזוויג השנייה ב-1864, וורנר פיקד על קורבט נגד חיל הים הדני. וורנר נלחם בהצטיינות בקרב ג'סמונד.
, תחת פיקודו של אדוארד פון יכמן; הספינה של וורנר,, נפגעה קשות במהלך ההתאחדות וצוותה סבל מ-13 נפגעים. הדנים הצליחו לחסום את הניסיון הפרוסי לפרוץ את הסגר הדני, ואילצו אותם לחזור לסווינמונדה. וורנר ושאר הצי שהוצב שם נשארו בנמל עד סוף המלחמה.