השאירו מורשת מרכזית של כהונתו של הולדר כפרקליט הכללי הייתה העברת תיקי טרור לבית המשפט הפדרלי האזרחי. תחת הולדר, משרד המשפטים ניסה בהצלחה טרוריסטים רבים בבית המשפט הפדרלי, הבטחת הרשעות ואסרי מאסר עולם נגד שרשרת של נאשמים, כולל סולימאן אבו גאית (דובר של אוסמה בן לאדן); אחמד ג'יילאני
פיגועי 1998 במזרח אפריקה); ואבו חמזה (פעיל אל-קאעידה). פייסל שאחזאד (ניסיון הפיגוע בטיימס סקוור); ואומר פארוק עבדולמוטאלב (ה"פצצת התחתונים" שנכשלה) הודה באשמה בבית המשפט הפדרלי ונשפטו למאסר עולם בתקופת כהונתו של הולדר. במהלך כהונתו של הולדר, טרוריסטים אחרים - כולל נג'יבוללה זאזי (שכנע פיגוע ברכבת התחתית של ניו יורק) ואחמד עבדולקאדיר וורסאם (תומך באל-שאבאב) הודה באשמה ושיתף פעולה עם הממשלה. מאט אולסן, מנהל המרכז הלאומי למאבק בטרור משנת 2011 עד 2014, כתב בשנת 2015: "בעזרת התמדה שלו, הולדר הראה את החוכמה והערך של התביעה של טרוריסטים בבתי משפט אזרחיים וחיזק את הגישה הזו לממשלות עתידיות".