כתוב המשך לפרק זה - במהלך שירותו במלחמה
, הגדוד החמישי של חיל הרגלים רדף באופן פעיל כוחות של הצבא הרפובליקני הפיליפיני. החטיבות והמחלקות השונות של הגדוד צעדו בסך הכל מעל 15,426 קילומטרים והשתתפו ב-38 עימותים ופעולות קטנות לפני שהעוינות הסתיימה ביולי, 1902. באזורים תחת שליטה אמריקאית, זה הפך להיות הכרחי עבור הצבא ליישם את החוק. סיגרפוס שימש כשופט-עורך דין במספר ועדות צבאיות לאורך שנת 1901. אחת הוועדות האלה נפגשה בוויגן, במחוז אילוקוס סור בלוזון, ביוני. הוועדה משפטה את נוברטו פרה, קצין צבא מורד על "רצח בהפרה של חוקי ומנהגי המלחמה". נידון "להתלה על הצוואר עד... מוות", עונשו של פרה הוחלף לחמש עשרה שנות עבודה קשה בכלא במנילה. ההליכים של התיק הזה, יחד עם תשעה משפטים אחרים של רצח שבהם סיגרפוס שימש כשופט-עורך דין, פורסמו בהכחשה מקיפה של משרד המלחמה בתגובה לטענות כי צבא ארצות הברית ביצע זוועות נגד הפיליפינים במהלך המלחמה. משרד המלחמה קרא להאשמות "או חסרות בסיס או מוגזמות בצורה גסה".