השלים את המשפט הבא: כאשר ליטא כבשה על ידי ברית המועצות ביוני 1940, Aukštuolis יחד עם בכירים אחרים בירכו ולדימיר Dekanozov, סגן של ויאצ'סלב מולוטוב, בנמל התעופה קאונס. הוא נשאר בליטא למרות שאשתו נמלטה לארגנטינה והוא השתמש במגעים הדיפלומטיים שלו כדי לעזור למרטינאס יצ'אס לברוח לברלין. לאחר השתלטות הסובייטית, אוקסטואליס איבד את עבודתו במשרד, אך עם המלצה של יוסטס פאלקיס (הם עבדו יחד בשגרירות ליטא בריגה) השיג עבודה בהוראת השפה הרוסית בבית הספר התיכון מספר 1 בפנייבייזיס. הוא היה אחד מ-17,500 ליטאים שגורשו לסיביר במהלך
גירוש יוני 1941. יחד עם כמה ליטאים בולטים אחרים, כולל נשיא לשעבר אלכסנדרס סטולגינסקיס ושר סטאסיס שילינגאס, אוקסטואליס הגיע לקראסלאג שבקרסנויארסק קראי. בשנת 1942 הוא ו-16 ליטאים נוספים נעצרו שוב ונושאים בפעילות אנטי-סובייטית. ה-NKVD המליץ על עונש מוות, אך העונש הסופי של 25 שנות מאסר הוכרז רק בפברואר 1952 - כמעט שלוש שנים לאחר מותו של אוקסטואוליס ממחלת השחפת ומחלת התזונה בדובראבלאג.