ב-16 בספטמבר 1939, הכנסייה נסגרה על ידי הצבא הגרמני.
והמסדרון המיסיונרי נלקח על ידי כוחות גרמניים ושוטרים. הבניין הושחת, הציוד שלו נגנב. במהלך נסיגתם מהעיר, כוחות גרמנים נסוגים הציתו את המבנה ב-19 בינואר 1945, שנמשך שלושה ימים. הכוחות הסובייטיים הכניסו פגזים ארטילריים לכנסייה, פגעו קשות בקופה וגרמו לשריפה נוספת בחלק המגורים של בעליית הגג.