סוזה חזר לגביע דייוויס בספטמבר כדי לעזור לפורטוגל להביס את בלארוס ולקבל קידום לקבוצת I של אזור אירופה/אפריקה בשנת 2016. למרות שהפסיד את הגומי הראשון שלו, הוא זכה בגומי הזוגי עם אליאס ובגומי הזוגי ההחלטתי נגד אולאדימיר איגנטיק. בטורניר הפתוח של סנט פטרסבורג, סוזה הגיע לגמר השלישי שלו העונה. לאחר ניצחונות על מרסל גרנולרס, סימון בוללי ודומיניק טיאם, סוזה היה במקום השני אחרי מילוס ראוניץ' בשלוש מערכות. באוקטובר, סוזה נכנס ל-1<unk>4 עם הפסדים בסיבוב מוקדם באולימפיאדה של מלזיה הפתוחה, באולימפיאדה של יפן הפתוחה, באולימפיאדה של שנגחאי מאסטרס
והגביע של הקרמלין. בטורניר ה-Valencia Open, סוזה סיים את העונה עם התואר השני שלו בקריירה ב-ATP והראשון של העונה בארבעה ניסיונות סופיים. לאחר שהביס ארבעה שחקנים מדורגים יותר, כולל בנואט פייר, סוזה הביס את השביעית ברוברטו באוטיסטה אגוט בגמר בשלוש מערכות. הוא הגיע לדרג גבוה חדש בקריירה בשבוע הבא במקום מספר 34 בעולם. סוזה סיים את העונה במקום ה-33 בעולם עם 38 ניצחונות. בנובמבר, הוא קיבל את הפרס לאישיות הטניס של השנה בפעם השנייה מהפדרציה הפורטוגזית לטניס והקונפדרציה לדספורט דה פורטוגל.