אנזימים משמשים למגוון רחב של פונקציות בתוך אורגניזמים חיים. הם חיוניים לתנועה, עם מיוזין הידרוליז ATP כדי ליצור התכווצויות שרירים, וגם להעביר מטען סביב התא כחלק מהציטוסקלטון. ATPases אחרים בלוטת התא הם משאבות יונים המעורבות בתחבורה פעילה. אנזימים מעורבים גם בפונקציות אקזוטיות יותר, כגון לוציפרזה מייצרת אור בשבבי אש. וירוסים יכולים להכיל גם אנזימים להדבקה של תאים קטנים יותר, כגון HIV integrase ו- reverse transcriptase, או לשחרור ויראלי מתאים, כמו נוירוס השפעת רומינאזי. אחד האנזימים החשובים ביותר הוא במערכות העיכול של בעלי חיים. אנזימים כגון amarchylases ומולקולות קטנות יותר של חלבון מעיים (כמו amarchylases) מפרקים חלבונים או מפרקים חלבונים (כמו סטארכוז) או אנזימים גדולים אחרים, אשר בסופו של דבר יכולים להיספ
בתוך אורגניזמים חיים