קופאן נמצאת במערב הונדורס קרוב לגבול עם גואטמלה. היא שוכנת בתוך עיריית קופאן רואינס במחוז קופאן. היא נמצאת בעמק פורה בין הרגלות בגובה 700 מטרים מעל פני הים. חורבות האתר המרכזי של העיר נמצאות במרחק 1.6 קילומטרים מהכפר המודרני של קופאן רואינס, שנבנה באתר של קומפלקס מרכזי המתוארך לתקופה הקלאסית. בתקופה הקלאסית הקדומה רצפת עמק קופאן הייתה גולמית, ביצה ונוטה להטפות עונתיות. בתקופה הקלאסית המוקדמת, תושבי העמק סידרו את רצפת העמק וביצעו פרויקטים של בנייה כדי להגן על אדריכלת העיר מפני ההשפעות של ההצפות. לקופאן הייתה השפעה גדולה על מרכזים אזוריים ברחבי מערב ומרכז הונדורס, מה שגרם להכנסת האליטות המזוסו-אמריקאיות למחוז.
במחוז קופאן