כאשר האמריקאים התכנסו במנילה מכיוונים שונים, הם מצאו כי רוב כוחות הצבא הקיסרי היפני המגינים על העיר נסוגו לעיר באגואיו, על פי פקודת הגנרל טומויוקי יאמאשיטה, המפקד העליון של כוחות הצבא היפני בפיליפינים. יאמאשיטה תכנן לעסוק בכוחות הפיליפינים והאמריקאים בצפון לוזון במערכה מתואמת, במטרה לרכוש זמן לבניית הגנות מפני הפלישה בעלת הברית המתנהלת לאי הבית היפני. היו לו שלוש קבוצות עיקריות תחת פיקודו: 80,000 איש מקבוצת שימבו בהרי מזרח מנילה, 30,000 מקבוצת קמבו בהרי צפון מנילה, ו-152,000 בקבוצת שובו בצפון מזרח מנילה. גנרל יאמאשיטה לא הכריז על מנילה כעיר פתוחה, למרות שגנרל דאגלס מקארתור הוביל את צבא ימשיטה לפני כניסתו של מנילה בשנת 1941. הוא לא חשב כי הצבא היפני יוכל
כוחות הצבא היפני בפיליפינים