סימוניי הוביל את אטלטיקו לניצחון השני שלהם בליגת אירופה בשלוש השנים מאז הקמתה, כאשר הם ניצחו את אתלטיק בילבאו 3-0 בגמר ב-9 במאי 2012 בנאשנל ארינה בבוקרשט עם רדמל פאלקאו <unk> פעמיים <unk> ודיאגו היה הבקיע. שוב, על ידי ניצחון בליגת אירופה, הם זכתה בגביע הסופר UEFA 2012.
נגד צ'לסי, הזוכה בליגת האלופות בעונה הקודמת, שנשחק בסטאד לואיס השני, מונקו ב -31 באוגוסט 2012; אטלטיקו ניצחה 4 × 1, כולל הטריק של פאלקאו במחצית הראשונה. ב-17 במאי 2013, אטלטיקו ניצחה את ריאל מדריד 2<unk>1 בגמר גביע המלך במשחק מתוח שבו שתי הקבוצות סיימו עם 10 שחקנים. זה סיים את 14 שנים ו-25 משחקים בלי ניצחון ברציפות בדרידרי. בעונת 2012-13 הקבוצה זכתה בשלוש גביעים במקצת יותר משנה.