ב-2009, הנשיא החדש ברק אובמה מינה את פנטה לתפקיד מנהל ה-CIA. פנטה אושר על ידי הסנאט בפברואר 2009. כמנהל ה-CIA, פנטה פיקח על המבצע שהפיל את המחבל הבינלאומי אוסמה בן לאדן. ב-28 באפריל 2011, אובמה הודיע על מינויו של פנטה כמזכיר ההגנה, כדי להחליף את רוברט גייטס שפרש. ביוני אישר הסנאט את פנטה פה אחד והוא נכנס לתפקידו ב-1 ביולי 2011. דוד פטראוס קיבל את תפקיד מנהל סוכנות הביון המרכזית ב-6 בספטמבר 2011. מאז פרישתו כמזכיר ההגנה ב-2013, פנטה שימש כיו"ר מכון פנטה למדיניות ציבורית, הממוקם באוניברסיטת מדינת קליפורניה, מונטריי, קמפוס של אוניברסיטת מדינת קליפורניה שהוא סייע בהקמתו במהלך כהונתו כקונגרס. המכון מוקדש להכין אנשים לחיים ומניעצים אותם לשירות ולסייע להם להפוך למדי
ינואר 2009