בשנת 2004 היו רק שלושה מנתחים המשרתים את דרום סודאן, עם שלושה בתי חולים מתאימים, ובחלק מהאזורים היה רק רופא אחד לכל 500,000 איש. האפידמיולוגיה של HIV / AIDS בדרום סודאן מתועדת בצורה גרועה, אך ההתרחבות נחשבת כ-3.1%. על פי מחקר מ-2013 בדרום סודאן "כנראה יש את נטל המלריה הגבוה ביותר באפריקה שמדרום לסהרה". דרום סודאן היא אחת המדינות הבודדות שבהן עדיין מתרחשת דרקונוליאזיס. בזמן הסכם השלום הכללי של דרום סודאן בשנת 2005, היו צרכים נרחבים למימון של ארגונים הומניטריים בדרום סודאן. עם זאת, תחת הנהגתו ההומניטרית של האו"ם, הסיוע ההומניטרי של האו"ם לדרום סודאן הוביל לירידה חמורה של האוכלוסייה המקומית של דרום סודאן, אך בסופו של דבר הצליח להחזיר את האוכלוס למקומה של דרום סודאן.
דרום סודאן