רוב החיידקים נכנסים לריאות באמצעות שאיפות קטנות של אורגניזמים המתגוררים בגרון או באף. למחצית מהאנשים הנורמליים יש שאיפות קטנות אלה במהלך השינה. בעוד שהגרון תמיד מכיל חיידקים, אלה הפוטנציאליים זיהומים מתגוררים שם רק בזמנים מסוימים ותחת תנאים מסוימים. מיעוט של סוגי חיידקים כגון Mycobacterium tuberculosis וLegionella pneumophila מגיעים לריאות באמצעות טיפות מזוהמות באוויר. חיידקים יכולים להתפשט גם דרך הדם. ברגע שבריאות, חיידקים עשויים לפלוש למרחבים בין תאים ובין alveoli, שבו macrophages ו neutrophils (תאי דם לבנים מגן) מנסים להפעיל את החיידקים. neutrophils גם לשחרר cytokines, גורם פעילות כללית של המערכת החיסונית. זה מוביל לחום, עייפות נפוצות, עייפות.
המקרופגים והניוטרופילים (תאי הדם הלבנים ההגנה) מנסים להשבית את החיידקים