במהלך מלחמת האזרחים האמריקאית, קרנדל הציע את שירותיו כדי לעזור לחולים ולפצועים מקרב פייר אוקס
ואת קרב פרדריקסבורג. ראיית התנאים שם הובילה אותו להאמין בהכרחיות של שליחת סוכנים רפואיים כדי לעזור לפצועים, ובפגישת האגודה הרפואית של מדינת ניו יורק בשנת 1863 הוא הציע החלטה למנות סוכן רפואי לוושינגטון כדי לטפל בחולים ובפצועים בניו יורק. ההחלטה הוצגה והועברה על ידי המושל והמחוקקים. כששני אחיו נפצעו מחוץ לאטלנטה בשנת 1864, הוא הגיע לעזרתם ועבד בבתי חולים בנאשוויל ולואיסוויל במשך מספר שבועות. הוא מונה לרופא של חיל הרגלים המתנדב 141, בעזרת הצבעה פה אחד של קציני הגדוד. מאחר והוא היה רק מועמד לבחירה מחדש לאספה המדינית, הוא סירב. באפריל 1865, המושל פנטון מינה אותו לסוכן צבאי בניו יורק בסיטי פוינט, וירג'יניה. הוא גם שירת כסוכן ביקור של בתי חולים צבאיים ועבד בבתי חולים השונים של מחלקת הפוטומק.