השלים את המשפט הבא: עם פרוץ מלחמת האזרחים האמריקאית, ג'ונס הצטרף לצבא האיחוד. ב-7 ביולי 1861 הוא התגייס לחטיבת המתנדבים ה-37 בניו יורק, הידועה בשם "הריפלים האיריים", תחת פיקודו של קולונל ג'ון מקאן. בהתחלה הוא היה חייל פרטי, אך במהרה הוא נבחר לתפקיד סגן שני על ידי הגברים בחטיבה. הוא היה נוכח בקרב הראשון של בול ראן, רק שבועיים לאחר הגיוס שלו, אך לא ראה שום פעולה כאשר היחידה הוחזקה במילואים. ג'ונס הראה "התנהגות אמיצה" במהלך שנותיו הראשונות עם הגדוד, ובקרוב עלה בדרגות סגן ראשון וסגן ב-4 בנובמבר 1861, ולאחר מכן רב סרן ב-21 בינואר 1862. הוא וה"אקדחים האיריים" הצטרפו מאוחר יותר לגדוד השלישי של גנרל סמואל פ. היינטזלמן, כחלק מהבריגדה השלישית של הדיוויזיה השלישית תחת פיקודו של בריגדיר גנרל פיליפ קירני, במהלך מסע האי חצי-החצי והשתתפו בוויליאמסבורג,
"שבעה אורנים" והקמפיין "שבעת הימים". ג'ונס היה נוכח גם כאשר 37th New York Volunteers, אז מחובר לגדוד השלישי של הדיוויזיה הראשונה של הקורפוס השלישי, היו בקרב השני של בול רן. במאי ויוני, הוא החל לסבול ממלריה והושקע בבית חולים בוושינגטון ב-26 בספטמבר, ונשאר שם עד סוף אוקטובר. הוא היה גם קצין של מייג'ור גנרל פרנץ סיגל לפני פרישתו של גנרל אמברוז ברנסייד והארגון מחדש של צבא הפוטומק.