המערכות הממוסדות כיום נועדו לארגן ארכיאיות לקבוצות של אורגניזמים בעלי מאפיינים מבניים משותפים ואבות קדמונים משותפים. סיווגים אלה מסתמכים במידה רבה על השימוש ברצף גנים של RNA ריבוזומי כדי לחשוף את היחסים בין אורגניזמים (פילוגנטיקה מולקולרית). רוב המינים המתרבדים והמחקרים היטב של ארכיאיות הם חברים בשני קבוצות עיקריות, Euryarchaeota ו Crenarchaeota. קבוצות אחרות נוצרו באופן זמני. לדוגמה, המינים המיוחדים Nanoarchaeum equitans, שהתגלו בשנת 2003, קיבלו את ה-phylum Nanoarchaeota. ה-phylum Korarchaeota החדש הוצע גם. זהו קבוצה קטנה של אורגניזמים בעלי מאפיינים מבני מבנה משותפים ואבות קדמונים משותפות. קבוצה זו כוללת מינים קטנות ביותר של אורגניזמים דומים באופן בלתי רגיל לשני הקבוצות עיקריות של ארכיאיות, אך לאחרונה הוצ
אוריארכיוטה וקרנארכיוטה