חלק מהאנזימים אינם זקוקים למרכיבים נוספים כדי להראות פעילות מלאה. אחרים זקוקים למולקולות שאינן חלבונים הנקראות קופקטורים כדי להיות מחוברות לפעילות. קופקטורים יכולים להיות גם חומרי-חמצן (למשל, יונים מתכת וקבוצות ברזל-גופרית) או תרכובות אורגניות (למשל, פלוין והים). קופקטורים אלה משרתים מטרות רבות; לדוגמה, יונים מתכת יכולים לעזור לייצב מינים נוקליופיליים בתוך האתר הפעיל. קופקטורים אורגניים יכולים להיות גם קואנזימים, אשר משתחררים מהאתר הפעיל של האנזים במהלך התגובה, או קבוצות פרוסטטיות, אשר מחוברים בחוזקה לאנזים. קבוצות פרוסטטיות אורגניות יכולות להיות קובלנטיות (למשל, באנזימים ביוטיניים כמו קרובוקסיל). דוגמא של אנזים המכיל קופקטור לא-חלבני, אשר מחובר בחוזקה מלאה עם חלבונים אנ
תרכובות אורגניות