ב-7 במרץ 2008, כשהייתה קומאג'י בת 17, היא שיחקה לראשונה עבור נבחרת יפן נגד קנדה. באוגוסט, קומאגאי נבחר לקבוצת היפנים מתחת לגיל 20 בגביע העולם 2008 מתחת לגיל 20. בשנת 2010 שיחקה עבור נבחרת U-20 כקפטן במהלך גביע העולם U-20 2010.
אני לא יודע. ב-2011, היא הייתה חלק מהקבוצה היפנית שזכתה בגביע העולם, והביאה את הפנלטי המנצח בגמר נגד ארצות הברית. היא הייתה גם בקבוצה באולימפיאדת הקיץ של 2012 ובגביע העולם של 2015. יפן הגיעה למקום השני בשתי התחרויות. בינואר 2017 היא מונה לקפטנית יפן על ידי המנהלת אסאקו טקאקורה. בשנת 2018, יפן זכתה בגביע אסיה 2018. היא שיחקה יותר מ-100 משחקים עבור יפן. ב-10 בנובמבר 2019 כניסה קומאג'י את השער הראשון שלה במשחק ידידותי עבור יפן בניצחון 2-0 נגד דרום אפריקה.