ב-1940, מרקנטוניו עזר להקים את "המוזזמת השלום האמריקנית" (APM), קבוצה שמטרתה הייתה למנוע את השתתפות ארה"ב במלחמת העולם השנייה (כך דומה למטרה של הוועדה הימנית "אמריקה ראשונה"). לפני חתימת הסכם מולוטוב-ריבנטרופ (הסכם לא תוקפנות נאצי-סובייטי) במוסקבה ב-23 באוגוסט 1939, ארגון קודמו של APM, הליגה האמריקנית לשלום ודמוקרטיה בהנחיית הקומינטרן, היה אנטי-נאצי. מרקנטוניו שימש כסגן יו"ר APM. הוא הופיע בסרט עיתונאי ב-1940 והוקיע את "המלחמה האימפריאליסטית", הקו של יוסף סטאלין ותומכיו בברית המועצות עד לפלישה של גרמניה הנאצית לברית המועצות. האמנה נמשכה עד שהגרמנים שברו אותה על ידי פלישתם לברית המועצות ב-22 ביוני 1941. בשנת 1942 עבד מרקנטוניו להרחיב את המחויבות הצבאית של ארה"ב לחזית שנייה באירופה
נגד ההתרחבות הנאצית. ברית המועצות הורה לקומוניסטים ברחבי העולם לקדם את הרעיון כדי לעזור לה להביס את הנאציזם. מרקנטוניו היה גם סגן נשיא הסדר הפועלים הבינלאומי, חברה בריאה שלא רשמית קשורה למפלגה הקומוניסטית.