ב-2006 דבי זכה למנדט שלישי בבחירות שהאופוזיציה חרמה. האלימות האתנית במזרח צ'אד גדלה; הנציבות העליונה של האו"ם לפליטים הזהירה כי רצח עם כמו זה בדארפור עלול להתרחש בצ'אד. בשנת 2006 ובשנת 2008
כוחות המורדים ניסו להשתלט על הבירה בכוח, אך נכשלו בשני המקרים. הסכם לשבת ההרמוניה בין צ'אד לסודאן, שנחתם ב-15 בינואר 2010, סימן את סיום מלחמת חמש שנים. התיקון ביחסים הוביל למורדים הצ'אדיים מסודאן שחזרו הביתה, לפתיחת הגבול בין שתי המדינות לאחר שבע שנים של סגירה, ולפיתוח כוח משותף כדי לאבטח את הגבול. במאי 2013, כוחות הביטחון בצ'אד סיכלו הפיכה נגד הנשיא אידריס דבי שהוכננה במשך כמה חודשים.