הקשר בין ממשלתו של פאולי לבריטים מעולם לא הוגדר בבירור, עם זאת, הובילה למספר רב של שאלות של סמכות; בפרט, מתחים עלו מהסכסוך בין נאמנותו של סר גילברט למלוכה הבריטית, ונטייתו הרפובליקנית של פאולי לרצון להגן על אוטונומיה קורסיקית. היה גם חלוקה בולטת בין קורטה, הבירה המסורתית ומבצר פנימה, לבין באסטיה על החוף, שם סר גילברט העביר את הבירה בתחילת 1795, והייתה המרכז עבור המלוכיים הצרפתים והקורסיים. כאשר ספרד נכנסה לצד הצרפתים, הבינו הבריטים כי מעמדם בים התיכון היה מסוכן ונסוגו מהאי באוקטובר. הכתר הזמין את פאולי להתפטר ולחזור לגלות עם פנסיה, אשר לא הייתה לו ברירה, הוא נאלץ להצטרף לאי הבריטי, והסגר את הבירה שלהם קורסיקה באוקטובר 1796.
סר גילברט.