כתוב המשך לפרק זה - הראיות הארכיאולוגיות המוקדמות ביותר של התנחלויות אנושיות באזור המפרץ מתוארכות ל- 8000<unk>10,000 לפנה"ס (מגבעות קונכיות בגבעות הקויוט). בשנת 1769, אזור המפרץ היה מיושב על ידי העם Ohlone כאשר קבוצת חקירה ספרדית בראשות גספר דה פורטולה נכנסה למפרץ - הביקור האירופי הראשון המתועד באזור המפרץ. לאחר שמקסיקו קיבלה את עצמאותה מספרד בשנת 1821, האזור נשלט זמן קצר על ידי ממשלת מקסיקו עד שארה"ב תפסה את הטריטוריה בשנת 1846 במהלך מלחמת מקסיקו-אמריקה. זמן קצר לאחר מכן, גילוי זהב בקליפורניה משך זרם של מחפשי אוצרות, רבים מהם השתמשו בנמלים באזור המפרץ כנקודת כניסה. במהלך השנים הראשונות של מדינת קליפורניה, עסקי המחוקקים של המדינה הסתובבו בין שלושה מקומות באזור המפרץ לפני שהוקמה בירת מדינה קבועה בסקרמנטו. רעידת אדמה גדולה.
הרס את העיר סן פרנסיסקו וסביבתה בשנת 1906, אבל האזור נבנה מחדש במהירות בזמן לארח את תערוכת פנמה-פסיפיק בשנת 1915. במהלך מלחמת העולם השנייה, אזור המפרץ שיחק תפקיד מרכזי במאמץ המלחמה של אמריקה בתיאטרון אסיה-פסיפיק, כאשר פורט מייסון בסן פרנסיסקו שימש כנקודת העלייה העיקרית לכוחות האמריקאים. בשנת 1945 נחתם סן פרנסיסקו על אמנת האומות המאוחדות, בה הוקם האו"ם, ובשנת 1951 החלה חוזה סן פרנסיסקו ביחסים שלווים בין יפן לבין המעצמות בעלות הברית. מאז, אזור המפרץ חווה תנועות פוליטיות, תרבותיות ואמנותיות רבות, פיתחה ז'אנרים מקומיים ייחודיים במוזיקה ובאמנות והקמה את עצמה כמגן של פוליטיקה פרוגרסיבית. מבחינה כלכלית, אזור המפרץ לאחר המלחמה חווה צמיחה עצומה בתעשיות הפיננסיות והטכנולוגיות, ויצר כלכלה תוססת ומגוונת עם תוצר מקומי גולמי של יותר מ -700 מיליארד דולר, ומארח את ריכוז החברה השלישי בגודלו של 500 חברות פורצ'ן בארצות הברית (לשנת 2018).