תחת קונסטנס, הביזנטיים נסוגו לחלוטין ממצרים בשנת 642, והכאליף אוסמן شن هجمات عديدة על האיים של הים התיכון והים האגאי. צי ביזנטי תחת פיקודו של האדמירל מנואל כבש שוב את אלכסנדריה ב-645, ואלכסנדריאנים קראו לו משחרר, מכיוון שהחליפות גבה מסים כבדים יותר והראה פחות כבוד לדתם. עם זאת, מנואל בזבז את זמנו ואת הפופולריות שלו בשוד הכפר, ובסופו של דבר הצבא הערבי הצליח להכריח אותו לשוב הביתה. המצב היה מורכב על ידי ההתנגדות האלימה למונותליטיזם על ידי הכמרים במערב והמרד הקשור של אקסארך קרתג'ן, גרגורי הפטריציאני. האחרון נפל בקרב נגד צבא הח'ליף אוסמן, והאזור נשאר מדינת שושלת תחת הח'ליפות עד מלחמת האזרחים.
התפרק ושלטון האימפריה שוב הוחזר.