השלים את המשפט הבא: כאשר המלחמה התחדשה בשנת 1799, Jourdan היה בראש הצבא על הריין, אבל שוב סבל מביס בידי הארכידוכס צ'ארלס בקרב של
אוסטראך וסטוקאך בסוף מרץ. מאוכזב ובריאות הרוסה, הוא העביר את הפיקוד לגנרל אנדרה מסנה. הוא חזר לתפקידיו הפוליטיים והיה מתנגד בולט של ההפיכה של 18 ברומייר, לאחר מכן הוא גורש ממועצת חמש מאות. עם זאת, במהרה הוא התאפשר באופן רשמי ל"משטר" החדש, וקיבל מנאפוליאן תעסוקה צבאית ואזרחית חדשה. ב-1800, יורדן הפך למפקח כללי של חיל הפרשים והילדים ונציג האינטרסים הצרפתיים ברפובליקה הסיסלפינית.