ב-1975, הממשלה הקומוניסטית של צ'כוסלובקיה ביטלה את האישור של דוקה לעבוד ככומר. משם ועד קריסת המשטר
בשנת 1989, דוקה עבד כמעצב במפעל של סקודה בפלזני. בינתיים, הוא עבד בחשאי במסדר ונבחר לקצין המחוז, ושירת מ-1975 עד 1987. משנת 1976 עד 1981, הוא לימד תיאולוגיה לסמינרים בפקולטה התיאולוגית של ליטומריצ'ה. בשנת 1979 קיבל רישיון תיאולוגיה בפקולטה התיאולוגית של סנט יוחנן המטביל בווארשה, פולין.