כתוב המשך לפרק זה - עם פרוץ מלחמת האזרחים, Capehart השאיר את המוסד הרפואי שלו בברידג'פורט והתנדב לצבא האיחוד. ב-18 בספטמבר 1861 הוא מונה למנתח של הגדוד הראשון של חיל הפרשים של מערב וירג'יניה. במחצית השנייה של 1863, הוא השתתף בקרבות גטיסבורג, תחנת בריסטו, ומיין רן
אני לא יודע. על פי המלצותיו של גנרל ג'דסון קילפטריק ואחרים, קפרהט הועמד לקולונל והיה ממשיך את נתניאל פי ריצ'מונד, שהתפטר בשל בעיות בריאותיות, כמפקד הגדוד ב-22 בפברואר 1864.