כתוב המשך לפרק זה - לאורך שנות ה-90, לאחר מלחמת המפרץ, התקפות טרור היו השפעה גדולה על כוחות CENTCOM. בהתמודדותו עם התקפות כמו הפצצת מגדלי חובאר ב-1996, שבה נהרגו 19 טייסים אמריקאים, השיקה הפיקוד את מבצע Desert Focus, שנועד להעביר את המתקנים האמריקאים למקומות יותר ניתנים להגנה (כגון בסיס האוויר של הנסיך סולטאן), להפחית את "טביעת הרגל" של ארה"ב על ידי חיסול חדרים לא חיוניים, ולהחזיר תלויים לארצות הברית. ב-1998 טרוריסטים תקפו את שגרירויות ארה"ב
בקניה וטנזניה, נהרגו 250 אנשים, כולל 12 אמריקאים. ההתקפה באוקטובר 2000 על האונייה "קול", שגרמה למותם של 17 מלחים אמריקאים, הייתה קשורה לארגון אל-קאעידה של אוסמה בן לאדן.