פרנקל נולד בווינה למשפחה יהודית של עובדי ציבור (Beamtenfamilie). התעניינותו בפסיכולוגיה הופיעה מוקדם. לבחינה הסופית (Matura) בגימנזיום, הוא כתב מאמר על פסיכולוגיה של חשיבה פילוסופית. לאחר סיום הלימודים בגימנזיום בשנת 1923, הוא למד רפואה באוניברסיטת וינה. בפועל הוא התמחה בנוירולוגיה ופסיכיאטריה, תוך התמקדות בנושאים של דיכאון והתאבדות. התפתחותו המוקדמת הושפעה ממגעיו עם זיגמונד פרויד ואלפרד אדלר, אם כי הוא היה מתרחק מהוראותיהם. שאלה: מה הייתה הדת של משפחת פרנקל?
יהודי.