כתוב המשך לפרק זה - מ 1903, מיצ'צ'נקו היה מפקד חטיבת הקוזקים של טרנס-בייקאל. במהלך המלחמה הרוסית-יפנית של 1904-1905 הוא פיקד על חטיבת קוזקים מזרחית-בייקלית נפרדת, שהשתתפה במלחמות רבות של המלחמה. בתחילה, כוחותיו היו בקוריאה, עם הוראות לחסום את הנחיתה של הצבא היפני הראשון ואת צעדתו לעבר מנצ'וריה. עם זאת, לאחר מספר עימותים קטנים, מיצ'צ'נקו נסוג מעבר לנהר ילו. הוא שיחק תפקיד קטן בצדדים של קרב נהר ילו, והיה גם חלק מההגנות הרוסיות בקרב Hsimucheng, ובקרב Te-li-Ssu. בקרב ליאויאנג ובקרב שאהו
, הוא פיקד על קבוצות הפרשים הרוסיות שכיסו את המשמר האחורי של הנסיגה הרוסית. הוא הועלה לדרגת סגן גנרל באוקטובר 1904, ונקרא למפקד חיל הפרשים החדש בדצמבר 1904 והוביל פשיטה גדולה דרומה ב-6 בינואר 1905 עם 6000 פרשים במשימה להשמיד את האספקה היפנית שנאחסנה בניו-צ'אנג. המשימה הייתה אסון, והכוח חזר 12 ימים לאחר מכן עם נפגעים רבים. הוא נפצע ברגלו במהלך קרב סנדפו, ולמרות שהוחזר לתפקידו כמפקד חיל הפרשים במרץ 1905, הוא לא השתתף בקרב על מוקדן.