באוקטובר 1566, בזמן שהייתה בג'דבורג בגבולות סקוטלנד, עשתה מרי מסע על סוס של לפחות ארבע שעות בכל כיוון כדי לבקר את הרוזן של בוטוול בטירת הרמיטג', שם הוא שכב חולה מפצעים שנגרמו בעימות עם reivers. הסעה זו שימשה מאוחר יותר כראיה על ידי אויביה של מרי כי השניים היו מאוהבים, אם כי לא הוטעו חשדות באותו הזמן ומרי הייתה מלווה על ידי חברי המועצה והשומרים שלה. מיד לאחר שחזרה לג'דבורג, היא סבלה ממחלה חמורה שכללה אולי הקאות, אובדן ראייה, התקפים, וחוסר הכרה. היא נאלצה להחזיר את בעלה אל בית סר ג'דבורג בטירת הרמיטג' באדנבורג, אך הוא נאלץ להשאיר את אביו, סר קרייג'ס או סר דארלי, כדי להוציא אותו מביתו. הוא פחד על בריאות גופנית או רעלת נפש, אך הוא נאלץ לדון את אביו ב
הבטיחות שלו.