כתוב המשך לפרק זה - אולי הקבוצה הג'יהאדית הסלפיסטית המפורסמת והיעילה ביותר הייתה אל-קאעידה. אל-קאעידה התפתחה ממקטב אל-ח'ידמאט (MAK), או "משרד השירותים", ארגון מוסלמי שנוסד ב-1984 כדי לגייס ולפנות כספים ולגייס "מוג'אהדינים" זרים למלחמה נגד הסובייטים באפגניסטן. הוא הוקם בפשעואר, פקיסטן, על ידי אוסמה בן לאדן ואבדוללה יוסף אזאם. כאשר התברר שהג'יהאד אילץ את הצבא הסובייטי לנטוש את משימתו באפגניסטן, כמה "מוג'אהדינים" קראו להרחבת פעולותיהם כדי לכלול מאבקים איסלאמיים בחלקים אחרים של העולם, ואל קאידה הוקמה על ידי בן לאדן ב-11 באוגוסט 1988. החברים היו צריכים להתחייב ("באיאט") לעקוב אחר הממונים עליהם. אל-קאעידה הדגישה ג'יהאד נגד "האויב הרחוק", ובכך היא התכוונה לארצות הברית. ב-1996, היא הכריזה על הג'יהאד שלה כדי לגרש חיילים זרים ואינטרסים מהשמים שהם ראו כאיסלאמיים, וב-1998, היא הוציאה פטווה הקוראת למוסלמים להרוג אמריקאים ובעלות בריתם בכל פעם ובכל מקום שהם יכולים. בין מעשי האלימות הבולטים ביותר שלה היו הפיגועים ב-1998 בשגרירויות ארה"ב
בדר אס סלאם ובניירובי שנהרגו יותר מ-200 איש; והתקפות ה-11 בספטמבר 2001 שהרגו כמעט 3,000 איש וגרמו לנזקים בשווי מיליארדי דולרים.