השימוש באנזימים שמסייעים לתגובות כימיות אלה ניתן לאחר מכן לטהר וקינטיקה שלהם ותגובות למעכבים נחקרו. גישה מקבילה היא לזהות את המולקולות הקטנות ברקמה או בתאים; מערכת המולקולות המלאה של מולקולות אלה נקראת מטבוליזם. באופן כללי, מחקרים אלה נותנים תצפית טובה על המבנה והתפקוד של מסלולים מטבוליסטיים פשוטים, אך אינם מספיקים כאשר הם מיושמים למערכות מורכבות יותר כגון מערכת המטבוליזם של התא. רעיון של רשתות מטבוליסטיות מורכבות של אנזימים בתאים הוא בעל ערך מיוחד, אשר מגדירים את המסלולים מהקדם למוצרים הסופיים על ידי זיהוי ביניים ומוצרים מסומנים. עם זאת, כאשר ניתן להשתמש במדלים ממוטבוליים מורכבים של אנזימים בתאים באמצעות רשתות מטבוליסטיות מורכבות, ניתן כעת להשתמש במדלים ממוטבוליסטיים מורכבות יותר כדי לחשב את התגובות המ
דרך מטבוליסטית אחת.