ב-1 עד ה-5 בספטמבר 1939, בימים הראשונים של הפלישה הגרמנית לפולין, שהחלה את מלחמת העולם השנייה, הלופטוואפה הגרמנית פשטה על קולושקי מספר פעמים. ב-1 בספטמבר 1933, תושבים רבים נמלטו, והארטילריה הפולינית נגד מטוסים הורידה שישה מטוסים גרמניים. ב-6 בספטמבר, הגרמנים נכנסו לקולושקי והכיבוש
החל משנת 1941, קולושקי הצטרף ישירות לגרמניה ואוכלוסייתה נתונה לדיכוי שונים, כולל מעצרים המוניים, גירוש למחנות ריכוז נאצי ורצח. מעצרים המוניים של האינטליגנציה הפולנית, כולל מורים, בוצעו ב-9 בנובמבר 1939 כחלק מ"Intelligenzaktion". עם זאת, זה היה מרכז מקומי של תנועת ההתנגדות הפולנית, ופרטיזנים פולנים היו פעילים באזור.