9 בספטמבר 1939, Wejherowo נלקח על ידי הוורמאכט. לאחר הפלישה לפולין, שהייתה תחילתה של מלחמת העולם השנייה, Wejherowo הצטרפה לגרמניה הנאצית ונשלטה כחלק מRegierungsbezirk Danzig במחוז Reichsgau Danzig-West Prussia. רוב הקהילה היהודית של העיר נרצחה על ידי הנאצים במהלך הכיבוש
, בעוד פולנים מקומיים רבים היו גם קורבנות של מדיניות ההשמדה הנאצית.