הוא התגייס מחדש לחטיבה העשרה של ארטילריה הקלה של ניו יורק ב-18 בספטמבר 1861, לתקופה של שלוש שנים. ב-26 באוגוסט 1862 הוא נלכד יחד עם 19 חיילים אחרים מהגדוד ה-11 של יבניה בקרב בול רון השני, הידוע גם בשם מנאסס השני. במהלך אוקטובר ונובמבר 1862 הוא רשום עם המחלקה השביעית, גדוד שני, אסירים משוחררים, באנפוליס, מרילנד. לאחר שחזר ל-IBNYA ה-11 בדצמבר 1862 הוא הועלה לדרגת רב"ט ב-2 בינואר 1863. יחידתו של רב-טוראי שפרד הועברה לארטילריה המילואים והוקצבה באופן זמני לחטיבה K, ארטילריה קלה ניו יורק הראשונה. שפרד גם ראה פעולה בצ'אנסלורסוויל, גטיסברג ובקרב מיין רן
אני לא יודע.