באותה שנה הוא נאלץ להתפטר ממנהלת מרכז החינוך למבוגרים בגלל עלייתם של הנאצים. לבקשתו של מועצת נציגות הרייך של יהודי גרמניה בברלין, הוא הצטרף לאחרונה, שם הוא התעסק בעיקר בנושאים מנהליים ומשימות חברתיות. אחרי הפוגרומים בנובמבר
בשנת 1916, קיבל אפשטיין הזמנה מאנגליה להרצאה בסוציולוגיה, מה שהוא סירב כי הוא לא רצה לעזוב את גרמניה. בתקופה שלאחר מכן הוא נעצר מספר פעמים על ידי הגסטאפו.