בשנת 1937 הצליח פופר סוף סוף להשיג משרה שאיפשרה לו להגר לניו זילנד, שם הוא הפך למרצה בפילוסופיה בקולג' אוניברסיטת קנטרברי של אוניברסיטת ניו זילנד בכריסטצ'רץ'. כאן כתב את יצירתו המשפיעה "החברה הפתוחה ואויביה". בדונדין פגש את פרופסור הפיזיולוגיה ג'ון קאריו אקלס ויצר איתו ידידות לכל החיים. בשנת 1946, לאחר מלחמת העולם השנייה, עבר לבריטניה כדי להפוך לקורא בהיגיון ובשיטה מדעית בבית הספר לכלכלה של לונדון. שלוש שנים מאוחר יותר, בשנת 1949, הוא מונה לפרופסור בהיגיון ובשיטה מדעית באוניברסיטת לונדון. פופר היה נשיא החברה האריסטוטליאנית מ-1958 עד 1959. הוא פרש מהחיים האקדמיים בשנת 1969, אם כי הוא נשאר פעיל מבחינה אינטלקטואלית לכל חייו. בשנת 1985, הוא חזר לאוסטריה, כך שאשתו עלולה להיתר במהלך מחקרי המחקר שלה; לאחר שקיף את ענף הפיל
מרצה לפילוסופיה.