כתוב המשך לקטע זה - הצי היה אחד הסניפים היחידים של הצבא הסובייטי להיות בהכנות מלאה כאשר הפלישה הגרמנית של ברית המועצות החלה. היא הונחה לכיבוד מס' 2 ב-19 ביוני, ובחצות ב-21 ביוני המפקד העליון של הצי, אדמירל קוזנצוב, העביר אותה לכיבוד מס' 1. כמפקד המטה של צי הבלטי, פנטלייב היה מעורב מאוד בהכנת הצי לקראת מלחמה. בסוף אוגוסט, במהלך הפלישה, הוא השתתף בפינוי הסובייטי של טאלין.
ב-1 בספטמבר קיבל פיקוד על צי של כלי תחבורה, ספינות תותחים וספינות אחרות כדי לפנות חלק מהגדוד הרובה ה-50 מקויביסטו. הוא תיאר את הסצנה בטאלין ביומנו: האויב שינה טקטיקות, הסתננות בקבוצות קטנות... כל שדות התעופה נכבשו על ידי האויב. המטוסים שלנו טסו מזרחה. הצי והעיר תחת הפצצות וטילים. "פירטה" חמודה בוערת... גם פרברים אחרים בוערים. שריפות גדולות בעיר. מסגרות נבנו בגישות לנמל. עשן בכל מקום... אש הספינות והסוללות החוף לא פחתה. עמדת הפיקוד שלנו בנמל מינה תחת אש מתמדת.