וילסון מונה למפקד המפקד של כוחות בעלות הברית בגאליפולי ובבוספורוס, ואנשיו כבשו את שני המפרץ בזמן שהצי בעלות הברית עבר ב-12 בנובמבר 1918. וילסון נחת מהצי ביום שלמחרת וקיבל את פניו משמר כבוד של 300 שבויים בריטים משוחררים, לבושים בבגדים אזרחיים גסים שהעניק להם השגריר ההולנדי הנייטרלי במקום הסמרטוטים של האסירים. וילסון בילה את השנתיים הבאות בהתמודדות עם המורכבות של הכיבוש.
, ארגן את הסגירת התחמושת הטורקית וההגנה, ואת ההחזרה לא רק של שבויים משוחררים של בעלות הברית, אלא גם של כ-10,000 חיילים גרמניים שנשארו בטורקיה.