ב-7 באוגוסט 1998, בן לאדן פגע שוב, הפעם עם פיגועים בו זמנית
על שגרירויות ארה"ב בניירובי, קניה, ודר אס סלאם, טנזניה. (ראה למעלה) ה-CIA, לאחר אישר בן לאדן היה מאחורי ההתקפה, הודיע קלינטון כי מנהיגי טרוריסטים מתכננים להיפגש במחנה ליד Khowst, כדי לתכנן התקפות עתידיות. לפי טנט, "כמה מאות", כולל בן לאדן, יהיו נוכחים. ב-20 באוגוסט, קלינטון הורה על תקיפות טילים קרוז על מחנות אימונים של אל-קאעידה באפגניסטן ועל מפעל תרופות בחרטום, סודן, שם בן לאדן היה חשוד בייצור נשק ביולוגי. בעוד הצבא פגע במטרות שלהם, בן לאדן לא נהרג. הסי.איי.איי העריכו שהם החמיצו את בן לאדן ב"כמה שעות".