לאחר שהיקוביטים השיגו הצלחה ניכרת בשלבים המוקדמים של ההתקוממות של 1745, נשלח ה-Royal Écossais לסקוטלנד בנובמבר; הספינה שהובילה את מקדונל נתפסה והוא הצטרף לאביו ג'ון במגדל לונדון. אחיו הצעיר אייניאס הקים גדוד שבט ונלחם בפלקירק.
בינואר 1746, אך נהרג בטעות לאחר הקרב.