בשנת 637, זמן קצר לאחר כניסת ירושלים בידי הצבאות המוסלמים, הבטיח ח'ומר בן אל-ח'תאב, החליף השני, כי כנסיית הלידה תישמר לשימוש נוצרי. במסגד המוקדש לח'ומר נבנה על המקום בעיר שבו התפלל, ליד הכנסייה. בית לחם עבר אז בשליטה של החליפות האיסלאמיות של האומאים במאה ה -8, ולאחר מכן של האבאסידים במאה ה -9. גיאוגרף פרסי תיעד באמצע המאה ה -9 כי קיימת בכנסייה משמרת היטב ומכובדת מאוד בעיר. בשנת 985, הגיאוגרף הערבי אל-מואדזי ביקר את בית לחם, והפנה את הכנסייה כ"בסיס הקונסטנטין, שאינה שווה ללידה של הנוצרים בכל מקום בארץ". בשנת 1009, תחת שלטונו של המלך האורתודוקסי הרביעי של הממלכה הפתולית, המוסלמי בן בתלמיד, אשר נאלץ להחזיר אותם אל בית לחם, נבנה על ידי
אנשי דת לטיניים