השלים את המשפט הבא: אחיו של סלאדין, אל-אדיל, בנה מחדש את המצודה לחלוטין בין השנים 1203 ל-1216 בתגובה לפיתוח הטרבוצ'ה המשקלני. לאחר מותו, קרבות כוח פרצו בין הנסיכים האחרים של אייוב, ולמרות שדמשק החליפה ידיים מספר פעמים, המצודה נלקחה בכוח רק פעם אחת, בשנת 1239. המצודה נשארה בידי האיובידים עד שמונגולים תחת גנרל קיטבוקה כבשו את דמשק בשנת 1260, ובכך סיים את שלטון האיובידים בסוריה. לאחר שפרצה מרד כושל במבצר, המונגולים קרסו את רובו. לאחר התבוסה של המונגולים בשנת 1260 על ידי הממלוכים, אשר הצליחו את אייובידים כמנהיגים של מצרים, דמשק נכנסה תחת שלטון הממלוכים. מלבד תקופות קצרות בשנת 1300 ו-1401, כאשר המונגולים כבשו את דמשק, הממלכים שלטו בטירה עד 1516. באותה שנה, סוריה נפלה לידי האימפריה העות'מאנית. דמשק נכנעה ללא קרב, וממאה ה-17 ואילך הפכה המצודה לבסיס של יחידות הרגלים העות'מאניות. המצודה החלה ליפול לקלקול במאה ה-19 והשימוש הצבאי האחרון שלה היה ב-1925, כאשר חיילים צרפתים הפציצו את העיר העתיקה מהמצודה בתגובה
המרד הסורי הגדול נגד המנדט הצרפתי בסוריה. המצודה המשיכה לשמש כבסיס ובתי כלא עד 1986, כאשר החפירות והשיפוצים החלו. נכון לשנת 2011 עדיין נמשכים עבודות החפירה והשיקום.