ב-1942, בוטגיר היה מודאג שהוא לא עושה את חלקו במאמץ המלחמה. לאחר חקירה, רוז'לנד דחה להשתמש בו בעניינים דיפלומטיים מכיוון שהוא היה בעסקים פרטיים. באפריל 1942 קיבל בוטייגר חופשה מחירסט והונה לקפטן בצבא. הוא השתתף בפלישה לסיציליה.
הוא שירת בממשלה הצבאית, וקידמו אותו למייג'ור בנובמבר 1943 וללוטננט קולונל זמן קצר לאחר מכן. כקצין קשר בממשלה הצבאית, הוא היה על החוף בסלרנו במהלך היום הראשון של הנחיתה.