הוא היה להילחם בכוחות ההוגנוטים במשך כמה שנים; הוא נלחם בקרב ארקס בשנת 1589. באותה שנה, צ'ארלס עמנואל היה המושל של פריז, כאשר הכוחות ההוגנוטיים, בראשות הנרי מנבארה כיבושו את פריז. במהלך המצור, נהרג המלך הנרי השלישי של צרפת, והנרי מנבארה הכריז על עצמו בקרוב כמלך הנרי הרביעי של צרפת. צ'ארלס עמנואל נמלט, ונלחם במלך המוכרז החדש ב- Ivry
בשנת 1590, שהיה הפסד מכריע עבור הליגה הקתולית. באותה שנה הוא פיקד על כוחות קתולים במהלך המצור על פריז, והגן בהצלחה על העיר.