ב-24 בספטמבר 1493, כריסטופר קולומבוס הפליג למסעו השני עם 17 ספינות ו-1,200 עד 1,500 חיילים מקדיז. ב-19 בנובמבר 1493, הוא נחת על האי, וקרא לו סן חואן באוטיסטה לכבוד סנט ג'ון המטביל. המושבה האירופית הראשונה, קפרה, הוקמה ב-8 באוגוסט 1508 על ידי חואן פונס דה ליאון, סגן תחת קולומבוס, אשר התקבל על ידי טאינו Cacique Agüeybaná, ומאוחר יותר הפך למושל הראשון של האי. פונס דה ליאון היה מעורב באופן פעיל בטבח הייגי בשנת 1503 בהיספאניולה (רפובליקה הדומיניקנית הנוכחית). בשנת 1508, סר פונס דה ליאון נבחר על ידי הכתר הספרדי לכבוש את העבדות של האינדיאנים הטאינוים ולהוביל את פעולות הכרייה. בשנה שלאחר מכן, הוא נחת על האי, וקרא לו סן חואן חואן באוטיסטה לכבוד
נמל מתאים.