כתוב המשך לפרק זה - בשל האנטישמיות והרדיפה בשנות העשרים והשלושים, האוכלוסייה היהודית של קוניגסברג הייתה בירידה בזמן שהמפלגה הנאצית השתלטה על "מכטרגרייפונג" בשנת 1933. באותה שנה חיו בעיר רק 3,500 יהודים. החקיקה האנטי-יהודית בגרמניה הנאצית שלפני המלחמה, שהוכרזה על ידי אריך קוך, הגבילה את העסקים והובילה יהודי קוניגסברג רבים להגר, בעיקר לארצות הברית ובבריטניה. מייקל וויק כתב על האפליה שסבל מהצעירים של היטלר. בפתיחת אוסטמסה 1935, היאלמר שאכט ביקר את הרדיפה ללא תועלת. רדיפה הובילה את הקהילה היהודית ליצור בית ספר יהודי נפרד ל-82 תלמידים באפריל 1935; הוא גדל וקיבל 180 תלמידים ב-6 כיתות עם 4 מורים עד אוקטובר 1935. בפברואר 1938 פרסם העיתון התעמולי "Der Student der Ostmark" את שמותם של 201 אנשי עסקים יהודים, 38 רופאים ו-22 עורכי דין שנותרו בעיר, אשר שימשה Sturmabteilung במהלך לילה של זכוכית שבורה
בנובמבר 1938. בית הכנסת החדש נשרף, בית הכנסת האורתודוקסי אדאס ישראל ושני בתי קברות הושחתו; בית הספר היהודי הותקף אך נפתח מחדש לאחר מכן, כמו גם בית הכנסת האורתודוקסי, שבו מיכאל וויק הפך לבר מצווה באמצע 1941. רבים מהתושבים היהודים נשלחו למחנות ריכוז נאציים בתוך גרמניה.