כתוב המשך לקטע זה - עם זאת, הקונפדרציה עוררה התנגדות בקרב מספר קבוצות בשתי המדינות שהתנגדו לדילול הזהויות הלאומיות ומדינות שכנות. פוליטיקאים פרואניים רבים שהתנגדו לרעיון הקונפדרציה נמלטו לצ'ילה, שם הם קיבלו תמיכה וזה הוביל למלחמת הקונפדרציה
צ'ילה הכריזה מלחמה ב-28 בדצמבר 1836, וארגנטינה עשתה את אותו הדבר ב-9 במאי 1837. המשלחת הצבאית הצ'יליאנית נגד סנטה קרוז, בראשות אדמירל מנואל בלאנקו אנקלאדה, נכשלה ונאלצה להיכנע לחתימת הסכם פואקרפטה, ב-17 בנובמבר 1837.