השלים את המשפט הבא: "ג'וניאטה" המשיכה להפליג בווסט אינדיז, בהובלת ספינות לקליפורניה למים בטוחים, והסתכלה על סימנים של ספינות צוללת קונפדרטיות וברחבי חסימה עד שהיא הפליגה לניו יורק ב-24 בנובמבר, והגיעה לשם ב-2 בדצמבר. במהלך התיקונים בפילדלפיה במחצית הראשונה של 1864, "ג'וניאטה" יצאה ב-12 באוגוסט בחיפוש אחר ספינת ההפלגה הקונפדרטית "טלהאסי" שדווחה סנדי הוק, ניו ג'רזי. חמישה ימים לאחר מכן היא עונקה בהמפטון רודס והצטרפה לסיירת החסימה בצפון האטלנטי. היא פעלה מחוץ להמפטון רודס עד שעברה לווילמינגטון בתחילת דצמבר בהכנות למבצעים התקפיים הקרובים כנגד המבצר החזק הזה ומרכז ההסגר. היא הייתה בעיצומו של הלחימה במהלך ההתקפה הראשונה על פורט פישר, סגרה את סוללות הדרום כדי להגיע למצב של הפצצה יעילה. האומץ שלה בהזדמנות זו, אשר עלה לה שני קצינים ושלושה גברים נהרגו ו 11 גברים נפצעו, הוצג שוב במהלך
התקפה שנייה על פורט פישר בין ה-13 לי-15 בינואר 1865. עוד חמישה מאנשיה נהרגו ועשר נפצעו במתקפה זו, שהחליטה להוציא את וילמינגטון מידי הדרום, ובכך סגרה את הקונפדרציה מפני סיוע זר יעיל.