במלחמה, ספינות סוחר משמשות לעתים קרובות כספינות מלחמה עזריות, כגון ספינות Q של מלחמת העולם הראשונה וטייסי הסחר החמושים של מלחמת העולם השנייה. עד המאה ה -17 היה זה נפוץ לספינות סוחר להיות לחוץ לשירות ימי ולא יוצא דופן עבור יותר ממחצית הצי להיות מורכב של ספינות סוחר. עד איום הפיראטיות נמוג במאה ה -19, זה היה נוהג נורמלי לצייד ספינות סוחר גדולות יותר כגון גלוניות. ספינות מלחמה משמשות גם לעתים קרובות כספינות נושאות חיילים או אספקה, כגון חיל הים הצרפתי במאה ה -18 או חיל הים היפני במהלך מלחמת העולם השנייה. שאלה: איזה שני סוגי ספינות מבלבלים לעתים קרובות אחד עם השני בזמן מלחמה?
ספינות מלחמה וספינות סחר