לאחר הלימודים בקולג' איטון, ת'ורפ הוזמן לצבא ב-8 בספטמבר 1897 בתור סגן שני בארגיל וסאת'רלנד היילנדרס. ב-16 ביולי 1899 הועלה לדרגת לוטננט ושירת במלחמת הבורים השנייה; פצוע, הוא קיבל את מדליות המלך והמלכה של דרום אפריקה עם מנעולים עבור שירותו בקרב על נהר מודר ובפנדארדברג.
, וטרנסוואל ודרום אפריקה (1901 ו 1902). ב-15 באוקטובר 1901 הוא הוצב כקצין צוות תחנה.