ב-מרץ 1865, משלחת הקונגרס של ורמונט המליצה על הנרי לשמש כמרשל של ארצות הברית של ורמונט. הוא מונה ביולי 1865 והמשיך לשרת עד מותו. במהלך כהונתו, האחווה הפניאנית, ארגון של הרפובליקנים האיריים, ניסה לתקוף
השלטון הבריטי של קנדה מאזורי ביצוע בורמונט. הנרי נקט צעדים כדי למנוע מהפנים לקבל נשק או לנסוע לקנדה, ומאוחר יותר פיקח על התפשטותם ועזיבתם מהמדינה.