פרנקלין ידוע כי ניגן בכינור, בנבל ובגיטרה. הוא גם חיבר מוזיקה, בעיקר רביעיית מיתרים בסגנון קלאסי מוקדם. בזמן שהיה בלונדון, הוא פיתח גרסה משופרת מאוד של הרמונית הזכוכית, שבה הזכוכית מסתובבת על ציר, כאשר אצבעות המנגן מוחזקות יציבות, במקום להיפך. הוא עבד עם מפוח הזכוכית בלונדון צ'ארלס ג'יימס כדי ליצור אותו, וכלי הנגינה המבוססים על הגרסה המכנית שלו מצאו במהרה את דרכם לחלקים אחרים של אירופה. ג'וזף היידן (מעריץ של הרעיונות הנאורים של פרנקלין) היה הרמונית הזכוכית באוסף הכלי שלו. בטהובן כתב סונאטה עבור הרמונית הזכוכית. שאלה: מוזיקאי מובהק יצר צורה מושלמת של מכשיר חליל. איך קוראים לזה?
הרמונית זכוכית