כתוב המשך לפרק זה - במהלך שתי המאות הבאות, לקהילה הייתה מעמד מעורפל למדי. מבחוץ, זה היה מטופל כמוסד פרישה חילוני לחלוטין, אבל מבפנים, הקהילה עדיין הובילה חיים רוחניים מסורים מאוד במסורת הבנדיקטינית. בשנת 1711, המתח הזה נפתר בהסכם בין המנזר והדוכס ג'ורג' לואיס (מאוחר יותר ג'ורג' הראשון של בריטניה הגדולה) לטובת התפקיד החילוני שבא לשלוט גם בתוך חומות המנזר. מנזר לונה ימצא את עצמו כחלק מאזור מלחמה פעמיים נוספות. בשנת 1793, צבא צרפתי צעד דרך שטח סמוך במהלך מלחמת הקואליציה הראשונה
בהנבור השתתפה בצד הקואליציה האנטי-צרפתית. המנזירה, ארטמיסיה פון בוק, ציפתה כיבוש הקרוב של המנזר ובמהרה מכרה מלאי גדול של יצירות אמנות, כתבי יד וספרים מהספריה, חלקם לידיים פרטיות, חלקם לטיפול בארכיונים גדולים יותר ובמחסנים סמוכים. במהלך מלחמת העולם השנייה רבים מהארכיונים הללו נפלו קורבן לפצצות בעלות הברית, ועוד הרבה יצירות אמנות וכתבי יד נעלמו בתוך המהומות קרוב לסוף המלחמה כאשר מבנים מנהליים גרמניים התמוטטו וחדלו למעשה להתקיים.