כתוב המשך לפרק זה - המבנה היה מטרה של ארגון המדינה האסלאמית של עיראק והמרכז המורדים שכבשו את מוסול
ב-10 ביוני 2014, ובמוקדם לכך הרס את קבר יונה. עם זאת, תושבי מוסול, כועסים על החרבת אתרי התרבות שלהם, הגנו על המסגד על ידי יצירת שרשרת אנושית ויצירת התנגדות נגד דאעש. במקום להרוס את האתר, אבו בכר אל-בגדאדי הופיע במהלך תפילת יום שישי במסגד זה ב-4 ביולי 2014 כדי להכריז על הקמתה של ח'ליפות חדשה.