ב-1554 פרצה המרד של וויאט; הוא הוטמע במהרה. אליזבת הובאה לבית המשפט, נחקרה בנוגע לתפקידה, וב-18 במרץ, היא נכלאה במגדל לונדון. אליזבת מחתה בתוקף על חפותה. למרות שלא סביר להניח כי היא קתעה עם המורדים, כמה מהם ניגשו אליה. הסמוך הקרוב ביותר של מרי, השגריר של קרל החמישי, סיימון רנרד, טען כי כס המלוכה שלה לעולם לא יהיה בטוח כל עוד אליזבת חיה; והקנצלר, סטיבן גרדינר, עבד על כך שאליזבת תועמד למשפט. תומכי אליזבת בממשלה, כולל לורד פג'ט, שכנעו את מרי לחסוך את אחותה בהיעדר ראיות קשות נגדה. במקום זאת, ב-22 במאי, אליזבת הועברה ממגדל וודסטוק למגדל קרודסטוק, שם היא נעצרה לבלות כמעט שנה תחת אחריות סר הנרי ביידינגפילד.
מגדל לונדון