ב-24 ביולי 1567 היא נאלצה לוותר לטובת בנה בן השנה. לאחר ניסיון כושל להחזיר אותה לכס המלכות, היא נמלטה דרומה בחיפוש אחר הגנה של בת דודתה הראשונה, אליזבת הראשונה, מלכת אנגליה. מרי אליזבת טענה פעם אחת כי כס המלכות של אליזבת הוא שלה והיא נחשבה למלוכה הלגיטימית של אנגליה על ידי משתתפים קתולים רבים, כולל המורדים המורדים של אליזבת הצפונית. מרי אליזבת נמצאה מאשמה ב-1586 לאחר שזכתה לרצח בן דודתה הראשון, ואחרי שנה וחצי לאחר מכן היא נמצאה במעצר.
מרי.