השלים את המשפט הבא: ב-20 באוגוסט, היגואין כבש את שער הניצחון בדובו הראשון של יובנטוס במשחק הפתיחה נגד פיורנטינה בניצחון 2-1 בבית. ב-10 בספטמבר, הוא כבש תמיכה בניצחון 3-1 על סאסואולו. ב-29 באוקטובר, הוא כבש את שער הניצחון נגד קבוצתו לשעבר, נאפולי, אך לא חגג את שערו, בניצחון של 2-1 בבית. ב-5 באפריל 2017, היגואין כבש שני שערים נגד נאפולי במחצית הגמר השנייה של גביע איטליה 2016-17 כדי להעביר את יובנטוס לגמר 5-4 בסך הכל, למרות הפסד 3-2. בשבוע שלאחר מכן, הוא הפך לשחקן הראשון שהשיג יותר מ -20 שערים בעונת הבכורה שלו ביובנטוס מאז שג'ון צ'ארלס ואומר סיבורי הצליחו לעשות את אותו הישג במהלך העונה הקודמת.
עונת 1957/58 בסרייה א', כאשר הוא כבש תמיכה נגד צ'יבו. ב-15 באפריל, היגואין כבש את שני השערים בניצחון 2-0 נגד פסקרה, שכלל את שער הליגה ה-200 שלו באירופה. ב-3 ביוני, היגואין החל בגמר ליגת האלופות, אך יובנטוס הובסה 4 ל-1 על ידי אלוף המכהן ריאל מדריד; הוא הציב את שוויון הזמני של מריו מנדז'וקיץ' במחצית הראשונה.