כתוב המשך לקטע זה - בפעם השנייה בקריירה שלו, קוסטה היה מחליף לא משומש כשאטלטיקו ניצחה בגביע הסופר של האו"ם
ב-1 בספטמבר 2012. בדצמבר, קוסטה היה מעורב בכמה עימותים על המגרש בשני משחקים נפרדים. הראשון היה בהפסד דריבי מקומי 0<unk>2 נגד ריאל מדריד, שם הוא נמנע מפעולות משמעת לאחר שירק תקריות בינו ובין סרג'יו ראמוס. הוא הודח במשחק הבא נגד ויקטוריה פלז'ן בליגת אירופה של האו"ם על כך שדפק את יריבו דוד לימברסקי, וקיבל איסור של ארבעה משחקים על ידי האו"ם. עם זאת, זה לא מנע מהמאמן דיאגו סימוניי להמשיך ולהתחיל אותו, והוא הגיב על ידי כניסת שלושה שערים בשני תחרויות ביתיות, נגד דפורטיבו דה לה קורוניה בליגה (6<unk>0) ו- Getafe בקופה דל ריי (3<unk>0).