השלם את המשפט הבא: ביולי 1239, הוא מונה ככומר הכללי הקיסרי בלומברדיה, כמו גם גנרל-לגאט ברומניה, ועזב את סרדיניה ולעולם לא חזר. הוא השתתף בבידוי של אביו באותה שנה, ולקח חלק בולט במלחמה שהתפרצה בין הקיסר והאפיפיור. ב-1241, הוא השתתף בהלכידת צי של האפיפיור
קרב גיליו בים הטירני. הצעד המוצלח הראשון שלו כמנהיג צבאי היה כיבושו של ג'סי, במארכה, שהיה מקום הולדתו של פרדריק. במאי 1241 הוא היה בפיקודו של הכוחות שהביסו את הצי הגנואי במלוריה, שם הוא תפס כמות גדולה של שלל ולקח מספר אנשי דת שהגיעו למועצה שהוזמנה על ידי גרגורי לרומא. מאוחר יותר הוא נתפס בקרב נגד המילנים בגורגונזולה, אך שוחרר במהרה. בשנת 1245 או 1246 נישואיו בוטלו. בשנת 1247 הוא השתתף במצור הכושל על פרמה והמשיך להילחם בלומברדים הגלפים, תקף את רג'יו וביצע מתקפה בסביבת פרמה.