ב-1939, לאחר הפלישה לפולין, שהחלה את מלחמת העולם השנייה, גדנסק פומרניה הוקצה על ידי גרמניה הנאצית והוספה למחוז החדש של רייךסגאו דנציג-מערב פרוסיה. במהלך הכיבוש הגרמני
, האוכלוסייה הפולנית נתונה מעצרים המונים, דיכוי, גירוש למחנות ריכוז נאציים, גירושים וטבח. מעצרים המוניות נוגעו במיוחד למורים ולכמרים פולנים, והושגו בספטמבר ואוקטובר 1939. 16 כמרים נרצחו בטווח הירי המקומי, ואחרים נכלאו בטצ'ו, ומאוחר יותר נרצחו במהלך טבח גדול של פולנים ביער Szpęgawski. ב-20 באוקטובר 1939, 44 תושבים נרצחו ביער Szpęgawski. הגרמנים הסירו עקבות של המורשת הפולנית מהקתדרלה ומהסמינרי, וגם שדדו או הרסו אוספים פוליניים היסטוריים, כולל הספרייה והארכיון. ה"אינסאטסקומנדו 16" הקימו בכלא לאקטיביסטים פולנים מקומיים, מורים וכמרים בסמינר, והקורבנות נרצחו מאוחר יותר ביער שפגבסקי, גורשו למחנות ריכוז או הועברו לכלא בסטארוגארד גדנסקי. ב-1940 גרמנים הפעלו זמן קצר מחנה משנה של מחנה הריכוז סטוטהוף בעיר.