השלים את המשפט הבא: לאחר שהחל את הקריירה המנהלית שלו בשנת 2003 עם כמה קבוצות איטלקיות קטנות יותר, אלגרי עזר לסאסואולו להשיג קידום לסרי בי בפעם הראשונה בהיסטוריה שלהם, וזכה באליפות סרי C1 ובסופר קפ באותה שנה. משנת 2008 עד 2010, הוא מאמן את קאליארי בסרייה א', והוביל אותם לסיום הטוב ביותר שלהם בסרייה א 'במשך כמעט 15 שנים. הביצועים שלו כמאמן הראשי של קאליארי הביאו לו להעברה לא.סי. מילאן בשנת 2010, שם הוא נשאר עד ינואר 2014; הוא זכה ב"סקודטו" ב
2010<unk>11, הראשון של מילאנו מאז 2004, וניצחון בסופר קופה איטליה בשנת 2011. בין 2014 ל-2019, אלגרי היה אחראי על יובנטוס, עם מי הוא זכה באחת עשרה גביעים: חמישה כותרות ליגה ברציפות (מ-2015 עד 2019), ארבעה כותרות קופה איטליה ברציפות (מ-2015 עד 2018) ושני כותרות סופר קופה איטליה (2015 ו-2018); הוא גם הגיע לשני גמרים של ליגת האלופות של אירופה (2015 ו-2017). הוא חזר ליובנטוס ב-2021, לאחר שנתיים מחוץ לניהול.