כתוב המשך לפרק זה - הטרור התגלה כבעיה חשובה יותר ויותר לביטחון הלאומי בתקופת ממשל קלינטון. בשנים האחרונות של המלחמה הסובייטית-אפגנית, אוסמה בן לאדן ארגן את אל-קאעידה, ארגון סוני לוחם. מנהיגי אל-קאעידה התעבבו את הערכים המערביים, והם כעסו במיוחד על הנוכחות הצבאית של ארה"ב בערב הסעודית. אל-קאעידה גדלה במהלך שנות ה-90 והתעסקה בטרור במזרח התיכון ובמקומות אחרים. הקבוצה לקחה אחריות על פיגועי 1993 במרכז הסחר העולמי, פיגועי שתי שגרירויות ארה"ב במזרח אפריקה,
של ספינה אמריקאית בנמל בתימן. בתגובה, קלינטון הורה להפציץ את מתקני אל-קאעידה באפגניסטן ובסודאן. סוכנות המודיעין המרכזית והצבא עקבו אחר תנועותיו של בן לאדן בניסיון ללכוד או להרוג אותו, אבל בן לאדן נמנע מללכוד עמוק בהרים של אפגניסטן.