דנילסון הופיע לראשונה בנבחרת ברזיל בנובמבר 1996, בגיל 19, נגד קמרון. הוא נקרא לצוות שהשתתף בגביע העולם של פיפ"א 1998, והופיע בכל המשחקים עבור המנצחים הסופיים; בשנה הקודמת, הוא גם נבחר לקופה אמריקה 1997.
ו 1997 FIFA גביע הקונפדרציות, ניצח בשני הטורנירים בסך הכל עשרה הופעות (שני שערים).