ב-1 בדצמבר 1983, פנאדוס מונה כארכיבישוף מטרופוליני ה -17 של גואטמלה סיטי ומטריפיסט של אסקיפולס על ידי האפיפיור יוחנן פאולוס השני. במהלך שנות שירותו כארכיבישוף הגואטמלאני, פנדוס שינה את הגישה השמרנית של הכנסייה הקתולית כלפי הסצינה הפוליטית של האומה, אשר באותה עת סבלה מאחת מהשנים הקשות ביותר של מלחמת האזרחים.
אני לא יודע. היה לו תפקיד מרכזי במשא ומתן לשלום על ידי גינוי הפרות רבות של זכויות האדם במהלך המשטרים הצבאיים הקודמים ועל ידי צבא גואטמלה, ועל ידי תמיכתו בפעילות זכויות האדם וקורבנות השואה הגואטמלית. הוא היה המייסד של "משרד זכויות האדם של ארכיבישוף גואטמלה" (ODHA / משרד זכויות האדם של הארכיבישוף) בשנת 1990.