כתוב המשך לפרק זה - עם פרוץ המלחמה הפיליפינית-אמריקאית
, מאלון הועבר לגדוד חיל הרגלים ה-27 שהוקם לאחרונה בפיליפינים באמצע 1901 והשתתף במרדף אחר מנהיג המורדים אמיליו אגואנלדו לבוץנים ולשממות של לוזון. הוא קיבל פקודה לחזור לארצות הברית, ולאחר קידומו לקפטן ב-2 בנובמבר 1901, הוא מונה למורה לכימיה באקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט, ניו יורק. בתפקיד זה, מלון לימד את גנרל הצבא העתידי וזוכה מדליית הכבוד, דאגלס מקארתור.