השלים את המשפט הבא: בית הכנסת הפך במהרה למרכז של קהילה יהודית קטנה אך תוססת, שאחד ממנהיגיה, אברהם רובן, הפך להיות חבר מועצה בחברה העירונית של קראצ'י בשנת 1936. החלוקה של הודו הבריטית על פי קווי דת בין הינדים למוסלמים באוגוסט 1947 גרמה לעיר קרצ'י ליפול בתוך גבולות המדינה החדשה בעלת רוב מוסלמי של פקיסטן, ולאחר מכן נשתנה לוח ההשתייכות הקדמי של בית הכנסת, והוגדר תחת "קהילה פקיסטן בני ישראל". פחות משנה לאחר מכן, בית הכנסת הותקף ונשרף על ידי מורדים מוסלמים בעקבות הכרזת העצמאות של מדינת ישראל בשנת 1948. במהלך תקופה זו הותקפו מספר יהודים ברחבי פקיסטן, ובסופו של דבר גרמו לחלקים מהקהילה לברוח להודו השכנה. עם זאת, תדירות ההתקפות על יהודים בפקיסטן עלתה לאחר כל אחת ממלחמות ערב-ישראל ב-1948,
1956, 1967 ו-1973. בתחילת שנות השבעים, הקהילה היהודית הפקיסטנית עזבה לרוב לישראל או להודו עקב היציאה היהודית ממדינות מוסלמיות, מה שהפך את בית הכנסת לרוב רדום. ב-17 ביולי 1988, בית הכנסת נהרס ובסופו של דבר הוחלף על ידי כיכר קניות (כיכר מאדיחה) בשכונת רנצ'ור ליין בדרום קראצ'י.