ב-58 לפנה"ס, קליאופטרה ככל הנראה ליוותה את אביה, פטולמיוס ה-12 אולטס, במהלך גלותו לרומא לאחר מרד במצרים (מדינה רומית) שאיפשרה לבתו ברניקה הרביעית לדרוש את כס המלכות. ברניקה נהרגה בשנת 55 לפנה"ס כאשר טלטלמי חזר למצרים בסיוע צבאי רומי. כאשר הוא מת בשנת 51 לפנה"ס, החלה שלטונה המשותף של קליאופטרה ואחיה פטולמיוס ה-13, אך חילוקי דעות ביניהם הובילו למלחמת אזרחים פתוחה. לאחר שהפסיד את קרב פרסלוס בשנת 48 לפנה"ס ביוון נגד יריבו יוליוס קיסר (דיקטטור וקונסול רומי) במלחמת האזרחים של קיסר, הפומפאי הפליג למצרים. פומפיי היה בן ברית פוליטי של פטולמיוס ה־12, אך פטולמיוס ה־13, בעקבות דחף של סרני חצרו, גרם למארב של פומפיי והרג אותו לפני שהגיע קיסר והשתלט על אלכסנדריה. לאחר מכן ניסה קיסר ליישב את האחים הטולמאיים היריבים, אך יועצו הראשי של טולמי, פוטאינוס, ראה את תנאיו של קיסר כמיטיבים לקליאופטרה, ולכן כוחותיו הקיפו אותה ואת קיסר בארמון
אני לא יודע. זמן קצר לאחר שהמצור הוסר על ידי תגבורת, טלומיוס ה-13 מת בקרב הנילוס בשנת 47 לפנה"ס; אחותה למחצה של קליאופטרה, ארסינוא הרביעית, גורשה בסופו של דבר לאפסוס על תפקידה בביצוע המצור. קיסר הכריז על קליאופטרה ואחיה פטולמיוס ה-14 שליטים משותפים, אך שמר על רומן פרטי עם קליאופטרה אשר הוליד בן, קיסרון. קליאופטרה נסעה לרומא כמלכה לקוחה ב-46 ו-44 לפנה"ס, שם היא שהתה בווילה של קיסר. לאחר ההתנקשות בסיזר ובטלמיוס ה-14 בשנת 44 לפנה"ס, היא כינתה את קיסרון לשותף השליט.