השלים את המשפט הבא: המחקר והכתיבה של ביינין מתמקדים בעובדים, איכרים ומיעוטים במזרח התיכון המודרני. אף על פי שהתעניין בתחילה בהתפתחות מעמד פועל ערבי בפלסטין המנדטרית, הוא שינה את נושא עבודת הדוקטורט שלו להיסטוריה של תנועת העובדים המצרית מאז 1936. עבודת הדוקטורט הזו, בשילוב עם עבודת דוקטורט על תקופה מוקדמת יותר בהיסטוריה של העבודה במצרים מאת חברו ועמיתו ז'אכרי לוקמן, הובילה לפרסום הספר "עובדים על הנילוס: לאומנות, קומוניזם, איסלאם ומעמד הפועלים המצרי, 1882<unk>1954" (1989). בין עבודותיו המאוחרות ביותר הוא מחקר על הקהילות היהודיות במצרים המודרנית, שהוביל למחקר ההיסטורי העיקרי שלו, "הפצת היהדות המצרית: תרבות, פוליטיקה, ויצירת גולה מודרנית" (1998), אשר בוחן את מגוון הזהויות היהודיות המצריות במצרים ובגולה. הוא עוסק בעבודה בשטח כדי לאסוף דיווחים מילוליים בקרב קהילות יהודיות מצריות רבות המפוזרות ברחבי העולם לאחר
מלחמת סואץ של 1956, ביניהם הקראיים של סן פרנסיסקו.