כמו נגיפים מוצפנים רגילים, נגיף פולימורפי מדביק קבצים עם עותק מוצפן של עצמו, אשר מתפורר על ידי מודול הפירוט. במקרה של נגיפים פולימורפיים, עם זאת, מודול הפירוט זה גם שונה על כל זיהום. וירוס פולימורפי כתוב היטב לכן אין חלקים אשר נשארים זהים בין הזיהומים, מה שהופך אותו קשה מאוד לזהות ישירות באמצעות "סיגנייט". תוכנת אנטי-וירוס יכולה לזהות אותו על ידי פירוט הוירוסים באמצעות דמות, או על ידי דפוס סטטי של הגוף הנתח. כדי לאפשר נגיף פולימורפי, יש לו מנוע מוטורפי (אז נקרא "מנוע וירוס" או "מנוע המוטציה") במקום כלשהו, אשר מתוכנת זיהום פולימורפי מכילה דוגמאות של נגיף מסוגלים להיות זיהוי לאטנטיות או זיהוי בקוד נגיף, כי זה עשוי להיות קשה יותר עבור מומחים לגלות את זה באופן משמעותי, כי זה עשוי להיות קשה יותר להשיג את זה באמצעות זיהוית ד
יש להם מנוע פולימורפי