ב-5 ביולי 2008 חתם קומוטו על מועדון סרייה א' פיורנטינה תמורת 4.8 מיליון יורו (אבל גם עלה ל"לה ויולה" תוספת של 198,000 יורו כמשכורת נוספת). פציעה קשה הוציאה את קומוטו מרשימת נבחרת ליגת האלופות לשנת 2008. הוא הופיע לראשונה ב-21 בספטמבר 2008 בפיורנטינה-בולוניה, שהסיים 1-0. הוא גם שיחק לראשונה בליגת האלופות במשחק הגמר הראשון נגד ספורטינג קלוב דה פורטוגל ב-18 באוגוסט 2009 באצטדיון חוזה אלולאדה. הוא היה השחקן הימני הראשי בעונת 2008/09 ו-2009/10, אך איבד את מקומו ללורנצו דה סילבסטרי בעונת 2010/11 בסריה א'.
עונה. בעונה ההיא הוא החל רק 16 פעמים ורק נבחר מחדש על ידי המאמן באוקטובר לאחר שהוא ביקר את הקבוצה שלו היא סיבה לתוצאות רעות.