השלים את המשפט הבא: לאחר שחזר לארצות הברית באמצע 1942, וילקס למד במכללת המלחמה הימית, ואז הפך לקצין המפקד של המעבורת הקלה החדשה, ולקח אותה לים התיכון כדי להשתתף בפלישה לסיציליה ביולי 1943. מאוגוסט 1943 היה לאדמירל וילקס פיקוד על כוחות אמפיביים באנגליה ובצרפת, ושיחק תפקיד חשוב בהכנות לפלישה לנורמנדי ביוני 1944, והצבא הבריטי
הפלישה לדרום צרפת חודשיים לאחר מכן. כשההתקפה הקרקעית של בעלות הברית עברה לגרמניה, וילקס היה אחראי על הנמלים והבסיסים של ארצות הברית בצרפת, ועזר באופן חומרי בהתקפה עם ניהול הלוגיסטיקה שלו.