כתוב המשך לפרק זה - רק בשנת 879 הופיע השם יואנינה בפעם הראשונה, בפעולות המועצה הרביעית של קונסטנטינופול, אשר מתייחסים לאחד זאקריה, בישוף יואניני, סופרגן של נאופקטוס. לאחר הכיבוש הביזנטי של בולגריה
בשנת 1020, הקיסר באסיל השני כפף את הבישופיה המקומית לארכיבישופיה של אוהריד. הארכיאולוג היווני ק. טסורס מינה את חומות העיר הביזנטית ואת המצודה הצפון-מזרחית של טירת יואנינה למאה ה-10, עם תוספות בסוף המאה ה-11, כולל המצודה הדרום-מזרחית, המסופקת באופן מסורתי לכיבוש קצר-החיים של העיר על ידי הנורמנים תחת הנהגתו של בוהמונד מטארנטו בשנת 1082. בקריסובול למנוצרים בשנת 1198, העיר מופיעה כחלק מהמחוז שלה ("provincia Joanninorum" או "Joaninon"). בהסכם חלוקת האדמות הביזנטיות לאחר מסע הצלב הרביעי, יואנינה הובטחה לוונציאנים, אך במקרה זה, היא הפכה לחלק ממדינת אפירוס החדשה, שנוסדה על ידי מיכאל I קומננוס דוקאס.