כתוב המשך לקטע זה - בסביבות תחילת המאה ה-16, בעקבות בניית ארמון ריבירה לצד נהר הטאגוס, ארמון אלקצ'ובה החל לאבד את חשיבותו. רעידת אדמה שהתרחשה בשנת 1531 פגעה עוד יותר בטירה הישנה, והתרמה עוד יותר להתפוררותה והזנחה. ב-1569, המלך סבסטיאן הורה על בניית הדירות המלכותיות בטירה, מתוך כוונה להשתמש בה כמקום מגוריו הרשמי. כחלק מהבנייה מחדש, בשנת 1577 פיליפו טרצי הרס את אחד המגדלים ליד החזית הראשית של כנסיית לורטו. עם זאת, רבות מהעבודות מעולם לא הושלמו לאחר מותו של המלך הצעיר במהלך קרב אלקסר קוויביר
אני לא יודע. משבר השושלת הפורטוגזית הבא פתח את הדרך לשישים שנות שלטון ספרדי והטירה הועברה לבסיס צבאי ובכלא. ב -30 בדצמבר 1642, תיאודוסיו דה פריאס הצעיר מונה למבנה הראשי כדי להמשיך את העבודות שהתחילו אביו, לואיס דה פריאס, וסבו, תיאודוסיו דה פריאס. זה היה חלק מתוכנית גדולה יותר של הכוחות הספרדים להפעיל מחדש את המבצר.