ב-1980 לקח חאן, בן שלושים, את תפקיד הקפטן של נבחרת הקריקט הפקיסטנית מאת ג'אבד מינדאד. כקפטן, חאן שיחק 48 משחקים במבחן, מתוכם 14 ניצחו על ידי פקיסטן ב-1984, 8 הפסידו והשאר 26 הושלמו. הוא שיחק גם 139 משחקים חד יומיים, ניצח 77, הפסיד 57 והסתיים באחד. במשחק השני של הקבוצה, חאן הוביל אותם לניצחון המבחן הראשון שלהם על אדמת אנגליה במשך 28 שנים בלורדס. השנה הראשונה של חאן כקפטן הייתה שיא המורשת שלו כבלן מהיר כמו גם כל-רונדר. הוא רשם את שיא הכדור הטוב ביותר במבחן בקריירה שלו תוך לקיחת 8 58 שערות נגד סרי לנקה בלאהור ב-1982. הוא גם הכניס את שני שיא הכדור והמחצית הבדירה נגד הודו ב-1982.
לאהור