מרטינז החל את קמפיין 2013-14 על ספסל המחליפים, תחת המנהל החדש פפ גווארדיולה. ב-30 באוגוסט 2013, באותה שנה,
בסופר גביע UEFA, הוא נכנס למגרש מוקדם במחצית השנייה של המשחק נגד צ'לסי, וקיבל את 2<unk>2 השוויון בדקה האחרונה של הזמן הנוסף, כמו הבווארים המשיך לזכות בגביע בפראג לאחר משחקי עונש. מרטינז סיים את העונה עם שער אחד ב-34 הופעות.