לאחר שהרומניה לא הצליחה להתאמן לגביע העולם 2002, ביקשו מירדנסקו להחליף את ג'ורג'ה האגי, וכך הפך למאמן של נבחרת הכדורגל הלאומית בפעם השנייה. המטרה העיקרית שלו הייתה להכניס את הקבוצה לאירופה 2004.
, אבל לא הצליח לעשות את זה. בהצהרה כי אין אף אחד אחר שהוא טוב יותר ממנו וזמין לקחת אחריות על הנבחרת הלאומית, הפדרציה הרומנית לכדורגל נתנה לו קרדיט בשלב ההסמכה לגביע העולם 2006, אך לאחר ביצועים גרועים נגד ארמניה, הוא פוטר בסופו של דבר.