במהלך מלחמת העולם השנייה הוא היה אחד המנהיגים העיקריים של השמאל בבית הנבחרים, המתנגד לממשלת הקואליציה בזמן המלחמה. בוואן התנגד לצנזורה הכבדה שהוטלה על רדיו ועיתונים ועל תקנון ההגנה 18B בזמן מלחמה, אשר נתן למזכיר הפנים את הסמכויות לכלוא אזרחים. בוואן קרא להלאמה של תעשיית הפחם וטיף לפתיחת חזית שנייה במערב אירופה כדי לסייע לברית המועצות במאבקה עם גרמניה. באחד הנאומים המפורסמים ביותר שלו נגד צ'רצ'יל, הוא התלונן על כך שראש הממשלה "נצח בדיון אחר דיון והפסיד בקרב אחר קרב". צ'רצ'יל היה מתייחס מאוחר יותר את ביבן כ"טרדמת מגעילה". צ'רצ'יל היה מטרה תכופה של ביבן, שכבר לא אהב אותו לאחר התערבותו במהומות טוניפנדי והשביתה הכללית בבריטניה בשנת 1926
שביוואן ראה כבדה. בוואן האמין שהמפתח למלחמה היה מעורבותה של רוסיה וחשב שצ'רצ'יל היה ממוקד מדי בהתערבות של ארצות הברית. בוואן חשש גם מכך שאם הוא יאפשר לצ'רצ'יל להמשיך ללא התנגדות ובלתי מתנגדות בפרלמנט במהלך המלחמה, הוא יישאר כמעט בלתי מנוצח עבור מפלגת הלייבור בבחירות העתידיות. ההיסטוריון מקס הייסטינגס תיאר את תפקידו של ביוון בפרלמנט במהלך המלחמה כ"המספרים שלו היו מדויקים, אבל הבוז שלו היה בניגוד לרוח הרגע - מלא הכרת תודה, כמו ראש הממשלה". התנגדותו החריפה גרמה לו להיות לא פופולרי בקרב חלקים מהציבור באותה תקופה. אשתו סיפרה מאוחר יותר כיצד הזוג היה מקבל לעתים קרובות חבילות מלאות צואה בביתם.