השלים את המשפט הבא: סילבסטר בונאפון ג'וניור, בן 19, נרשם לשירות צבאי בפילדלפיה, פנסילבניה, ב-14 בדצמבר 1861, ונכנס לשם באותו יום כחייל בחטיבה הראשונה של חיל הרגלים המתנדב ה-99 בפנסילבניה. ב-18 בדצמבר הועבר לחטיבה ג' בתוך אותו גדוד, לאחר מכן הועלה לדרגת רב-טוראי ב-1 באפריל 1862 ולדרגת סמל חודש לאחר מכן (1 במאי). ב-1 באוגוסט אותה שנה הוא קיבל את דרגת סגן שני, לאחר מכן הוא השתתף עם הגדוד שלו בכמה מהפעולות החמורות ביותר במלחמת האזרחים האמריקאית כחלק מצבא הפוטומאק של האיחוד, כולל הקרב השני של בול ראן ב-1862 (אוגוסט 28-30) ובקרבות של
קמפיין צ'נטיל (1 בספטמבר) ופרדריקסבורג (11 בדצמבר) קמפיין צ'נסלורסוויל (1863), קרבות גטיסבורג (1 ביולי) ווואפינג הייטס (23 ביולי), קמפיין בריסטו והקרב הראשון באוברן (13 באוקטובר) והקרב השני בתחנת ראפפאנוק (7 בנובמבר) וקרב מיין ראן (2 בינואר); קרבות המדבר (5 במאי), בית המשפט של ספוטסילבניה (8 במאי), קמפיין צפון אנה (23 במאי) וקמפיין קולד הארבור (31 במאי - 12 ביוני). הוא השתתף עם הגדוד שלו במצור על פטרסבורג, כולל הקרבות הראשונים והשניים של קרקעית המים העמוקה (27-29 ביולי 1864 ואוגוסט 14-20), לאחר מכן הוא הועבר שוב לדרגת סגן ראשון ב-27 בספטמבר.