השלים את המשפט הבא: ב-23 באוגוסט 2015, בונאונטורה עשה את הופעת הבכורה שלו בעונה כאשר מילאן הפסידה 2-0 בפני פיורנטינה. במשחק הבא נגד אמפולי, בונאוונטורה נכנס למגרש כמחליף לסוסו בדקה ה-55 והצליח לסייע ללוז אדריאנו בהשגת שער הניצחון מבעד לבעיטת פינה 15 דקות מאוחר יותר. ב-19 בספטמבר, בונאוונטורה סיייע בשער הראשון של קרלוס באקה וסיים את ניצחונו של פלרמו ב-3-2. הוא גם השיג עוד סיוע וסיכום במשחק הבא של מילאנו, הניצחון של 2-3 על אודינזה. שוב, הוא עזר גם לקרלוס באקה וגם לפיליפ מקס נגד לאציו בניצחון 3-1 במרדף ב-1 בנובמבר. הוא המשיך להופיע טוב תחת המאמן של הקבוצה סינישה מיהלוביץ' והפך לשחקן בסיסי לקבוצה שלו לאורך העונה. לאחר שפספס את תיקו 0-0 נגד קבוצתו לשעבר אטלנטה, הוא הבקיע את השער הפותח בתבוסה של סמפדוריה ב-4-1 ב-28 בנובמבר. הוא כבש שוב במשחק הבא שלו ב-1 בדצמבר, הפסד 3<unk>1 בקופה איטליה של קרוטונה, באמצעות בעיטה חופשית מבריקה של 20 יארד. ב-20 בדצמבר, הוא סיייע ליעד של קרלוס באקה וסיים את משחקו בהביסתו של מילאן על פרוסינונה 4-2. ב-17 בינואר 2016, הוא סיפק סיוע נוסף לקרלוס באקה כאשר רוסונרי ניצחו את פיורנטינה 2 ל-0. הוא סיים את העונה עם 7 שערים ו-8 אסיסטים בכל התחרויות, כאשר מילאן סיים במקום השביעי במונדיאל.
סרייה א', והפסד בגמר גביע איטליה נגד יובנטוס, לאחר תבוסה של 1: 0 בזמן ההוספה.