הצורה הנפוצה ביותר של חציית כרומוזומים היא הצירוף ההומולוג, שבו שני הכרומוזומים המעורבים חולקים רצפים דומים מאוד. הצירוף הלא-הומולוג יכול להיות מזיק לתאים, מכיוון שהוא יכול לייצר טרנסלוקציות כרומוזומיות וחריגות גנטיות. תגובת הצירוף הומולוגנית מתפתחת על ידי אנזימים הידועים בשם recombinases, כגון RAD51. השלב הראשון בצירוף הוא צירוף כפול שנגרם על ידי נצלי או נזקי DNA. סדרה של צעדים של כל אחד מהחוטים הומולוגים מתפתחים על ידי חלקי הולידייז הנפוצים בצד הצפון-מזרח, כך שזכרת הצירוף הומולוגנית של DNA הופכת להיות אפשרית רק במהלך צירוף ההלידייז הנפוץ של שני החוטים הנפוצים יחד על ידי צירוף ההלידייז הצפוני-מזרחי, כך שזכרת הצירוף ההלידייז הנפוך של DNA הופ
שניים.