הרננדז החל את הקריירה שלו באטלטיקו מדריד, שם שיחק יותר מ-100 הופעות תחרותיות, והגיע לגמר ליגת האלופות של 2016. הוא גם זכה בליגת אירופה 2018 ובסופר קפ.
באותה שנה. הוא חתם בביירן ב-2019, וזכה בבונדסליגה, DFB-Pokal ובליגת האלופות בעונה הראשונה שלו כחלק מהטריבל. ארננדז היה שחקן צרפתי מאז 2018, הוא היה חלק מהצוות המנצח בגביע העולם 2018 וגם השתתף באירופה 2020.