לאחר מלחמות העצמאות, סדרה של קונפליקטים הוכיחה את החשיבות של הצי לאומה. הראשון היה מלחמת הקונפדרציה.
1836-1839), מלחמת איי צ'ינצ'ה (1864-1866) ומלחמת האוקיינוס השקט (1879-1883). הקמתו של פורטה בולנס במפרץ מג'לאן סימנה את נקודת ההתחלה של סדרה של חקירות של חיל הים הצ'יליאני, בראשות הידרוגרפים של חיל הים, כגון פרנסיסקו וידאל גורמאז ופרנסיסקו הדסון, באזור הלא ידוע בין מיצר מג'לאן לצ'ילאו. כדי להתמודד עם תחום פעילות חדש זה, הצי ייסד בשנת 1874 את המשרד ההידרוגרפי, שהדירקטור הראשון שלו היה פרנסיסקו וידאל גורמאז.