ב-16 באפריל בשעה 01:25 JST (16:25 UTC, 15 באפריל) התרחשה רעידת אדמה בגודל 7.0 תחת מחוז היגאשי של עיר קומאמוטו באזור קיושו בדרום מערב יפן, כתוצאה מפגם של גלישה בעומק רדוד. נגרם נזק נוסף משמעותי באזורים אלה של מחוז קומאמוטו שהתאוששו מהרעידת האדמה ב-14 באפריל, עם רעידות אדמה חזקות ונזקים נרשמו גם במזרח רחוק כמו העיר Beppu במחוז Ōita. הרעידות הרעידות נרשמו גם רחוק כמו בוסאן, דרום קוריאה, עם עוצמה של MMI III. אזהרת צונאמי הונפקה בשעה 01:27 JST לאזורים לאורך ים אריאצ'ירו וים יושירו, כאשר גובה הגל היה צפוי לעלות ב- 0.2 עד 1 עד 3.3 מטר, אך הועלתה פחות משעה לאחר מכן ב- 02:14 JST. מספר הנפגעים של צונאמוטו נותר כ- 18,000,
7.0