השלים את המשפט הבא: הכנסייה נסגרה עם שאר בית הקברות ב-1923, ולזמן מה שימשה כמחסון לאחסון אנדרטאות ואבני קבר שהובאו ממקברים אחרים שהורסו. עם הקמתה של מוזיאון הנקרופוליס בשנת 1932, הפנים של הכנסייה עברו שיפוץ משמעותי. האיקונוסטסיס הורס והקירות והתקרה צבועו. רוב האייקונים הוסרו, אם כי רבים מן המונומנטים ההיסטוריים נשמרו. עם הריסת כנסיית דוכובסקאיה של הלברה בשנת 1937, מספר אנדרטאות הועברו למוזיאון, ובמהלך השנים הבאות הועברו ונקברו שרידיהם של מספר דמויות היסטוריות מפורסמות בכנסיית סנט לאזאר, כולל: הנסיך יואן של ג'ורג'יה, ויקטור קוצ'וביי ואקטרינה איליניצ'נה קוטוזובה, אשתו של מיכאיל קוטוזוב. אנדרטאות אחרות הובאו מהכנסייה פיוודורובסקאיה לאברה, הכנסייה הארמנית של סמולנסקי והכנסייה הקתולית בצ'רסק'י סלו. השרידים של הרוזן, חותנו של
הנסיך דקמבריסט סרגיי פטרוביץ' טרובצ'קוי נקבר מחדש בכנסייה, אך האנדרטה שלו מעולם לא הותקנה.