במהלך נסיגת הקונפדרציה בחזרה לווירג'יניה, ברוקנברו ניסה להחזיר חלק מהמוניטין הנפגע שלו על ידי התקדמות פזיזה נגד חיילי האיחוד ב-Falling Waters ב-14 ביולי, וסבל מספר רב של נפגעים. חמישה ימים לאחר מכן, סגן הקולונל לשעבר ברוקנברו, בריגד גנרל הנרי האריסון ווקר, קיבל פיקוד על החטיבה, החזיר את ברוקנברו ל-40 וירג'יניה, שהוא הוביל בבריסטו ובמיין ראן
אני לא יודע. ב-21 בינואר 1864, ברוקנברו התפטר מהצבא הקונפדרטי. הוא שמר על דרגת הקולונל שלו במילואים עד סוף 1864.