השלים את המשפט הבא: באוקטובר 1919 מלקומוב הפך מפקד חטיבת פרשים בצבא השמיני. בינואר 1920 הוא הפך למפקד חטיבת הפרשים הראשונה של דיוויזיית הפרשים הטורקיסטנית הראשונה, שנלחם בחזית טורקיסטאן. מאוגוסט עד ספטמבר 1920, חטיבת הפרשים של מלקומוב השתתפה במלחמת האזרחים.
מבצע בוכרה להפיל את אמיר בוכרה מוחמד עלים חאן. בספטמבר 1920 הוא הפך למפקד חטיבת הפרשים השנייה של דיוויזיית הפרשים הטורקסטנית השלישית. בפברואר 1921 הוא השתתף בתבוסתו של מוחמד עלים חאן ליד העיר בויסון ובכיבוש הערים דנאו, יורצ'י, סארי-אסיה, קראטאג, גיסר ודיושמבה, על כך הוענק לו את עיטור הדגל האדום הראשון שלו.