העונה השנייה מתחילה שמונה שעות לאחר הבריחה, ומתמקדת בעיקר בשמונה הנמלטים. יוצר הסדרה פול שורינג מתאר את העונה השנייה כ"הנמלטת פעמים שמונה" ומשווה אותה ל"חצי השני של הבריחה הגדולה". הנמלטים נפרדים ונעים למקומות ברחבי המדינה עם הרשויות סמוכות מאחוריהם כאשר כל אחד מהם רודף אחר מטרותיו האישיות. בראד בליק מפוטר מהכלא שבו עבד בתור השומר הראשי ורודף אחר האסירים בעצמו עבור פרס הכסף. כמה מהנמלטים מתאחדים מחדש בחיפוש אחר מאגר גדול של כסף שהוקבר לפני זמן רב על ידי אסיר אחר בפורקס ריבר, צ'ארלס ווסטמורלנד. הסוכן הפדרלי אלכסנדר מאהון מונה למצוא ולתפוס את שמונה הנמלטים, אך מתגלה שהיא עובדת עבור החברה, שרוצה שמונה גברים מתים. כאשר היא מגלה את אביה, שרה פאנדיאן, היא נעצרת על ידי השלטונות, השלטונות נעצרות אותו, אך השלטונות מ
חצי.