במספר קטן של אנשים, ברכיותרפיה עשויה לגרום לתופעות לוואי ארוכות טווח עקב נזק או הפרעה של רקמות או איברים סמוכים. תופעות לוואי ארוכות טווח הן בדרך כלל קלות או בינוניות בטבע. לדוגמה, בעיות השתן והפיכה עשויות להימשך כתוצאה מברכיותרפיה לסרטן צוואר הרחם או סרטן הערמונית, ועשויות לדרוש ניהול מתמשך. ברכיותרפיה לסרטן הערמונית עלולה לגרום לקשיי זקפה בכ -15-30% מהחולים. עם זאת, הסיכון לקשיי זקפה קשור לגיל (גברים מבוגרים נמצאים בסיכון גבוה יותר מגברים צעירים) וגם לרמת תפקוד זקפה לקבלת ברכיותרפיה. בקרב אנשים שחווים לקשיי זקפה, רוב המקרים ניתן לטפל בהצלחה עם תרופות כגון ויאגרה. חשוב לציין כי הסיכון לקשיי זקפה שמתרחשים לאחר ברכיותרפיה הוא בדרך כלל קלוש. במקרים של חולים אשר לאחר הטיפול בברכיותרפיה יש סיכוי גבוה יותר לפתח נ
גברים מבוגרים.