במהלך שנות השמונים, קרוז נישא למימי רוג'רס ב-9 במאי 1987. הם התגרשו ב-4 בפברואר 1990. רוג'רס הכניס את קרוז לכנסיית הסיינטולוגיה. הוא פגש את אשתו השנייה, השחקנית ניקול קידמן, על גבי צילומי הסרט שלהם Days of Thunder (1990). בני הזוג נישאו ב-24 בדצמבר 1990. קרוז וקידמן אימצו שני ילדים, איזבלה ג'יין (נולדה ב-1992) וקונור אנטוני (נולדה ב-1995). בפברואר 2001, קרוז הגיש בקשה לגירושין מקידמן בזמן שהיא הייתה בהריון בלי ידיעתו. ההריון הסתיים בהפלה. בשנת 2007, קידמן הבהיר שמועות על הפלה בנישואיה המוקדמים, ואמר בראיון לקרוז, "זה היה שגוי", והסביר כי היא הייתה בהריון אורבני ענק. לפני נישואיו עם טום קרוז, הוא עדיין אהב אותו, אבל הוא עדיין אהב אותי כל כך. לפני ניקול קידמן, הוא היה מתגרש ממני, אבל
פברואר 2001