השלים את המשפט הבא: "מריל" הוקצה לקבוצת הקרב של נושאות המטוסים, ושוב הוצבה למזרח התיכון ב-1991. בדרכה למפרץ הפרסי "מריל" השתתפה במבצע "הערות אש" ביוני 1991. כשהגיעה לאזור לאחר הפסקת האש במלחמת המפרץ, "מריל" הפכה לספינת הדגל של כוחות הסרת המוקשים של הקואליציה במפרץ הפרסי
הפלישה לעיראק. 1992 מצא את "מריל" בתחילת פעילות נגד סמים באזור הפעילות של מרכז אמריקה. בספטמבר 1992 "מריל" נשלחה למפעל הספינות של לונג ביץ' לתחזוקה נרחבת שנמשכה עד סוף 1993. השיפוץ כולל שדרוג לוחות הבקרה של מערכות הרדאר, רמה שלמה שהוספה לספינה כדי להכיל מחשבי בקרה CIWS שהותקנו בעבר, והכי חשוב, הוסף RAM (חומר סופג רדאר) לספינה כולה, לראשונה עבור משחתת. לאחר שקיבלה הודעה על סגירת לונג ביץ' המתוכננת, ה-USS Merrill עבר לבסיס הצי בסן דייגו בשנת 1994 ובילה את החודשים הבאים כפלטפורמת ניסוי בהפרסה עבור חומרי ה-RAM, אשר תוכננו כדי לגרום לספינה להיראות קטנה כמו סירת גרר על מכ"מים.