התייחסו לקטע הבא ואז ענו על השאלה שאחריו באותה שפה כמו הקטע:  מעבר: לאחר סיבוב ההופעות המורחב ברחבי העולם לתמיכה ב-Youthanasia, מגדאת' לקחו הפסקה בסוף 1995. מוסטיין החל לעבוד על MD.45, פרויקט צדדי עם הזמר לי וינג מ-Fear. השניים שכרו את המתופף ג'ימי דגרסו, שנגן עם אליס קופר בסיבוב ההופעות הדרום-אמריקאי "מפלצות הרוק" בתחילת אותה שנה. מרטי פרידמן בנה אולפן בביתו החדש בפניקס והשלם את אלבום הסולו הרביעי שלו, שיצא באפריל 1996. בספטמבר 1996, מגדאת' נסעו ללונדון כדי לעבוד על שירים לאלבום הבא. כתיבת השירים הייתה תחת פיקוח הדוק של המנהל החדש באד פראגר, אשר תרם רעיונות מוזיקליים וטקסטים; הרבה מילים וכתבי שירים הוחלפו לבקשתו. בנוגע להשפעתו של פראגר, מוסטיין כתב מאוחר יותר: "חשבתי שאולי הבחור הזה [פרגר] יוכל לעזור לי להשיג את התקליט הלא מוחשי הראשון שרציתי כל כך". האלבום, שהוקלט בנשוויל, היה שיתוף הפעולה הראשון של מגדאת' עם מפיק הקאנטרי פופ דן האף, שפגש את מוסטיין בשנת 1990. האלבום הגיע למקום העשירי במצעד בילבורד 200, ובסופו של דבר זכה לאישור זהב בארצות הברית. הסינגל הראשי שלה, "Trust", הפך לשיר הגבוה ביותר של Megadeth במצעד Mainstream Rock Tracks במקום החמישי, והיה מועמד לפרס ההופעה המתאלית הטובה ביותר בפרסי גראמי ב-1998. אף על פי שכל ארבעת הסינגלים מהאלבום נכנסו ל-20 הראשונים במצעד Mainstream Rock Tracks של בילבורד, התגובה של התקשורת לאלבום הייתה מעורבת. האלבום הציג קבוצה מגוונת של שירים ש"לוס אנג'לס טיימס" תיאר כ"איזון מרגש" בין חומר ישן ושירים ניסיוניים. כשנשאל על האקלקטיזם של האלבום, מוסטיין אמר כי Cryptic Writings מחולק לשליש. חלק אחד היה מבוסס על חומר מהיר ואגרסיבי יותר, אחר היה "מוסיקה מכוונת לרדיו כמו יוטנזיה", והשלישי האחרון היה מלודי יותר. לאחר יותר משנה מאז הקונצרט האחרון של הלהקה, Megadeth חזרו כפעולה חיה ביוני 1997, החל סיור עולמי עם Misfits וסיור בארצות הברית עם Life of Agony ו Coal...  שאלה: למגדת' היה מנהל חדש בשם מה?
באד פראגר