משפחתו של ג'ינה הייתה ממעמד גוג'ראטי ישמעאלי, אם כי ג'ינה עקבה אחר כך את תורת השואה השניים. לאחר מותו, קרובי משפחתו ועדי עדים אחרים טענו כי הוא התגבר מאוחר יותר לכת הסונית. דתו בזמן מותו הייתה נתונה במחלוקת בתי המשפט. ג'ינה היה ממעמד סוחר עשיר, אביו היה סוחר ונולד ככל הנראה בשנת 1876, לג'ינה פונז'ה ואשתו מיתיביי, בדירה שכורה בקומה השנייה של בניין הווזיר ליד קראצ'י, כיום בסינד, פקיסטן, אך אז בתוך נשיאות בומביי של הודו הבריטית. הוא למד בבית הספר הגבוה ג'ינה עם אחיו ג'ינה, ג'ינה התגורר שם כילדתי. לאחר מותו של ג'ינה, אחיו ג'ינה התגורר עם אחיו ג'ינה בבית הספר גוג'ראטי, ג'ינה התגורר עם אחיו ג'ינה, ג'ינה התגורר
שלוש.