כתוב המשך לקטע זה - במאה ה-19, כאשר שתי המדינות קיבלו עצמאות מספרד, פרו וצ'ילה ניהלו יחסים שלווים שנוצרו כתוצאה מהקמת קשרים כלכליים ופוליטיים שעידדו עוד יותר על יחסים טובים. במהלך מלחמת הקונפדרציה
(1836<unk>1839), צ'ילה ופרואנים מתנגדים הקימו ברית צבאית לשחרור ושילוב הרפובליקות של דרום פרו וצפון פרו מהקונפדרציה הפרו-בוליבית. מאוחר יותר, במהלך מלחמת האיים צ'ינצ'ה (1864-1866), פרו וצ'ילה הובילו חזית מאוחדת נגד הצי הספרדי כיבוש האיים הפרואניים צ'ינצ'ה והפר את הסחר בדרום האוקיינוס השקט. בשנות ה-1870, במהלך הסכסוכים המוקדמים לפני מלחמת האוקיינוס השקט, פרו ביקשה לנהל משא ומתן על פתרון דיפלומטי של שלום בין בוליביה לצ'ילה. למרות שלפרו הייתה ברית הגנה סודית עם בוליביה, פרו לא הכריזה מלחמה על צ'ילה אפילו לאחר שצ'ילה פלשה לנמל הבוליביה אנטופגסטה. המלחמה לא הוכרזה באופן רשמי עד שצ'ילה הכריזה מלחמה על פרו ובוליביה בשנת 1879. פרו הכריזה מלחמה על צ'ילה למחרת. המלחמה הובילה לפלישה צ'יליאנית לפרו ולהרס בניינים וערים פרואניות שונות, פשיטה גדולה וכיבוש שנתיים של בירת פרו, לימה. התוצאה הסופית של המלחמה השאירה צלקת עמוקה על שלושת החברות המעורבות, והיחסים בין פרו וצ'ילה חמושים במשך יותר ממאה שנה, אם כי היחסים היו יציבים במידה מסוימת על ידי אמנת לימה משנת 1929.