ב-16 ביולי 1862, הוא הועלה לדרגת סגן-מפקד ופיקד על ספינת הקיטור במגף המזרחי. הוא הועבר לספינת התותחנים הצפונית של חיל האוקיינוס האטלנטי הצפוני, צ'נדלר נלחם בספינתו בהפצצה ונופלת פורט פישר
ולקחת את וילמינגטון בתחילת 1865, וקיבל קידום למפקד ב-25 ביולי 1866.