פרץ וגרטה טוגנדט נהנו רק שמונה שנים בווילה לפני שברחו מצ'כוסלובקיה עם ילדיהם בשנת 1938 (כולל הפילוסוף ארנסט טוגנדט), זמן קצר לפני שהארץ הופרדה בעקבות הסכם מינכן. הם עברו לשוויץ ולאחר מכן ונצואלה; לאחר המלחמה הם חזרו לשוויץ, אך מעולם לא חיו בווילה שוב. היא הוחרמה על ידי הגסטאפו בשנת 1939 ושימשה כדירה ומשרד; הפנים שלה הותאמו ונעלמו רבות. היא סבלה רבות במהלך מלחמת העולם השנייה, ולאחר מכן, כאשר היא שימשה כמגורים וארונות עבור הסוסים הצ'כיים. היא שימשה חלקית למטרות צבאיות שונות ושימשה לצרכי תיקון שונים של צ'כוסלובקיה עם ילדיהם בשנת 1938 (כולל הפילוסוף ארנסט טוגנדט), וכבר כמה שנים לאחר מכן הושקמה על ידי קבוצת אדריכלים בכירים של צ'כוסלובקיה, ונקלוס בר
ברנו