לנון נולד ב-9 באוקטובר 1940 בבית החולים ליברפול, להוריה ג'ון לנון, ג'ון ג'ורג' לנון, היה ימא סוחר ממוצא אירי שהיה משם בעת לידת בנו. ביולי 1946, ג'ורג' לנון גר עם אביו, ג'ורג' לנון. הוריו קראו לו ג'ון וינסטון לנון על שם סבו מצד אביו, ג'ון "ג'ק" לנון, וראש הממשלה וינסטון צ'רצ'יל. אביו היה לעתים קרובות רחוק מהבית, אך שלח המחאות קבועות ל-9 ניוקאסל רוד, ליברפול, שם התגורר לנון עם אמו; המחאות נפסקו כאשר הוא נעדר ללא חופשה בפברואר 1944. כאשר הוא חזר הביתה בסופו של דבר שישה חודשים מאוחר יותר, הוא הציע לטפל במשפחה, אבל מימימי מימי, לאחר מכן בהריון עם ילד של גבר אחר, דחתה את הרעיון. לאחר שאחותה התלוננה לשירות החברתיות של ליברפול, נתנה לה את משמורו של לנון, ג' לנון נאל
אביו.