במאי 1888, סרמינטו עזב את ארגנטינה לפראגוואי. הוא היה מלווה על ידי בתו, אנה, וחברתו אורליה Vélez. הוא נפטר באסונסיון ב-11 בספטמבר 1888 מהתקף לב, ונקבר בבואנוס איירס. קברו בבית הקברות לה רקולטה שוכן מתחת לפסל, קונדור על עמוד, שתוכנן על ידי עצמו והוצא להורג על ידי ויקטור דה פול. פדרו השני, קיסר ברזיל ומעריץ גדול של סרמינטו, שלח לתהלוכת הלוויה שלו כתר פרחים ירוק וזהב עם הודעה שנכתבה בספרדית לזכרם של נקודות השיא של חייו: "ציביליזציה וברבריות, טונלרו, מונטה קז'רוס
פטרופוליס, חינוך ציבורי. "זכרון ומחווה מפדרו דה אלקנטרה".