במאי 1940, וייגנד הוזמן לשירות פעיל וקיבל פיקוד על הצבא הצרפתי במהלך הפלישה הגרמנית. בעקבות סדרה של מכשולים צבאיים, וייגנד יעץ על שביתת נשק וצרפת כפתה לאחר מכן. הוא הצטרף למשטר וישי של פיליפ פטן כשר ההגנה ושירת עד ספטמבר 1940, כאשר מונה לנציג הכללי בצפון אפריקה הצרפתית. וייגנד העדיף רק שיתוף פעולה מוגבל עם גרמניה ונפטר מתפקידו בנובמבר 1941 על פי דרישתו של היטלר. בעקבות הפלישה של בעלות הברית לצפון אפריקה
בנובמבר 1942, וייגנד נעצר על ידי הגרמנים ונכלא בטירת איטר באוסטריה עד מאי 1945. לאחר שחזר לצרפת, הוא הוחזק כמשתף פעולה בוואל-דה-גרסה, אך שוחרר ב-1946, וזוהה ב-1948. הוא נפטר בינואר 1965 בפריז בגיל 98.