בשנות השמונים הייתה תקופה של מהומה מחוץ למגרש עבור ביירן, עם שינויים רבים בבעיות כוח אדם ופיננסיות. על המגרש, פול ברייטנר וקארל-היינץ רומניג, המכונה FC Breitnigge, הובילו את הקבוצה לזכייה בתארים בונדסליגה ב-1980 וב-1981. מלבד ניצחון DFB-Pokal ב-1982, נמשכו שתי עונות חסרות הצלחה יחסית, לאחר שברייטנר פרש והמאמן לשעבר אודו לאטק חזר. ביירן זכתה ב-DFB-Pokal ב-1984 והמשיך לזכות בחמש אליפות בונדסליגה בשש עונות, כולל כפול ב-1986. ההצלחה האירופית, עם זאת, הייתה בלתי ניתנת לחיזוק במהלך העשור; ביירן הצליחה לזכות במקום השני בגביע אירופה ב-1982 וב-1987. ג'יין הייקנס נשכר ב-1987, אך לאחר שני אליפות ברציפות ברציפות ב-1988 וב-1989.
חמישה.