הקבוצה הוקמה ב-1926, והייתה למעט הצלחה בשנים הראשונות שלה, כשהיא זכתה בקופה איטליה אחת ב-1962. נאפולי זכתה להצלחה מוגברת בשנות השמונים, לאחר שהמועדון רכש את דיאגו מרדונה. במהלך תקופתו בנאפולי, מרדונה עזר לקבוצה לזכות בכמה גביעים, מה שהוביל את המועדון לפרוש את החולצה מספר 10 שלו. במהלך תקופה זו, נאפולי זכתה בתואר הליגה היחיד שלה, בשנת 1987.
ו-1990. עם זאת, לאחר עזיבתו, נאפולי נאבקה כלכלית, וסבלה מספר ירידות, לפני שהוקמה מחדש בשנת 2004 על ידי מפיק הסרטים אורליו דה לורנטיס. תחת הנהגתו, המועדון התייצב, מה שהוביל להצלחה מחודשת על המגרש, וזכה בתארים של גביע איטליה ב-2012, 2014 ו-2020.