ב-1943 שינה הלגיון הבלגי את שמו ל"צבא בלגיה" ("Armée de Belgique" או "Leger van België") ולאחר מכן לצבא הסודי ("Armée Secrete" או "Geheim Leger") ביוני 1944. בין 1943 ל-1944, רוב הסיוע שנשלח למחתרת בבלגיה הכבושה נשלח לקבוצה. בתמורה, עם זאת, הקבוצה נאלצה לחתום על התוכניות האסטרטגיות של הממשלה כדי למנוע עימות עם הגרמנים עד זמן קצר לפני שחרור בלגיה
כאשר הקבוצה קיבלה את המשימה לספק עזרה טקטית לכוחות הברית. היחסים בין הממשלה הבלגית והצבא הסודי נשארו מתוחים לאורך כל המלחמה, עם זאת, אף צד לא סומך על השני. בפברואר 1944, ז'ול פיר קיבל את תפקיד המנהיג שלו והחל לשקם את הנהגת הקבוצה ולהפוך אותה למושכת יותר. כחלק מהניסיון שלה להדמות לצבא רשמי, הקבוצה אפילו אימצה צורה משלה של מדים באפריל 1944 המבוסס על חליפות עובדים.