ב-2004, הלהקה החלה לעבוד עם ג'יי-זי להפיק אלבום רמיקס נוסף, שכותרתו Collision Course. האלבום, שהכיל שירים מעורבבים ומקלטים מאלבומים קודמים של שני האמנים, הופיע לראשונה בנובמבר 2004. שינודה גם הקים את פורט מינור כפרויקט צדדי. בעזרת ג'יי-זי, פורט מינור הוציא את אלבום הבכורה The Rising Tied, שזכה לשבחים. מקינקין פארק השתתף גם באירועים צדדיים רבים, בעיקר כדי לגייס כסף לטובת קורבנות ההוריקן צ'רליף בשנת 2004 ואחר כך הוריקן קתרינה בשנת 2005. הלהקה תרמה ל-Live 75,000 Operations עם Dead by Sunrise, בעוד ששינודה עבד עם דפצ'י מוד. הם הצטרפו להקה ג'יי-זי להקים את סדרת הקונצרטים הצדדיים הגלובליים, אשר הופיעו ב-8 במרץ 2006, עם השיר "What's the Worst?"
שיתוף הפעולה הטוב ביותר של ראפ/סונג