לאחר ניתוח ניקוי צינור השתן, עלולים להתרחש נפיחות וכאב של האשכים אשר בדרך כלל נפתרים תוך שבוע או שבועיים. עם ניקוי צינור השתן, סיבוכים מתרחשים ב-1 עד 2 אחוז מהנהלים עם סיבוכים חמורים בדרך כלל עקב ההרדמה. אף אחת מהשיטות איננה מספקת הגנה מפני זיהומים המועברים דרך המין. ההחלטה הזו עלולה לגרום לתחרטה אצל גברים ונשים מסוימים. מבין הנשים מעל גיל 30 שעברו ניקוי צינור השתן, כ-5% מתחרטים על החלטתם, בהשוואה ל-20% מהנשים מבוגרות. בניגוד ל- 30%, הסיכוי להצטער על סיבוכים קצרים נמוך פי עשרים כתוצאה מניתוח ניקוי השתן לעומת סיבוך של ניקוי צינור השתן. שיעורי הסיכון להצטער על סיבוכים נמוכים יותר בין גברים צעירים ונשים צעירים, אשר לא הצליחו להשיב להצלחה לאחר ניקוי או ניקוי השתינה, בין גברים צעירים ונשים צעירים
שינוי בת זוג