כתוב המשך לפרק זה - פנאטי החל את עונת 2016 עם נקודת המוצא בקתאר. עם זאת, הוא הצליח רק במקום הרביעי במירוץ. הוא סיים במקום ה-20 בארגנטינה, לפני הניצחון הראשון שלו בעונה בארצות הברית. הוא היה השביעי בג'רז, לפני סיום במקום השני בלו מאן, והפסיד לבראד בינדר ב- 0.099 שניות. פנאטי התאימה על pole ב Mugello, אבל לא הצליח לסיים את המירוץ. הוא היה רביעי בקאטלוניה ובהולנד.
, לפני 18 פוזיציה חסרת טעם בגרמניה. פנאטי הושלך על ידי Sky Racing VR46 באוסטריה כפעולה משמעת על כך שלא הסכים עם אוצ'יו סאלוצ'י. ב-16 באוגוסט, צוות VR46 סיים את החוזה שלו עם רומנו לעונות 2016 ו-2017.