היופיטר מורכב בעיקר מימן עם רבע ממסו היליום, למרות שהליום כולל רק כעשר מהסכום של מולקולות. ייתכן שיש לו גם ליבה סלעי של יסודות כבדים יותר, אך כמו כוכבי הלכת הענקים האחרים, ליופיטר אין משטח מוצק מוגדר היטב. בגלל הסיבוב המהיר שלו, צורתו של הכוכב הוא של ספירואיד עקומ (יש לו גדלה קלה אך ניכרת סביב קו המשווה). האטמוספירה החיצונית מופרדת באופן גלוי לכמה להקות ברמות רוחב שונות, וכתוצאה מכך מתעוררים מערבולות וסופות לאורך גבולות האינטראקציה שלהן. תוצאה בולטת היא הכתם האדום הגדול, סערה ענקנית הידועה שהייתה קיימת לפחות מאז המאה ה-17, כאשר היא נראתה לראשונה בטלסקופ. מסביב ליופיטר יש מערכת טבעות אטמוספרית חזקה ומערכת גליאנוספירה חלשה, כמו גליליאוס גליאלווי, אשר גילה את
מערבולות וסופות לאורך גבולות האינטראקציה שלהם.