הקצין המפקד הכי מבוגר של הטייסת מס' 3 במהלך המלחמה היה מפקד הטייסת בובי גיבס, שהמשמרת שלו נמשכה מפברואר 1942 לאפריל 1943. גיבס הוחלף על ידי מנהיג הטייסת בריאן איטון, שהוביל את היחידה עד פברואר 1944. במהלך תקופה זו השתתפה טייסת מס' 3 בפלישה של בעלות הברית לסיציליה.
ואיטליה. היא הוצבה מחדש עם P-51 Mustangs בנובמבר 1944 והמשכה לפעול באיטליה וביוגוסלביה עד סוף המלחמה באירופה במאי 1945. השיא של טייסת מס' 3 של 25,663 שעות טיסה מבצעיות ו 217.5 מטוסי אויב שנהרסו הפך אותה לשיירת הקרב בעלת הציון הגבוה ביותר של חיל האוויר הבריטי.