במהלך מלחמת העולם השנייה, שלושה גדודים של גדוד ניגריה נלחמו במערכה במזרח אפריקה. יחידות ניגריות תרמו גם לשתי דיוויזיות שירתו עם הכוחות הבריטיים בפלסטין, מרוקו
, סיציליה ובורמה. חוויות המלחמה סיפקו מסגרת חדשה של התייחסות עבור חיילים רבים, שקיים אינטראקציה מעבר לגבולות אתניים בדרכים שלא היו רגילות בניגריה. בתוך ניגריה, החברות באיגוד גדלה פי שש במהלך המלחמה ל-30,000. הצמיחה המהירה הזו של העבודה המאורגנת הביאה כוחות פוליטיים חדשים למשחק. המלחמה גם גרמה לבריטים להעריך מחדש את העתיד הפוליטי של ניגריה. ב-1944, הרברט מקאולי ונאמדי אזיקווי ייסדו את המועצה הלאומית של ניגריה וקמרון, מפלגה פוליטית לאומנית ופרו-עבודה שתומכת בעצמאות ניגריה.