ב-1929 התחתן חומייני עם חדיזה סקאפי, בתו בת ה-16 של איש דת בטהראן. לפי כל הדיווחים נישואיהם היו הרמוניים ומאושרים. היא נפטרה בשנת 2009. היו להם שבעה ילדים, אם כי רק חמישה שרדו את הילדות. בנותיו התחתנו כולן במשפחות סוחרות או דתיות, ושני בניו נכנסו לחיים דתיים. מוסטפא, הבן הבכור, נפטר בשנת 1977 בעת שהיה בגלות בנג'ף, עיראק עם אביו, ושמועה על ידי תומכי אביו שנרצח על ידי SAVAK. אחמד חומייני, שנפטר בשנת 1995 בגיל 50, היה גם שמועה להיות קורבן של משחק רשע, אבל בידי המשטר. "הבת הבולטת ביותר שלו, ז'רה מוסטפאווי, היא פרופסור באוניברסיטת טהראן, והיא עדיין בחיים. שאלה: מי נשא בתו של המורה בגיל 16?
חאדיחה סקאפי