השלים את המשפט הבא: פברגאס סיים את הבצורת הארוכה שלו למועדון שלו כאשר הוא כבש את שעריו הראשונים בליגה העונה עם תמיכה נגד סביליה בניצחון 3<unk>2 מחוץ לבית. ואז הוא כבש שלושה שערים באוקטובר, הגיע בליגה, ליגת האלופות ובליגת האלופות.
קופה דל ריי. הוא כבש שוב ב-25 בנובמבר בניצחון של 4 ל-0 מול לוונטה. ב-13 בינואר 2013, פברגאס כבש ניצחון 3-1 מחוץ לבית מול מלאגה. פברגאס הבקיע את הטריק הראשון בקריירה שלו נגד מלורקה בניצחון 5-0 ב-6 באפריל 2013. הוא סיים את העונה השנייה שלו בברצלונה על ידי זכייה בתואר הליגה הראשון בקריירה שלו, עם שיא של 100 נקודות. עם זאת, ברצלונה הודח בחצי הגמר של גביע המלך, מול יריבה, ריאל מדריד, ובליגת האלופות, מול מנצחת באיירנ מינכן. פברגאס סיים את העונה עם 14 שערים ו-12 אסיסטים ב-48 הופעות בכל התחרויות.