ב-21 בדצמבר 1801, כאשר פאני הייתה בת שבע, גודווין התחתן עם מרי ג'יין קלירמונט, שכנה עם שני ילדים משלה: קלייר בת שלוש וצ'ארלס בן שש. היא מעולם לא הייתה נשואה וחיפשה, כמו גודווין, יציבות כלכלית. למרות שקלירמונט הייתה משכילה היטב ונסעה היטב, רוב חבריה של גודווין זנחו אותה, ומצאו אותה גסה ולא ישרה. הם היו מופתעים שגודווין יכול להחליף את מרי וולסטונקרפט איתה. פאני ואחותה למחצה מרי לא אהבו את אמה החורגת והתלוננו שהיא העדיפה את ילדיה שלה כדי לחנך אותם. ב-28 במרץ 1803, נולד ויליאם, שאלצנו את כתביו של וולסטון. למרות שגודווין העריץ את כתביו של וולסטון, הוא לא הסכים עם תלמיתה, מרי קלירמונט, שכתבה על כך שהיא צריכה לקבל את החינוך הנשי, כמו גודווין. לכן הוא כתב על כך, כמו
גס רוח ולא ישר.