השלים את המשפט הבא: ג'יימס קונר השתתף בהפצצה על פורט סאמר כקפטן של מונטגומרי גארדס, יחידת מיליציה של דרום קרוליינה. בתחילת מלחמת האזרחים, הוא סירב למשרה כפרקליט מחוז לקונפדרציה. במקום זאת, הוא הפך לקפטן בלגיון המפטון ונלחם בקרב בול ראן הראשון (מנאסס הראשון), ולקח פיקוד זמני על הלגיון לאחר שקולונל וייד המפטון נפצע. ב-21 ביולי 1861, קונר מונה למייג'ור בלגיון המפטון. לאחר
בקרב שבעת האורנים במהלך מסע האי, הוא קיבל את פיקודו על גדוד חיל הרגלים המתנדב ה-22 בצפון קרוליינה. במהלך קרבות שבעת הימים, רגלו נשברה על ידי כדור רובה במהלך קרב גיינס מיל. לאחר תקופת התאוששות של חודשיים, הוא חזר להוביל את הגדוד שלו בקרב צ'נסלורסוויל ובקרב גטיסברג.