השלים את המשפט הבא: עם פרוץ המלחמה עם צרפת ב-1793 הוא מונה למפקד ספינת הדגל של הות'אם, ה-100 תותחים, וראה את הפעולה במצור על טולון. בעקבות קריאת אדמירל סמואל הוד בסוף 1794, הות'אם הפך למפקד הכללי של צי הים התיכון, והולוויי הפך לקפטן הצי שלו. ככזה הוא השתתף ב
קרב ג'נואה במרץ 1795 וקרב איי הייר ביולי. בסוף השנה הוחלף הות'אם באדמירל סר ג'ון ג'רוויס, והולוויי מונה למפקד 98 תותחים. הוא היה נוכח בה במרד ספית'ד במאי 1797, ולאחר מכן פיקד על צי התעלה.