כתוב המשך לפרק זה - הפקולטה חולקה לחלקים צ'כיים וגרמניים בשנת 1882, הפקולטה למדעי הטבע הפכה למוסד נפרד בין 1920-1939. בשנת 1939, בית הספר נסגר על ידי הכוחות הכובשים של גרמניה הנאצית, ורדיפה אכזרית של מורים ותלמידים עקבה. לאחר סיום הכיבוש בשנת 1945, הפקולטה לאמנויות פרחה שוב במשך כמה שנים; זה הושלם בכוח בשנת 1948 על ידי ההפיכה הקומוניסטית בשנת 1948. יוקרה של הפקולטה ירדה במהירות כתוצאה מהעזיבה הכפויה של מורים רבים מכובדים והכנסת מחקרים מרקסיסטיים-לניניסטיים. בשנות השישים החל הפקולטה להיפתח לאט לאט למחשבים בולטים של אותה תקופה, אך המגמה הזו התהפכה בעקבות הכיבוש הסובייטי בשנת 1968, אשר נגדו התנגד יאן פאלאך, סטודנט בפקולטה, על ידי כך שהצית את עצמו. לאחר סוף המשטר הקומוניסטי בצ'כוסלובקיה
בשנת 1989, והעזיבה של נציגיו בפקולטה, הוא הוקם מחדש כאחד המוסדות האוניברסיטאיים המכובדים ביותר במדינה.