השלים את המשפט הבא: לונגסטריט תרם תרומות משמעותיות לכמה ניצחונות חשובים של הקונפדרציה, בעיקר בתיאטרון המזרחי כאחד ממשרתיו הראשיים של רוברט אי. לי בצבא צפון וירג'יניה. הוא ביצע ביצועים גרועים
סבן פיינס על ידי הצעד בטעות את אנשיו במורד הדרך הלא נכונה, מה שגרם להם להגיע מאוחר, אבל שיחק תפקיד חשוב בהצלחת הקונפדרציה של קרבות שבעת הימים בקיץ 1862, שם הוא עזר לפקח על התקפות חוזרות ונשנות שגרמו לצבא האיחוד להתרחק מהבירה הקונפדרטית ריצ'מונד. לונגסטריט הוביל התקפה נגד הרסנית שהביסה את צבא האיחוד בקרב בול ראן השני באוגוסט. אנשיו החזיקו מעמד בתפקידי הגנה באנטיאטם ופרדריקסבורג. הוא לא השתתף בניצחון הקונפדרציה בצ'נסלורסוויל, מכיוון שהוא ורוב חייליו הועברו למצור קטן יחסית של סאפולק. שירותו השנוי במחלוקת ביותר של לונגסטריט היה בקרב גטיסברג ביולי 1863, שם הוא לא הסכים בגלוי עם הגנרל לי על הטקטיקות שיש להשתמש בהן ופיקח בחוסר רצון על מספר התקפות לא מוצלחות על כוחות האיחוד. לאחר מכן, לפי בקשתו של לונגסטריט, הוא נשלח לתיאטרון המערבי כדי להילחם תחת בראקסטון בראג, שם החיילים שלו פתחו במתקפה אכזרית על קווי האיחוד בצ'יקמוגה. לאחר מכן, ביצועיו בפיקוד חצי אוטונומי במהלך מסע נוקסוויל הובילו לתבוסת הקונפדרציה. תקופת כהונתו של לונגסטריט בתיאטרון המערבי הושחתה על ידי תפקידו המרכזי בסכסוכים רבים בין גנרלים קונפדרטיים. לא מרוצה משרת תחת בראג, לונגסטריט ואנשיו נשלחו בחזרה ללי. הוא פיקד על חיילים ביכולת במהלך קרב המדבר בשנת 1864, שם הוא נפצע קשה באש ידידותית. מאוחר יותר הוא חזר למגרש, שירת תחת לי במצור על פטרסבורג ובקמפיין אפומטוקס.