המשיכו לכתוב את הפסקה הזאת - הספינה נשארה ליד אוסטרליה עד אמצע 1940, כאשר היא הוצבה למשימות במזרח האוקיינוס האטלנטי, כולל ציד לספינות גרמניות והשתתפות במבצע "איום". במהלך 1941, "אוסטרליה" פעלה במים המקומיים ובאוקיינוס ההודי, אך הוקצה מחדש כספינת הדגל של טייסת ANZAC בתחילת 1942. כחלק מהכוח הזה (שהופנה מאוחר יותר לכוח המשימה 44, ולאחר מכן לכוח המשימה 74), "אוסטרליה" פעלה בתמיכת מבצעים ימיים ואמפיביים של ארצות הברית ברחבי דרום מזרח אסיה עד תחילת 1945, כולל מעורבות בקרב בים הקוראל
ו-אי סאו, הנחיתה האמפיבית בגואדלקנל ומפרץ לייט, ומעשים רבים במהלך מסע גינאה החדשה. היא נאלצה לסגת בעקבות סדרה של התקפות קמיקאז' במהלך הפלישה למפרץ לינגיאן. בעקבות העדיפות של עבודות במפעלים באוסטרליה עבור ספינות צי האוקיינוס השקט הבריטי, הפליגה המעבורת האוסטרלית לאנגליה לתיקונים, שם היא הייתה בסוף המלחמה.