כתוב המשך לקטע זה - במהלך הפלישה לפולין, שהייתה תחילתה של מלחמת העולם השנייה, בספטמבר 1939, הגרמנים פלשו לעיר, הפציצו את תחנת הרכבת, כמו גם בתים, בית החולים וכנסייה במהלך שירות בכנסייה. כ-150 אנשים נהרגו, ועוד 200 נפצעו, 100 בניינים נהרסו. נלקח בשבי על ידי הוורמאכט ב-10 בספטמבר 1939, למחרת ביצעו כוחות גרמניים הוצאה להורג של 60 פולנים בעיר. ב-11-12 בספטמבר, אדולף היטלר ביקר בעיר. במהלך הכיבוש
ב-1941 הקימו הגרמנים מחנה מעבר לאסירים פולנים שנשלחו מאוחר יותר לגרמניה הנאצית, וגטו ליהודים, שנשלחו מאוחר יותר לגטו ורשה ולמחנות הריכוז הנאצים. הגרמנים הוציאו להורג מעל 200 אנשים בעיר, עם זאת, תנועת ההתנגדות הפולנית המחתרת עדיין פעלה שם. הייצור של המפעלים הקיימים הועבר לייצור מוצרים לגרמניה והתאים לצרכים של הגרמנים. ב-17 בינואר 1945, סקיארניביץ' נכבשה על ידי הכוחות הסובייטיים.