הוא מונה במרץ 811 על ידי הח'ליפה אל-אמין, במקומו של חאטים בן הרתמה בן אייאן. זמן קצר לאחר מכן, הוא נאלץ להתמודד עם פרוץ מלחמת האזרחים.
בין אל-אמין ואחיו אל-מאמון, ולאחר זמן רב נאמנותו המתמשכת לאל-מאמון הציבה אותו בסכסוך עם פלג של "הג'ונד" המקומי בראשות אל-סרי בן אל-ח'קאם, אשר העדיף להכיר באל-מאמון כхалиף במקום. באביב 812 "הג'ונד", עם עידוד של אל-מאמון, החליף בגלוי את נאמנותם והתמרד, וג'אביר הודח ממעמדו. תומך של אל-מאמון, עבד בן מוחמד בן חיאן, לקח את המושל ולקח את השלטון בפוסטאט, אך חלקים אחרים של מצרים המשיכו להישאר נאמנים לאל-אמין תחת האנטי-ממשל רביעה בן קייס בן זבייר אל-ג'וראשי.