המשך לפרק זה - משבר הירושה של 1580, החל תקופה של שישים שנה של מלוכה כפולה בפורטוגל וספרד תחת האבסבורגים הספרדים. זה נקרא "דומיניון הפיליפיני" ("דומיניו פיליפיני"), שכן כל שלושת מלכי ספרד בתקופה זו נקראו פיליפ ("פיליפ"). בשנת 1589 ליסבון הייתה מטרת הפלישה של הארמדה האנגלית
בראשותו של פרנסיס דרייק, בעוד המלכה אליזבת תמכה בתובע פורטוגלי בשם אנטוניו, ראש קרטו, אך חסרה תמיכה בקרטו והמסע נכשל. מלחמת השיקום הפורטוגזית, שהחלה בהפיכה של האצולה והבורגנות בליסבון והוציאה לפועל ב-1 בדצמבר 1640, החזירה את עצמאות פורטוגל. התקופה שבין 1640 ל - 1668 סומנה על ידי עימותים תקופתיים בין פורטוגל לספרד, כמו גם פרקים קצרים של מלחמה רצינית יותר עד לחתימת הסכם ליסבון בשנת 1668.