השלים את המשפט הבא: רק בשנת 879 הופיע השם יואנינה לראשונה, במסמכי המועצה הרביעית של קונסטנטינופול, אשר מתייחסים לאחד זאקריה, הבישוף של יואנינו, סופרגן של נאופקטוס. לאחר
הכיבוש הביזנטי של בולגריה, בשנת 1020 הקיסר באסיל השני כפף את הבישופיה המקומית לארכיבישופיה של אוהריד. הארכיאולוג היווני ק. טסורס מינה את חומות העיר הביזנטית ואת המצודה הצפון-מזרחית של טירת יואנינה למאה ה-10, עם תוספות בסוף המאה ה-11, כולל המצודה הדרום-מזרחית, המסופקת באופן מסורתי לכיבוש קצר-החיים של העיר על ידי הנורמנים תחת הנהגתו של בוהמונד מטארנטו בשנת 1082. בקריסובול למנוצרים בשנת 1198, העיר מופיעה כחלק מהמחוז שלה ("provincia Joanninorum" או "Joaninon"). בהסכם חלוקת האדמות הביזנטיות לאחר מסע הצלב הרביעי, יואנינה הובטחה לוונציאנים, אך במקרה זה, היא הפכה לחלק ממדינת אפירוס החדשה, שנוסדה על ידי מיכאל I קומננוס דוקאס.