כתוב המשך לפרק זה - ג'ואן הייתה מעורבת בתיק הבגידה של מרגרט
במהלך 1314 מאשמה מרגרט והורשעה בניאוף עם שני אבירים, על פי עדותה של גיסתם, איזבלה. ג'ואן הייתה חשודה בכך שהיא ידעה בחשאי על הבגידה; היא הושמשה במעצר בית בדורדן כעונש, ואז הושמע כי ג'ואן עצמה אשמה בבגידה. עם תמיכתו של פיליפ, היא המשיכה למחות על חפותה, ובשנת 1315 שמה הוסר על ידי הפרלמנט בפריז, בחלקו באמצעות השפעתו של פיליפ, והיא הורשה לחזור לבית המשפט. לא ברור למה פיליפ עמד לצדה בדרך שהוא עשה. תיאוריה אחת היא שהוא היה מודאג שאם ינטוש את ג'ואן, הוא עלול לאבד גם את בורגונדי; תיאוריה אחרת טוענת כי מכתבי האהבה "הפורמוליים" שלו לאשתו צריכים להילקח כראוי, וכי הוא היה למעשה מאוד מאוהב.