כתוב המשך לפרק זה - ביירן מילאה את משאלתו של גווארדיולה לחתום על טיאגו אלקנטרה מ- FC ברצלונה והעונה הראשונה של גווארדיולה החלה היטב עם ביירן הרחיבה את רצף המשחקים בליגה ללא תבוסה מהעונה האחרונה ל 53 משחקים. הפסד הסופי לאוגסבורג הגיע יומיים לאחר שביירן כבר זכתה בתואר הליגה. במהלך העונה, ביירן זכתה גם בשני תארים נוספים, בגביע העולם למועדונים של פיפ"א ובגביע הסופר של אופ"א.
זה היה הגביע הגדול האחרון שהמועדון עדיין לא זכה בו. ביירן גם זכתה בגביע כדי להשלים את הכפול המקומי העשירי שלה, אבל הפסידה בחצי הגמר של ליגת האלופות לריאל מדריד. ב-13 במרץ 2014, נשיא ביירן, אולי Hoeneß, הורשע בגין התחמקות ממס ונידון לשלושה וחצי שנות מאסר. הונאס התפטר למחרת. סגן הנשיא קרל הופנר נבחר לנשיא ב-2 במאי. לפני עונת 2014-15, ביירן לקחה את רוברט לוואנדובסקי לאחר שהסכם שלו נגמר בבורוסיה דורטמונד, והשאיל את חבי אלונסו מריאל מדריד. ביירן גם נתנו לטוני קרוס לעזוב לריאל. אייקוני המועדון באסטיאן שוויינשטיין וג'לאודיו פיזארו עזבו את המועדון לפני עונת 2015-16. בשתי העונות האלה, ביירן הגנה על תואר הליגה שלהם, כולל כפול נוסף ב-2015-16, אך לא הצליחו להתקדם מעבר למחצית הגמר בליגת האלופות. אף על פי שמנהיגות המועדון ניסתה לשכנע את גווארדיולה להישאר, המאמן החליט לא להאריך את חוזה שלוש השנים שלו.