לאחר מעצרו של טארקי, הסובייטים ניסו להציל את טארקי (או, על פי מקורות אחרים, לחטוף את אמין) באמצעות השגרירות או בסיס אוויר באגרם, אך כוחם של קציני אמין דחה את החלטתם לבצע מהלך. אמין הודיע על ידי הסובייטים שלא להעניש את טארקי ולפשוט אותו ואת חבריו על עמדותיהם, אך אמין התעלם מהם. אמין דווח כי דן באירוע עם ליאוניד ברז'נב, ובאופן עקיף ביקש רשות להרוג את טארקי, שאליו ענה ברז'נב כי זו הייתה הבחירה שלו. אמין, שהאמין כעת שיש לו את תמיכת הסובייטים המלאה, הורה על מותו של טארקי. טארקי נחנק עם כריות ב-8 באוקטובר 1979. התקשורת האפגנית דיווחה כי טארקי מת, אך לא הזכיר את הרצח של טארקי.
הרצח שלו.