כתוב המשך לפרק זה - לאורך שנות ה-90, לאחר מלחמת המפרץ, התקפות טרור היו השפעה גדולה על כוחות CENTCOM. בהתמודדותו עם התקפות כמו הפצצת מגדלי חובאר ב-1996, שבה נהרגו 19 טייסים אמריקאים, השיקה הפיקוד את מבצע Desert Focus, שנועד להעביר את המתקנים האמריקאים למקומות יותר ניתנים להגנה (כגון בסיס האוויר של הנסיך סולטאן), להפחית את "טביעת הרגל" של ארה"ב על ידי חיסול חדרים לא חיוניים, ולהחזיר תלויים לארצות הברית. ב-1998 תקפו מחבלים את שגרירויות ארה"ב בקניה וטנזניה, והרגו 250 איש, בהם 12 אמריקאים. ההתקפה באוקטובר 2000 על ספינת הים "קול"
שגרם למותם של 17 מלחים אמריקאים, היה קשור לארגון אל-קאעידה של אוסמה בן לאדן.