לאחר יורו 2000, נסטה'ס נותרה בחירה ראשונה במרכז האחורי של איטליה תחת המנהל החדש ג'ובאני טרפטוני, שהופיעה באופן נרחב במהלך מסע ההסמכה לגביע העולם 2002. במהלך גביע העולם 2002, הוא שיתף פעולה עם פאביו קנבארו בהגנה מרכזית, שמר על שער נקי בניצחון הפתיחה נגד אקוודור, אך שוב, פציעה מנעו ממנו לשחק בסיבוב השני, ונסטה לא השתתף בתבוסת הסיבוב השני המעורבת במחלוקת נגד קוריאה הדרומית. נסטה הופיעה בולטת כאשר איטליה הובילה את קבוצת ההסמכה שלה לאירופה 2004. האכזבה של איטליה בטורנירים גדולים נמשכה באירופה 2004
עם זאת, הם הודחו בסיבוב הראשון בעקבות תחרות של 5 נקודות עם דנמרק ושבדיה, אך רק כדי להידחק בהתמודדות ישירה. נסטה הצליח להישאר ללא פציעות ושיחק במשך 90 דקות מלאות בכל שלושת משחקי הקבוצה, ועזר לאיטליה לשמור על שער נקי במשחק הפתיחה נגד דנמרק.