לאחר מכן הוא נכנס לאוניברסיטת אדינבורו, שם הוא הבחין את עצמו כמלומד יווני. באוקטובר 1789, הוא הוסמך כשר של הכנסייה של סקוטלנד, אך לא זכה להצלחה רבה. על פי אוטוביוגרפיה של ג'ון סטוארט מיל, אביו, "אף על פי שחינתה את הקריירה שלו ב-Scottish Scotchterian Essays, הוצגה על ידי ג'יימס מילן, סנדלר ומחנך קטן. אמו, איזבל פנטון, ממשפחה שסבלה מהקשר עם התקוממות סטוארט, החליטה כי הוא צריך לקבל חינוך מדרג ראשון, ושלחה אותו קודם לבית הספר של הקהילה ולאחר מכן לאקדמיה מונטרוז, שם הוא נשאר עד גיל יוצא דופן של שבע עשרה וחצי. בשנת 1802, הוא כתב את עצמו כפרסקים שונים בשם "השליטה של ג'יימס סטוארט" (שנקרא גם "השליטה של ג'יימס לוטר), ובמקום 1803, הוא נשלח עם
טחנה