שלוש שנים מאוחר יותר, ב-1159, יושיטומו ופוג'יווארה נובויורי הכניסו את גו-שיראקאווה למעצר בית והרגו את המשרת שלו, החוקר פוג'יווארה נו מיצ'ינורי, במה שנקרא מרד הייג'י. בסופו של דבר, טאירה נו קיאומורי, בתמיכתו של גו-שיראקאווה, הביס את יושיטומו. בעת בריחתו מקיוטו, יושיטומו נאלץ להרוג את בנו טומונאגה. מאוחר יותר, יושיטומו נבגד ונרצח באמבט שלו. שלושה מבניו, יוריטומו, מינוריטמו נו יושונה ומינוריאמו נו נווריורי, הושלכו מאוחר יותר ונשלחו על ידי קיאומורי. עם זאת, יושיטומו ופוג'יווארה נובויורי הוצאו להורג. קברו במחוז אייצ'יורה מוקף מכל הצדדים בחרבות עץ (בוקוטו), כמו מילותיו
יוריטומו, מינאמוטו נו יושיטסונה ומינאמוטו נווריורי