ב-26 ביוני 1861, באקסטר התגייס למלחמת האזרחים האמריקאית, והצטרף לחיל הרגלים המתנדב ה-12 של מסצ'וסטס כמרופא של הגדוד. הוא שירת עד אפריל 1862, כאשר הוא מונה כמרופא חטיבה בצבא הפוטומק. הוא השתתף במערכה בחצי האי, כולל קרבות יורקטאון, חנובר בית המשפט, ושבעה אורנים
אני לא יודע.