היסטורית, שושלות סיניות שונות השתמשו בשליטה על חלקים של שינג'יאנג המודרנית. האזור הגיע תחת שלטון סיני מודרני כתוצאה מהתרחבות מערבית
של שושלת צ'ינג בהנהגת מנצ'ו במהלך המאה ה-17, אשר גם ראה את הכיבוש של טיבט ומונגוליה. שינג'יאנג הייתה חלק פריפרי של אימפריה צ'ינג וזכה לזמן קצר לעצמאות במהלך מרד דונגאן (1862-1877).