ב-7 בפברואר 1587 נאמר למרי שהיא תוצא להורג למחרת בבוקר. היא בילתה את השעות האחרונות של חייה בתפילה, חילקה את רכושה למשפחתה, וכתבה את צוואתה ומכתב למלך צרפת. השולחן שהוקם באולם הגדול היה מכוסה בדג שחור. היא הגיעה אליו בשתי או שלוש מדרגות, ומוספקת בבלוק, כרית להכרע עליה, ושלושה כיסאות, עבורה ועבור הרוזנים של שרוסברי וקנט, שהיו שם כדי לחזות בהוצאה להורג. המרגלים (בול ועוזרו) כרעו לפניה וביקשו מחילה, כפי שהיה אופייני למרוצח לבקש את החנינה של מי שיוצא להורג למחרת בבוקר. מרי ענתה, "אני סולחת לך עם כל לבי, עכשיו, כי היא כרעה את ראשה, חוץ מלהפזר את ראשה למלך צרפת, וכתחת את ראשה, היא החליטה את ראשה החוצה, מלבד שערך, היא החליטה את ראשה, אלא אם היא
"בידיך, הו אלוהים, אני מושיע את רוחי"