עד המאה ה-15, האימפריה הפכה למדינה מוסלמית, כאשר מלך ברוניי התנצל לאסלאם, שהובא על ידי אינדיאנים מוסלמים וסוחרים ערבים מחלקים אחרים של דרום מזרח אסיה הימית, שהגיעו לסחר ולהפיץ את האסלאם. היא שלטה ברוב צפון בורנאו, והיא הפכה למרכז חשוב למערכת המסחר המזרחית והמערבית בעולם. היסטוריונים מקומיים מניחים כי האימפריה הבורנאית הייתה אימפריה טלאסוקרטית שהתבססה על כוח ימי, כלומר השפעתה הייתה מוגבלת לעיירות החוף, נמלים ומקני נהר, ומעט חודרה עמוק לתוך הפנים של האי. נראה כי המלוכה הבורנאית טיפחה ברית עם עמי לוט ובאג'או שהקימו את הצי שלהם. בימינו, השבטים הפנימיים המקומיים של סולטן ברוניי לא היו תחת שליטתם, אך הם עדיין לא השתלטו עליהם, וההפכו על ידי סולטן ברוניי,
דלתת נהר קאפאוס