בשנת 1817 הוקמה האגודה החינוכית הבפטיסטית של מדינת ניו יורק על ידי שלוש עשרה גברים (שששה אנשי דת ושבעה אנשי דת). שנתיים לאחר מכן, בשנת 1819, המדינה העניקה את הסמכה של בית הספר, והבית הספר נפתח שנה לאחר מכן, בשנת 1820. השיעורים הראשונים נערכו בבניין בעיר המילטון. שלוש שנים לאחר מכן, בשנת 1823, הסמינר התיאולוגי הבפטיסטי בניו יורק התאגד עם האגודה החינוכית הבפטיסטית ולאחר מכן שינה את שמו למוסד הלימוד המילטוני הספרותי והתיאולוגי. בין הנאמנים היה ויליאם קולגייט, מייסד חברת קולגייט. בשנת 1826 קנה הנאמנים של בית הספר את שטח החווה שהפך מאוחר יותר לנקודת המוקד של המכללה, הידועה בשם 'The Colgate'. שנה אחת לאחר מכן, הקולג'ס הנוכחי של בית הספר ובניין הקולג'ס, שנבנה על ידי קולג'ס קולגייט, הוקם את שמו מקולגייט
בית הספר לדת קולגייט רוצ'סטר