כמו בכל טיפול רפואי, יש פוטנציאל לכך שהחיסונים יגרמו לסיבוכים חמורים, כגון תגובות אלרגיות חמורות, אך בניגוד לרוב התערבויות רפואיות אחרות, החיסונים ניתנים לאנשים בריאים ולכן צפוי סטנדרט גבוה יותר של בטיחות. בעוד סיבוכים חמורים מהחיסונים אפשריים, הם נדירים ביותר ופחות נפוצים בהרבה מאשר סיכונים דומים ממחלות שהם מונעים. ככל שהצלחת תוכניות החיסון עולה ותופעת המחלה יורדת, תשומת הלב הציבורית עוברת מהסיכון של המחלה לסיכון של החיסון, וזה הופך לאתגר עבור רשויות הבריאות לשמור על הבטיחות של תוכניות החיסון הציבוריות. חששות לגבי חיסונים לעתים קרובות עוקבות אחר דפוס של חיסונים מוקדמים, דוגמת מחלה פוגעת, שגורמת תופעות שליליות של חיסונים, אך בדרך כלל גורמת לדאגה לגבי תופעות שליליות של החיסון על ידי אנשים סובלים ממחלת מחלה או מחלה.
אוטיזם