ב-1964 התרחשה מרד במחנה הצבאי בג'ינג'ה, העיר השנייה של אוגנדה ובביתו של הגדוד הראשון של צבא אוגנדה. היו מרד דומים בשתי מדינות אחרות במזרח אפריקה; כל שלוש המדינות ביקשו את תמיכת הכוחות הצבאיים הבריטיים. אולם, לפני שהגיעו, אובוטה שלח את שר ההגנה שלו פליקס אוונמה כדי לנהל משא ומתן עם המורדים. אוונמה הוחזק כבן ערובה, והסכים לדרישות רבות, כולל העלאות משמעותיות בשכר לצבא, וקידום מהיר של קצינים רבים, כולל הנשיא העתידי. ב-1965 נאסרו על קניאים משרדי מנהיגות בתוך הממשלה, ואחרי זה נלקחו קניאים מאוגנדה ב-1969, תחת הנהגתו של אובוטה. ראש הממשלה אובוטה היה מעורב במזימת הגלות פדרלית, עם אידי אמין, סגן נשיא אוגדי אמין, שהיה אחראי על חקירת חקירת חקירת חקירת חקירת חקירת חקירת
הפסיק את החוקה והכריז על עצמו כנשיא במרץ 1966,