השלים את המשפט הבא: בשנת 1798, Jourdan מינה אותו כמפקד הצוות של צבא התצפית. ארנוף היה בצבא התצפית כאשר הוא חצה את נהר הריין, במה שהיסטוריונים בריטים כינו הפרה של הסכם קמפו פורמיו, וכתוצאה מכך מלחמת הקואליציה השנייה. ב-2 במרץ, הוחלף שם הצבא לצבא הדנובה, והוא צעד לסוואביה העליונה, שם הוא התמודד עם הכוח ההבסבורגי של הארכידוכס קרל באוסטראך ב-21 במרץ, ושוב ב-25 במרץ בסטוקאך. בשני הקרבות, כוח האדם של האבסבורגים, עולה על המספרים הצרפתיים בשלוש לאחד ושניים לאחד בהתאמה, כבש את הקווים הצרפתיים; יורדן, מפקד הצבא, לא הצליח להתרכז בכוחותיו מספיק כדי להילחם במספרים האבסבורגיים, ונסוג ליער השחור בסוף מרץ. ארנוף לקח פיקוד על צבא הדנובה בעוד יורדן חזר לפריז כדי לבקש עוד חיילים. הוא הוחלף כמפקד צבא הדנובה על ידי אנדרה מסנה, ושירת כמפקד המטה של מסנה במערכה השוויצרית של 1799, שבמהלכה ראה פעולה בציריך ובמרכז שוויץ; הוא היה שוב ב
ציריך עבור הניצחון הצרפתי על אלכסנדר רימסקי-קורסקוב.