כתוב המשך לפרק זה - יגיפקו חזר לברית המועצות באוגוסט 1938, וקיבל את תפקיד מפקד חטיבת הצוללות השנייה של צי הים השחור. הוא החזיק בתפקיד זה עד דצמבר 1939, כאשר הוא הפך למפקד חטיבת הצוללות של צי הבלטי. הוא החזיק בתפקיד זה במהלך המלחמה הסובייטית-פינית, ועזב במאי 1940 כדי להמשיך את לימודיו באקדמיה הימית. הוא סיים את לימודיו באפריל 1941, והועבר ב-26 באפריל לקפטן בדרגה ראשונה. מהחודש הזה עד ספטמבר הוא היה מפקד חטיבת הצוללות הראשונה של צי הבלטי. יגיפקו השתתף במבצעים צבאיים בעקבות הפלישה הגרמנית לברית המועצות ביוני 1941. במהלך הפינוי הסובייטי של טאלין
באוגוסט 1941, הצוללת שלו, "ס-5", פגעה במוקש, וייג'יפקו נפל ממגדל הפיקוד למים. הוא ניצל, עם זעזוע מוח חמור, על ידי כלי אחר. בספטמבר עד אוקטובר 1941 הוא היה לרשות המועצה הצבאית של צי הבלטי, לפני מינויו כתאשה ימי לשגרירות הסובייטית בבריטניה. בתור אטשה ימי, יגיפקו פעל לעתים קרובות כמצפה על ספינות מלחמה בריטיות, ושט על ספינות בריטיות בתפקידי שיירות הארקטי.