חומצות אמינו המעדיפות לאמץ תצורות סליליות בחלבונים כוללות מטיונין, אלנין, לואיצין, גלוטמט וליזין ("MALEK" בקודים של חומצות אמינו 1 אות); לעומת זאת, השאריות הארומטיות הגדולות (טריפטפן, טירוסין ופניללאנין) וחומצות אמינו Cβ-ממוגזרות (אייזולוקין, ואלנין וטרונסטריין) מעדיפות לאמץ תצורות β-ואנדין. עם זאת, העדפות אלה אינן חזקות מספיק בכדי לייצר שיטה אמינה לחיזוי רצף תואם מבנה משני באמצעות שיטה זו. שאלה: איזה סוג של מבנה דנ"א ניתן לנבא באופן אמין?
מבנה משני