כאשר יש סיכון לעצמך או לאחרים, בדרך כלל בתחילת הטיפול, עשויה להיות הכרחית אשפוז בבית חולים. שיקום פסיכיאטרי, פסיכותרפיה ושיקום מקצועי חשובים מאוד לשחזור של תפקוד פסיכולוגי גבוה יותר. כקבוצה, אנשים עם הפרעה סכיזואפקטיבית שאובחנו באמצעות קריטריונים DSM-IV ו- ICD-10 (שהם עדכנו מאז) היו בעלי תוצאה טובה יותר מאנשים עם סכיזופניה, אך תוצאות תפקוד פסיכולוגיות פרטניות משתנות מאנשים עם הפרעות מצב רוח, אך הובילו לתוצאות גרועות יותר מאנשים עם הפרעות מצב רוח. עבור אנשים עם הפרעת מצב רוח ארוכת טווח DSM-IV, ניתן להשוות הערכות שכיחות של מחלות סכיזואפקטיביות פחות מ-0.8 אחוזים של מחלות סכיזואפקטיביות, שכן מחקרים DSM-IV לא הושלמו; הערכות שכיחות של מחלות סכיזואפקטיביות גרועות יותר מאלו שאוב
תרופות לייצוב מצב רוח או תרופות נוגדות דיכאון, או שניהם