ב-3 בפברואר 2008, במהלך קרב בין כוחות הממשלה למורדים
ב N'Djamena, סאלח נעצר על ידי אנשי צבא לא מזוהים, ככל הנראה שומרי נשיא, על פי PLD. יותר משבוע לאחר מכן, לא פורסם שום מידע על המעצר או על המקום שבו סאלח מוחזק. אחד מבני דודיו של סאלח הביע דאגה מיוחדת על בסיס העובדה שסאלח חלה מאוד במשך זמן מה, וקיווה שיוכלו להביא לו תרופות, מזון ובגדים בכל מקום שבו הוא מוחזק. ב-27 בפברואר, עדיין ללא מידע על מקום הימצאו או מצבו של סאלח, נפגשה אשתו עם קרלה ברוני, אשתו של נשיא צרפת ניקולא סרקוזי. נשיא סרקוזי ביקש מהעמית שלו, אידריס דבי, להיפגש גם איתה, אך ב-28 בפברואר היא סירבה בסופו של דבר להיפגש עם דבי.