ב-1991 בן לאדן חזר לסעודיה המקומית שלו במחאה על נוכחות הכוחות, ועל מבצע סופת המדבר. הוא גורש מהמדינה. ב-1996 ה-סי.איי.איי יצר צוות כדי לצוד את בן לאדן. הם סחרו במידע עם הסודנים עד, על פי מילה של מקור שמאוחר יותר התברר כי הוא ממציא, הסי-איי-איי סגר את תחנת סודן שלה מאוחר יותר באותה שנה. ב-1998 בן לאדן הכריז מלחמה על אמריקה, וב-7 באוגוסט, פגע בטנזניה ובניירובי
אני לא יודע. ב-12 באוקטובר 2000, אל-קאעידה הפציצה את בשנת 1947, כאשר ה-CIA הוקם, היו 200 סוכנים בשירות החשאי. ב-2001, מתוך 17,000 עובדים בסי-איי-איי, היו 1,000 בשירות החשאי. מתוך 1,000 אלה, מעטים קיבלו משרות קשות. בימים הראשונים של נשיאותו של ג'ורג' בוש הבן, איומי אל-קאעידה היו בכל מקום במדריכי ה-CIA הנשיאותיים היומיים, אבל זה אולי הפך למקרה של הילד שצועק זאב. תחזיות הסוכנות היו נורא, אבל נשא משקל קטן, ואת תשומת הלב של הנשיא, וצוות ההגנה שלו היו במקום אחר. הסי-איי-איי סידר את מעצרם של חשודים באל-קאעידה באמצעות שיתוף פעולה עם סוכנויות זרות, אבל הסי-איי-איי לא יכלה לומר באופן מוחלט מה היתה ההשפעה של מעצרים אלה, והיא לא יכלה להשיג מידע מודיעיני ממי שנלכדו. הנשיא שאל את הסי.איי.איי אם אל-קאעידה יכולה לתכנן פיגועים בארה"ב. ב-6 באוגוסט, בוש קיבל תדרוך יומי עם הכותרת, לא מבוססת על מודיעין מוצק, "אל-קאעידה נחושה להכות בתוך ארה"ב". ארה"ב צדה את בן לאדן מאז 1996 והיו לה מספר הזדמנויות, אבל לא קלינטון ולא בוש רצו להסתכן בלקיחת תפקיד פעיל באותו יום, ריצ'רד א' קלארק שלח את יועצת הביטחון הלאומי קונדוליזה רייס להזהיר מפני הסיכונים, ומגנה את חוסר הפעולה של הסי-איי-איי.