במהלך כהונתו של באריק, רוב השחקנים שנותרו מהצוות של "הדור הזהב" הוחלפו בהדרגה על ידי שחקנים צעירים יותר במהלך אליפות אירופה 2004. קרואטיה המשיכה להתאים לטורניר עם ניצחון פלייאוף נגד סלובניה, וזכתה 2<unk>1 בסך הכל לאחר שערו המכריע של דאדו פרשו בשלב השני. בטורניר הגמר
בפורטוגל, קרואטיה תיקו 0-0 עם שווייץ ו-2-2 עם צרפת רק כדי להפסיד לאנגליה 2-4 ולחוות עוד חיסול בשלב הקבוצות. חוזה לשנתיים של Barić הסתיים ביוני 2004 ולא הוחלף. זלטקו קרנצ'אר, נבחרת קרואטיה לשעבר, הוביל את הקבוצה עד אליפות העולם 2006 בלי להפסיד משחק אחד, והוביל את הקבוצה לפני שוודיה ובולגריה. כלי התקשורת המקומיים האשימו אותו בנפוטיזם על בחירתו של בנו ניקו קרנצ'אר לנבחרת. באליפות העולם 2006, קרואטיה הפסידה במשחק הפתיחה שלה מול ברזיל והיצרה תיקו 0-0 עם יפן לאחר שדריחו סרנה החמיץ את העונש במחצית הראשונה. תיקו 2<unk>2 עם אוסטרליה שבו שלושה שחקנים הודחו אישרו את יציאת קרואטיה מהשלב הקבוצתי. המשחק כלל טעות של השופט גרהם פול שנתן שלושה כרטיסי צהוב למגן הקרואטי יוסיפ שימוניץ', ולא הוציא אותו מהמשחק לאחר העבירה השנייה שלו. מאוחר יותר הוא הצהיר כי הוא טעה את שימוניץ' לשחקן אוסטרלי בגלל המבטא האוסטרלי שלו. פול קיבל ביקורת על כך שאיבד שליטה במשחק ופרש משפט לאחר מכן.