פרוץ מלחמת העולם השנייה באירופה בספטמבר 1939 ראה חלק מהגדוד מפוזר על סיורים חוף נגד צוללות ונגד משלוחים ממדראס, לפני שב-1 באוקטובר 1939, הגדוד הפך לבית ספר להכשרת טיס להכשרת טייסים עבור חיל האוויר ההודי, הפועל דה הווילנד טיגר מוט והוקר הארט ביפלנים כמו גם Wapitis, וממוקם בריסלפור. רבים מהטייסים המבצעיים לשעבר של הטייסת הועסקו בהובלת מפציצי בריסטול בלנהיים ממצרים להודו ולמזרח הרחוק. בינואר 1941 החלו להעביר את מטוסי בלנהיים לטייסת, מה שהאפשר להפריד את הטייסת ה-27 עם מטוסי בלנהיים מבית הספר לאימונים בפברואר ולשלוח אותם לסינגפור. מטוסי בלנהיים של הטייסת היו מטוסי Mk IF, שהותקנו עם חבילת תותחים מתחת לגוף לשימוש כמטוסי קרב ארוכי טווח וליליים, והיו מטוסי הקרב הלילה היחידים של חיל האוויר המלכותי במזרח הרחוק. הטייסת הועברה לבאטרוורת' במאי 1941 ולסונגאי פטאני באוגוסט אותה שנה. יפן פלשה למלאיה.
ב-8 בדצמבר 1941, ו-27 טייסת טסה שמונה Blenheims באותו הבוקר לתקוף ספינות הפלישה היפנית. עם זאת, מזג האוויר הגרוע מנע מהם לאתר ספינות יפניות, והתקיפות אוויריות על סונגאי פטאני באותו יום הרסו את שדה התעופה והותירו את הטייסת עם רק ארבעה מטוסים מסוגלים לעוף. היא הועברה לבאטרוורת' באותו ערב. המטוסים שנותרו הוחזרו לסינגפור עד 12 בדצמבר, שם הם, יחד עם כמה מטוסי בלנהיים מאסכות אחרות, פעלו תחת השם "סיירת 27". בלנהיים שנותרו בסינגפור, כולל אלה של טייסת 27, פונו לסומטרה מ-23 בינואר 1941, ובסופו של דבר פעלו מפלמבנג. ב-14 בפברואר תקפו ארבעה מהבלנהיים שלה ספינות יפניות שפלשו לסומטרה, עם אובדן של שני בלנהיים, כאשר כל המטוסים המתאימים לטיסה פינו לג'אווה ב-15 בפברואר. כאן הטייסת הפסיקה למעשה להתקיים.