עד 1998, אוניל התמקד באוסמה בן לאדן ויצר שולחן אל-קאעידה במחלקה שלו. באוגוסט 1998,
שתי שגרירויות של ארצות הברית הושמדו בהצלחה בהתקפות בו זמנית בניירובי, קניה, ודר אס סלאם, טנזניה. אוניל קיווה להיות מעורב בחקירה כי הוא רכש ידע עצום של רשת טרור אל-קאעידה של אוסמה בן לאדן. הוא שכנע את מנהל ה-אף-בי-איי, פרי, לתת למשרד שלו לטפל בתיק, והפרקליט מרי ג'ו וייט אמרה מאוחר יותר, "ג'ון אוניל, בחקירת הפיצוצים של השגרירויות שלנו במזרח אפריקה, יצר את התבנית לחקירות מוצלחות של טרור בינלאומי ברחבי העולם".