לעומת זאת, הסגר של וילמינגטון היה די קונבנציונלי, והוא מוקד רוב הוויכוחים בנוגע ליעילות הסגר. לאחר אמצע יולי 1863, כאשר צ'רלסטון הייתה סגורה במידה רבה, רוב הסחר בין הקונפדרציה לצפון אירופה נערך דרך וילמינגטון. הנמל שמר על עליונותו עד לקראת סוף המרד, כאשר פורט פישר
, בפה של נהר קייפ פייר, נכבש על ידי כוחות האיחוד בינואר 1865.