כותב המשך לפרק זה - החאן המונגולי האחרון היה ליגדן חאן בתחילת המאה ה-17. הוא נכנס לסכסוך עם המנצ'ים על שוד הערים הסיניות, וגם ניכר מרוב השבטים המונגולים. הוא מת ב-1634. עד 1636 רוב השבטים המונגוליים הפנימיים נכנעו למנצ'ים, אשר ייסדו את שושלת צ'ינג. בסופו של דבר הכנעו החאלקה לשלטון צ'ינג בשנת 1691, ובכך הביאו את כל מונגוליה של היום תחת שלטון מנצ'ו. לאחר מספר מלחמות ג'ונגאר-קינג
, הג'ונגרים (מונגולים מערביים או אוראטים) הושמדו כמעט במהלך כיבוש צ'ינג של ג'ונגריה בשנת 1757-1758.