ב-19 באוגוסט 1967 התחתן דאוקינס עם האתולוגת מריאן סטאמפ בכנסייה הפרוטסטנטית באנסטאון, מחוז ווטרפורד, אירלנד; הם התגרשו ב-1984. ב-1 ביוני 1984 הוא התחתן עם איב ברהם באוקספורד. הייתה להם בת, ג'ולייט אמה דאוקינס (נולדה ב-1984, אוקספורד). דאוקינס וברהם התגרשו. ב-1992 הוא התחתן עם השחקנית ללה וורד בקנזינגטון וצ'לסי, לונדון. דאוקינס פגש אותה דרך חברתם המשותף דאגלס אדמס, שעבד איתה על דוקטור הו של ה-BBC. דאוקינס וורד נפרדו ב-2016 והם תיארו מאוחר יותר את ההפרדה כ"ידידותית לחלוטין". ב-6 בפברואר 2016, דאוקינס סבל משבץ דם קטן בבית. דוקינס דיווח מאוחר יותר באותה שנה שהוא התאושש כמעט לחלוטין. שאלה: מתי דוקינס וסטאמפ התגרשו?
שנת 1984