ב-4 בפברואר פייפר נפגש בפעם האחרונה עם הימלר במטה הזמני שלו. לאחר מכן הוא נלחם במבצע "רוח דרומית". היחידה שלו השתתפה במבצע "התעוררות האביב".
, אשר נכשל. למרות שהיחידה של פייפר גרמה למספר גדול של נפגעים, בשל סגנון הפיקוד האגרסיבי שלו הוא איבד הרבה אנשים. ב-1 במאי, כאשר LSSAH הוכרח להיכנס לאוסטריה, אנשיו של פייפר הודיעו על מותו של היטלר. ב-8 במאי קיבלה LSSAH את הפקודה לחצות את נהר האנס ולהיכנע לכוחות האמריקאים. במקום להיכנע, פייפר בחר ללכת הביתה. הוא נעצר ב-22 במאי על ידי חיילים אמריקאים.