כתוב המשך לפרק זה - אלפא היה פעיל במהלך מלחמת צ'צ'ניה השנייה שהחלה בשנת 1999, כמו גם ההתקוממות שלאחר מכן בצפון קווקז
אני לא יודע. במהלך הקרב על קומסומולסקויה בשנת 2000, צלפים אלפא שהוקצו לקבוצת הכוחות הפדרליים המערבית של ולדימיר שאמאנוב, הופעלו בניסיון לדכא את צלפיו של רוסלאן גלאייב בכפר. על פי הוותיקים של היחידה, פעולות בהן השתתפה אלפא הובילו למעצרו של המפקד הצ'צ'ני סלמן רדוייב בשנת 2000, לרצח המפקד הצ'צ'ני ארבי ברייב בשנת 2001, לרצח נשיא הצ'צ'ני הבדלני אסלאן מסכדוב בשנת 2005 ולרצח מנהיג החייל הזר אבו חפס בדגסטאן בשנת 2006. בעקבות העברת האחריות על הפעולות בצ'צ'ניה ממשרד ההגנה ל-FSB בינואר 2001, ולפני מדיניות "הצ'צ'ניזציה" שהחלה בשנת 2003, חברי אלפא (יחד עם אנשי רוסיה אחרים ומיליציה צ'צ'נית פרו-מוסקבה) השתתפו לפחות ב -10 "קבוצות מיוחדות משולבות" מעורבות (, SSGs), שנחשבות ליחידות מוות על ידי קבוצות זכויות אדם ומבקרים חיצוניים. סביר להניח כי SSG עמדו מאחורי רבים מ"הטיהורים של שמות/כתובות" ("imeny/adressny zachistki"): בדרך כלל פשיטות בלילה על ידי גברים מחופרים ברכבים לא מסומנים, שמטרתם לוחמים מורדים פעילים או לשעבר, תומכיהם, קרובי משפחתם או אזרחים אחרים עבור היעלמות בכפייה או הריגה ללא דין וחשבון. ב-2005, ארגון Human Rights Watch הצהיר כי היעלמויות הגיעו למידה של פשע נגד האנושות, וכי "לרוסיה יש את ההבחנה הבלתי מכובדת של להיות מנהיג עולמי בהיעלמות בכפייה". UFSB של צ'צ'ניה גם הקימה יחידת אלפא מקומית, האמין להיות דומה בתפקידה SSGs.