הוא הוחלף בפרארי ע"י האוסטרי גרהרד ברגר, והוא עבר למקלארן כנהג מספר שתיים מאחורי אלן פרוסט, אלוף העולם. מקלארן לא היו תחרותיים ב-1987 כפי שהיו ב-1984-1986, כאשר פרוסט הוסיף רק שלושה ניצחונות לספירה שלו (והשבר את שיא 27 ניצחונות גראנד פרי שהוחזק על ידי ג'קי סטיוארט עם ניצחון 28 בפורטוגל
) ולא הצליח להגן על אליפות הנהגים שלו. סיכומים נוספים על הפודיום נמשכו עבור השוודי ויוהנסון סיים במקום השישי באליפות הנהגים. העמדה של סטפן יוהנסון במקלארן נחשבה על ידי רבים רק כחתומה של מפקד הקבוצה רון דניס, שלא הצליח לפתות את איירטון סנה מלוטוס בגלל שהוא תחת חוזה עד סוף 1987 ותמיד התכוון לחתום על הברזילאי. יוהנסון סיים את גראנד פרי של גרמניה בשנת 1987 על שלושה גלגלים לאחר שקיבל ניקוב בסיבוב האחרון. הוא גם סיים במקום השני מאחורי פרוסט בבלגיה והוסיף עוד גמרים על הפודיום בברזיל, ספרד ויפן. למרות 11 פודיומים בשלוש עונות, יוהנסון עדיין לא ניצח ולא היה רצוי על ידי קבוצה מובילה (הוא קיווה להצטרף לוויליאמס ב-1988 כתחליף לאלוף העולם 1987 נלסון פיקט, אך ויליאמס חתמה על ריקרדו פטרז במקום). הוא חזר למקלארן כנהג מבחן ב-1991, בדיקת מנוע הונדה V12 בסוזוקה ביפן.