לאחר עונת 2012, סקוטארו והג'יינטס הסכימו לחוזה של 3 שנים, 20 מיליון דולר, שהפך רשמי ב-7 בדצמבר 2012. ב-2013, סקוטארו היה הבייסמן השני הראשי, עם טוני אבראו וניק נונאן כגיבויים העיקריים שלו. ב-81 משחקים במחצית הראשונה, סקוטארו הכה.316/.367/.400 עם 2 HR, 22 RBI ו -37 R, והוא נקרא למשחק הכוכבים של MLB 2013.
אני לא יודע. סקוטארו שיחק את המשחק האחרון שלו ב-15 בספטמבר, והושבת רשמית ב-24 בספטמבר. הוא עבר ניתוח ב-27 בספטמבר שהכניס סיכה באצבע הקטנה השמאלית שלו ושיקם את אצבע המקל שלו, פציעה שנגרמה לו ב-11 ביוני נגד הפיראטס כאשר הוא נפגע על ידי טוני ווטסון. ב-127 משחקים ב-2013, הוא הכה.297/.357/.369 עם 2 HR, 31 RBI ו-57 R.