המערכה שינתה את המצב האסטרטגי בין כוחות שתי המדינות בים התיכון והעמידה את הצי המלכותי בעמדה הדומיננטית ששימרה במשך שאר המלחמה. היא עודדה גם מדינות אירופאיות אחרות להפנות נגד צרפת, והייתה גורם בהתפרצות מלחמת הקואליציה השנייה. צבאו של בונפרטה היה לכוד במצרים, והשליטה של הצי המלכותי מהחוף הסורי תרמה באופן משמעותי לתבוסה הצרפתית במצור על אקרה בשנת 1799 שקדמה לשובו של בונפרטה לאירופה. נלסון נפצע בקרב, והוא הוכרז כגיבור ברחבי אירופה, ולאחר מכן נעשה לברון נלסון, למרות שהוא לא היה מרוצה מהקרבות שלו. קפטנים שלו גם זכו לשבחים ונסעו ליצור את גרעין הלהקה האגדית של האחים נלסון.
הצי המלכותי