עיתונאי יוסרי פודה של ערוץ הטלוויזיה הערבי אל-ג'זירה דיווח כי באפריל 2002 הכיר חאלד שייח מוחמד במעורבותו בהתקפות, יחד עם רמזי בן אל-שיב. דו"ח ועדת ה-11 בספטמבר קבע כי העוינות כלפי ארצות הברית שהרגש מוחמד, הארכיטקט הראשי של התקפות ה-11 בספטמבר, נובעת מ"החלוקה האלימה שלו עם מדיניות החוץ האמריקנית המעדיפה את ישראל". מוחמד היה גם יועץ ומממן של פיגוע במרכז הסחר העולמי בשנת 1993 ודודו של רמזי יוסף, הפצץ הראשי בהתקפה. מוחמד נעצר ב-1 במרץ 2003 ברואלפינדי, פקיסטן, על ידי גורמים ביטחוניים פקיסטנים שעבדו עם ה-CIA. לאחר מכן הוא הוחזק בבתי כלא סודיים של ה-CIA ובגואנטנמו, שם הוא נחקר ונתחקר באמצעות שיטות הכוללות שיטור מים. במהלך תקפות ה-11 בספטמבר, מוחמד
התקפות ה-11 בספטמבר.