השלים את המשפט הבא: לאחר שהוצא להורג, אוסמן נבחר להיות הח'ליפה הרביעי של המוסלמים. ח'ליפותו התגלתה עם
מלחמות אזרחים ראשונות בין מוסלמים. עלי התמודד עם שתי כוחות התנגדות נפרדים: קבוצה בראשות איישה, תלחא וזובייר במכה, שרצו לכנס מועצה כדי לקבוע את החליפות. וקבוצה אחרת בהנהגת מואוויה בלבנט דרשה נקמה על דמו של אוסמן. ארבעה חודשים לאחר ח'ליפותו, עלי הביס את הקבוצה הראשונה בקרב הגמל; אך בסופו של דבר, קרב סיפין עם מואוויה היה לא יעיל מבחינה צבאית, והוביל לבוררות שהסתיימה מבחינה פוליטית נגד עלי. לאחר מכן, בשנת 38 מס"ה, הוא נלחם עם החריג'ים - שחשב את קבלתו של עלי לשפוט ככפירה, והתקומם נגדו - בנחרואן והביס אותם. עלי נהרג בסופו של דבר במסגד קופה על ידי חרבו של אחד החריג'ים, איבן מולג'אם מורדי, וקבר מחוץ לעיר קופה. מאוחר יותר המקדש שלו והעיר נאג'ף נבנו סביב הקבר שלו.