לאחר ההתקפה על פרל הארבור הכניסה את ארצות הברית למלחמה, פיינמן גויס על ידי רוברט ר' וילסון, שעבד על אמצעים לייצר אורניום מועשר לשימוש בפצצה אטומית, כחלק ממה שהפך להיות פרויקט מנהטן. צוותו של וילסון בפרינסטון עבד על מכשיר הנקרא איזוטרון, שנועד להפריד אלקטרומגנטית בין אורניום-235 לבין אורניום-238. זה נעשה באופן שונה לחלוטין מזה ששימש את הקלוטרון שפותח על ידי צוות תחת המורה לשעבר של וילסון, ארנסט לורנס, במעבדת הרדיואציה של קליפורניה. ב-28 במרץ 1943, פיינמן נבחר על ידי רוברט ר' וילסון, שהיה עובד על אמצעי לייצר אורניום מועשר לשימוש בפצצה אטומית, כחלק ממה שהפך להיות פרויקט ההפצצה. כמו רוברט ארלמן, פיינמן נשלח להציע עזרה פיזית נוספת כדי לקבוע אם הפצצה אטומית נבנתה בפיסיגה, או לא
עיצוב נהלי בטיחות לאחסון חומרים