לאחר הפלישה המשותפת הגרמנית-סובייטית לפולין, שהחלה את מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, העיר כבשה על ידי גרמניה
, אשר ביצע קמפיין רצח עם נגד האוכלוסייה הפולנית והיהודית המקומית. צ'למזה הייתה אחד מאתרי ההוצאה להורג של פולנים שבוצעו על ידי גרמניה בשנת 1939 כחלק מ"Intelligenzaktion". פולנים מקומיים רבים, במיוחד מורים, נרצחו גם הם ביער ברברקה בטורון של ימינו, גם כחלק מ"Intelligenzaktion". המדינה הגרמנית באותה עת התייחסה לפולנים ויהודים כ"אנדרמנש" ותכננה את חיסולם כקבוצות לאומיות. כדי להימלט מגורל זה פולנים מקומיים רבים לקחו את הקבוצה השלישית והרביעית של Volksliste. בתחילת 1945, בצ'למז'ה, עובדים פולנים שנפנו מג'ייקובו גויסו בכוח על ידי הגרמנים לארגון טודט, אולם חלקם הצליחו לברוח. כתוצאה מהשמדה הגרמנית והדיכוי, אוכלוסיית העיר ירדה ל-10,000 במרץ 1945.