כשגייטס שלח אותו לקונגרס עם מברקים רשמיים על הניצחון בקרב סרטוגה ב-1777, וילקינסון שמר את
הקונגרס הקונטיננטלי מחכה בזמן שהוא מטפל בעניינים אישיים. כאשר הוא סוף סוף הופיע, הוא שיפר את תפקידו בניצחון, וזכה לתואר רב-גנרל (למרות שהיה רק בן 20 באותו הזמן) ב-6 בנובמבר 1777, ונבחר למועצת המלחמה שנוצרה לאחרונה. קידומו על פני קולונלים בכירים יותר גרם לתפרצות בקרב קציני הקונטיננטל, במיוחד משום שהרכילות של וילקינסון נראתה מצביעה על כך שהוא היה משתתף בקונוויי קבל, קונספירציה להחליף את ג'ורג' וושינגטון בהורציו גייטס כמפקד העליון של הצבא הקונטיננטלי. גייטס סבל מהר מדי מווילקינסון, והקצין הצעיר נאלץ להתפטר במרץ 1778. ב-29 ביולי 1779 מינה אותו הקונגרס למפקד הבגדים של הצבא, אך הוא התפטר ב-27 במרץ 1781 בשל "חוסר כישורי העבודה" שלו.