כתוב המשך לקטע זה - נובמבר 1999 עד נובמבר 2001, הוא היה מנהל איומים חוצי-לאומיים במועצת הביטחון הלאומית (NSC), שם הוא היה אחראי לתיאום ויישום מדיניות הלחימה בטרור של ארה"ב. במהלך תקופה זו, הוא ניהל את התגובה של ממשלת ארה"ב לאזהרת הטרור של המילניום, ההתקפה על ה"קול"
, והתקפות ה-11 בספטמבר. במהלך תקופתו במועצת הביטחון הלאומית, קרסי קרא לנקוט צעדים נגד אל-קאעידה ובין לאדן, אשר התעלמו במידה רבה עד 9/11.