כתוב המשך לפרק זה - אוסמה בן לאדן, שהועצה מקרוב על ידי מנהיג הג'יהאד האסלאמי המצרי איימן אל-זוואהרי, הקים ב-1988 את אל-קאעידה (באנגלית: Al-Qaeda), תנועה ג'יהאדית אסלאמית כדי להחליף מדינות מוסלמיות שנשלטו או נשלטו על ידי המערב במשטרים איסלאמיים פונדמנטליסטים. כדי להשיג את המטרה הזו, בן לאדן פרסם מניפסט ב-1996 שנדרש ג'יהאד אלים נגד כוחות צבאיים אמריקאים הממוקמים בערב הסעודית. ב־7 באוגוסט 1998, אנשים הקשורים לאל־קאעידה ולג'יהאד האסלאמי המצרי פיצצו בו זמנית שתי שגרירויות אמריקאיות באפריקה
שגרמה ל-224 מקרי מוות. ב-12 באוקטובר 2000, אל-קאעידה ביצע את פיגוע יו-אס-אס קול, פיגוע התאבדות של משחתת חיל הים האמריקאי יו-אס-אס "קול" שהחנה בנמל תימן של עדן. ההפצצה הרגה 17 מלחים אמריקאים.