ב-15 ביוני 1941, רק שבוע לפני הפלישה הגרמנית הנאצית לרוסיה, ויטקאוסקאס נשלח לאקדמיה הצבאית של המטה הכללי במוסקבה כדי להשלים קורסים לקצינים גבוהים. זה היה חלק מהיוזמה הגדולה יותר לשלוח קצינים ליטאים לקורסים שונים ולהחליף אותם ברוסים. שני הסברים ניתנים <unk> כהכנה לפלישה הגרמנית או אמצעי זהירות מפני מרד אפשרי עקב גירוש יוני
אני לא יודע. לדברי אשתו של ויטקאוקאס, ההוראות לעזוב למוסקבה היו דחופות ווויטקאוקאס הושם תחת שמירה חמושה בתחנת הרכבת. לאחר סיום הקורסים בדצמבר 1941, הוא לימד טקטיקות של הצבאות הגדולות. הוא היה חבר במועצה העליונה של ברית המועצות מ-1941 עד 1954.