ב-1993 הציגה הממשלה מטבע לאומי חדש, הלאו המולדובי, כדי להחליף את הקופון הזמני. כלכלת מולדובה החלה להשתנות ב-2001; ועד 2008 המדינה חוותה צמיחה שנתית יציבה בין 5% ל-10%. בתחילת שנות ה-2000 חווה גם צמיחה ניכרת של הגירה של מולדובים המחפשים עבודה (בעיקר באופן לא חוקי) ברוסיה (במיוחד באזור מוסקבה), איטליה, פורטוגל, ספרד ומדינות אחרות; הפליטים מולדובים בחו"ל היוו כמעט 38% מהתמ"ג של מולדובה, האחוז השני הגבוה ביותר בעולם, לאחר הבחירות בטג'יקיסטן (45%). בבחירות הפרלמנטריות ב-1994 סבלה המדינה משבר כלכלי חמור, והותיר את המפלגה הדמוקרטית החקלאית המולדבית את המעמד הדמוקרטי המולדובי, ונתנה את המפלגה המולדבית עם רוב מושבים בפרלמנט הלאומי ב-23 בדצמבר 1994.
נטוש