ב-1938 נכנסו כוחות גרמניים לאוסטריה, ואחריו אינטגרציה מהירה, שהביאה ליצירת "גרמניה הגדולה" שהשילבה את שתי המדינות הנפרדות עד אז. כמה ימים לאחר שהצבא הגיע מהמערב, פרנץ ראושר נעצר על ידי הגסטפו, אבל הוא שוחרר שבוע לאחר מכן. הוא מצא עבודה עם. בשנת 1939 הוא נעצר שוב על ידי הגסטאפו. הפעם הוא הועבר למחנה הריכוז בוכנוואלד: הוא הוחזק במעצר המדינה במשך שש השנים הבאות. בשלב מסוים במהלך מלחמת העולם השנייה, אשר בחלק זה של אירופה נמשכה מ-1939 עד 1945, הוא הועבר למחנה הריכוז Majdanek בפולין הכבושה
אני לא יודע. זמן קצר לפני סיום המלחמה הוא או שוחרר על ידי הצבא האדום או שהצליח לברוח ממחנה הריכוז כאשר תשתית המדינה של גרמניה הנאצית קרסה. הוא חזר לאוסטריה, והגיע לזלצבורג ב-14 באפריל 1945. הממשלות הסובייטיות והמערביות כבר הכריזו על שילוב 1938 של גרמניה עם אוסטריה בטל ובלתי תקף, ובתוך שבועיים לאחר הגעתו של ראושר לגבול על ידי זלצבורג, אסיפה שנערכה בחיפזון בווינה, תחת הקנצלר רנר, ציפתה את דרישות האדונים החדשים של המדינה עם חתימה של מנהיגי שלוש המפלגות הפוליטיות העיקריות (בהן הסוציאל-דמוקרטים) ב -27 באפריל 1945.