השלים את המשפט הבא: בסוף 1587 בפריז, הוא נעצר בבית בושת, נמצא במיטה עם אישה ומשרת זכר של הרוזן של אסקס. בתחילה הושם בכלא הבישוף, החוטפים שלו שקלו לשלוח אותו בחזרה Walsingham. בסופו של דבר הוא הועבר לבסטיליה כדי לחכות למשפט. רישום של חקירתו מראה שהוא ניסה לערב את מורגן ופג'ט בעסקים כפולים. באוגוסט 1589 הוא הובא לפני בית המשפט ונידון לעשרים שנות מאסר על כך שהוא פעל נגד האינטרסים של הכנסייה הקתולית. באותה תקופה פריז הייתה בשליטת הליגה הקתולית, אשר התקוממה נגד המלך הצרפתי. בזמן שהוא היה בכלא, בריאותו התדרדרה. ב
קרב איברי במרץ 1590 צבא הליגה הושמד, והמלך צעד לעבר פריז, נחוש להרעיב את הבירה לכניעה. המצור נמשך עד אוגוסט וגרם לרעב. גיפורד מת כמה חודשים לאחר מכן, בנובמבר 1590.