לאחר סיום לימודיו בספטמבר 1864, ניצ'ה החל ללמוד תיאולוגיה ופילולוגיה קלאסית באוניברסיטת בון בתקווה להפוך לשר. במשך זמן קצר הוא ודוסן הפכו לחברי בורשנשטף פרנקוניה. לאחר סמסטר אחד (ולכעס אמו), הוא הפסיק את לימודיו התיאולוגיים ואיבד את אמונתו. כבר במאמרו "גורל והיסטוריה" משנת 1862, ניצ'ה טען כי מחקר היסטורי פגע בהשפעתו של דוד שטראוס על חייו של ישו. בנוסף, ספרו של לודוויג פיירבאך "מהות הנצרות" השפיע על ניצ'ה הצעיר עם טענתו שאלוהים יצר את האנשים, ולא להיפך. ביוני 1865, בגיל 20, כתב ניצ'ה לאחותו אליזבת, שהייתה דתית עמוקות, את המכתב המלא של אובדן אמונתו.
ספטמבר 1864