כתוב המשך לפרק זה - מלחמת העצמאות
השפיעה קשות על הצוות האקדמי של הפקולטה, שחלקם היגרו, בעוד שאחרים נכלאו. תוכניות הפיתוח לטווח ארוך שהומצאו ב-1848 נאלצו להימחק מהאג'נדה במשך זמן רב. עם זאת, כמה מודרניזציה אכן התרחשה במהלך תקופה ריאקציונרית זו; מ 1850 ואילך, סיום בית ספר תיכון הפך חובה לקבלת הכניסה לאוניברסיטה. אף על פי שהרופאים עדיין קיבלו הכשרה בתשע מחלקות, תכנית המאסטר כירורגית, אשר עד אז הייתה מלאה באופן קבוע, התייבשה ונגמרה בסופו של דבר. בשנת 1872, גילדות הניתוחים נפרקו גם כן.