לאחר שש שנים של שירות פעיל, כולל תקופה כשוטר צבאי, האטון הצטרף ל-FBI בניו אורלינס בשנת 1985, ועבד זמן קצר במשרד קטן בלואיזיאנה. ב-1991, הוא מונה לניו יורק סיטי כחבר בצוות חקירה שעבד על תיק שוד בנק. העבודה העיקרית של לאונרד האטון הייתה מומחה של האף-בי-איי בחומרי נפץ ובהחזרת ראיות, שם הוא עבד עד מותו. בנוסף לפירוק מספר מקרי שוד בנקים וחטיפות בעלי פרופיל גבוה, הוא חקר פיגועי טרור בינלאומיים כמו פיגועי מרכז הסחר העולמי ב-1993, פיגועי שגרירות ארצות הברית ב-1998 והפיגועי ה- USS Cole ב-2000
אני לא יודע. שלושה חודשים לפני פיגועי ה-11 בספטמבר, הוא העיד במשפט של חסיד של ארגון הטרור האסלאמי אל-קאעידה.