התגובה החיסונית הפועלת יתר על המידה מהווה את הקצה השני של הפרעת התפקוד החיסוני, במיוחד הפרעות האוטואימוניות. כאן, מערכת החיסון אינה מסוגלת להבחין כראוי בין העצמי לבין הלא העצמי, ותוקפת חלק מהגוף. בנסיבות רגילות, תאי T רבים ואנטי-גופים מגיבים עם פפטידים "עצמיים". אחת התפקודים של תאים מיוחדים (ממוקמים בטימוס וחוליות העצם) היא להציג לימפוציטים צעירים עם אנטיגנים עצמיים המיוצרים בכל הגוף ולהשמיד את התאים המזהים אנטיגנים עצמיים, ומונעים אימוניות. שאלה: על מה תוקפת מערכת החיסון?
חלק מהגוף.