כתוב המשך לקטע זה - בעקבות הפלישה המשותפת הגרמנית-סובייטית לפולין, שהחלה את מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, אוגוסטוב היה כבוש
על ידי ברית המועצות עד 1941. תושבים רבים נשלחו לגלות לקזחסטן, משם חלק הצליחו לחזור לאחר 6 שנים. ב-22 ביוני 1941, ממש לפני שהגרמנים כבשו את העיר, הרצחו הסובייטים כ -30-34 אסירים פולנים באוגוסטוב כחלק ממעשי הטבח של האסירים של ה- NKVD. הכוחות הגרמניים הנאצים כבשו את אוגוסטוב עד 1944, והפעילו מחנה עבודה בכפייה בעיר. מלחמת העולם השנייה הביאה להשמדה של כ -70% מהעיר ומוות או עזיבה של רוב תושביה, ביניהם קהילה של כמה אלפי יהודים שנכלאו בגטו הממוקם בין התעלה לנהר. הגרמנים הוציאו להורג כמעט את כולם לפני שעזבו. ב-1945 הובילו הסובייטים את מעצר אוגוסטוב הסמוך - מבצע מיוחד נגד לוחמים אנטי קומוניסטים לשעבר Armia Krajowa.