היא הייתה השנייה מבין שבעת ילדיה של אליזבת דיקסון ואדוארד ג'ון וולסטונקרפט. למרות שלמשפחתה הייתה הכנסה נוחה כשהייתה ילדה, אביה בזבז אותה בהדרגה על פרויקטים ספקולטיביים. כתוצאה מכך, המשפחה הפכה לא יציבה מבחינה כלכלית והם נאלצו לעיתים קרובות לעבור במהלך נעוריה של וולסטונקרפט. המצב הכלכלי של המשפחה הפך בסופו של דבר כל כך חמור שאביה של וולסטונקרפט אילץ אותה למסור את הכסף שהיא הייתה מקבלת בירושה בגידולה. יתר על כן, הוא היה ככל הנראה אדם אלים שהיכה את אשתו בהשתגעות שיכרות. כמתבגרת, וולסטונקרפט נהגה לשכב מחוץ לדלת חדר השינה של אמה כדי להגן עליה. וולסטונקרפט שימשה בתפקיד אימה לאורך כל חייה. היא שימשה תפקיד אימה עבור אחיותיה, ג'יין וולסטונקרפט, אבל אביה איבד אותה בהדרגה.
בברלי.