ברברה מקלינטוק נולדה על שם אלינור מקלינטוק ב-16 ביוני 1902 בהארטפורד, קונטיקט, השלישית מתוך ארבעה ילדים שנולדו לרופא ההומיאופתי תומס הנרי מקלינטוק ושרה הנדי מקלינטוק. תומס מקלינטוק היה ילדם של מהגרים בריטיים; שרה ריידר הנדי הייתה צאצאית ממשפחת מייפלאוור אמריקאית עתיקה. מרג'ורי, הילדה הבכורה, נולדה באוקטובר 1898; מינון, הבת השנייה, נולדה בנובמבר 1900. הצעירה ביותר, מלקולם ריידר (שנקרא טום), נולדה 18 חודשים אחרי ברברה. כשהייתה ילדה צעירה, הוריה קבעו כי אלינור, שם "נחמד" ו"רגיש", לא מתאים לה, ובחרתה בחרו בבררה מקלינטוק. מקלינטוק הייתה ילדה עצמאית בגיל צעיר, תכונה שהיא זיהה מאוחר יותר כ"קלינטוק בודדה". היא חיה לבדה מגיל שלוש, עד שגר
התנגדו לשלוח