כתוב המשך לקטע זה - כאשר המלחמה התחדשה בשנת 1799, Jourdan היה בראש הצבא על הריין, אבל שוב סבל תבוסה בידי הארכידוכס צ'ארלס בקרב אוסטרך
וסטוקאץ' בסוף מרץ. מאוכזב ובריאות הרוסה, הוא העביר את הפיקוד לגנרל אנדרה מסנה. הוא חזר לתפקידיו הפוליטיים והיה מתנגד בולט של ההפיכה של 18 ברומייר, לאחר מכן הוא גורש ממועצת חמש מאות. עם זאת, במהרה הוא התאפשר באופן רשמי ל"משטר" החדש, וקיבל מנאפוליאן תעסוקה צבאית ואזרחית חדשה. ב-1800, יורדן הפך למפקח כללי של חיל הפרשים והילדים ונציג האינטרסים הצרפתיים ברפובליקה הסיסלפינית.