מ-1959 עד 1960, שאגרי היה ראש הממשלה הפדרלי לפיתוח כלכלי של ניגריה העצמאית, שם משרד שלו היה אחראי על עיצוב תוכנית הפיתוח של 1962-1968. משרד הפיתוח הכלכלי של שאגרי היה גם אחראי להקמת מועצת הפיתוח של דלתת הניגר. משנת 1960 עד 1962, הוא היה השר הפדרלי לפנסיות, אשר ביצע את משימת הניגריניזציה של השירות הציבורי. משנת 1962 עד 1965, שאגרי היה שר הפנים הפדרלי. מ-1965 עד ההפיכה הצבאית הראשונה בינואר 1966
, שגארי היה השר הפדרלי לעבודות והוציא לפועל פרויקטים חשובים רבים כולל גשר אקו שלגוס שהיה החוזה הגדול הראשון של חברת הבנייה הגרמנית ג'וליוס ברגר בניגריה, והשלמת גשר הניגר אשר הוזמן בשנת 1966 על ידי ראש הממשלה, סר אבו בקר טאפאווה באלווה. ב-1967 הוא מונה למזכיר קרן פיתוח החינוך של מחוז סוקוטו. משנת 1968 עד 1969, שגארי קיבל משרה במדינת צפון מערב כממונה על המוסדות.