הגלותו של הסולטן לא הקלה על הקשיים הצרפתיים במרוקו, והתפרצה התקוממות אשר כיוונה הן את המשטר והן את משתפי הפעולה שלו עם קמפיינים של חרם, כמו גם מעשי אלימות. כמה ניסיונות התנקשות בוצעו נגד הסולטאן הבובה החדש, מוחמד בן ערפא, ואחת מסעות החרם מכוונת למסגדים במדינה בשל התפילות שנאמרו בשם הסולטאן החדש. בסופו של דבר, עם תהליך ההתיישבות המתנהל בטוניסיה ומלחמת העצמאות באלג'יריה
, הצרפתים הסכימו לנהל משא ומתן על העצמאות של מרוקו בכנס ב-23 באוגוסט 1955. עד 1 באוקטובר מוחמד בן ערפא התפטר ואפילו תמי אל-גלוי תמך בהחזרתו של מוחמד החמישי. הסולטאן חזר ונחת בנמל התעופה רבת-סאלה בשעה 11:42 ב-16 בנובמבר, ונתקבל על ידי קהל שמריע. הצהרת העצמאות הצרפתית-מרוקאית נחתמה רשמית ב-2 במרץ 1956, וטנג'יר הוחזרה למרוקו מאוחר יותר באותה שנה. בשנת 1957 אימץ מוחמד החמישי את התואר הרשמי של "מלך", אשר מאז נעשה בו שימוש על ידי יורשיו, חסן השני ומחמד השישי.