ב-1996 הוא היה המועמד היחיד לפי החוק. סודאן הפכה למדינה חד-מפלגתית תחת מפלגת הקונגרס הלאומי (NCP). במהלך שנות התשעים, חסן אל-טורבי, אז יו"ר האסיפה הלאומית, פנה לקבוצות יסודיות אסלאמיות, הזמין את אוסמה בן לאדן למדינה. ארצות הברית רשמה את סודאן כמדינה תומכת בטרור. בעקבות הפיגוע של אל-קאעידה בשגרירויות ארה"ב בקניה וטנזניה
ארה"ב השיקה מבצע אינסופי Reach וכוון מפעל התרופות אל-שיפה אשר ממשלת ארה"ב האמינה כוזב היה לייצר נשק כימי עבור הקבוצה הטרורית. השפעתו של אל-טורבי החלה להתפוגג, אחרים בעד מנהיגות פרגמטית יותר ניסו לשנות את הבידוד הבינלאומי של סודן. המדינה עבדה כדי להרגיע את מבקריה על ידי גירוש חברי הג'יהאד האסלאמי המצרי ועידוד בן לאדן לעזוב.