בגידול המלחמה עם צרפת ב-1793 הוא מונה לפיקוד על ספינת הדגל של הות'אם, ה-100 תותחים, וראה פעולה במצור על טולון. בעקבות קריאת אדמירל סמואל הוד בסוף 1794, הות'אם הפך למפקד הכללי של צי הים התיכון, והולוויי הפך לקפטן הצי שלו. ככזה הוא השתתף בקרב ג'נואה.
במארס 1795 ובקרב האיים של הייר ביולי. בסוף השנה הוחלף הות'אם באדמירל סר ג'ון ג'רוויס, והולוויי מונה למפקד 98 תותחים. הוא היה נוכח בה במרד ספית'ד במאי 1797, ולאחר מכן פיקד על צי התעלה.