כתוב המשך לקטע זה - בפריצת מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, "לנקסטריה" הייתה בבהאמה. היא קיבלה פקודה להפליג מנאסאו לניו יורק לצורך שיפוץ, שכן היא הוזמנה לספינת צבא, והפכה ל-HMT "לנקסטריה". ציוד מיותר הוסרה, היא צבועה מחדש בצבע אפור של ספינת קרב, חורים השחורות הוסקו, וטיל 4 אינץ 'הותקנה. היא שימשה לראשונה להעביר אנשים ואספקה בין קנדה לבריטניה. באפריל 1940, היא הייתה אחת מעשרים ספינות חיילים במבצע אלפבית.
, פינוי הכוחות מנורווגיה, והופצצה בנסיעה חזרה למרות שהיא ניצלה נזק. זמן קצר לאחר מכן, "לנקסטריה" הובילה חיילים כדי לחזק את הפלישה לאיסלנד. כשחזר לגלאזגו, ביקש הקפטן שיסלקו את שמן העודף מהמיכלים, אך לא היה מספיק זמן לפני שהורתה לו ליברפול לבצע תיקון. חברי הצוות או שוחררו או נשלחו לחופשה.