בין 21 ל-23 באפריל 1567 מרי ביקרה את בנה בסטירלינג בפעם האחרונה. בדרכה חזרה לאדינבורו ב-24 באפריל, מרי נחטפה, מרצון או לא מרצון, על ידי לורד בוטוול ואנשיו ונלקחה לטירת דנבאר, שם ייתכן שהוא אנס אותה. ב-6 במאי, מרי ובוטוול חזרו לאדינבורו וב-15 במאי, בארמון הולירוד או במנזר הולירוד, הם נישאו לטקסים פרוטסטנטיים. בוטוול ואשתו הראשונה, ג'ין גורדון, שאחותו של לורד האנטלי, התגרשו לפני 12 ימים. במקור מארי האמינה כי אצילים רבים תמכו בנישואיה, אך כל כך מהר היחסים בין בוטוול (דוכס אורקני שנבחר) לבין עמיתיו התדרדרו, והנישוא הוכח כבלתי עמוק. היא נאלצה להיכנע, ומרים נאלצה להתחתן עם בעלה.
בן.