כתוב המשך לפרק זה - החל משבר המפרץ הפרסי
של 1990 ו 1991 הפלישה לעיראק, פלי דיווח באופן נרחב מאזורי מלחמה רבים. ב-1991, הוא ליווה את חיל האוויר ה -18 בפלישה לעיראק כדי לכפות על שחרור כווית. ב-2001, פלי וצוותו הצטרפו לכוחות המיוחדים של ארה"ב באפגניסטן. ב-2003, פלי וצוות של "60 דקות" היו הראשונים לפרוץ את החדשות על הפלישה השנייה לעיראק, מדווחים ממחנה שהם יצרו ב-DMZ בין עיראק לכווית. הצוות בחר מחוץ למערכת ההשתלבות של הפנטגון וסיפר על הפלישה לעיראק באופן עצמאי מהשביתה הראשונית עד לירידת בגדאד. פלי חזר לעיראק לעתים קרובות כדי לדווח על המורדים. בשנת 2006 ו-2007 הוא הגיב דיווחים על רצח העם באזור דרפור בסודן. בדו"ח שלו משנת 2007, פלי גייס את עזרתו של קבוצת מורדים כדי לארגן סיור חמוש בדרפור. הסיפור חשף כפר שנהרס על ידי כוחות הממשלה במסע הרצח הגזעני שלהם. הדו"ח על דארפור זכה בפרס אמי. בביקורת על הסיפור, ה"וושינגטון טיימס" כתב, "המורשת של (אדוארד ר.) מורו חי ב-CBS בחקירות הנועזות והארוכות הטווח של סקוט פלי". באפגניסטן, פלי ליווה יחידות רבות של צבא ארה"ב וחיל הנחתים במבצעים קרביים ודיווח באופן עצמאי על השפעות המלחמה על אזרחים. ב-2011, CBS Evening News שידר מאפגניסטן סדרה של דיווחים על יום השנה העשירי למלחמה.