לאחר פירוק הפדרציה הצ'כוסלובקית, חברת התעופה אימצה את שמה הנוכחי במאי 1995. עד סוף שנות התשעים, רוב המטוסים הסובייטיים נמכרו לחברות תעופה אחרות או שוחררו (מספר מהם נשמר), והוחלפו במטוסים מערביים כגון בואינג 737, איירבוס A310 ואיירבוס A320. CSA הפך לחבר מלא ב- SkyTeam ב-18 באוקטובר 2000. נכון למרץ 2007 חברת התעופה, עם 5,440 עובדים, הייתה בבעלות משרד האוצר הצ'כי (56.92%), סוכנות הרכבה הצ'כית (34.59%) ומוסדות צ'כיים אחרים. שאלה: איזה מטוס החליף את המטוסים הסובייטיים?
בואינג 737, איירבוס A310 ואיירבוס A320