המדינה, כולל כל האיים שהיא שולטת בהם, שוכנת בין קו הרוחב 24 ° ו 46 ° צפון, וקו הארוך 122 ° ו 146 ° מזרח. האיים העיקריים, מצפון לדרום, הם הוקאידו, הונשו, שיקוקו וקיושו. האיים הראשיים של יפן, הכוללים את אוקינאווה, הם שרשרת דרומית לקושו. האיים המרכזיים של ננפנפאן הם דרומית לאיים הראשיים של יפן. יחד הם ידועים לעתים קרובות כארכיפלג היפני. נכון לשנת 2018, שטח יפן הכולל הוא 377,893 קמ"ר. זהו האי הגדול ביותר במזרח אסיה. לכל אחד מהאיים שהוא שולט, יש את הקו החוף השישי הארוך ביותר בעולם.
אזורי חוף