פרוטיאזומים הם חלק מנגנון מרכזי שבאמצעותו תאים מפקדים את ריכוז חלבונים מסוימים ומפרקים חלבונים מקופלים בצורה לא נכונה. חלבונים מסומנים להתפרקות באמצעות חלבון קטן הנקרא אוביקוויטין. תגובת המסמנת מופנית על ידי אנזימים הנקראים ליגזות אוביקוויטין. ברגע שפרוטאין מסומנים עם מולקולה אחת של אוביקוויטין, זהו אות ליגזות אחרות להדביק מולקולות אוביקוויטין נוספות. התוצאה היא שרשרת פוליוביקוויטין המחובדת על ידי הפרוטיאזום, המאפשרת לו להפרק את החלבון המסומן. תהליך ההפרדה מביא לפפטידים באורך של כ-7 עד 8 חומצות אמינו, אשר ניתן להפרק לרצף אחר כך לסדרות אמינו חומצות קצרות יותר ולהשתמש בהן סינתזה של חלבונים חדשים. חלבונים נמצאים בתוך כל החלבונים היוקואריים וארכאיים, ובחיידקים מסוי
ליגאזות אוביקוויטין