האוניברסיטה הראשונה בברטיסלבה, בממלכת הונגריה (וגם בשטח סלובקיה של ימינו) הייתה אוניברסיטת איסטרופוליטנה, שנוסדה בשנת 1465 על ידי המלך מתיאס קורווינוס. היא נסגרה בשנת 1490 לאחר מותו. ברטיסלבה היא מושב האוניברסיטה הגדולה ביותר (אוניברסיטת קומניוס, 27,771 סטודנטים), האוניברסיטה הטכנית הגדולה ביותר (אוניברסיטת טכנולוגיה סלובקית, 18,473 סטודנטים), ואת בתי הספר האמנותיים העתיקים ביותר (אקדמיה לאמנויות הבמה ואקדמיה לאמנויות יפות ועיצוב) בסלובקיה. מוסדות חינוך שלישיים אחרים הם האוניברסיטה הציבורית לכלכלה והקולג הפרטי הראשון בסלובקיה, אוניברסיטת סיאטל. בסך הכל, כ-56,000 סטודנטים לומדים באוניברסיטה בברטיסלבה. ישנם 65 בתי ספר יסודיים ציבוריים, תשעה בתי ספר יסודיים פרטיים ועשרה בתי ספר יסודיים דתיים דתיים. בסך הכל,
מלך.