בנק דויטשה השתתף באריאניזציה של עסקים בבעלות יהודית; על פי ההיסטוריונים שלו, הבנק היה מעורב ב-363 החרשות כאלה עד נובמבר 1938. במהלך המלחמה, בנק דויטשה שילב בנקים אחרים שנפלו לידי הגרמנים במהלך הכיבוש של מזרח אירופה. בנק דויטשה סיפק מתקני בנקאות לגסטאפו והלוות את הכספים ששימשו לבניית מחנה אושוויץ ואת מתקני IG Farben הסמוכים. במהלך מלחמת העולם השנייה, בנק דויטשה הפך אחראי על ניהול הבנק האיחודי הבוהמי בפראג, עם סניפים בחסות ובסלובקיה, בנק בוכרינבנק ביוגוסלביה (שכיום מחולק לשני תאגידים פיננסיים, אחד בסרביה ואחד באמסטרדם ובקרואטניה), בנק ברית ברי בבורגר, בנק הלאומי של בוכרינבנק בבוכרינבנק בבוכרינבנק בבולגריה, בנק רומני
הרייך השלישי