לאחר שחרורו, אלן חזר לניו המפשייר גרנטס שהכריזה על עצמאות ב-1777, והוא חזר לפעילות פוליטית בטריטוריה, המשיך להתנגד לניסיונות של ניו יורק להטיל שליטה על הטריטוריה. אלן השתדל בקונגרס
הוא השתתף במשא ומתן שנוי במחלוקת עם הבריטים על האפשרות שוורמונט תהפוך לפרובינציה בריטית נפרדת.