בגרמניה, ב-3 בנובמבר 2019, ניקו קובץ' עזב את ביירן מינכן בהסכמה הדדית לאחר הפסד של 5<unk>1 לאינטראכט פרנקפורט, העוזר שלו האנסי פליק, הועבר למאמן זמני. במשחקו הראשון בתפקיד, הביסה ביירן את אולימפיאקוס 2-0 בשלב הקבוצות של ליגת האלופות ב-6 בנובמבר 2019. באפריל 2020 מינתה ביירן מינכן את פליק למאמן קבוע עם חוזה עד 2023. פליק הוביל בהצלחה את ביירן לזכות בבונדלגה, DFB-Pokal ובליגת האלופות של האו"ם, ובכך השלים את הטרבל הקונטיננטלי בפעם השנייה בהיסטוריה של המועדון. בעונה שלאחר מכן, הוא הוביל את ביירן לזכות בגביע הסופר של האו"ם 2020.
נגד סוויליה. הוא גם הוביל את ביירן לזכות בששייה הראשונה שלה, לאחר שזכה בגביע העולם למועדונים בפברואר 2021 על ידי ניצחון על הקבוצה המקסיקנית טיגריס.