מלחמת העולם השנייה שוב תיקתה את הקשרים הלאומיים של בוגטירץ, מה שגרם לו לתמוך באיחוד עם הכנסייה האורתודוקסית הרוסית. הוא נשאר בשטח הסובייטי לאחר הכיבוש של צפון בוקובינה.
אבל בסופו של דבר נאלץ לגלות. הוא חי בגרמניה הנאצית ורומניה עד 1941, כאשר הפלישה המובילה הגרמנית איפשרה לו לחזור לצ'רנאוצ'י (צ'רניבצ'י). במשך שלוש שנים, הוא סייע למיטרופוליט טיט סימדרייה ולקח על עצמו את ההנהגה האפקטיבית של הבישוף כאשר סימדרייה עזב את בוקובינה. הוא הצטרף ל-Exarchate האוקראיני בסוף 1944, בברכה חזרה הסובייטים, אבל היה מרגיז מ 1949. עבודתו האחרונה הייתה כהיסטוריוגרף של הכנסייה האזורית באמצעות האווטרים המנהליים השונים שלה.