סילבסטר בונאפון ג'וניור בן ה-19 נרשם לשירות צבאי בפילדלפיה, פנסילבניה ב-14 בדצמבר 1861, ונכנס לשם באותו יום כחייל בחטיבה הראשונה של חיל הרגלים המתנדבים ה-99 פנסילבניה. ב-18 בדצמבר הועבר לחטיבה ג' בתוך אותו גדוד, לאחר מכן הועלה לדרגת רב-טוראי ב-1 באפריל 1862 ולדרגת סמל חודש לאחר מכן (1 במאי). ב-1 באוגוסט אותה שנה הוא קיבל תואר סגן שני, לאחר מכן הוא השתתף עם הגדוד שלו בכמה מהפעולות החמורות ביותר של מלחמת האזרחים האמריקאית כחלק מצבא הפוטומק של האיחוד, כולל הקרב השני של בול רן ב-1862 (אוגוסט 28-30), ובקרבות של צ'אנטילי.
(1 בספטמבר) ופרדריקסבורג (11 בדצמבר) מסע הבחירות של 1863; מסע הבחירות של צ'נסלורסוויל (30 באפריל - 6 במאי), קרבות גטיסבורג (1 ביולי) ווואפינג הייטס (23 ביולי), מסע הבחירות של בריסטו והקרב הראשון באוברן (13 באוקטובר) והקרב השני בתחנת ראפאנוק (7 בנובמבר) ומסע הבחירות של מיין ראן (2 בינואר); ובקרבות המדבר (5 במאי), בית המשפט של ספוטסילבניה (מאי 821), אננה הצפונית (23 במאי) וקורד הארבור (31 במאי - 12 ביוני). הוא השתתף עם הגדוד שלו במצור על פטרסבורג, כולל הקרבות הראשונים והשניים של קרקעית המים העמוקה (27-29 ביולי 1864 ואוגוסט 14-20), לאחר מכן הוא הועבר שוב לדרגת סגן ראשון ב-27 בספטמבר.