התייחסו לקטע הבא ואז ענו על השאלה שאחריו באותה שפה כמו הקטע:  סטון סירב לתפקיד בסרט הקומדיה "21 ג'אמפ סטריט" לאחר שהצטרף לסרטו של מארק ווב ב-2012 "הספיידרמן המדהים" (The Amazing Spider-Man), שהינו הפתיחה מחדש של סדרת סרטי הספיידרמן של סם ריימי. היא גילמה את גוון סטייסי, אהבת הדמות הראשית (בגלם אנדרו גארפילד). סטון חזר לצבע שיער בלונדיני לתפקיד, לאחר שהצבע אותו באדום קודם לכן. היא סיפרה ל"סאן" שבונקובר שהיא חשה חובה לחנך את עצמה על ספיידרמן והודתה שהיא לא קראה את הקומיקס: "הניסיון שלי היה עם סרטי סם ריימי... תמיד הנחתי שמרי ג'יין הייתה אהבתו הראשונה", והוסיפה כי היא הייתה מוכרת רק עם הדמות של סטייסי מהדמות של ברייס דאלאס הווארד בספיידרמן 3. "איש העכביש המדהים" היה הצלחה מסחרית והיה הסרט השביעי בגודלו ב-2012 עם הכנסות עולמיות של 757.9 מיליון דולר. ליסה שוורצבאום מ-Entertainment Weekly מצאה את סטון כ"בלתי מתנגד", ואיאן פריר מ-Empire Magazine התרשם במיוחד מההופעות של סטון וגארפילד. בטקס השנתי של פרסי People's Choice, היא הייתה מועמדת לשלושה פרסים, כולל שחקנית הסרט האהובה. מאוחר יותר באותה שנה, סטון העניקה קול למשחק וידאו המבוסס על פשע, Sleeping Dogs, שזכה לה בפרס Spike Video Game עבור ההופעה הטובה ביותר על ידי מועמדת אשה אנושית. סטון החלה את 2013 עם תפקיד קול ב-The Croods של DreamWorks, תכונה מונפסת המועמדת לפרס האוסקר עבור תכונה מונפסת הטובה ביותר. לאחר מכן הופיעה בסרט 43, סרט אנתולוגיה המורכב משש עשרה סיפורים קצרים. היא שיחקה את התפקיד הראשי בסרט "וורוניקה". השחקנית שיתפה פעולה עם ריאן גוסלינג ושון פן בסרטו של רובן פליישר Gangster Squad (2013), טרילר פשע שמתרחש בלוס אנג'לס במהלך שנות ה-40. א. או. סקוט של הניו יורק טיימס דחה את הסרט כ"הבלבול העמוס של פדורות וחליפות זוט", אך שיבח את השותפות שלה עם גוסלינג. סטון הביע רצון לעבוד עם גוסלינג על פרויקטים נוספים.  שאלה: איך A.O. סקוט תיאר את הסרט "גנגסטר סקווד"?
תערובת סוערת של פדורים וחליפות זוט