השלים את המשפט הבא: כאשר פרצה מלחמת האזרחים, בייטל קיבל משרה כמייג'ור של חיל הרגלים השלישי של אלבמה ב-28 באפריל 1861, ונשלח עם הגדוד לנורפולק, וירג'יניה. ב-31 ביולי הוא הועלה לדרגת סגן קולונל של הגדוד. הוא נלחם ב
קרב שבעת האורנים וקידמו אותו לקולונל ב-31 במאי 1862. הוא החמיץ את קרבות שבעת הימים, אך חזר לצבא בזמן למערכה במרילנד, בספטמבר 1862, ונלחם בקרבות סאות' מאונטיין ואנטיטאם. הוא נפצע לאחר שנפל מסוסו ממש לפני מסע צ'נסלורסוויל ונאלץ לוותר על הפיקוד. אף על פי שהוא לקח מחדש את הפיקוד רק יום לאחר מכן, פציעותיו החמירו כאשר סוסו קפץ בתעלה, מה שהכריח אותו למסור את הפיקוד שוב.