העונה השלישית של טוני עם המועדון הייתה פחות מוצלחת, שכן פציעות והתנגשויות עם מנהל המועדון לואיג'י דלנרי ראו אותו נאבק כדי להשיג צורה וזמן משחק. לאחר שוורונה ירדה מהעונה 2015-16 בסריה א
טוני אישר את פרישתו מהכדורגל ב-4 במאי 2016. הוא הבקיע את שער הקריירה האחרון שלו במשחק הסופי שלו מנקודת העונש בניצחון של 2-1 על יובנטוס, עם עונש בסגנון פנננקה, ומאוחר יותר גם החל את המשחק שהוביל לשער השני של ורונה; זה היה הופעתו ה -23 והשער השישי של עונת הליגה. בדקה ה-85 הוחלף טוני רגשני וקיבל овации בעמידה מהמעריצים. בסך הכל, הוא ניהל 48 שערים בליגה עבור ורונה במהלך שלוש העונות שלו בליגת העל האיטלקית עם המועדון, 157 שערים בקריירה בסרייה א 'ב 344 הופעות בליגה, וסך הכל 324 שערים בכל התחרויות (עם 659 הופעות ו 306 שערים ברמת המועדון, ו 47 הופעות ו 16 שערים עם נבחרת איטליה). טוני הסביר את החלטתו לפרוש לאחר המשחק, בהצהרה כי הוא לא ישחק במשחק הסופי של ורונה בעונה, במשחק הרחוב נגד המועדון לשעבר שלו, פלרמו, מכיוון שהוא רצה לשחק את משחק הקריירה האחרון שלו באצטדיון הבית של קבוצתו.