השלים את המשפט הבא: בתחילת 1953, הם הועברו למוזיאון הארכיאולוגי הפלסטיני (שנקרא בדרך כלל מוזיאון רוקפלר) במזרח ירושלים ובאמצעות ההובלה שלהם סבלו יותר הידרדרות ופגיעה. המוזיאון לא היה ממומן מספיק והיו לו משאבים מוגבלים לבחינת המגילות, וכתוצאה מכך, תנאי "הגליל" ואזור האחסון נותרו לא מבוקרים יחסית לפי הסטנדרטים המודרניים. המוזיאון השאיר את רוב השברים והמסמכים בין זכוכיות החלונות, ולקח את הלחות איתם, מה שגרם להאיץ את תהליך ההרס. במהלך חלק מהסכסוך
בשנת 1956, במלחמת ישראל, בריטניה וצרפת נגד מצרים, אוסף המגילות של המוזיאון הארכיאולוגי הפלסטיני היה מאוחסן בכספת של הבנק העות'מאני באמאן, ירדן. תנאי לחות של האחסון הזמני של המגילות בכספת הבנק העות'מאני מ-1956 עד אביב 1957 הובילו לקצב מהיר יותר של הידרדרות המגילות. התנאים גרמו לגידול של עובש על המגילות ועל השברים, וחלק מהשברים נהרסו באופן חלקי או נעשו בלתי קריא על ידי הדבק והנייר של מעטפות המנילה שבהן הם נשמרו בזמן שהוחזקו בכספת. עד שנת 1958 התברר כי עד 5% מחוברים מסוימים ניזוקו לחלוטין. רבים מהטקסטים הפכו בלתי קריא ורבים מהפרגמנטים היו כהים באופן משמעותי.