כתוב המשך לפרק זה - לאחר שחרורו, בשנת 1995, ג'אברי החל לפעול כמפקד בזרוע הצבאית של חמאס. בנוסף, הוא התמודד עם ארגוני הצדקה של התנועה והיה אחראי לתיאום בין איסוף הכסף לפעילויות הצבאיות. באמצע שנות התשעים, ג'אברי היה מעורב ישירות בתכנון פיגועי התאבדות נגד אזרחים ישראלים. לאחר מכן, בשל מעורבותו בפעילויות צבאיות אלה ברצועת עזה, נעצר ג'בארי על ידי כוח הביטחון המניע של הרשות הפלסטינית באוקטובר 1998 על תפקידו לכאורה בהתקפה על אוטובוס קפר דרום. הוא שוחרר בסוף 1999. לאחר שחרורו הוא הפך לעוזר של סלאח שחאדה ומחמד אלדהף, מפקדי הכנף הצבאי, האחראי לשיפור הפעולות הצבאיות. כך, הוא היה חלק ממנהיגות הצבאית הגבוהה של חמאס במהלך האינתיפאדה הראשונה.
ושל התא הראשון של האינתיפאדה.