"מעבר: כובע בזמן" עוקב אחר כובע קיד, ילדה קטנה שמנסה לחזור לעולם ביתה באמצעות חללית. במהלך המסע שלה, היא עוברת מעל כוכב לכת, וחבר במאפיה של הכוכב מגיע כדי לגבות מחיר עבור ממשלת עיר המאפיה. כאשר כובע קיד מסרב לשלם, איש המאפיה פותח את דלת החללית, מה שגורם לכובע קיד וכל "חתיכות הזמן" שלה, שעונים חול קסומים שמניעים את ספינתו, ליפול לכוכב הלכת למטה. כובע קיד נוחת בעיר המאפיה ומפגש עם מיסטיק ילדה, מטריד מקומי ששונא "בחורים רעים". מיסטיק ילדה מסכימה לחפש את חתיכות הזמן הנעדרות בכובע בתמורה לעזרתו של קיד במאבק עם המאפיה, ושניהם מנצחים את הבוס. כאשר מיסטיק ילדה מבינה כי חתיכות הזמן יכולות לחזור לאחור, היא רוצה להשתמש בהם כדי להפוך לסופר-גיבורת מסייעת זמן, אך כובע קיד מסרב לשלם על כך ש"
ילד הכובע.