כתוב המשך לקטע זה - משפחת Bačkis 'בליטא נרדפה על ידי הסובייטים; אחיו Juozas גורש לסיביר
ביוני 1941, שם הוא מת שנה לאחר מכן. קלימאס נעצר על ידי הגסטאפו בספטמבר 1943, מה שהותיר את דיפלומט בכיר של באצ'קיס בצרפת. באותה שנה, באצ'קיס הגן על עבודת הדוקטורט שלו על הקונקורדט הליטאי (פורסם בליטואנית בשנת 2007). לאחר המלחמה, צרפת לא הכירה באופן רשמי בשירותים הדיפלומטיים של ליטא, לטביה או אסטוניה, אך אפשרה להם לתפקד באופן לא רשמי. באצ'קיס המשיך לחנך בכירים שונים על הכיבוש של ליטא וללובי על אי הכרה ברפובליקה הסובייטית של ליטא כדי להבטיח את המשכיות המדינה. הוא גם פרסם יומני מידע על ענייני ליטא (כולל 33 גיליונות של "Questions Lithuaniennes", 8 גיליונות של "Bulletin Lithuanien", וספר "Peuples opprimés. ב-1948, באצ'קיס יצר קשרים עם יוזאס לוקשה, פרטיזאן אנטי-סובייטי שהצליח להימלט מהמסך הברזל, ועזר לו להפיץ מידע על המאבק המזוין. בשנת 1949, הוועד למדינות מרכז ומזרח אירופה, בראשות חבר הפרלמנט הבריטי הרולד מקמילן ומייצג מדינות שונות של הבלוק המזרחי, הוקם על ידי התנועה האירופית. באצ'קיס הפך לסגן יו"ר הוועדה בשנת 1951. הוא היה גם נציג ליטווי באיחוד הפדרליסטים האירופאים, הצטרף ל- Nouvelles équipes internationales (צוותים בינלאומיים חדשים) ול-Assembly of Captive European Nations. באצ'קיס גם דחף להקמת מחדש של האקדמיה הקתולית למדעים של ליטא והציג באופן פעיל עבודות מחקר בישיבותיה. בשנת 1950 הוענק לו מסדר סנט גרגורי הגדול על ידי הוותיקן.