כתוב המשך לפרק זה - המקדש נבנה בסביבות 570<unk>550 לפנה"ס. הוא נהרס על ידי האתונאים בשנת 490 לפנה"ס לאחר הניצחון על הפרסים בקרב מרתון.
כדי לבנות מקדש גדול יותר הידוע בשם הפרתנון הישן. האחרון נהרס בשנת 480 לפנה"ס על ידי הפרסים החוזרים בהרס אתונה, ובסופו של דבר הוחלף על ידי הפרתנון הנוכחי. קיומו של ההקטומפדון מוכח על ידי מסמכים היסטוריים. יסודותיה נעלמו, אך אלמנטים אדריכליים ופסלים שנמצאו בחלק הדרומי של החומה המיקנית של אקרופוליס של אתונה הוקצו על ידי חוקרים למקדש זה.