באוגוסט 1943, הובר מונה למפקד חיל האוויר היבשתי, מרכז האוקיינוס השקט ונשאר בפיקוד הזה עד דצמבר באותה שנה, כאשר פיקודו הועבר לראשונה למפקד חיל האוויר, מרכז האוקיינוס השקט ולאחר מכן למפקד, מרכז האוקיינוס השקט. הוא שירת בתפקיד זה תחת אדמירל הצי צ'סטר נימיץ במהלך טארווה, קוואג'ליין ואניווטוק.
בגילברט ובאי מרשל ובסייפן, גואם באיים מריאנה ופלאו. הובר ארגן את אזור הפיקוד שלו לתמיכה יעילה ביותר בפעולות הצי העתידי והוביל את קבוצת המכה היבשתית העוצמתית שלו עמוק לתוך שטח עוין, הפצצה והפצצה את ההגנה האדירה של האויב בפעולות תקיפה נועזות שהרכך באופן משמעותי את המטרות של כוחות ההתקפה האמפיביים המתקדמים תחת כיסוי מטוסי החיפוש וההכרה שלו. הוא קיבל את מדליית השירות המצטיין השנייה שלו עבור שירותו במערכות אלה.