כתוב המשך לפרק זה - עם פרוץ מלחמת האזרחים, בירני הצטרף לצבא האיחוד ב-22 במאי 1861 כקפטן בגדוד חיל הרגלים הראשון בניו ג'רזי. הוא ראה קרב לראשונה בקרב הראשון של בול רן. הוא הועבר למייג'ור בחטיבת חיל הרגלים המתנדבים הרביעית של ניו ג'רזי. הוא השתתף בקרבות בול ראן השני, צ'אנטילי.
, פרדריקסבורג, וכקולונל, צ'אנסלורסוויל. בשנת 1863-64 הוא מונה לאחד משלושת הסופר-אינטנדנטים האחראים על גיוס חיילים צבעוניים לצבא האיחוד, ובמעמד זה ארגן שבעה גדודים. הוא מונה לקולונל של החיילים הצבעוניים ה-22 של ארצות הברית. ב-9 ביוני 1863, הוא הועמד לגנרל חטיבה של מתנדבים, לתפקיד החל מ-22 במאי 1863, והוקצה למרילנד לגייס עוד חיילים שחורים. ב-1864 הוא הוביל את הגדודים שלו להילחם בדרום קרוליינה כחלק ממחלקת הדרום. הם הסתדרו גרוע, אבל עשו עבודה טובה יותר בקמפיינים בפלורידה, כולל קרב אולסטי.