ב-1260, בייברס וצבא הממלוכים שלו הרסו את הכנסייה במהלך מתקפתם על נצרת. מספר קטן של פרנציסקנים הצליחו להישאר בנצרת עד נפילת עקר בשנת 1291. בשלושת המאות שלאחר מכן, הפרנציסקנים היו בפנים ובחוץ לנצרת, בהתאם למצב הפוליטי המקומי, שהיה בשינוי מתמיד. תיעוד פרנציסקני של תקופה זו מתעד את גירושם בשנת 1363, שובם בשנת 1468 ואת טבח של חלק מחבריהם בשנת 1542. משפחות נוצריות מקומיות בתמיכת פרנציסקנית עזרו לטפל בכנסייה גם בתקופה זו. אמיר פקר אד-דין נתן לפראנציסקנים רשות לחזור בשנת 1620, ובאותה תקופה הם בנו מבנה קטן כדי לסגור את המערה הקדושה הנכבדת כבית של מריה. בשנת 1730, ז'איר-אל-מר איפשר את בניית כנסייה נוצרית חדשה, שהפכה לבסיסליקה מרכזית של נצרת עד נפילת עקר בשנת 1291.
1954.