מלא את המשפט הבא: הוא ועמיתיו האזרחיים הוסרו ממשרתם ב
15 בינואר 1966 הפיכה צבאית, והוא היה הפוליטיקאי הבולט ביותר להימנע מתנקשות לאחר ההפיכה. אזיקווי היה דובר של ביאפרה ויועץ למנהיג שלה, צ'קוומקה אודומג'ו אוג'וקו, במהלך מלחמת ביאפרה (1967-1970). הוא החזיר את נאמנותו לניגריה במהלך המלחמה, וביקש מאוג'וקו לסיים את המלחמה על ידי חוברות וראיונות. "ניו יורק טיימס" אמר על הפוליטיקה שלו, "במשך כל חייו, בריתו של ד"ר אזיקווי עם אנשי הצפון הציבה אותו בסכסוך עם אובאפמי אבולו, מנהיג בעל נטייה סוציאליסטית של היורובה, הקבוצה הדרומית החשובה האחרת במדינה".