ב-15 באוקטובר 1979, חונטה ממשלתית מהפכנית (JRG) השתלטה על אל סלבדור, והפילה את הנשיא קרלוס הומברטו רומרו. זוהי תחילתו של תחילתו של מלחמת אזרחים מלאה
אני לא יודע. דוארטה חזר לאל סלבדור ב-3 במרץ 1980 והצטרף לחונטה, והפך לשר החוץ של אל סלבדור.