ב-1980 לקח חאן, בן שלושים, את תפקיד הקפטן של נבחרת הקריקט הפקיסטנית מאת ג'אבד מינדאד. כקפטן, חאן שיחק 48 משחקים במבחן, מתוכם 14 ניצחו על ידי פקיסטן, 8 הפסידו והשאר 26 הושלמו. הוא שיחק גם 139 משחקים חד יומיים, ניצח 77, הפסיד 57 וסיים אחד באישור. במשחק השני של הקבוצה, חאן הוביל אותם לניצחון המבחן הראשון שלהם על אדמת אנגליה במשך 28 שנים בלורדס. השנה הראשונה של חאן כקפטן הייתה שיא המורשת שלו כבלן מהיר כמו גם כל-רונדר. הוא רשם את שיא שיא הטסט של קריירתו, בעוד שהוא לקח 8 58 שערים נגד סרי לנקה בלאהור ב-1982. הוא גם הכניס את שני השערות והיכה את שני השערות נגד הודו בממוצע של שלושה שערות ב-1982. עם זאת, חאן הודיע על כך שהוא חוזר לאנגליה ב-1984,
18 בינואר