ב-27 ביולי 2012, סקוטארו הועבר, יחד עם שיקולים במזומן, לסן פרנסיסקו ג'יאנטס תמורת השחקן צ'ארלי קולברסון. במשחק נגד סנט לואיס קארדינלס באצטדיון בוש ב-8 באוגוסט 2012, סקוטארו ניהל שיא בקריירה של שבעה ריצות כולל גראנד סלאם. הוא הכה.306 בעונה הרגילה, כולל.362 כג'יאנטס, ועזר לג'יאנטס לזכות בתואר הליגה הלאומית המערבית. הוא זכה בפרס ה-MVP של ה-NLCS לאחר שסיים את שיא ה-NLCS עם 14 פעימות, וגם הכה.500 (14 מתוך 28) עם שישה שערים וארבעה שערים במהלך הסדרה של שבעת המשחקים נגד הקרדינלים.
אני לא יודע. ב-28 באוקטובר, בסיבוב העשירי של המשחק הרביעי של סדרת העולמית 2012, סקוטארו הכניס את ריאן ת'ריוט לריצה המנצחת, כאשר הג'יאנטס סחפו את דיטרויט טייגרס.