במהלך מלחמת האזרחים, הנמל היה הבסיס העיקרי של הקונפדרציה ושל ספינות סגר פרטיות, שהביאו אספקה נחוצה מאנגליה. האיחוד ביצע מצור כדי לצמצם את הסחורות שהתקבלו על ידי הדרום. העיר נכבשה על ידי כוחות האיחוד בקרב וילמינגטון בפברואר 1865, בערך חודש לאחר נפילת פורט פישר.
סגרו את הנמל. מאחר שכמעט כל הפעולות הצבאיות התרחשו במרחק מסוים מהעיר, בתים רבים שלפני המלחמה ומבנים אחרים שרדו את שנות המלחמה.