השלים את המשפט הבא: ב-5 בדצמבר 1996, הנשיא ביל קלינטון הודיע על בחירתו של כהן כמזכיר ההגנה, ואמר כי הוא היה "האדם הנכון" כדי לבנות על ההישגים של (מזכיר ההגנה הפוגש) ויליאם פרי "כדי להבטיח את תמיכת שתי המפלגות הכוחות המזוינים של אמריקה חייב להיות וברור שמגיע". כמזכיר ההגנה, כהן שיחק תפקיד גדול בניהול הפעולות הצבאיות של ארצות הברית בעיראק ובקוסובו, כולל פיטורו של ווסלי קלארק מתפקידו כמפקד עליון בעלות הברית של נאט"ו. שני המבצעים "שועל המדבר" בעיראק ו"כוח בעלות הברית" בקוסובו הושקו רק כמה חודשים לאחר שאל-קאעידה ביצעה את
פיגועי השגרירויות של ארצות הברית בדאר אס סלאם, טנזניה, ונעירובי, קניה, בשנת 1998.