לאחר שדחו אותו בהדרגות רבות (למנהל עוזר האחראי על הביטחון הלאומי ב-1999 ולראש משרד ה-FBI בניו יורק בתחילת 2000), אוניל היה שמח להיות מפקד החקירה של ה-FBI בפיגוע USS "קול"
באוקטובר 2000. עם זאת, עם הגעתו לימן, הוא התלונן על אבטחה לא הולמת. כשצוותו חקר, אוניל נכנס לסכסוך עם ברברה בודיין, שגרירת ארה"ב בתימן. לשניהם היו השקפות שונות מאוד על איך לטפל בחיפושים ברכוש תימני, ובראיונות עם אזרחים ובכירים ממשלתיים, וההבדל ביניהם רק גדל ככל שהזמן עבר.