כתוב המשך לקטע זה - בשנת 2005<unk>06, ג'ונס החל בכל חוץ מאחד של ויילס סתיו בינלאומי (הוא החמיץ את המשחק נגד ) ובכל 2006 שלהם שישה האומות אליפות
לאחר מכן הוא נבחר על ידי המאמן החדש, גארת' ג'נקינס, להיות הקפטן של הקבוצה במהלך סיור של שני מבחנים בחצי השנה בארגנטינה. באוקטובר 2006 מינה ג'נקינס את סטיבן ג'ונס לקפטן ויילס עד גביע העולם לרגבי 2007, אך כאשר סטיבן ג'ונס נח למשחק הבינלאומי בסתיו נגד איי הפסיפיק, דנקן ג'ונס חזר לקפטן ויילס בבית בפעם הראשונה. הוא שיחק, בתור שחקן ראשי או מחליף, בכל ארבעת האליפות הבינלאומיות בסתיו ובכל חמשת המשחקים באליפות שש המדינות ב-2007, אך הוא נח לסיבוב ההופעות של אמצע השנה באוסטרליה.