השלים את המשפט הבא: ביוני 1861, אוניל הועמד לקפטן ופיקד על שלוש מחלקות חיילים. עם הגעתו לריצ'מונד, הוא מונה למייג'ור של גדוד חיל הרגלים התשיעי של אלבמה, וקידמו אותו לסגן קולונל בסתיו. במרץ 1862 הוא מונה לקולונל של חיל הרגלים ה-26 של אלבמה, והיה מפקד הגדוד הזה במהלך מסע חצי האי. בקרב שבעת האורנים, הסוס שלו נהרג מתחת לו, והוא נפצע קשה על ידי פיסת פגז. הוא זכה לשבחים על ביצועיו בקרב צ'נסלורסוויל. ב-1863, הוא פיקד על חטיבה בחטיבתו של מייג'ור גנרל רוברט רודס, והוביל אותה בקרב גטיסבורג, בקרב מנסאס גאפ ובקרב
קרב של Mine Run. בתחילת 1864, הגדוד שלו נשלח בחזרה לאלבמה כדי לגייס את שורותיו המעטות, אך הורה לו במהירות לדלטון, ג'ורג'יה, שם לקח אוניל את פיקודו על חטיבתו של גנרל ג'יימס קנטי בצבא טנסי. אוניל פיקד על החטיבה הזו בשאר תקופת מבצע אטלנטה. לאחר שהסגן גנרל ג'ון בל הוד קיבל פיקוד על צבא טנסי, אוניל שוחרר ושירת בתפקיד מנותק למשך שארית המלחמה. הוא מונה לגנרל בריגדיר ב-6 ביוני 1863, אך מינוי זה הוחזק על ידי הגנרל רוברט אי. לי והקידום בוטל על ידי נשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס.