בסוף 1826, בונפרטה ומשפחתו חזרו לאירופה. הוא ביקר בגרמניה, שם פגש את פיליפ יעקב קרצצמר, ובאנגליה, שם פגש את ג'ון אדוארד גריי במוזיאון הבריטי, וחדש את היכרותו עם אודובון. בשנת 1828 התיישבה המשפחה ברומא. באיטליה, הוא היה המקור לכמה קונגרסים מדעיים, והרצה וכתב במידה רבה על אורניטולוגיה אמריקאית ואירופית ועל ענפים אחרים של ההיסטוריה הטבעית. בין 1832 ל-1841, בונפרטה פרסם את עבודתו על בעלי החיים של איטליה, Iconografia della Fauna Italica. הוא גם פרסם את Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e Filadelfia di Filadelfia (פיסא, 1827), השוואה בין זן הציפורים הנוכחי של פילדלפיה לבין זן הציפורים האיטלקי. הוא קרא למין Bonaparte בשם ג'ייסי, בשם אשתו ז'ינה, על שם ג'סנה בונפרטה,
אודובון