ביוני 2014 הושעה בקנבאואר על ידי ועדת האתיקה של פיפ"א למשך 90 יום מכל פעילות הקשורה לכדורגל, בשל סירובו לכאורה לשתף פעולה עם חקירה בנושא שחיתות בעניין חלוקת גביע העולם 2018 ו-2022.
לרוסיה וקטאר. הוא מחאה על האיסור, כפי שהוא ביקש את השאלות שהוצגו לו להיות בגרמנית ובכתב. האיסור הוסר לאחר שבקנבאואר הסכים להשתתף בחקירה של פיפ"א. בפברואר 2016 הוטל על בקנבאואר קנס של 7,000 CHF והזהרה על ידי ועדת האתיקה של פיפ"א על כך שלא שיתף פעולה עם החקירה בשנת 2014.