במהלך תקופה זו פיקסר המשיכה את מערכת היחסים המוצלחת שלה עם אולפני האנימציה של וולט דיסני, אולפן שבסופו של דבר הפך להיות השותף החשוב ביותר שלה. עם זאת, עם תחילת 1991, פיטורי 30 עובדים במחלקת החומרה הממוחשבת של החברה, כולל נשיא החברה, צ'אק קולסטאד, הפחיתו את מספר העובדים הכולל ל-42 בלבד, בעיקר המספר המקורי שלה. עם זאת, פיקסר עשתה עסקה היסטורית של 26 מיליון דולר עם דיסני לייצר שלושה סרטים באנימציה ממוחשבת, הראשון מהם היה סיפור צעצועים. עד אז, מתכנתי התוכנה, שעשו RenderMan ו-IceMan, ומחלקת האנימציה של לאסטר, שעשתה סרטים טלוויזיה מסחריים (ואתאר סרטים קצרים של לוקסו ג'וניור עבור Sesame Street באותה שנה), היו כולם שנותרו של פיקסר. למרות סכום הפרויקטים של החברה, ג'ובס וג'ובס המשיכו לה
אולפני האנימציה של וולט דיסני