כתוב המשך לפרק זה - במלחמת העולם השנייה, הצבא היפני פלש
וכבשו את מלאיה, צפון בורנאו, סראוואק וסינגפור במשך יותר משלוש שנים. בתקופה זו, מתחים אתניים עלו ולאומיות גדלה. התמיכה העממית בעצמאות גדלה לאחר שמלאיה נכבשה מחדש על ידי כוחות בעלות הברית. לאחר המלחמה התוכניות הבריטיות לאחד את ממשל מלגיה תחת מושבת כתר אחת בשם "איחוד המלאי" נפגשו עם התנגדות חזקה מהמלאים, שהתנגדו להחלשת השליטים המלאים ולתת אזרחות לסינים אתניים. האיחוד המלאי, שהוקם ב-1946, וכולל את כל הנכסים הבריטיים בחצי האי המלאי למעט סינגפור, התמוטט במהירות והוחלף ב-1 בפברואר 1948 על ידי פדרציית מלאיה, שהחזירה את האוטונומיה של שליטי המדינות המלאיות תחת הגנה בריטית.