לאחר שקיבל את תפקידו כסגן ב-31 במאי 1860, הוא שירת על סיפון הסלופ ב-1861, ועל הסלופ של חיל החסימה במפרץ המערבי ב-1862-1863, השתתף בכיבוש ניו אורלינס, לואיזיאנה, בסוף אפריל 1862; ראה פעולה בהפצצה ובמעבר של פורט ג'קסון וסנט פיליפ, בטריות צ'למטו, ובשמדת צי המורדים והובלות ב-24 באפריל 1862, ובמעבר של סוללות ויקסבורג ביוני. הוא היה נוכח כאשר המפרץ הקונפדרטי תקף את צי האיחוד ב-15 ביולי 1862, וקיבל את הפיקוד שלו כסגן מפקד למחרת. סיקרד פיקד על הצבא האמריקני במהלך שני ההתקפות על פורט פישר בדצמבר 1864 וינואר 1865.
, וראה פעולה נוספת בהפצצת פורט אנדרסון ב -11 בפברואר 1865. לאחר מכן שירת סיקרד על סיפון סלופ הקיטור בסיירת החסימה בדרום האטלנטי עד סוף המלחמה.