בתחילת המלחמה האוסטרו-פרוסית קיבל קלם-גלאס, שעדיין פיקד על חיל הצבא הראשון, פיקוד על יחידות (60,000 איש) שהופרדו מה"צבא הצפוני", שנקרא "צבא אייזר" וכולל את חיל הצבא הראשון שלו, את חיל הצבא המלכותי הסקסוני המתרחק, את החטיבה האוסטרית שפינויה מהולשטיין, ואת דיוויזיית הפרשים הקלה האוסטרית. במהלך המלחמה, הוא סבל מפסדים בפודול, Münchengrätz
וג'יצ'ין. לאחר שהאחד את כוחו עם "צבא הצפון" תחת לודוויג פון בנדק, הוא חזר לפקודתו על חיל ה-1. הוא פוטר ממפקדו והוחלף על ידי הרוזן ליאופולד גונדרקור בבוקר 3 ביולי 1866 ובכך לא לקח חלק בתבוסת הצבא האוסטרי העיקרי בקוניגגרטץ באותו יום.