במהלך מלחמת העולם השנייה, העיר הייתה תחת כיבוש גרמני
מ-5 בספטמבר 1939 עד 22 בינואר 1945, האזור הפך לחלק מ- Reichsgau Wartheland. האוכלוסייה הפולנית נתונה לפשעים שונים, כולל רציחות, גירוש למחנות ריכוז נאצי וגירושים. תושבי מרגונין היו בין 41 פולנים שנרצחו בכפר הסמוך של מורזבו ב-7 בנובמבר 1939. ב-10-12 בדצמבר 1939 גירשו הגרמנים תושבים פולנים רבים למחוז ורשה של הממשלה הכללית במרכז פולין הכבושה על ידי גרמניה. הגרמנים ניהלו בכלא נאצי בעיירה ובמחנה עבודה בכפייה ליהודים. תנועת ההתנגדות הפולנית הייתה פעילה במרגונין, ורבים מחבריה מתו במחנות ריכוז, לאחר שהגרמנים גילו את פעילותם. לאחר מלחמת העולם השנייה, האזור חזר לפולין.