קלי, ששימש כראש יחידת הפשע והטרור המאורגן במשרד התובע האמריקאי של SDNY, ידוע על כך שהוא הוביל את החקירות של מזימות ההתקפה של אלף השנים 2000 והתקפה באוקטובר 2000 על ה-USS "קול"
ובגלל התביעה של רמזי יוסף על תפקידו בפיגוע במרכז הסחר העולמי ב-1993. הוא נקרא עוזר פרקליט ארצות הברית המיוחד במחוז המזרחי של וירג'יניה, כפרקליט הראשי של ג'ון ווקר לינד. קלי ידוע גם בזכות קבלת הרשעות של מנכ"ל וורלד קומ ברני אברס בתביעתו על הונאת חשבונאות ומרתה סטיוארט בתיק המסחר במניות אימקלון.