שיטות הטיפול של פאנון החלו להתפתח, במיוחד על ידי התחלת סוציותרפיה כדי להתחבר עם הרקע התרבותי של המטופלים שלו. הוא גם אימן אחיות ומתמחים. בעקבות פרוץ המהפכה האלג'ירית
בנובמבר 1954, פנון הצטרף לחזית השחרור הלאומית, לאחר שעשה קשר עם ד"ר פייר שולט בבלדה בשנת 1955. בעבודתו בבית חולים צרפתי באלג'יריה, הפך פאנון אחראי לטיפול במצוקה הפסיכולוגית של החיילים והקצינים הצרפתים שביצעו עינויים כדי לדכא את ההתנגדות האנטי-קולוניאלית. בנוסף, פנון היה גם אחראי לטיפול בקורבנות עינויים אלג'יראים.