נהר ההדסון זורם דרך עמק ההדסון אל מפרץ ניו יורק. בין ניו יורק וטרוי, ניו יורק, הנהר הוא מפרץ. נהר ההדסון מפריד את העיר ממדינת ניו ג'רזי. נהר המזרח - מיצרי גאות - זורם מלונג איילנד סאונד ומפריד את ברונקס ומנהטן מלונג איילנד. נהר הארלם, מיצרי גאות נוסף בין נהרות המזרח והדסון, מפריד את רוב מנהטן מהברונקס. נהר הברונקס, הזורם דרך ברונקס ומחוז ווסטצ'סטר, הוא הנהר היחיד עם מים מתוקים בעיר. הקרקע של העיר השתנתה באופן משמעותי על ידי התערבות אנושית, עם שיפוץ אדמה משמעותי לאורך המים מאז התקופה הקולוניאלית ההולנדית; שיפוץ אדמה בולט ביותר במנהטן התחתונה, עם פיתוחים כגון פארק באטרי סיטי בשנות ה-70 וחלק מהארץ הטבעי של העיר מ-1980s.
165.841 קמ"ר