השלים את המשפט הבא: כאשר סגן המושל תומאס וולאס מת ב-17 ביולי 1943, הנלי שוב הפך לסגן המושל בפועל. בבחירות למדינת ניו יורק ב-1943, הוא ניצח את הדמוקרט ויליאם האסקל בבחירות מיוחדות לתפקיד סגן המושל. הוא נבחר מחדש ב-1946 ונשאר בתפקיד עד סוף 1950. הוא היה נציג ב-1944 ו
1948 הקונבנציות הלאומיות הרפובליקניות.