מדוע צמחים כגון Arabidopsis thaliana מבטאים חלבון RNA פעיל רב-דיסרי הומולוגים המיועדים להגיב באופן שונה כאשר הצמח נחשף לוירוסים שונים. אפילו לפני שהדרך של RNAi הייתה מובנת באופן מלא, היה ידוע כי השתיקה הגנטית הנגרמת בצמחים יכולה להפיץ את הצמח בתוצאה מערכתית וניתן להעביר אותה מן המקור לצמחים צמחיים באמצעות השתל. תופעה זו הוכרזה מאז כמאפיין במערכת החיסונית האדפטית של הצמח ומאפשרת לצמח כולו להגיב לווירוס מקומי לאחר מגע ראשוני. בתגובה, צמחים רבים פיתחו מנגנונים מורכבים כדי לדכא את התגובה של RNAi. חלבונים אלו כוללים חלבון RNA וירוסי ארנ"א פעיל עם חלבון RNA פעיל, אשר מתמחה באופן שונה כאשר הצמח נחשף לוירוסים שונים.
מונע את ההתרחבות העצמית של טרנספוזונים