ישנן רמות מרובות של רגולציה מטבולית. ברגולציה פנימית, נתיב המטבולי מתרגל בעצמו כדי להגיב לשינויים ברמות הסבסטרטים או המוצרים המעורבים; לדוגמה, ירידה בכמות המוצר יכולה להגדיל את הזרימה דרך הנתיב כדי לפצות. סוג זה של רגולציה כרוך לעתים קרובות ברגולציה אלוסטרית של פעילויות של אנזימים מרובים בנתיב. שליטה חיצונית כרוכה בתא באורגניזם רב-תאי שמשנה את חילוף החומרים שלו בתגובה לסימנים מתאים אחרים. אותות אלה בדרך כלל בצורת שליחים מסיסים כגון הורמונים וגורמי צמיחה והם נתגלים על ידי קולטנים ספציפיים על פני השטח. אותות אלה מועברים לאחר מכן בתוך התא על ידי שליח שני המעורב בפוסתולציה של חלבונים. דוגמה מובנת היטב של שליטה חיצונית היא הרגולציה של הגלוקוז באמצעות הנתיב כדי לפצות.
רגולציה אלוסטרית של פעילויות של אנזימים מרובים במסלול