כל המטוסים האזרחיים הבינלאומיים הוחזרו או הובילו מחדש לשדות התעופה בקנדה או במקסיקו, ונאסר עליהם לנחות בשטח ארצות הברית למשך שלושה ימים. ההתקפות גרמו לבלבול נרחב בקרב ארגוני החדשות ובקרני התנועה האווירית. בין הדיווחים החדשותיים הלא מאושרים ולעתים קרובות סותרים שזכו לשדר לאורך כל היום, אחד הנפוצים ביותר אמר כי פצצת מכונית חבלה בשרותם של מחלקת המדינה של ארצות הברית בוושינגטון די.סי. מטוס אחר של חברת L Delta Air Lines בטיסה 1989 חשוד בחטיפה, אך לאחר שהתיירים הגיבו ונחתו בקליבלנד, אוהיו. באפריל 2002, פיילוטים של Sheikh Mohammed, Khazi Khalifa, ו-Hanibal Mohammed, שנקראו בביקור ב-Flight 93, הסבירו כי בטיסת ה-Flight 93, "החלטנו לא לפתוח בפעולות נגד מטוסים בינלאומיים, אלא לפתור את פיקודם של ההתקפות בטיחות הגר
שלושה ימים.