מרתון נערך לראשונה בשנת 1896, אך המרחק לא הוסדר על ידי האגודה הבינלאומית של פדרציות אתלטיקה (IAAF) עד 1921. המרחק בפועל למירוצים שלפני 1921 השתנה לעתים קרובות מעט מהנתון הנוכחי של 42.195 ק"מ (26 מייל 385 יארד). במירוצי ההכשרה לאולימפיאדת הקיץ 1896 זכו הרצים היווניים כרילאוס ואסילקוס (3:18:00) ואיואניס לאברנטיס (3:11:27) בשני המרתונים המודרניים הראשונים. ב־10 באפריל 1896, ספירידון לואיס היווני זכה במרוץ המרתון האולימפי הראשון באתונה, יוון
בזמן של 2: 58: 50; עם זאת, המרחק לאירוע דווח להיות רק 40,000 מטר. שלושה חודשים לאחר מכן, רץ בריטי בשם לן הרסט זכה במרתון פריז-קונפלנס הראשון (גם הוא במרחק של כ-40 ק"מ) בזמן של 2:31:30. ב-1900, הרסט שיפר את זמנו באותו המסלול עם ביצוע של 2:26:28. מאוחר יותר, שיזו קנאקורי מיפן כבש שיא עולמי של 2:32:45 במירוץ אישור מקומי בנובמבר 1911 לאולימפיאדת הקיץ של 1912, אך הביצועים האלה הושגו גם במרחק של כ -40 ק"מ. המרתון הראשון במרחק רשמי זה זכה האמריקאי ג'וני הייס באולימפיאדת הקיץ 1908, עם זמן של 2:55:18.4.