היא הייתה השנייה מבין שבעת ילדיה של אליזבת דיקסון ואדוארד ג'ון וולסטונקרפט. למרות שלמשפחתה הייתה הכנסה נוחה כשהייתה ילדה, אביה בזבז אותה בהדרגה על פרויקטים ספקולטיביים. כתוצאה מכך, המשפחה הפכה לא יציבה מבחינה כלכלית והם נאלצו לעתים קרובות לעבור במהלך נעורתה של וולסטונקרפט. המצב הכלכלי של המשפחה הפך בסופו של דבר כל כך חמור שאביה של וולסטונקרפט אילץ אותה למסור את הכסף שהיא הייתה מקבלת בירושה בגידולה. יתר על כן, הוא היה ככל הנראה אדם אלים שהיכה את אשתו בשעות שיכורים. כמתבגרת, וולסטונקרפט נהגה לשכב מחוץ לדלת חדר השינה של אמה כדי להגן עליה. וולסטון שיחקה בתפקיד אימה לאורך כל חייה, ואף אחד לא יכול היה להדוף אותה באופן רגשי, כי היא הייתה בעלת תפקיד אימה דומה לאחותה, ואחותה, ג'יין וולסטונקרפט.
אליזבת דיקסון ואדוארד ג'ון וולסטונקרפט