מלא את המשפט הבא: ביולי 1999, ג'קובי מונה למנהל המודיעין (J2) במטה המשותף. כהונתו החלה בהובלת המאמץ של המודיעין לבחון את המבצעים בבלקן ובקוסובו. מבצעים הצפוניים והדרומיים המשיכו לאכוף אזורי איסור טיסה וסנקציות נגד עיראק. בנוסף, מטוס המודיעין EP-3 של חיל הים האמריקאי הוחרם על ידי הסינים באי היינאן בעקבות התנגשות עם מטוס קרב סיני במהלך מבצעים מעל ים סין הדרומי והתקפה על
USS "קול" התרחש באדן, תימן. האירוע האחרון גרם לשינוי יסודי בגישה לניתוח הטרור ותמיכה בכוחות המבצעים, אשר התגלם בכוח המשימה המשותף למודיעין, הלחימה בטרור (JITF-CT) המתוכנן, הפועל תחת הדרכת המטה המשותף J-2 כחלק מהסוכנות למודיעין הביטחוני. ג'קובי תמך בהגדלת המימון עבור JITF-CT אחר הצהריים של 10 בספטמבר 2001 עם צוות בכיר בוועדה הקבועה של הבית על מודיעין. הוא היה בפנטגון כאשר הוא הותקף ב-11 בספטמבר, 2001. הוא הוביל את הסטנד-אפ של JITF-CT, היה פעיל בתכנון המודיעין למלחמה הגלובלית בטרור ופעולות צבאיות באפגניסטן, פיקח על פעילויות J-2 במהלך השלב הראשוני של פעולות קרב באפגניסטן והיה מכשיר בפיתוח ותמיכה ברעיון מבצעי בשם "2 פלוס 7" שהפך לנקודת המרכז לפעולות ארה"ב לפרק את ארגון אל-קאעידה ולהתקוף את תפקידי ההנהגה והתכנון המרכזיים שלה. המאמצים התמקדו במבצעים נגד שני המנהיגים ושבעת המתכננים המבצעיים הבכירים. התוצאה הייתה הידרדרות משמעותית ביכולות של הארגון. ג'קובי סיים את ההארכה שלו לשנה כצוות המשותף J-2 ביולי 2002.