המלך הצעיר סבסטיאן הראשון נשרף בתשוקה ללכת למרוקו ולעצור את ההתקדמות של הצבאות התורכיים, יוזמה שהחזיקה בהבטחה של יותר אדמה והכנסות בצפון אפריקה עבור האצילים (אולי הם האמינו שזה יאפשר להם לשמור על עליונותם הכלכלית על הסוחרים), אבל הבורגנות המסחרית תמכה גם במאמץ זה כי זה יועיל לסחר הפורטוגלי בצפון אפריקה. סבסטיאן השתמש בחלק גדול מהעושר האימפריאלי של פורטוגל כדי לצייד צי גדול ולגייס צבא. הוא ופרח האצולה הפורטוגזית נהרגו באסון הצבאי של קרב אלקסר קוויביר בשנת 1578, מותו גרם למשבר הירושה, שבו התובעים העיקריים לכס היו פיליפ השני של ספרד ואנטוניו, פריור קרטו. האצולה הפורטוגזית שנותרה והכמרים הגבוהים נאספו שוב לצד עמיתיהם בעלי הדעות הדומות, הקסטיליאנים, ותמכו בפליפ, נכד אימה של מנואל הראשון מפורטוגל. פיליפ שלח צבא של 40,000 איש תחת פיקודו של הדוכס מאלבבה לפלוש לפורטוגל. הם ניצחו את חייליו של אנטוניו בקרב על אלקנטרה.
ופיליפ הוכתר לפיליפ הראשון של פורטוגל בשנת 1581. כך הוא מילא לפחות חלקית את השאיפה של אביו, המלך האבסבורגי קרלוס הראשון של ספרד (גם קרלוס החמישי של האימפריה הרומית הקדושה), שהצטט באופן מפורסם על ידי פרייה ניקולאו דה אוליבירה: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("אם הייתי מלך ליסבון, בקרוב הייתי שולט בכל העולם"). האיחוד של פורטוגל עם ספרד נמשך שישים שנה (1580<unk>1640).