כתוב המשך לפרק זה - במהלך מלחמת העולם השנייה, גן החיות הושמד פעמיים
, על ידי הנאצים בשנת 1941 ועל ידי בעלות הברית בשנת 1944, הפגיעה כבדה בתשתית והרגו את רוב החיות. גם גן החיות איבד שבעה דונם של אדמה. ההפצצה ב-1941 בגן החיות תוארה בספרו של וינסטון צ'רצ'יל "מלחמת העולם השנייה" ובסרטו של אמיר קוסטוריקה "מתחת לאדמה" משנת 1995. מיודראג סאובקוביץ', מנהל גן החיות במהלך הכיבוש במלחמת העולם השנייה, נעצר מיד על ידי הרשויות הקומוניסטיות החדשות, ונורה, למרות ההאשמות נגדו או מקום מנוחתו ידועים.