על אף שזיהום מוחי הוא מחלה שיש להודיע עליה במדינות רבות, שיעור התרחשותה המדויק אינו ידוע. בשנת 2013 נגרמו 303,000 מקרי מוות מנגנייטס, בהשוואה ל-464,000 מקרי מוות בשנת 1990. בשנת 2010 אומד כי מזיהום מוחי הביא ל-420,000 מקרי מוות, למעט מזיהום מוחי קריפטוקי. מזיהום מוחי חיידקי מתרחש בכ-3 אנשים מכל 100,000 בשנה במדינות המערביות. מחקרים שנערכו באוכלוסייה כוללת הראו כי מזיהום מוחי נגיפי נפוץ יותר, ב-10.9 מכל 100,000, ומתרחש לעתים קרובות יותר בקיץ. בברזיל, שיעור המנגנייטס החיידק הוא גבוה יותר, ב-45.8 מכל 100,000 בשנה. אפריקה שמדרום לסהרה סובלת ממגיפות גדולות של מנגננגו-קוקקליות במשך יותר ממאה שנה, כך שנקראת "חגורת החגורה".
דלקת שפיות