ב-16 בינואר 2013 הוכרז שגורדיולה ייקח על עצמו את תפקיד המאמן של מועדון הבונדלגיה ביירן מינכן לאחר עונת 2012/13, כשהוא יחליף את יופ היינקס בעונה הבאה. ב-24 ביוני 2013 הוא ערך את מסיבת העיתונאים הראשונה שלו כמאמן ביירן, בגרמנית, והיה לו אימון ראשון יומיים לאחר מכן. המשחק הרשמי הראשון שלו היה בגביע הסופר הגרמני נגד בורוסיה דורטמונד, כאשר ביירן הפסידה 4-2. הגביע הראשון שלו עם ביירן היה בגביע הסופר של יו-אף 2013.
, להביס את יריבו הוותיק חוזה מוריניו, אשר רק חזר לאמן בצ'לסי. ביירן ניצחה את צ'לסי בתחרות יריות של עשרה שחקנים אחרי שמנואל ניואר הציל את ההכות של רומלו לוקאקו.