באיי פוקלנד יש חלק ביוגאוגרפי של האזור האנטארקטי המתון, עם קשרים חזקים לפלורה ולפאונה של פטגוניה באמריקה הדרומית היבשתית. ציפורים יבשתיות מהוות את מרבית ציפורי הפאונה של פוקלנד; 63 מינים מתרבים באיים, כולל 16 מינים אנדמיים. יש גם מגוון רב של צלעי רגליים באיים. הפלורה של פוקלנד מורכבת מ 163 מינים נושאיים ילידים. היונק היבשתי הילידי היחיד של האיים, הווארה, נרדף עד להיכחד על ידי מתיישבים אירופאים. האיים נפוצים על ידי יונקים ימיים, כגון הפיל הדרומי והפיל הפרוותי הדרום אמריקאי, וסוגים שונים של חתולים; האיים הפתוחים הם ביתם של קרחנים נדירים. יש גם חמישה מינים שונים של פינגווינים וכמה מהזנבים הגדולים ביותר על פני כדור הארץ. רוב היונקים האנטימיים באיי פוקלנדומים הם בעלי חיים ילידים
איילים, ארנבות, ארנבות, שועלים פטגוניים, חולדות חומות וחתולים