העיר נבנתה כשני בורג'ים נפרדים: אברדין העתיקה בפה של נהר הדון; וניו אברדין, יישוב דיג ומסחר, שבו נתיב המים דנבורן נכנס למפרץ נהר די. הסמכה המוקדמת ביותר ניתנה על ידי ויליאם האריה בשנת 1179 ואישרה את זכויות התאגידיות שניתנו על ידי דוד הראשון. בשנת 1319, הסמכה הגדולה של רוברט ברוס הפכה את אברדין לקהילה בעלת נכסים ועצמאית מבחינה כלכלית. הענק עם זה היה היער הסמוך של סטוקט, שהכנסותיו היוו את הבסיס עבור הטבות של קרן הטוב המשותף של העיר שעדיין היו אברדוניות. במהלך מלחמות העצמאות הסקוטיות, אברדין הייתה תחת שלטון אנגלי, ולכן רוברט הניח את המצור על טירת אברדין ברוס לפני שהרס אותה בשנת 1308, ולאחר מכן מנע את חיל המצב של אדוארד השלישי מאנגליה. טירת אברדין נשרפה,
1308 - - -