לאחר הפלישה הגרמנית והסובייטית בספטמבר 1939, ברית המועצות חתמה על הסכם עם ליטא ב -10 באוקטובר, העבירה את העיר פולנית ויהודית של וילנו (שנקראה מחדש וילנה) לליטא, בתמורה ליתרונות צבאיים, ולאחר מכן סיפקה את ליטא בשנת 1940 לאחר בחירות. הפלישה הגרמנית לברית המועצות, ב-22 ביוני 1941, הגיעה לאחר שנה של כיבוש סובייטי שהגיע לשיאו בגירוש המוני ברחבי מדינות הבלטי
רק שבוע לפני הפלישה הגרמנית. הנאצים התקבלו כמשחררים וקיבלו תמיכה מהמיליציה הבלתי רגילה של ליטא נגד הכוחות הסובייטיים המתרחקים. ליטאים רבים האמינו שגרמניה תאפשר את השבת העצמאות של המדינה. כדי להרגיע את הגרמנים, אנשים מסוימים הביעו רגשות אנטישמיים משמעותיים. גרמניה הנאצית, אשר השתלטה על השטחים הליטאים בשבוע הראשון של המתקפה, ניצלה את המצב הזה לטובתה ואכן בימים הראשונים אפשרה הקמת ממשלת ליטא זמנית של חזית הפעילים הליטאית. במשך תקופה קצרה נראה כי הגרמנים עמדו להעניק לליטא אוטונומיה משמעותית, השווה לאותה שניתנה לסלובקיה. עם זאת, לאחר כחודש, הארגונים הליטאים בעלי המחשבה העצמאית יותר פורקו בסביבות אוגוסט וספטמבר 1941, כאשר הגרמנים תפסו שליטה רבה יותר.