עונת 2013-14 של ביירן מינכן הייתה העונה ה-115 בהיסטוריה של המועדון והעונה ה-49 ברציפות בליגה העליונה של הכדורגל הגרמני, הבונדסליגה, מאז העלייה שלהם מ-Regionalliga Süd בשנת 1965. ביירן השתתפה במהדורות העונה של DFB-Pokal, DFL-Supercup, ליגת האלופות של אירופה, UEFA Super Cup
, ו FIFA מועדון גביע העולם.