במהלך תקופה זו פיקסאר המשיכה את מערכת היחסים המוצלחת שלה עם אולפני האנימציה של וולט דיסני, אולפן שהוריו התאגידי בסופו של דבר יהפוך לשותף החשוב ביותר שלה. עם זאת, עם תחילת 1991, פיטורי 30 עובדים במחלקת החומרה הממוחשבת של החברה, כולל נשיא החברה, צ'אק קולסטאד, הפחיתו את מספר העובדים הכולל ל-42 בלבד, בעיקרון את המספר המקורי שלה. עם זאת, פיקסאר עשתה עסקה היסטורית של 26 מיליון דולר עם דיסני לייצר שלושה סרטים באנימציה ממוחשבת, הראשון מהם היה סיפור צעצועים. עד אז, מתכנתי התוכנה, שעשו RenderMan ו-IceMan, ומחלקת האנימציה של לאסטר, שעשתה סרטים טלוויזיה מסחריים (ואתאר סרטים קצרים של לוקסו ג'וניור עבור Sesame Street באותה שנה), היו כולם שנותרו של פיקסאר. למרות סכום הכסף הכולל של החברה מהפרויקטים האלה
26 מיליון דולר.