מספר וריאנטים גנטיים ספציפיים מגבירים את הסיכון בכמות קטנה עד מתונה. הפרעות של גן יחיד הגורמות למיגרנות הן נדירות. אחת מהן ידועה בשם מיגרנה הימיפלגית משפחתית, סוג של מיגרנה עם אוורה, הנרשמת באופן אוטוסומלי דומיננטי. הוכח כי ארבעה גנים מעורבים במיגרנה הימיפלגית משפחתית. שלושה מהגנים הללו מעורבים בהובלת יונים. הרביעי הוא חלבון אקסונלי הקשור לקומפלקס אקסוציטוזיס. הפרעה גנטית נוספת הקשורה למיגרנה היא תסמונת CADASIL או אוטוסומלית דומיננטית עם infarcts subcortical ו metaphyukocytic leukopathy.
נדיר