השלים את המשפט הבא: עם זאת, לימה לא הייתה חופשית מסכנות. על.
ב-20 באוקטובר וב-2 בדצמבר 1687, רעידות אדמה חזקות הרסו את רוב העיר וסביבתה. התפרצויות המחלה ומחסור במזון שהגיעו בעקבות האסון גרמו להפחתה באוכלוסייה ל-40,000 עד 1692. איום שני היה נוכחותם של שודדי ים וחוטפים באוקיינוס השקט. משלחת ימית הולנדית בראשות ז'אק הרמיט תקפה את נמל קאלאו ב-1624, אך הודתה על ידי סגן המלך דייגו פרננדז דה קורדובה. בשנות השמונים של המאה ה-16, פורצו הפיירים האנגלים במים של האוקיינוס השקט עד שהם הובסו על ידי סוחרי לימה בשנת 1690. כאמצעי זהירות, סגן המלך מלכר דה נאבארה ו-רוקפול בנה את חומות העיר לימה בין 1684 ל-1687.