השלם את המשפט הבא: ביוני 1862, ג'וייט הצטרף לצבא האיחוד כדי להילחם במלחמת האזרחים, וקיבל תואר סגן שני בחטיבת חיל הרגלים ה-9 של ורמונט. ב-3 באוגוסט הוא נלכד ונשאר אסיר של הקונפדרציה במשך 25 ימים. ג'וייט הועלה לדרגת סגן ראשון במאי 1863. במהלך שירותו, הוא השתתף בקרבות של הרפרס פרי (13 ו-15 בספטמבר 1862), בתי החיילים של ניופורט (2 בפברואר 1864), חוות צ'אפין (29 בספטמבר 1864), ו
פייר אוקס (27 באוקטובר 1864). הוא התפטר בנובמבר 1864, וחזר לוורמונט.