לאחר הפלישה הגרמנית לפולין, שהחלה את מלחמת העולם השנייה בספטמבר 1939, "ה-SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" נכנסו לעיר כדי לבצע פשעים שונים נגד האוכלוסייה. כבר בסוף ספטמבר 1939, הגרמנים רצחו בני ערובה פולנים מקלודאווה ביער רזוצ'וב הסמוך, ואחד מהראש העיר שלפני המלחמה, ולדיסלאב זאלבסקי, נרצח בנובמבר 1939 בסרודה וילקופולסקה. במהלך הכיבוש של גרמניה הנאצית
, העיר נקראה מחדש "טונינגן" (1940<unk>1945). כבר בשנת 1940 הוקמה בעיר תנועת ההתנגדות הפולנית המחתרת, כמו כן הוקם בית ספר פולני סודי. בשנת 1941, יותר מ -1,500 יהודים קלודאוואים נהרגו על ידי הגרמנים הנאצים במחנה ההשמדה של צ'למנו. ב-1943, הגרמנים עצרו חלק מחברי ההתנגדות הפולנים המקומיים, אשר אז נידונו למוות או לכלא. כומר הכנסייה קלודאווה, האב תיאופיל Choynowski, נהרג במחנה הריכוז דאכאו בשנת 1943. קלודאווה שוחררה בסופו של דבר ב-19 בינואר 1945 על ידי הצבא האדום, והוחזרה לפולין.