כתוב המשך לקטע זה - בעקבות האירוע הזה, פקידת זכויות האדם של גואטמלה, רמירו דה ליאון קרפיו, ירש כנשיא, על פי החוקה. הוא מינה את פרז לראש הסגל הנשיאותי שלו, תפקיד שהוא מילא עד 1995. נחשב למנהיג של הפלגה הצבאית הגואטמלאנית שתומכת בפתרון משא ומתן של מלחמת האזרחים הגואטמלאנית בת 30 שנה.
, פרז ייצג את הצבא במשא ומתן עם כוחות גרילה. הם השיגו את הסכמי השלום של 1996.