ב-1999, אנג'ואן הייתה סכסוכים פנימיים וב-1 באוגוסט באותה שנה, הנשיא הראשון בן ה-80 פונדי אבדאללה אברהם התפטר, העביר את השלטון למתאם לאומי, אבייד סעיד. הממשלה הופלתה בהפיכה על ידי צבא ואנשי חיל הים ב-9 באוגוסט 2001. מוחמד באג'ואן עלה במהרה למנהיגות המנהיגות של הג'ונטה שלקח על עצמו עד סוף החודש הוא היה מנהיג המדינה. למרות שני ניסיונות של שלושת האיים המורדים בכוח, האיחוד האפריקני מתווך במשא ומתן כדי להביא לפשרה. התהליך הזה הושלם במידה רבה, לפחות בתיאוריה. על פי כמה מקורות, מואלי חזר לשליטה הממשלתית בשנת 1998. בשנת 1999, אנג'ואן היה סכסוכים פנימיים וב-1 באוגוסט באותה שנה, הנשיא הראשון בן ה-80 פונדי אבדאללה אברהם התפטר, העביר את השלטון למאמן הלאומי, אבייד סעיד. הממשלה הופלתה בהפיכה על ידי צבא
שנת 1997