כתוב המשך לפרק זה - מוריי היה בתחילה תומך במדיניות החזקה של לורד לודרדייל, השתתף במתקפה ב-1678 נגד הקווננטרים, אך לאחר מכן איבד באופן זמני את חסדו המלכותי על ידי ייעוץ למתינות בנוגע לאמצעים שננקטו נגדם. בשנת 1679, עם זאת, הוא היה נוכח בקרב גשר בוטוול
ביולי 1680 הוא נעשה סגן אדמירל של סקוטלנד, ובשנת 1681 נשיא הפרלמנט.