כתוב המשך לקטע זה - הקיסר השתתף באופן אישי במערכה נגד השוודים, שהסתיימה בתבוסה בקרב ינקאו
ב-6 במרץ, 1645. הצבא השוודי תחת פיקודו של לנארט טורסטנסון התקדם לווינה. כדי להעלות את המורל בעיר, הקיסר סיעף את העיר במסע גדול עם דימוי של הבתולה מריה. כשהצבא השוודי התקרב, פרדיננד עזב את העיר. הארכידוכס ליאופולד ויליאם הצליח לגרש את המתנגדים. לפעמים הצליח פרדיננד לשכנע את הנסיך ג'ורג' הראשון ראקוצי מטרנסילבניה, בעל ברית של צרפת ושבדיה, לצדו. בשנת 1645 "שלום לינץ" הקיסר היה חייב להבטיח את העמלות ההונגריות את זכות הייצוג הקיסרי וחופש הדת עבור הפרוטסטנטים, אשר מנע את הרפורמציה-הנגד ואת השלטון האבסולוטיסטי העתידי בהונגריה.