השלים את המשפט הבא: עם הפלישה של נפוליאון לרוסיה בשנת 1812, ביביקוב ביקש לשרת בצבא שוב, ונבחר להפקד על מיליציות שונות, כולל אלה של סנט פטרבורג ונובגורוד. הוא וכוחותיו ניצחו בקרב השני של פולוצק, ובקרב
קרב סמוליאני, שם הוא נפצע ברגל. הוא לא היה מסוגל לרכוב או ללכת, הוא נלחם בשני הקרבות הבאים, בבוריסוב ובברזינה, מתוך מזחלת, וכשהסוסים שלו נהרגו בברזינה, הוא נשען על אחד מהעוזרים שלו. כוחותיו רדפו אחרי הצרפתים בנסיגתם מרוסיה, אם כי ביביקוב נאלץ בסופו של דבר להתפטר בשל מחלת בריאות. הוא חזר לתפקידיו הפוליטיים במשך זמן מסוים בסנט פטרסבורג, וכתב את סיפור חייו של אביו ומסע הבחירות שלו. הוא נפטר בשנת 1822 בזמן שחיפש טיפול בחו"ל, ונקבר באלכסנדר נבסקי לובר.