כתוב המשך לפסקה זו - בית המשפט מציין, ראשית, כי אסטוניה איבדה את עצמאותה כתוצאה ממסכם אי-התקפה בין גרמניה לאיחוד הרפובליקות הסוציאליסטיות הסובייטיות (הידוע גם בשם "סכם מולוטוב-ריבנטרופ"), שנחתם ב-23 באוגוסט 1939, והפרוטוקולים הסודיים הנוספים אליו. בעקבות אולטימטום להקים בסיסים צבאיים סובייטיים באסטוניה בשנת 1939, נכנסה הצבא הסובייטי בקנה מידה גדול לאסטוניה ביוני 1940. הממשלה החוקית של המדינה הופל ושלטון הסובייטי הוטל בכוח. המשטר הקומוניסטי הטוטליטרי של ברית המועצות ניהל פעולות בקנה מידה רחב וסדירות נגד האוכלוסייה האסטונית, כולל, למשל, גירוש של כ - 10,000 אנשים ב -14 ביוני 1941
ומעל ל-20,000 ב-25 במרץ 1949. לאחר מלחמת העולם השנייה, עשרות אלפי אנשים הסתתרו ביערות כדי להימנע מדכאות על ידי הרשויות הסובייטיות; חלק מאלה שהסתתרו התנגדו באופן פעיל למשטר הכיבוש. על פי נתוני גופי הביטחון, כ-1,500 אנשים נהרגו וכמעט 10,000 נעצרו במהלך תנועת ההתנגדות של 1944-1953. האסטוניה נותרה כבושת על ידי ברית המועצות עד לשבת עצמאותה בשנת 1991. בהתאם לכך, אסטוניה כמדינה מונעת באופן זמני מלהמלא את התחייבויותיה הבינלאומיות.