המוסלמים הפכו את חצי הכנסייה של סנט ג'ון למסגד יום שישי של העיר (מסגד אל-נורי הגדול) וחומס הפכה במהרה למרכז של דת אסלאמית מאז כ -500 חברי מוחמד התיישבו שם לאחר כיבושו. הקברים של ח'ליד בן אל-ווליד, בנו עבד אל-רחמן, וובאיד אללה, בנו של הח'ליף עומר נמצאים בעיר. במהלך הסכסוך
בין העמאידים ואלי, תושבי חומס בריתו עם עלי וכאשר האחרון הובס, ח'ליף העמאיים מואוויה פיזר את החצי הצפוני של ג'ונד הימס כדי ליצור מחוז נפרד, ג'ונד קנזרן, ככל הנראה כעונש. בית המדרש של עלי ("משהאד עלי") היה בעיר, ומסורת איסלאמית טוענת כי טביעות האצבעות שלו חרוטות עליו. למרות הדיכוי על ידי האומאים, חומס נותרה מרכז של האסלאם השיעי לזמן רב יותר. כעוז של בני קאלב, העיר הייתה מעורבת בקונפליקטים של בני קאלב עם קבוצת שבטי קאיס. הח'ליפה האומאי האחרון, מרואן השני, נהנה מתמיכה של קאיס ולאחר מכן הרס את חומות העיר בתגובה למרד של בני קאלב.