כתוב המשך לפרק זה - מתישהו לאחר 809, כנראה בסביבות 811, קנשרה הושלכה ונשרפה על ידי ערבים מורדים, ככל הנראה תחת הנהגתו של נאסר בן שבאת אל-אוקאילי. בסביבות שנת 820 קיבל הפטריארך דיוניסיוס מטהל-מחר, נזיר לשעבר מקנשר, רשות לבנות מחדש את המנזר מאת עות'מאן, בנו של תומאמה בן אל-ווליד, אשר ירש את אביו כמנהיג מקומי אוטונומי בפועל באמצע מלחמת האזרחים.
לאחר מותו של הח'ליף הרון אל-ראשיד בשנת 809. קנשרה מעולם לא השיגה את גודלה הקודם.