לאחר בחירתו של ממשלת אבה בשנת 2012, קויזומי מונה לסגן השר לבנייה מחדש, תוך התמקדות באזור הצפון-מזרחי של יפן שהושמד על ידי צונאמי במרץ 2011.
ואסון גרעיני שלאחר מכן. הוא התנגד בפומבי לקריאותיו של אביו שיפן תוותר מיד על אנרגיה גרעינית. בשנת 2019 מינה ראש הממשלה שינזו אבה את קויזומי לממשלה כשר הסביבה, תפקיד שהמשיך בו כאשר יושיהידה סוגה ירש את אבה כראש הממשלה בספטמבר 2020.