השלם את המשפט הבא: בספטמבר 1796, ג'ונסטון מונה לסייע מחנה של המושל ג'ון האנטר, וב-1800 קיבל את דרגת הרס"ן שלו. באותה שנה נעצר ג'ונסטון על ידי סגן המושל ויליאם פטרסון באשמת "תשלום משקאות לסמל כחלק מהמשכורת שלו וחוסר ציות לפקודות". ג'ונסטון התנגד למשפט בבית המשפט הצבאי במושבה, והאנטר שלח אותו לאנגליה. שם, קשיי ניהול משפט עם עדים באוסטרליה הובילו להפסקת ההליכים, וג'ונסטון חזר לניו סאות' ויילס בשנת 1802. בשנת 1803 לקח ג'ונסטון פיקוד זמני על חיל ניו סאות' ויילס במהלך מחלתו של פטרסון, והיה מעורב בסכסוך בין קינג והצבא. במרץ 1804 הוא פעל עם החלטה כאשר בפיקוד הצבא נשלח נגד כמה
אסירים שהתמרדו בקאסל היל. כאשר פטרסון נשלח לפורט דלרימפל, ג'ונסטון הפך למפקד חיל ניו סאות' ויילס.