כתוב המשך לפרק זה - יואן היה בעל מחשבה ימית יוצאת דופן, ניסה מסעות ימיים רבים. לאחר הפלישה המונגולית ליפן (1274, 900 ספינות, וב-1281, 4400 ספינות), הפלישה המונגולית לצ'מפה (1282), הפלישה המונגולית לג'אווה
(1292, 1000 ספינות), בשנת 1291 ניסה יואן אך לא המשיך בסופו של דבר בפלישה לאיי רוקיו. עם זאת, אף אחת מהפלישות הללו לא הצליחה. קובלאי שקל לפתוח בפלישה שלישית ליפן, אך נאלץ לסגת בשל אי-הסכמה ציבורית חריפה. ההתקדמות הימית של תקופת יואן תוארה כמורשת להישגי שושלת סונג ומקדים לספינות האוצר של המנג. תפקיד חשוב של חיל הים של יואן היה העברת דגנים מהדרום לבירה של בייג'ינג של ימינו. הייתה יריבות בין מחלקות חריפה של 50 שנה בין הציים המובילים דרך התעלה הגדולה לבין הציים המובילים דרך הים הצהוב, שהסתיימה עם הדומיננטיות הסופית של התעלה הגדולה בסין עד לתקופה המודרנית. הפלישות הכושלות גם הוכיחו חולשה של המונגולים - חוסר היכולת להקים פלישות ימיות בהצלחה.