כתוב המשך לפרק זה - זילניץ בילה את רוב הקריירה המקצועית שלו ככלכלן. מ-1973 עד נפילת המשטר הקומוניסטי
בשנת 1989, הוא עבד תחילה כחוקר במכון המחקר בטכנולוגיה ההנדסית ובמחקר כלכלי, ולאחר מכן במכון הכלכלה של האקדמיה הצ'כוסלובקית למדעים. מלבד מחקר בתאוריה מיקרו-כלכלית, הוא עבד על בעיות המעבר הכלכלי ממערכת כלכלית מתוכננת למערכת כלכלית של שוק. למחקר "צ'כוסלובקיה בצומת הדרכים", המבוסס על המחקר שלו, הייתה השפעה משמעותית על הדיונים על רפורמות כלכליות לאחר 1989.