לפני תחילת המאה ה-20, קריפטוגרפיה עוסקת בעיקר בדפוסים לשוניים ולקסיקוגרפיים. מאז ההדגש עבר, וכיום קריפטוגרפיה עושה שימוש נרחב במתמטיקה, כולל היבטים של תיאוריית מידע, מורכבות חישובית, סטטיסטיקה, קומבינטוריות, אלגברה מופשטת, תיאוריית מספרים ומתמטיקה סופית בכלל. קריפטוגרפיה היא גם ענף הנדסה, אך לא רגיל מכיוון שהיא עוסקת בהתנגדות פעילה, אינטליגנטית וזדונית (ראה הנדסת קריפטוגרפיה והנדסת אבטחה); סוגים אחרים של הנדסה (למשל, הנדסה אזרחית או כימית) צריכים להתמודד רק עם כוחות טבע ניטרליים. יש גם מחקר פעיל המחקר את הקשר בין בעיות קריפטוגרפיה ופיזיקה קוונטית (ראה קריפטוגרפיה קוונטית וגיטוגרפיה קוונטית).
הדגש