בתחילת 1941, מקגריגור היה, לתקופה קצרה, קפטן דגל, ספינת הדגל של סר ג'יימס סומרוויל, והיה מעורב בקונוויית מלטה ובפעולות אחרות באוקיינוס האטלנטי והים התיכון, כולל הפצצת ג'נואה בפברואר 1941 והטביעת "ביסמארק" במאי 1941. הוא הועלה לדרגת סגן אדמירל ב-8 ביולי 1941. בין 9 בספטמבר 1941 ותחילת 1943, הוא היה עוזר ראש המטה הימי (נשק). בסוף 1943, הוא פיקד על הכוח הימי (כוח B) כיסוי של כניסת האי האיטלקי של פנטלריה (מבצע Corkscrew) ואת המערכה שלאחר מכן
הפלישה לסיציליה, שבגללה הוענק לו עיטור השירות המצטיין. הוא שירת כקצין דגל בסיציליה, שם נפצע, במשך שלושה חודשים לפני שהועבר מחדש כקצין דגל, טארנטו ואדריאטיק (במוקדם במתקן החוף באלכסנדריה) עד סוף 1943.