השלים את המשפט הבא: עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ב-1939, מכון החינוך המיוחד נסגר, וגרזגורזבסקה החלה לעבוד כאחות בבית חולים צבאי שהנהלה הצלב האדום הפולני. בין 1939 ל-1944, היא לימדה בבית הספר המיוחד מס' 177 בוורשה והשתתפה במערכת החינוך הסודית. היא הייתה פעילה בתנועת ההתנגדות הפולנית, חילקה נשק ופרסומים; הצטרפה לז'גוטה, וסיפקה סיוע "מצטיין" ליהודים; והשתתפה בהסתרת יהודים כדי להציל את חייהם. היא שימשה כחברה במחלקה הבריאותית של אוצ'וטה במהלך מרד ורשה. במהלך ההתקוממות הושמד ביתה, ובו, כתבי יד לא פורסמו של שניים מהספרים שלה, כרך שני של "פסיכולוגיה של החירשים" (), כרך ראשון שפורסם בשנת 1930) ו"אישיות המורה" (). אחרי
לאחר שחרור פולין ב-1945, גרזגורזבסקה הפעילה מחדש את מכון החינוך המיוחד, שנהרס במהלך הסכסוך. כשהיא הבינה ש-30% מהמורים נהרגו במלחמה, היא החלה בתוכניות כדי לעזור להכשיר מורים חדשים במהירות. איגוד המורים הפולני הוקם מחדש והיא החלה במחקר להערכת תוכניות חינוכיות קיימות, מעמד חברתי-כלכלי של מורים, ואת תפקיד בתי הספר בקהילות שלהם, בין נושאים אחרים.