כתוב המשך לפרק זה - אלבניה הותקפה על ידי איטליה
באפריל 1939 ומלחמת העולם השנייה התפרצה במהרה, כלומר התאחדות הכדורגל האלבנית, כמו שאר הארגונים במדינה, הפסיקה לפעול. למרות המלחמה, נערכו שלוש אליפות בין 1939 ל-1942, כאשר טירנה זכתה באליפות ב-1939 וב-1942 ושקודרה זכתה ב-1940. למרות קריאות להכיר באליפות אלה, איגוד הכדורגל האלבני ממשיך בעמדה שהאליפות לא מאורגנות על ידיהם ואינן יכולות להיות מוכרות באופן רשמי.