השלים את המשפט הבא: לאחר סיום המלחמה, הירצפלד ואשתו חזרו לוורשה, שם הקים מכון סרום על סמך מודל מכון ארליך לטיפול ניסיוני בפרנקפורט. הוא הפך במהרה לסגן המנהל והראש המדעי של מכון היגיינה במדינת ורשה, ובשנת 1924, פרופסור שם. בשנת 1931 הוא מונה לפרופסור במשרה מלאה באוניברסיטת ורשה ושירת במועצות בינלאומיות רבות. לאחר
לאחר כיבוש פולין על ידי הצבא הגרמני, הורחק הירצפלד כמ"לא-ארי" ממוסד ההיגיינה, אך בזכות ההגנה של חברים, הצליח לבצע עבודות מדעיות נוספות בבית עד פברואר 1941; עם זאת, היה כמעט בלתי אפשרי עבורו לפרסם.