ב-6 ביולי 1948, ג'ינה חזר לקוויטה, אך על פי עצתם של הרופאים, נסע בקרוב למפלט גבוה יותר בזיארת. ג'ינה תמיד סירב לעבור טיפול רפואי, אך כשהבחין במצבו החמיר, שלחה ממשלת פקיסטן את הרופאים הטובים ביותר שיכלו למצוא כדי לטפל בו. בדיקות אישרו שחפת, וגם הראו ראיות לסרטן ריאות מתקדם. הוא טופל עם "התרופה הנס" החדשה של סטרפטוקינומיה, אך זה לא עזר. מצבו של ג'ינה המשיך להידרדר למרות תפילות החג של אנשיו. הוא הועבר לגובה נמוך יותר של קוויטה ב-13 באוגוסט, ערב יום העצמאות, שבשבילו פורסם הצהרה כתובה על ידי רוח רפאים. למרות תשוקתו שבקרקראצ'י (שמשקל רק מעל 36 קילוגרם), היה ברור כי ג'ינה מת, אך לאחר שהגיע הבוקר של ה-11 בספטמבר, ג'ינה לא יכול היה לחזור לביתו
שחפת