בסוף ספטמבר 1997, חודשים לאחר הפתיחה הסודנית (שנעשתה על ידי אל-באשיר במכתב להמילטון), משרד החוץ האמריקני, בהנחיית מזכירת המדינה מדלין אולברייט, הודיע לראשונה שהוא יחזיר דיפלומטים אמריקאים לחרטום כדי להמשיך את נתוני הטרור בחזקת המוכבארט. בתוך ימים, ארה"ב שינתה את ההחלטה הזו והטילה סנקציות כלכליות, מסחריות ופיננסיות קשות יותר ומקיפות יותר נגד סודן, אשר נכנסו לתוקף באוקטובר 1997. באוגוסט 1998, בעקבות הפיגועים בשגרירויות במזרח אפריקה
, ארה"ב השיקה מתקפות טילים נגד חרטום. שגריר ארה"ב האחרון בסודאן, השגריר טים קרני, עזב את תפקידו בפברואר 1996 ולא הוגדר שגריר חדש עד דצמבר 2019, כאשר ממשל נשיא ארה"ב דונלד טראמפ הגיע להסכם עם ממשלת סודאן החדשה להחלפת שגרירים.