כתוב המשך לפרק זה - בשנת 1900 הועלה אוקובו לדרגת סגן גנרל ומפקד המטה של המפקחת הכללית לאימונים צבאיים. במאי 1902 הוא הפך למפקד דיוויזיית הרגלים השישית של ה-IJA. במהלך המלחמה הרוסית-יפנית, דיוויזיית הרגלים ה-6 של ה-IJA הייתה מחוברת לצבא השני היפני, אך לאחר קרב שאהו
הועבר לצבא הרביעי היפני לפני קרב מוקדן. לאחר המלחמה הוענק לו את מסדר השמש העולה, מדרגה ראשונה, ואת מסדר העפיפון הזהב, מדרגה שנייה. ביולי 1906 הועבר למפקד הדיוויזיה השלישית של ה-IJA ובספטמבר 1907 הועלה לדרגת "קזוקו" עם התואר של "דנשאקו" (ברון).