ב-1798, יורדן מינה אותו לראש הצוות של צבא התצפית. ארנוף היה בצבא התצפית כאשר הוא חצה את נהר הריין, במה שהיסטוריונים בריטים כינו הפרה של הסכם קמפו פורמיו, וכתוצאה מכך מלחמת הקואליציה השנייה. ב-2 במרץ, הצבא נקרא מחדש צבא הדנובה, והוא צעד לשבביה העליונה, שם הוא התמודד עם הכוח ההבסבורגי של הארכידוכס קרל באוסטראך.
ב-21 במרץ, ושוב ב-25 במרץ בסטוקאך. בשני הקרבות, כוח האדם של האבסבורגים, עולה על המספרים הצרפתיים בשלוש לאחד ושניים לאחד בהתאמה, כבש את הקווים הצרפתיים; יורדן, מפקד הצבא, לא הצליח להתרכז בכוחותיו מספיק כדי להילחם במספרים האבסבורגיים, ונסוג ליער השחור בסוף מרץ. ארנוף לקח פיקוד על צבא הדנובה בעוד יורדן חזר לפריז כדי לבקש עוד חיילים. הוא הוחלף כמפקד צבא הדנובה על ידי אנדרה מסנה, ושירת כמפקד הצוות של מסנה במערכה השוויצרית של 1799, שבמהלכה הוא ראה פעולה בציריך ובמרכז שוויץ; הוא היה שוב בציריך עבור הניצחון הצרפתי על אלכסנדר רימסקי-קורסקוב.