כתוב המשך לקטע זה - באייזיד הובס על ידי טימור בקרב על אנקרה
, החל במלחמת אזרחים על הירושה בין בניו <unk> תקופה הידועה בשם "Interregnum העות'מאני". תוך ניצול המצב, ג'ונייד תקף את האחים איידינידים, ישא ואומר השני, שהוחזרו על ידי טימור. בתחילת 1406, איסה ואומור מתו וג'ונייד היה השליט הבלתי מעורער של תחומי האידינידים לשעבר. כמו כל שליטי האזור, נוצרים ומוסלמים כאחד, ג'ונייד היה גם משתתף פעיל במלחמת האזרחים בין בניו של בייזיד, ישא, סולימאן, משה ומחמד, שבה הוא שינה את נאמנותו מספר פעמים. הוא תמך באסא נגד מוחמד, והפך לבני עמו של סולימאן. ניסיונותיו המתמשכים לנצל את הסכסוך כדי להרחיב את כוחו ואת עצמאותו אילצו את סולימאן לשלוח אותו כמושל מחוז של אוהריד ברומלי בשנת 1410. לאחר הפלתו של סולימאן ומותו בשנת 1411 בידי אחיו משה, חזר ג'ונייד לאנטוליה ותפס את סמירנה, אך נאלץ להכיר בשלטון של מוחמד. במהלך היעדרותו של מוחמד ברומלי כדי להפעיל קמפיין נגד משה, ג'ונייד חזר לעצמאותו ותקף את שליטיו השכנים. כתוצאה מכך, בשנת 1414 הוביל מוחמד קואליציה אזורית נגד ג'ונייד. אמו של ג'ונייד הצליחה להציל את חייו, אך שוב ג'ונייד הוחרם ונשלח לרומלי כמושל ניקופוליס. משם, הוא הצטרף למרידתו הכושלת של מוסטפא צ'לבי, עד שהביזנטים הסכימו לכלוא אותו ואת מוסטפא בשנת 1416.