לאחר סיום המלחמה, הירצפלד ואשתו חזרו לוורשה, שם הוא הקים מכון סרום על סמך המכון של ארליך לטיפול ניסיוני בפרנקפורט. הוא הפך במהרה לסגן המנהל והראש המדעי של מכון היגיינה במדינת ורשה, ובשנת 1924, פרופסור שם. בשנת 1931 הוא מונה לפרופסור במשרה מלאה באוניברסיטת ורשה ושירת במועצות בינלאומיות רבות. לאחר הכיבוש של פולין
על ידי הצבא הגרמני, הירצפלד פוטר כ"לא-ארי" ממוסד ההיגיינה, אך באמצעות הגנתם של חברים, הצליח לבצע עבודות מדעיות נוספות בבית עד פברואר 1941; עם זאת, היה כמעט בלתי אפשרי עבורו לפרסם.