Konplete fraz sa a: Cooper te re-komisyone kòm Lyetnan Kolonèl nan 4yèm Kavalye Kentucky sou 26 mas 1863 e li te vin Kolonèl li nan mwa avril; apre demisyon Kolonèl Bayles. Sou 4 jen 1863, Cooper te blese lè yon chwal te tonbe sou li nan Franklin, Tennessee. Li te kòmande rejiman an nan batay la nan Chickamauga nan mwa septanm 1864. Cooper retounen nan Lexington, Kentucky nan 1864 pou konje maladi. Lè sa a, Cooper te dirije fòs lokal yo kont atakè John Hunt Morgan yo. Li te refize demand Morgan yo pou rannman Lexington sou 9 jen 1864 e li te repulse twoup li yo. Nan mwa avril 1865 li te kòmande pòs Montgomery, Alabama ak nan mwa me ak jiyè 1865 pòs Albany, Georgia. Li te onorabman mobilize sou Out 21, 1865 nan Macon, Georgia. Li te resevwa onè batay pou sèvis li nan Shiloh, Korent, Richmond, Chickamauga, Morgan's Raid nan Kentucky, batay la nan Resaca ak pou Wilson's Raid sou Montgomery. Li te breveted nan Lt Kolonèl ak Kolonèl nan Lame a Regilye sou Mas 2, 1867, pou sèvis galant ak merite nan
Batay Resaca nan Georgia ak nan kaptire Montgomery, Alabama.