Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Lè Gè Sivil la te kòmanse an 1861, Magruder te kite Lame Inyon an pou aksepte yon komisyon nan Konfederasyon an. Kòm kòmandan nan Lame a nan Penensil la, li fòtifye Penensil la Virginia ak te genyen batay la nan Big Bethel. Nan kanpay Peninsula a, li te bloke Lame Potomac McClellan a deyò Yorktown, sa ki pèmèt Maj. Jeneral Joseph E. Johnston rive ak ranfòsman, òganize yon retrè, ak defann kapital Konfederasyon an, Richmond. Magruder te kritike pou lidèchip li nan batay nan estasyon Savage a
ak Malvern Hill pandan batay sèt jou yo. Li te pase rès lagè a administre Distri Texas, Nouvo Meksik, ak Arizona ak Depatman Arkansas; nan manda li, Magruder leve blokaj naval la sou Galveston ak rekaptive vil la nan 1863.