Konplete fraz sa a: Avèk separasyon onz eta Sid yo ak eklatman Gè Sivil la, Miller te rantre nan Lame Inyon an. Sou Out 27, 1861, Gouvènè Oliver P. Morton te komisyone Miller kòm Kolonèl nan 29yèm Infanteri Indiana. Apre fòmasyon, yo te asiyen rejiman an nan Brigad Kirk nan divizyon Alexander M. McCook nan Lame Buell nan Ohio e li te mache nan Tennessee. Miller te wè aksyon sou dezyèm jou a nan
Batay nan Shiloh, osi byen ke pandan sikilasyon ki vin apre a nan Korent. Miller te dirije rejiman li nan nò Alabama ak Tennessee ak pouswiv Braxton Bragg nan Kentucky. Miller te kòmande yon brigad anba James Negley pandan batay Stones River nan fen Desanm 1862. Sou dezyèm jou a nan batay la, Miller te dirije kont atak Federal la atravè Stones River ki repulse atak Konfederasyon John C. Breckinridge a. Pandan atak sa a Miller te blese nan kou.