Konplete fraz sa a: An 1341 wa Jan nan Bohemia pèmèt fanmi jwif yo rete nan miray lavil la, ak premye sinagòg la te bati nan 1380; sepandan plizyè pogrom te rive nan fen 15yèm syèk la ak nan kòmansman 16yèm syèk la. Depi nan
Hussite lagè, vil la te tradisyonèlman yon gwo fò nan Legliz Katolik la pandan konfli yo relijye ki dire lontan nan Peyi Wa ki nan Bohemia. Yon pati nan Monarki a Habsburg soti nan 1526, Budejovice rete yon sipòtè rete fidèl nan Anperè Ferdinand II nan Lagè Trant Ane a. Budějovice te sibi yon okipasyon kout pa pwès pandan lagè yo Silesian, ak lagè ki genyen ant Habsburgs yo ak lame franse a nan 1742.