Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Sou 13 Jiyè 2011, li te anonse ke Jonathan ta kite Santos pou antrene ak jeyan Serie A Inter Milan, pandan y ap tann finalisasyon transfè a. De jou pita, sou 15 Jiyè, li ofisyèlman te vin yon jwè Inter, siyen yon kontra kat ane. Jonathan te fè premye l 'Inter sou 11 septanm 2011 nan semèn de nan 2011-12 Serie A
, jwe tout 90 minit yo nan yon pèt 4 pou 3 ale Palermo. Twa jou pita Jonathan te fè premye li nan Lig Chanpyon yo, jwe tout match la sou Matchday 1 kont bò Tik Trabzonspor nan yon pèt 0-1 nan San Siro.