Konplete fraz sa a: Sou Desanm 5, 1990, Alomar ak Joe Carter te fè echanj pou Toronto Blue Jays an echanj pou Fred McGriff ak Tony Fernández. Li te nan Toronto ke li te devlope nan yon premye minis ofansif dezyèm bazman, konbine yon.300-plis bat mwayèn ak pouvwa ak vitès segondè sou baz yo. An 1991, li kapitalize sou vitès li ak 11 trip ak 53 baz vòlè, ki mennen ekip la nan premye nan twa aparisyon playoff konsekitif li yo. Ane annapre a, li make 105 kouri, trase 87 mache, e li te gen yon.405 sou baz pousantaj. An 1993, Alomar te gen sezon pi bon l 'ak Blue Jays yo, pwodwi 17 kouri lakay (HR), 93 kouri bat nan (RBI), ak 55 baz vòlè, pandan y ap bat.326, twazyèm nan Lig Ameriken an dèyè ekip John Olerud ak Pòl Molitor. Li te yon figi santral nan chanpyona Mondyal Seri Toronto a nan 1992 ak 1993; nan jwèt 6 nan Seri Mondyal 1992 la, li te bay nòt seri-genyen kouri sou de-kouri doub Dave Winfield a nan 11yèm inning la. Alomar a jwèt-parite, nèf-enwa kouri lakay kont Oakland soulajman as Dennis Eckersley, nan jwèt 4 nan
1992 American League Championship Series (ALCS), konsidere pa anpil moun kòm frape ki pi enpòtan nan istwa klib la, kòm twa vwayaj anvan ekip la nan ALCS yo te fini nan desepsyon; li te rele jwè ki pi valab (MVP) nan seri a. An 1995, li te jwe 104 jwèt konsekitif san yo pa komèt yon erè, mete yon dosye AL pou dezyèm bazmen. Nan chak nan senk sezon li yo ak Blue Jays yo, Alomar te rele nan ekip la All-Star e li te genyen Prim lan Golden Glove.