Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Clemens te soti nan retrèt li, li te siyen yon kontra yon ane ak Houston Astros, vil li te adopte a, nan dat 12 janvye 2004, li te rantre nan zanmi pwòch li e ansyen ekip Yankees Andy Pettitte. Sou 5 me 2004, Clemens anrejistre 4,137th karyè strikeout li yo mete l 'dezyèm sou lis la tout tan dèyè Nolan Ryan. Li te nonmen kòm starter pou ekip Nasyonal Lig All-Star la men finalman li te pitcher pèdi nan jwèt sa a apre li te pèmèt sis kouri sou senk frape, ki gen ladan yon kouri twa-kouri nan Alfonso Soriano. Clemens te fini sezon an ak yon dosye 18<unk>4, e li te bay sètèm Cy Young Award li, vin jwè ki pi ansyen ki janm genyen Cy Young a nan laj 42. Sa te fè l youn nan sis pitchers pou genyen prim lan nan tou de lig, rantre nan Gaylord Perry, Pedro Martínez, ak Randy Johnson ak pita te rantre nan Roy Halladay ak Max Scherzer. Clemens se te pitcher ki te pèdi pou Astros nan jwèt 7 nan 2004 NLCS
kont St. Louis Cardinals, pèmèt 4 kouri nan 6 innings nan travay. Malgre ke li te lanse byen, li te fatige nan sizyèm inning la, rann tout kat kouri yo.