Konplete fraz sa a: Lè Lagè Sivil Ameriken an te kòmanse an 1861, Jones te vin sèvi kòm volontè nan Lame Inyon an. Sou Oktòb 3 li te eli kòmandan nan 53yèm Ohio Infanteri Régiment, ak wè aksyon kòm sa yo pandan batay la nan Shiloh ak syèj la nan Korent. Sou 2 me 1862, Jones te vin kolonèl nan 53rd Ohio a ak ofisye kòmandan li yo. Li te dirije rejiman li pandan Siege nan Vicksburg ak nan batay la nan misyonè Ridge, tou de nan 1863. Jones te wè plis aksyon pandan tout kanpay Atlanta 1864 la, batay nan Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain ak
Atlanta. Nan mwa Out, Jones te nonmen nan kòmandman brigad lè ofisye siperyè l 'yo, Brigadye Jeneral Joseph A. J. Lightburn te blese e li te abandone kòmandman pou rès lagè a. Kolonèl Jones kounye a te dirije 2yèm Brigad nan William B. Hazen nan 2yèm Divizyon nan XV Kò nan Jonesboro. Koinidans, 1st Brigade nan divizyon sa a te tou te dirije pa yon lòt "Kolonèl Jones", Theodore Jones nan 30yèm Ohio. Wells Jones te patisipe nan 1864 Mas nan Lanmè a, e li te blese pandan operasyon alantou Fort McAllister, Georgia, sou Desanm 13.