Kui Ameerika kodusõda 1861. aastal algas, kasutasid konföderatsiooni väed Windsori mõisa kuppelist vaatlusplatvormi ja signaalijaama. 1863. aasta kevadel, osana Vicksburgi kampaaniast, maandus Ulysses S. Grant koos 17 000 liidu sõduriga Bruinsburgi sadamas ja võttis kontrolli üle Windsorite mõisa. Pärast Port Gibsoni lahingut
, seda mõis kasutati liidu vägede poolt haigla ja vaatluspunktina. Danielli perekonnale lubati liidu okupatsiooni ajal elada mõisa kolmandal korrusel.