Marquez on Mehhiko rahvuskoondise ajaloos kolmas kõige rohkem mänginud mängija, teenides oma karjääri jooksul 147 mängu. 2018. aastal sai ta neljandaks mängijaks, kes mängis oma rahvuskoondises viis FIFA maailmameistrivõistlust järjest, koos kaasmaalase Antonio Carbajaliga, Lothar Matthäusega ja Gianluigi Buffoniga, esines turniiri 2002., 2006., 2010., 2014. ja 2018. aasta turniiridel. Ta on ka Mehhiko mängija, kellel on kõige rohkem mängitud maailmameistrivõistlusi 19. Rahvusmeeskonnaga võitis Márquez 1999. aasta FIFA Konföderatsioonide karika ning 2003. ja 2011. aasta
CONCACAF'i kuldkarika võistlused.