1949. aastal andis Praha juudi kogukonna nõukogu, mis koosnes Tšehhi maade juudi kogukonnast, muuseumi kontrolli kommunistlikule režiimile üle. 4. aprillil 1950 nimetati see ümber Riigi juutide muuseumiks, mis on kultuuriline institutsioon, mis on jaotatud kuue sünagoogi, tseremooniasaali ja surnuaia üle, mis on asutatud "mälestusmärgina, ajaloolise säilitamise agentuurina ja uurimisinstituudina". Kommunistid tõrjusid judaismi, keelasid kontakti välismaiste teadlastega ja ainsad ekspositsioonid, mida lubati, olid Terezínist pärit laste joonised. Pärast 1968. aasta Nõukogude sissetungi
, korraldati vähe uusi näitusi. Ehkki muuseum oli Tšehhoslovakkia suurim turismiatraktsioon, mis igal aastal tõmbas ligi 700 000 külastajat, oli juudi kogumik teada ainult selle valdkonna teadlastele.