Timor saar Indoneesia arhipelaagis on asustatud kuni 40 000 aastat, seda asustasid järjestikused rände lained Lõuna-India, Malaisia ja Melaneesia. Seda valitsesid väikesed kuningriigid, kes kaubitsesid oma naabritega vürtsidega, orjade ja sandalpuiduga. Portugali asutas saarele asukoha 1633. aastal. 1661. aastal jagati Timor ametlikult Madalmaade ja Portugali vahel ning 1701. aastal määrati Portugali Timori esimene kuberner. Suurema osa järgnevatest kolmest sajandist oli Ida-Timor Portugali koloonia. Teise maailmasõja ajal okupeerisid Ida-Timori Austraalia ja Hollandi väed, seejärel tungisid Jaapani väed.
19. veebruaril 1942. Sparrow Force, Austraalia komandod ja Hollandi väed saarel, käisid sissetungi, kuni Austraalia ja Hollandi väed viidi tagasi 1943. aasta jaanuaris. Ida-Timori rahva abi Austraalialaste aitamisel tekitas Austraalia ja Ida-Timori vahel sideme, mis sai Austraalias populaarseks mütoloogiaks. Pärast sõja lõppu okupeeris Austraalia Timorit, mis toetas Indoneesia iseseisvust Madalmaadelt ja pakkus, et Ida-Timorist saaks Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni (ÜRO) usaldusasutus, kuid astus tagasi Ühendkuningriigi vastuväidete tõttu.