Kui kommunistlik ülestõus lõppes, ühendas Malaisia kuulutus Malaia föderaali Sarawaki ja Sabahiga, et moodustada iseseisev Malaisia riik. Kommunistliku ülestõusuga kaasnevad tingimused
Malaisia uue iseseisva riigi vastu võitlemine viis MCP-i oma ridade sees eriarvamuste mahasurumiseni, põhjustades arvukate fraktsioonide lõhestumist, mis hakkasid omavahel võitlema. See kulmineerus Malaisia Kommunistliku Partei lõpliku lagunemisega 1989. aastal, kui riigi radikaalne vasakpoolsus hakkas otsima alternatiive marksismi-leninismile.