McCain oli Putini Tšetšeenia vabastamise raevukas vastane, kirjeldades seda kui "verist sõda Tšetšeenia tsiviilelanike vastu". Ta väitis: "Jah, on olemas tšetšeeni terroristid, kuid on palju tšetšeene, kes võtsid relvad alles pärast seda, kui Venemaa väed tegid julmusi, kes teenisid esmalt Boris Jeltsini ja seejärel Putini käsul". Nagu teisedki, vaidleb ta, et vene korteripommitused
Selle asemel "on veel usaldusväärseid väiteid, et Venemaa FSB-l oli käsi nende rünnakute läbiviimises". Samuti süüdistas ta Venemaa julgeolekuasutusi poliitilistes mõrvades ja sõltumatute ajakirjanike mõrvades.