Augustis 1945 ignoreeris Jaapani valitsus allaandmise nõudmisi, nagu oli täpsustatud Potsdami deklaratsioonis. Suurema osa oma abilistest toetades kiitis Truman heaks sõjaväe plaanid langetada aatomipommid Jaapani Hiroshima ja Nagasaki linnadele. Hiroshima pommitati 6. augustil ja Nagasaki kolm päeva hiljem, jättes umbes 135 000 surnu; veel 130 000 sureb järgneva viie aasta jooksul kiirgushaiguse ja muude pommiga seotud haiguste tagajärjel. Jaapan nõustus alistuma.
10. augustil, ainsana tingimusel, et keiser Hirohito ei oleks sunnitud abdiceerima; pärast mõnda sisemist arutelu, Truman administratsioon nõustus nende tingimustega alistumise.