Barney määrati 2. juulil 1861 Konföderatsiooni mereväe leitnandiks. Ta juhtis CSS "Jamestown" Hampton Roads'i lahingus, kuulsas lahingus, mille ajal ta vallutas Newport News Pointi lähedal kaks brigit ja Accomaci šuneri, samal ajal kui CSS "Virginia" hoidis liidu mereväe tähelepanu. Pärast Konföderatsiooni evakuatsiooni Norfolki, "Jamestown" oli scuttled blokeerida James River Drewry's Bluff. Järgnevas Drewry's Bluffi lahingus
, kus konföderatsiooni rannapatareid tõrjusid Richmondi poole suunduvate liidu mereväe jõudude eest, peeti Jamestown'i kahureid peamiseks teguriks vaenlase laevade tõrjumisel. Pärast lahingut kiitis konföderatsiooni kongress teda ja ta edutati komandöriks.