Täitke järgmine lause: Bourdais katsetati märkimisväärselt Toro Rosso meeskonnas talvel, kuigi ta oli ebakindel sõidu suunas uude aasta. 6. veebruaril 2009 kinnitati, et ta on Toro Rosso sõitja teiseks aastaks, partneriks on Šveitsi uustulnuk Sébastien Buemi. Vaatamata sellele, et Bourdais võitis aasta jooksul kaks punkti Austraalia Grand Prix's ja Monaco's, oli tal raske oma vähem kogenud meeskonnakaaslasega võrdseks saada. Sisse
Hispaania Bourdais lõi Buemi autot, kui väljak püüdis vältida pööratud Jarno Trullit esimesel ringil, lõpetades võistluse mõlema sõitja jaoks. Suurbritannia Grand Prix'l põrkas Bourdais McLareni sõitja Heikki Kovalaineniga, lõpetades taaskord mõlema võistluse. Saksamaa Grand Prix's tekkis tal mehaaniline rikke pärast kvalifitseerumist viimasena üle sekundi.