Varsti pärast Teise maailmasõja puhkemist 1939. aasta septembris nimetas kindralleitnant sir Thomas Blamey Vasey 6. diviisi staabi liikmeks. 1941. aasta märtsis võttis Vasey üle 19. jalaväebrigadi, mida ta juhtis Kreeka lahingus ja Kreeta lahingus. 1942. aastal Austraaliasse tagasi pöördudes edutati Vasey kindralmajoriks ja sai peasekretäri asetäitjaks. 1942. aasta septembris võttis ta üle 7. diviisi juhtimise ja võitles Jaapaniga Kokoda rongi lahingus.
ja Buna-Gona lahing. 1943. aastal alustas ta oma teist kampaaniat Uus-Guineas, juhtides 7. diviisi Nadzabi maandumisel ja sellele järgnenud Finisterre'i kampaanias.