Kui sõda Mehhikoga puhkes, määrati Morgan 2. Ohio vabatahtliku jalaväe kolonliks. 1847. aasta märtsis määrati ta USA 15. jalaväe rügemendi koloneliks, teenides kindral Winfield Scotti juhtimisel. Et lõpetada sissisõja ja Ameerika sõdurite mõrvamise, võttis kolonel Morgan kinni mitmed silmapaistvad Mehhiko kodanikud ja andis välja kuulutuse, et iga Ameerika sõduri eest, keda sissisõdurid tapsid, hukati üks kodanik. Mõrvad lõppesid kohe. 1848. aastal tõsteti ta brigadigeneralisse.
Churubusco, kus ta sai raskelt haavatud. Ta naasis Ohio'sse, et taastumiseks, ja sai Ohio seadusandja ametliku tänusõna.