Praha kevadel, mis tõi 1968. aastal palju rahvusvahelist tähelepanu, osalesid paljud Palacký akadeemilise kogukonna liikmed demokratiseerimise jõupingutustes, püüdes juhtida valitsevat totalitaarset diktatuuri sotsialistliku demokraatia suunas. Liikumine purustati ja reformid pöörati tagasi, kui ühendati Varssavi Pakti armeed Nõukogude Liidust, Bulgaariast, Ida-Saksamaalt, Ungarist ja Poolast.
tungis Tšehhoslovakkiasse. Järgnes Nõukogude sõjaväe okupatsioon. Sel ajal asutati Olomoucis uus üliõpilasorganisatsioon "Bohemia ja Moravia ülikooliõpilaste liit" ja seejärel korraldati 1968. aasta sügisel üliõpilaste streigid. Samal ajal tehti jõupingutusi, et taastada teoloogia teaduskonna, kuid need ebaõnnestusid ja see jäi vaid Litoměřice'i Karli Ülikooli teoloogia teaduskonna haru ja oli sunnitud 1974. aastal uuesti sulgema.