Lowry juhtis sõjaväetranspordi aurulaeva "George Peabody", mis maandus Hatteras'i lahingus.
1861. aasta augustis. Seejärel juhtis ta kanonilaeva oktoobrist 1861 kuni veebruarini 1862 ja osales Põhja-Atlandi blokaadiskadroni osana Põhja-Carolina operatsioonides, novemberis uputades kolm blokaadlaeva Ocracoke'i sissepääsu juures ja seejärel veebruaril 1862 vallutades vaenlase kindlustused Roanoke saarel ja seejärel osales Elizabeth City vallutamises.