Khoury on tuntud ka oma ulatuslike uurimistega Bütsantsi islamivastasest polemikast. Tema väljaanne Bütsantsi keisri Manuel II Paleoloogi dialoogidest "haritud pärslastega" pälvis suurema tähelepanu, kui seda tsiteeriti 2006. aasta kõnes
Paavst Benedictus XVI, mis tekitas ülemaailmsed vaidlused.