Ta reisis Hongkongi ja suri seal 7. detsembril 1899 südameinfarkti tagajärjel. Tema jäänused maeti Hongkongi ja 1920. aastal ekshumeeriti ja hoiti Andrés Luna majas, et seejärel viia Filipiinidel San Agustini kiriku krüpti niši. Viis aastat hiljem taastati Juan maailmakuulsa kunstnikuna ja tema viimane suur teos "Peuple et Rois" oli Saint Louis'i maailmatallil parim osa.
Missouri osariigis. Mõned tema maalid hävitati tulekahjus II maailmasõjas.