Kirjuta selle lõigu jätkamine - Kindel vastane liidri Angela Merkeli reageerimisele 2010. aasta rändekriisile
Seehofer ähvardas esitada ametliku kaebuse põhiseaduslikule kohtule, kuna ajalooline CDU/CSU liit oli esmakordselt Saksamaal lõhestumise ja üksteise vastu kandideerimise ohus, kuid kumbki ei toimunud. Ta toetab föderaalse piirmäära kehtestamist põgenike arvule, keda Saksa valitsus vastu võtab. Pärast 2017. aasta föderaalvalimistel ajalooliselt halba tulemuse saavutamist kampaaniaga, mida kritiseeriti Alternatiiv Saksamaale jäljendamise pärast, mille tulemus oli kõige halvem alates 1949. aastast, ja 2018. aastal kolmandaks ametiajaks ministripresidendiks kandideerimise ebaõnnestunud katset, avaldas tema partei talle survet tagasi astuda ja selle asemel otsustas võtta ametisse siseminister, ehitus- ja kogukondaminister (esmapilgul mõeldud Joachim Herrmann) Merkli neljandas valitsuses, et kujundada migratsioonipoliitikat tema seisukohtade järgi. 2018. aasta juulis oli Seehoferi ja Merkeli vaheline nädalane lahkarvamus peaaegu valitsuse kukkumise põhjuseks ja tõsiselt ähvardas taas CDU/CSU lõhenemist, kuid lõpuks leidsid nad kompromissi.