Teise maailmasõja ajal oli ta Maroko resident-generaal ja Prantsuse Põhja-Aafrika ülemjuhataja. Noguès oli vapustatud uudistega, et Prantsuse valitsus taotleb relvarahu.
Saksamaaga. 17. juunil 1940 saatis ta telegrammi Bordeaux'le, kus valitsuse asukoht oli: "Kogu Põhja-Aafrika on vapustatud. Sõdurid paluvad, et võitlus jätkuks, kui valitsus ei ole vastu. Ma olen valmis võtma vastutuse selle hoiaku eest, koos kõigi sellega kaasnevate riskidega, st paluma vihjet, et jätkata võitlust. Kuid ta ei kiidanud heaks kindral Charles de Gaulle'i 18. juuni Londoni üleskutse jätkata võitlust, öeldes Briti ühendusohvitserile, et ta arvas, et de Gaulle'i suhtumine on "kohatu" ja keelas Põhja-Aafrika ajakirjandusel avaldada de Gaulle'i üleskutse.