Cooper sai 26. märtsil 1863 4. Kentucky ratsaväe kolonellileitnanti ja aprillis kolonel, kui kolonel Bayles tagasi astus. 4. juunil 1863 sai Cooper vigastada, kui hobune kukkus tema peale Tennessee osariigis Franklinis. Ta juhtis rügementi Chickamauga lahingus 1864. aasta septembris. Cooper naasis 1864. aastal Lexingtonisse, Kentucky's, haiguspuhkusele. Siis juhtis Cooper kohalikke jõude John Hunt Morgani röövlite vastu. Ta keeldus Morganilt Lexingtoni alistumise nõudmisest 9. juunil 1864 ja tõrjus oma väed tagasi. Aprillis 1865 juhtis ta Montgomery, Alabama ja mais ja juulis 1865 Albany, Georgia. Ta sai auväärselt välja 21. augustil 1865. aastal Maconis, Georgias. Ta sai lahinguhinnanguid oma teenistuse eest Shilohis, Corinthis, Richmondis, Chickamaugas, Morgani rünnakul Kentuckysse, Resaca lahingus ja Wilsoni rünnakul Montgomeryle. Ta sai 1867. aasta 2. märtsil leitnant-koloneli ja korrapärase sõjaväe koloneli tiitli, tänu vaprale ja väärilisele teenimisele Resaca lahingus.
Georgias ja Montgomery, Alabama vallutamisel.