1989 osales Janša ühe esimese opositsiooniparteina Sloveenia Sloveenia Demokraatliku Liidu (SDZ) asutamises ning sai selle esimeseks asepresidendiks ja hiljem partei nõukogu esimeeseks. Pärast esimesi vabaid valimisi 1990. aasta mais sai ta Lojze Peterle kabinetis kaitseministriks, ametikohta, mida ta hoidis Sloveenia iseseisvusõja ajal.
1991. aasta juunis ja juulis. Koos siseministri Igor Bavčariga oli Janša peamine organiseerija Sloveenia strateegias Jugoslaavi rahvarühma vastu.