Maskhadov toetas relvastatud vastupanu sellele, mida ta nägi Venemaa okupatsioonina Tšetšeenias, kuid mõistis hukka rünnakud tsiviilisikute vastu. Väidetavalt toetas ta Tšetšeeni pro-Venemaa presidendi Akhmad Kadyrovi mõrva Tšetšeenias ning mõistis hukka 2004. aastal Kataris Tšetšeeni separatistide endise presidendi Yandarbiyevi Venemaa poolt toime pandud mõrva. Maskhadov eitas sageli vastutust üha julmemate terrorirünnakute eest Venemaa tsiviilelanike vastu, mille sooritasid Basajevi järgijad, ning süüdistas pidevalt selliseid juhtumeid välismaal asuvate esindajate kaudu, näiteks Akhmed Zakayev Londonis. Kuid 24. oktoobril 2002 peeti kinni Maskhadovi raadiosõnumid, milles ta kutsus üles terrorismi tegevuse ja sabotaaži suurendamisele Venemaa territooriumil. Maskhadovi osalemist 2002. aasta Moskva teatri pantvangikriisis tõestasid kaks peamist süüdlast, Movsar Barayev ja Abu Said. Kuigi ta algselt eitas vastutust 2004. aasta Nazran rünnaku eest,
, milles hukkus 98 politseinikku/väelast, võttis Maskhadov 2004. aasta juulis avalikult vastutuse rünnakute eest. Samal kuul lubas Maskahdov sarnaseid rünnakuid ja lubas, et Tšetšeenias toimuvate presidendivalimiste võitja on ebaseaduslik ja teda rünnatakse vajaduse korral. Ta kirjeldas Beslani kooli piiramise taga olevaid mässulisi kui "hullumeelseid", kes olid vene brutaalsuse tõttu mõistuse kaotanud, ning nimetas terrorirünnakut õuduseks.