Jaapanlased astusid sõtta 1941. aasta detsembris ja kui nad edenesid lõunasse Papua suunas, leidsid 49. õhurünnakut. Kokoda rongi kampaania ajal
, tehti katse lennutada pataljoni elemendid Kokodale, et toetada 39. pataljoni Kokoda lahingus, kuid see osutus ebaõnnestunud. Hiljem liitusid 49. pataljoni väed Honner Force'iga, mis oli ad hoc üksus, mille ülesandeks oli läbi viia Goldie jõe ääres pikamaa patrullid, et takistada jaapanlastel rööbast lõigata, samas kui ülejäänud pataljon asutas Goldie ja Laloki jõgede vahel seisvad patrullid. Kuigi jaapanlastega kontakti ei tehtud, aitas lahinguväljakul parandada sõdurite väljavaateid ja moraali. Eelmiste kuude jooksul oli pataljoni tugevust suurendatud ja 1942. aasta septembriks oli see 37 ohvitseri ja 818 teise auastme, sealhulgas 12 ohvitseri, kes olid augustis lähetatud kogenud Teise Austraalia keiserliku väe üksustest. Pataljon jätkas laienemist kogu oktoobri ja novembri jooksul, mil enam kui pooled pataljoni töötajad olid vabatahtlikult üle kandnud AIF-i. Koolitusvõimalused jäid siiski piiratuks, isegi kui tehti ettevalmistusi üksuse saatmiseks lahingusse. Umbes sel ajal eraldati pataljoni kuulipildujate kompanii ja koos mitmete teiste militsia kuulipildujate kompaniidega moodustati seitsmes kuulipildujate pataljon.