Pinckney aitas moodustada ja seejärel juhtida St James Mounted Riflemen, kelle eesmärgiks oli kaitsta erinevaid istandusi Santee jõe deltas põhjapoolsetest rünnakutest. Lisaks kasutas ta oma maad Echaw'i istandusel, et ehitada Warren'i patarei, et kaitsta Konföderatsiooni raudtee silda üle Santee. Aja jooksul organiseeriti ta ja tema mehed McClellanville'is tolleaegse majori Arthur Middletoni Manigualti juhtimisel ümber ja hiljem saadeti nad kindral M. C. Butleri juhtimisel Virginiasse. Haw's Shopi lahingus
Pinckney võeti kinni. Sõjavangina jäeti ta peaaegu nälga surnuks ja oli liidu sõdurite poolt Morris Islandil tulirelvas, et kättemaksu võtta liidu sõdurite kohtlemise eest konföderatsiooni poolt. Tema ja teised, keda nii koheldi, said Konföderatsioonis kuue saja surematu nime, kuna nad keeldusid vanduma truudust Ameerika Ühendriikidele. Lõpuks vahetati Pinckney liidu sõduritega ja ta vabastati tingimisi.