1971. aastal, et vältida võimalikku vastasseisu Ida-Pakistani sõjaväe ja rahva vahel, kohtus Khan koos teiste Pakistani poliitikatega 23. märtsil 1971 ühiselt Sheikh Mujibur Rahmaniga. Nad pakkusid Mujeebile valitsuse moodustamisel toetust, kuid oli juba liiga hilja surnult lahkuda, sest Yahya Khan oli juba otsustanud täieliku sõjalise repressiooni. Pakistani suurenev haavatavus ja laialdane rahvusvaheline pahameel sõjaväe repressiooni vastu tekitasid lõpuks olukorra, mis viis sõjani.
Pakistani ja India vahel. See sõda osutus katastroofiliseks ja kulmineerus Pakistani relvajõudude lüüasaamisega Ida-Pakistanis ja uue Bangladeshi riigi loomisega. Lahangu pärast šokeeritud Yahya Khan astus ametist ja sõjaväest tagasi. Kindral Gul Hassan Khani ajal toodi Zulfikar Ali Bhutto Ameerikast tagasi ja ta nimetati presidendiks.