Lugu toimub aastal 3394, tuhat aastat pärast seda, kui inimkond põgeneb Maalt pärast seda, kui see oli hävitatud kuju muutvate tulnukate rassist <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ)) sadade massiivsete kosmoselaevade pardal, mis on loodud planeedi jäänustest. Üks selline laev on Sidonia, mis on välja töötanud oma inimkultuuri, mis põhineb tihedalt Jaapani kultuuril, kus inimese kloonimine, asexualne paljunemine ja inimese geneetiline insener, näiteks inimeste fotosünteesi andmine, on tavaline. Samuti selgus, et selle ühiskonna tipptasemel on salaja antud surematus.
Jaapan