Lee vabastati oma ametist Türgis märtsis 1941 ja varsti pärast Egiptusse saabumist nimetati ta kõrgemaks ohvitseriks lennundusasutuses, mis oli Briti õhujõudude komandör Kreekas, toetades kreeklasi pärast Itaalia sissetungi.
- Jah. Vaatamata algsetele edutele pani sakslaste sekkumine liitlasväed varsti kaitseklassi ning lõpuks ajati brittid välja, esmalt Kreetast, seejärel Egiptusest. Ülejäänud 1941. aastal teenis Lee RAF-i Lähis-Ida juhtimise peakorteris staabiohvitserina (operatsioonid), seejärel Desert Air Force'i õhuväe ülemstaabiohvitseri asetäitjana.