1607. aasta krahvide põgenemine tegi temast ühe kõrgeima geelike tegelase, kes Ulsteris jäi. 1608. aastal, kui Sir Cahir O'Doherty käivitas O'Doherty mässu põletades Derry
MacDonnell ei mõelnud temaga ühinemist. O'Doherty, endine trooni lojaalne, oli vihane kohalike ametnike kohtlemisest. O'Doherty lüüti ja tapeti Kilmacrennani lahingus ning mäss kukkus kokku. Pärast mässu otsustas valitsus luua Ulsteri istandused, mis olid laiemad kui algselt planeeritud. See ei mõjutanud MacDonnelli eriti, sest Antrimi ja Dauni maakonnad jäeti istandusest välja, kuna seal toimus juba ulatuslik Šoti asundamine.