McKay nõustus Dorothea Dixi juhtimisel haiglaõdeks ja alustas oma haiglaelu Fredericki, Marylandis, märtsis 1862, kus talle usaldati suure hulga haavatute hooldamine esimesest Winchester'i lahingust.
- Jah. 1862. aasta septembris oli linn kaks-kolm päeva täis Stonewall Jacksoni korpusest, kes olid teel Lõuna-Montaini ja Antietami. Mässulised vallutasid haigla ja täitsid selle oma haigete ja haavatutega. Vastupanu oli kasutu ja McKay kohtles mässulisi ohvitsere ja mehi viisakalt ning tegi haigete heaks kõik, mis ta võis; tema viisakus ja lahkus tunnistati ning teda koheldi lugupidavalt. Pärast Antietami lahingut olid Frederick City ja selle haiglad täis haavatud, kuid niipea, kui haavatud paranesid, läks ta Washingtonisse ja määrati mõnda aega töötama pealinna haiglates. Jaanuaris läks ta Falmouthi, Virginiasse ja leidis töökoha Third Corps'i haiglas. Siit tekitas ta peagi haigla arengut; halvimast haiglast sai see kõige paremaks sõjaväehaiglast. Kindral David B. Birney ja tema abikaasa toetasid ja julgustasid kõiki tema jõupingutusi selle parandamiseks.