Teise maailmasõja ajal oli Ford strateegiliste teenistuste büroo fotograafiaüksuse juht ja tegi mereväeosakonnale dokumentaalfilme. Ta sai USA mereväe reservi komandöriks. Ta võitis sel ajal veel kaks Oscari auhinda, üks pooldokumentaalfilmi "The Battle of Midway" (1942) ja teine propagandafilmi "" (1943) eest. Ford filmis Jaapani rünnakut Midway'le.
Sand Island'i elektrijaamast ja sai haavata käes.