Pärast Virginias laevastik ühendati Konföderatsiooni mereväega, Barron sai komandöriks ja määrati 10. juunil korralduste ja üksikasjade büroo ülemaks. Barron jäi selle ametikohale 20. juulini, kui konföderatsiooni mereväe sekretär Stephen R. Mallory nõustus Barroni taotlusega saada Virginias ja Põhja-Carolinas ranniku kaitse ülemaks, mis oli Pamlico Soundis asuvate konföderatsiooni kaaperate jaoks oluline sadam. Saabudes 28. augustil oma peakorterisse Fort Hatteras, juhtis Barron nii Hatteras'i kui ka Clark'i kaitset liidu lipuohvitser Silas H. Stringham'i vastu Hatteras'i lahingus.
28.-29. augustil. Barron võeti kinni pärast kahe kindluse alistumist. Viidi läbi New Yorgi sadamas Governors Islandil asuvas Fort Columbusis, seejärel Ft. Warren, Bostoni sadam, Barron vabastati lõpuks vangide vahetuse käigus järgmisel aastal.