Prudnikova mängis Venemaa rahvuskoondises naiste maletähtede olümpiamängudel 1992. ja 1996. aastal, aidates viimati nimetatud võistlusel kolmandale kohale jõuda. Esindades oma vastuvõtvat riiki Jugoslaavia Vabariiki 2000., 2002. ja 2004. aastal, aitas ta oma meeskonnale saavutada auväärse 5. koha 34. mašiolümpiaadil.
2000. aastal. Ta võitis kaks olümpiamängude individuaalset kuldmedali kahel korral: 1992. ja 2002. aastal.