Augustis 1945 määrati Brown kindral Walter Kruegeri juhtimisel kuuenda armee staabiülema asetäitjaks. Kogenud staabiohvitserina osales ta operatsiooni Downfall planeerimisel, mis oli planeeritud Jaapani sissetungiks. Kuid Jaapani impeerium
2. septembril 1945 alistus ja operatsioon tühistati. Brownit autasustati pronksitähe medaliga planeerimisel osalemise eest. Sellel ametikohal osales ta ka Jaapani okupatsioonis.