See vabaduse ja õitsengute periood lõppes 16. sajandil, kui Hispaania viisekuningas Philibert van Oranje hävitas osaliselt Aquila ja asutas selle maapiirkonnas Hispaania feodaali. Linn, mis oli oma juurest eraldatud, ei arenenud enam kunagi. Vanad privileegid tühistati. L'Aquila hävitas taas maavärin
1703. aastal. Järjestikused maavärinad on korduvalt kahjustanud linna suurt katedraali ja hävitanud San Bernardino basiilika esialgse kupli, mis oli kujundatud mööda Santa Maria del Fiore kupli liini Firenzes. Prantsuse väed rüüstasid linna kahel korral aastal 1799.