Haqqani sündis rikka maaomaniku ja kaupmehe pojana 1939. aastal Afganistani Paktia provintsis Zadrani piirkonna Karezgay külas, kuigi perekond kolis hiljem Sultankheli. Ta oli Khosti sadraani hõimu etniline pashtun. Ta õppis 1964. aastal Dar-al-'Ulam Haqqaniya Deobandi seminari ja lõpetas selle, mis andis talle õiguse mawlawi staatusele Peshawaris 1970. aastal. Pärast kuningas Zahir Shahi pagendust ja president Daoud Khan'i võimule tõusmist 1973. aastal hakkas poliitiline olukord Afganistanis aeglaselt muutuma. Mitmed erakonnad, nagu Afganistani Rahva Demokraatlik Partei (PDPA) ja teised, püüdsid võimu. Haqqani oli üks neist, ja pärast seda, kui teda kahtlustati valitsuse vastu vandenõus, läks ta eksiili ja asus asuma Miranshah'is ja selle ümbruses Pakistanis. Sealt hakkas ta 1975. aastal korraldama mässu Daoud Khan'i valitsuse vastu. Pärast 1978. aasta marksistlikku revolutsiooni
PDPA poolt, ühines Haqqani Mawlawi Mohammad Yunus Khalise Hezb-i Islamiga.