Obama tõstis oma esimese ametiaja jooksul Ameerika sõdurite arvu Afganistanis, enne kui ta teise ametiaja jooksul suurema osa sõduritest välja tõi. Ametisse astudes teatas Obama, et USA sõjalist kohalolekut Afganistanis suurendatakse 17.000 uue sõduriga 2009. aasta suvel peale umbes 30.000 sõduri, kes olid juba 2009. aasta alguses Afganistanis. Kaitseminister Robert Gates, riigisekretär Hillary Clinton ja ühiste peasekretäride staabi esimees Michael Mullen rõhutasid kõik täiendavaid vägesid ja Obama saatis pärast pikka läbivaatamisprotsessi täiendavaid sõdureid. Ameerika sõdurite arv Afganistanis jõuab 2010. aastal 100 000-ni. 2012. aastal allkirjastasid USA ja Afganistan strateegilise partnerluslepingu, milles USA nõustus andma Afganistani vägedele üle suured lahingutegevused. Samal aastal nimetas Obama administratsioon Afganistani suureks NATO-väliseks liitlaseks. 2014. aastal teatas Obama, et enamik sõdureid lahkub Afganistani 2016. aasta lõpuks, kuid väike osa jõudude jääb USA saatkonda. 2014. aasta septembris astus Hamid Karzai asemele Ashraf Ghani pärast seda, kui USA aitas läbirääkimistel jõuda Ghani ja Abdullah Abdullah vahelisele võimu jagamise kokkuleppele. 1. jaanuaril 2015 lõpetas USA sõjavägi operatsiooni "Püsiv vabadus" ja alustas "Tõhus toetusmissiooni"
, kus USA läks rohkem treeningule, kuigi mõned lahingud jätkusid. 2015. aasta oktoobris teatas Obama, et USA sõdurid jäävad Afganistani tähtajatu ajaks, et toetada Afganistani valitsust kodusõjas Talibani, al-Qaeda ja ISIL-i vastu. Ühiste peasekretäride juhatuse esimees Martin Dempsey tegi otsuse hoida sõdureid Afganistanis osana pikaajalisest terrorismivastasest operatsioonist, mis ulatub kogu Kesk-Aasiasse. Obama lahkus ametist umbes 8400 USA sõduriga, kes jäid Afganistani.