Greer edutati leitnantkomandöriks ja teenis 1862-1863. Aastal, seejärel määrati ta konteramiraal David Dixon Porteri Mississippi eskadrilli. Kui ta juhtis relvajõude ja osales Vicksburgi kampaanias ja Grand Gulfi pommitamises
samuti ebaõnnestunud Union Red River ekspeditsioon 1864. aasta alguses.