Varsti pärast seda hakkas kaodaism oma mässuliste ideede tõttu eri poliitiliste osalejate tähelepanu äratama, mis lõpuks nägi, et mõned selle fraktsioonid osalesid relvastatud mässul Prantsuse, Jaapani ja kommunistide vastu kuni 1950. aastani. Selle tulemusena oli religioon demilitariseeritud, selle juhid vangistatud ja järgijad represseeritud erinevate poliitiliste režiimide all, mis põhjustas selle mõju languse ühiskonnas. Kui kommunistlikud jõud said Saigoni kukkumise järel täieliku kontrolli
1975. aastal intensiivis religioosne tagakiusamine kaodaistide vastu ja religioon keelati ametlikult. Kuna Tây Ninhi peamine Püha Tooli ja teised kohad olid sügavalt militariseeritud ja nende välised usulised tavad keelatud, näib peaaegu, et religioon kaob ilma järjestikuste liidrite põlvkondade juhtimiseta. Paljud selle järgijad läksid ellujäämiseks maa alla, samas kui teised otsisid religioossest tagakiusamisest välismaale varjupaika, luues nii diaspora kogukondi üle kogu maailma. Pärast majandusreformi perioodi 1990. aastatel suutis kaodaism taastada oma avalik kohalolek oma templite taasalustamise kaudu, kuna religioosne kohalolek sai riigi legitiimsuse. Siiski on see vastuoluline seanssipraktika tänaseni keelatud.