Malagrida mõju Lissaboni õukonnas kohtus peaministri Carvalho, tulevase Pombal'i markiisi, sügava vaenulikkusega. Carvalho püüdis Lissaboni 1755. aasta maavärina järel taastada
, mida Malagrida kuulutas, oli õiglase Jumala karistus patuse rahvale. Carvalho vihastas valitsuse väljendatud kriitikat ja veenis kuningat José't Malagridat novembris 1756 Setubalisse pagendama ja kõik jesuiidid õukonnast eemaldama.