1900. aastal liitus Clarke Pittsburgh Pirates'iga mängijana ja juhina, rollid, mida ta omandas kuni pensionile jäämiseni 1915. aastal. See oli kahtlemata Clarke'i karjääri parim löögihooaeg, sest ta juhtis Major Leagues slugging keskmist ja OPS-i ja juhtis National League'i topeltvõistlustel. Ta lõpetas National League'i löögivõistluste tiitli võitmisel teisena ainult oma meeskonnakaaslase Honuse Wagneri järel. Esimeses maailmameistrivõistluses
Clarke lõi 265, kuid Bostoni Cy Young ja Bill Dinneen võitsid Pittsburghit ning võitsid seeria kaheksas mängus.