Pärast paavst Johannes Paulus II surma 2. aprillil 2005 osales Bergoglio tema matustel ja teda peeti paavstliku järeltulijaks. Ta osales 2005. aasta paavstlikel konklaavil kardinalvalijana.
mis valis paavst Benedictus XVI. John L. Allen Jr. teatas "National Catholic Reporteris", et Bergoglio oli 2005. aasta konklaavi esirinnas. 2005. aasta septembris avaldas Itaalia ajakirja "Limes" väiteid, et Bergoglio oli selles konklaavis kardinal Ratzingerile teise koha ja peamise väljakutse saanud ning et ta oli saanud kolmandas hääletusrühmas 40 häält, kuid langes neljandal ja otsustaval hääletusel 26 hääle juurde. Väited põhinesid päevikul, mis kuulus väidetavalt anonüümsele kardinalile, kes oli konklaavil kohal olnud. Itaalia ajakirjaniku Andrea Tornielli sõnul ei olnud Ladina-Ameerika "papabile" puhul sellist häältesaamist enne nähtud. "La Stampa" teatas, et Bergoglio oli valimiste ajal Ratzingeriga tihedas võitluses, kuni ta esitas emotsionaalse palve, et kardinalid ei peaks tema poolt hääletama. Tornielli sõnul palus Bergoglio seda, et konklaav ei viivitaks liiga palju paavsti valimisega.