Kui Vladislase ainus poeg Louis tapeti Mohaci lahingus 1526. aastal, lõpetades Jagiellonide dünastia valitsemise Tšehhias, valiti Tšehhi aadlike konvent tema õe, Habsburgide arhidüüüt Ferdinand I Austriast, Tšehhi kroonimaa uueks kuningaks. Koos Austria aartshertsogiriigi ja Ungari kuningriigiga moodustasid nad Habsburgide monarhia, mis järgnenud sajandites kasvas Püha Rooma impeeriumist eraldiseisvaks Euroopa riigiks. Boheemia protestantliku reformatsiooni valduste katsed luua autonoomne konföderatsioon purustati 1620. aasta Valge Mäe lahingus
, pärast mida haldus tsentraliseeriti Viinis. Peale selle kaotasid Habsburgide valitsejad Lusatiad Saksimaa valijate kätte pärast Kolmekümneaastast sõda Praha rahus 1635. aastal ning ka enamik Sileesiast koos Kladskoga Preisimaa kuningriigile pärast Esimest Sileesia sõda 1742. aasta Breslau lepingus.