Rebić liitus Eintracht Frankfurtiga hooajalisel laenuperioodil 11. juulil 2016, taasühinedes endise rahvusmeeskonna juhataja Niko Kovačiga. Pärast lühikest võitlust mononukleoosiga tegi Rebić oma debüüdi 17. septembril Bayer Leverkuseni vastu, astudes asendajana sisse ja aidates Marco Fabiánil 2<unk>1 võidu võitmiseks. 5. veebruaril 2017 tegi ta oma uue meeskonna jaoks esimese värava, mis lõpetas 2 - 0 võidu Hesseni meeskonna SV Darmstadt 98 vastu Commerzbank Arenas. 27. mail 2017. aasta DFB-Pokali finaalis võrdles ta
, kuigi Frankfurt kaotas Borussia Dortmundile 2:1.