Järgmisel suvel kuulutati kapten Cristiano Doni kahtlusaluste hulka, kes olid seotud mängude korraldamise skandaaliga (tuntud ka kui "Calcioscommesse"). Atalanta sai 2011/12 Serie A-s kuuepunkti karistuse
19. augustil määrati Donile kolme ja poole aasta pikkune keeld igasugusest jalgpalliga seotud tegevusest, mis lõpetas tema karjääri 38-aastaselt. Ka kaitsjat Thomas Manfredinit süüdistati skandaali kaasamises ja talle määrati esialgu kolmeaastane keeld, kuigi ta hiljem vabastati. Samal suvel sõlmis Atalanta lepingu Argentiina ründaja Germán Denis'iga, kes sai nelja ja poole hooaja jooksul 56 väravaga üheks klubi kõige viljakamaks väravatäitjaks. Hooaja alguses sai Atalanta oma neljas esimeses mängus 10 punkti, samal ajal kui ettevõte töötas end ja oma mängijaid nende süüdistuste eest kaitsmas. Atalanta kogus 52 punkti enne kuuepunktilist karistust, seades uue klubi rekordi kõige rohkem punkte Serie A-s. See järgnes järjepidevatele esitustele kogu hooaja jooksul (26 punkti iga poolaja jooksul) ja neljanda parima kaitsega liigas 43 väravat, võrdselt Bologna ja Fiorentinaga. Klubi kindlustas Serie A turvalisuse neljandal eelviimase mängupäevaga, võites Fiorentinat 2-0 kodumaal, kuid kaotas viimased kolm mängu Milan, Lazio ja Juventus.