Kirjuta selle lõigu jätkamine - aastal 1341 lubas Bohemia kuningas Johann juudiperekondadele elada linna müüride sees ja esimene sünagoog ehitati aastal 1380, kuid 15. sajandi lõpus ja 16. sajandi alguses toimus mitu pogromit. Pärast hussiitide sõdu
, oli linn traditsiooniliselt katoliku kiriku bastionidena Boheemia kuningriigi pikaajaliste religioossete konfliktide ajal. Alates 1526. aastast kuulus Budejovice Habsburgide monarhiasse ja oli kolmekümneaastase sõja ajal keiser Ferdinand II lojaalne toetaja. Budějovice läbis lühiajalise okupatsiooni Preisimaa poolt Sileesia sõdade ajal ja Habsburgide ja Prantsuse sõjaväe vahelises sõjas 1742. aastal.