Czisny lõpetas 2008. aasta Skate Canada Internationali Grand Prix sarjas Joannie Rochette'i ja Fumie Suguri taga. 2009. aasta USA meistrivõistlustel
, ta võitis lühikese programmi üle viie punkti. Ta lõpetas pikas programmis kolmandana, kuid võitis kuldmedali, kuna ta oli lühikeses programmis ees. Czisny võitis oma esimese riikliku tiitli, Rachael Flatti ja Caroline Zhang'i ees. Ta teenis oma teise reisi nelja mandri ja maailmameistrivõistlustel, kus ta lõpetas vastavalt üheksanda ja üheteistkümnenda.