1861. aastal, kodusõja alguses, määras New Yorgi rahvuskaardi komandör, breidžadööri John F. Rathbone, ta Albany depo peameheks. 1862. aasta juunis pärast Savage'i jaama lahingut
Kui Potomaci armee koos oma arstidega taganes, jäi Swinburne sinna, et hoolitseda tuhandete haavatud vangide eest, nii liidu kui ka konföderatsiooni. Austuses tema põhimõttelise seisukohaga andis konföderatsiooni komandör Stonewall Jackson talle luba, lisades isikliku teate, mis lubas tal külastada liidu vangid. 1864. aastal nimetas kuberner Horatio Seymour ta New Yorgi sadama tervishoiuametniku ametikohale ja 1867. aastal nimetas kuberner Reuben Fenton ta uuesti ametisse, teenides kokku kuus aastat kuni 1870. aastani. Oma valitsuse ajal, hoolimata osariigi seadusandjate vastumeelsusest rahaliste vahendite eraldamisel, juhtis ta Swinburne'i ja Hoffmani saarel asuvate seni kõige kaasaegsemate karantiiniasutuste ehitamist.