Pärast Mehhiko iseseisvumist aastal 1821 okupeeris suur Hispaania väeüksus San Juan de Ulua't kuni aastani 1825. See oli viimane Hispaania endise koloonia uus Hispaania koht, mida hispaanlased hoidsid, ja see andis end meessoost kindral Miguel Barragán'ile novembris 1825. President Vicente Guerrero väljasaatmise korralduse põhjenduseks oli nende ebaõnnestunud katse vallutada Mehhiko. Alates sellest ajast on San Juan de Ulúa olnud Mehhiko sõjalise ja poliitilise vastupanu sümbol välisriikide sissetungitele ja okupatsioonidele, tänu mitmele neist, mis toimusid 19. sajandil. 1836. aastal pommitasid prantslased kindluse Veracruzi lahingus pagariõja ajal, konflikti tagajärjel, kus Prantsuse kodanik Mehhikos otsis hüvitist oma väidetavalt kahjustatud pagaripoodi eest; Mehhiko-Ameerika sõja ajal piirasid Ameerika Ühendriigid kindluse.
Sõja ajal, mis oli tekkinud vaidluste tõttu tekkiva Texase Vabariigi üle, okupeerisid prantslased linna 1863. aastal, kui nad asutasid Maximilian I Mehhiko keisriks. Suurema osa 19. sajandist oli kindlus vangla, eriti poliitiliste vangide jaoks, keda peeti valitsuse opositsiooniks. Paljud silmapaistvad Mehhiko poliitikud veetsid siin aega, kui nad ei olnud võimul.