Kui 1861. aastal algas Ameerika kodusõda, astus Fesler liidu poolele. 30. augustil 1861. aastal astus ta liidu armeesse Morgantownis Indianas. Fesler sai 27. Indiana jalaväerügemendist G kompanii kapteniks. Fesler juhtis oma kompanii Esimese Winchesteri lahingus.
ja Cedar mäe lahingus. Aastal 1862 määrati Fesleri rügement 12. armee korpuse juurde, kus ta jäi kogu 1863. aastal. Seejärel juhtis Fesler oma kompanii 17. septembril 1862 Antietami lahingus, Sharpsburgi lähedal, Marylandis. Tema rügemend veetis talve 1862-1863 Stafford Courthouse'is, Virginia's, ja 13. veebruaril 1863 edutati Fesler 27. Indiana rügemendi leitnantkoloneliks. 1863. aasta märtsis anti 12. korpusele, mille osa oli ka 27. Indiana, korpusemärgina täht. 5. mail 1863 sai Fesler haavatud lahingus Chancellorsville'i lahingus Spotsylvania maakonnas, Virginia osariigis. Seejärel juhtis ta ajutiselt 27. Indiana rügementi 2. - 3. juulil 1863. aastal Gettysburgi lahingus, kui rügemendi kolonel määrati selle brigaadi juhiks. Fesler ja tema rügemend osalesid hiljem sel kuul New Yorgi Draft Riots'i allasurumisel.