Pärast 20 aastat poliitilist vaikimist teatas Mousavi 9. märtsil 2009 oma kavatsusest kandideerida 2009. aasta Iraani presidendivalimistel.
- Jah. Ta väitis, et tema peamised eesmärgid on: institutsionaliseerida sotsiaalne õiglus, võrdsus ja ausus, sõnavabadus, juurida välja korruptsioon ja kiirendada Iraani stagneerunud erastamisprotsessi ning seeläbi viia Iraan eemale sellest, mida ta nimetas "armastusepõhise majanduse". Mousavi kritiseeris praegust konservatiivset president Mahmoud Ahmadinejadit tema väidetava majandusliku halva juhtimise eest, küsides, et kui Iraan "saab kasumit kõrge naftahinna eest, kas ta (Ahmadinejad) nägi ette olukorda, kus hinnad langeksid?" 16. märtsil 2009 loobus endine Iraani president Khatami valimistest, toetades Mir-Hossein Mousavi.