4. märtsil 2017 läbis Aubameyang Bundesliga 20 väravat teisel järjestikusel hooajal kahe väravaga Bayer Leverkuseni 6<unk>2 kaotuses. Neli päeva hiljem tegi ta Benfica 4-0 võitmisel hattriigi, mis viis Dortmundi Meistrite Liiga neljandikuni. 20. mail tegi Aubameyang kaks väravat Borussia viimasel mängupäeval Werder Bremeni vastu, lõpetades hooaja Bundesliga parimaks väravatäitjaks 31 väravaga. Lõpuks
2017. aasta 27. mail tegi ta võiduvärava, karistuspunkti, Dortmundi võidu eest Eintracht Frankfurdile 2:1 võrra.