2002. aasta vahetuse tähtaja keskel vahetati ta Florida Marlinsi. Tema hooaja statistika paraneb pärast vahetust. Järgmisel hooajal oli ta taas võtmetähtsusega, aidates kogenematel Marlinsidel võita 2003. aasta maailmameistrivõistlused. NLCS-i kuuendas mängus olid Marlinsid viis out'i kaugusel elimineerimisest, kui Cubsi fänn, Steve Bartman
, takistas potentsiaalselt püütud palli, sirutades oma käed Moisés Alou'le, kui Alou üritas pop-up'i välja panna. Mordecai järgnev kolmest jooksust topeltvõit andis mängu alguse, rõhutades Cubsi ajaloolist kokkuvarisemist, mida mõnikord nimetatakse lihtsalt "Inningiks". Mordecai võitis oma teise maailmameistrivõistluse, kui Marlinsid võitsid World Series'is Yankees'i.