MEK asutati 5. septembril 1965 vasakpoolsete Iraani üliõpilaste poolt, kes olid seotud Iraani Vabadusliikumisega, et seista USA toetatud Shah Mohammad Reza Pahlavi vastu. Organisatsioon osales 1970. aastatel relvastatud konfliktis Pahlavi dünastiaga ja aitas Iraani revolutsiooni ajal Shahi kukutada. Seejärel püüdis ta Iraanis demokraatia rajamist, saades eelkõige toetust Iraani keskklassi intelligentsiast. Pärast Pahlavi langemist keeldus MEK osalemast põhiseaduse referendumil.
Uue valitsuse, mis viis Khomeini takistama Massoud Rajavi ja teised MEK liikmed kandideerida ametisse uue valitsuse. See tekitas konflikte ajatollah Khomeiniga ja 1981. aasta alguses keelasid ametivõimud MEK-i, rakendades ulatuslikku "rühma liikmete ja toetajate vastu võitlemist", mis sundis organisatsiooni maa alla minema.