Täitke järgmine lause: Pärast Mississippi osariigi eraldumist vahetult enne kodusõja algust, Barksdale astus kongressist tagasi, et saada Mississippi militsia adjutant-generaal ja seejärel kvartemister-generaal, brigadier-generaali auastmega, kuupäevaga 1. märts 1861. 1. mail määrati ta 13. Mississipi jalaväe konföderatsiooni armee kolonliks, rügemendiks, mida ta juhtis sel suvel Bull Runi esimeses lahingus ja oktoobris Ball's Bluffi lahingus. Järgmisel kevadel viis ta oma rügemendi Virginia poolsaare ja võitles poolsaare kampaanias ja Seitsme Päeva lahingus. Kui tema brigaadikomandör, brigadigeneral Richard Griffith, sai surmavalt haavatud
Savage'i jaama lahingus 29. juunil 1862. aastal võttis Barksdale endale brigaadi juhtimise ja juhtis seda Malvern Hill'i lahingus kangelaslikus, kuid verises ja asjatult. Brigaad sai tuntuks kui "Barksdale'i Mississipi brigad". Ta edutati 12. augustil 1862 brigadigeneralisse.