Halsey sai Lõuna-Vaikse ookeani piirkonna komandöriks ja juhtis liitlasvägesid Guadalcanali lahingus (1942-1943) ja Solomon'i ahela lahingus.
(1942-1945). 1943. aastal sai ta Kolmanda laevastiku komandöriks, ametikohta, mida ta hoidis kogu sõja lõpuni. Ta osales Leyte lahe lahingus, mis oli Teise maailmasõja suurim merelahing ja mõne kriteeriumi järgi ajaloo suurim merelahing. 1945. aasta detsembris edutati ta laevastiku admiralisse ja ta lahkus aktiivsest teenistusest 1947. aasta märtsis.