1656. aastal tekkisid uuesti pingeid protestantide ja katoliiklaste vahel, mis viisid esimese Villmergeni sõja puhkemiseni. Katoliiklased võitsid ja suutsid säilitada oma poliitilise domineerimise. Toggenburgi sõda
1712. aastal oli konflikt katoliku ja protestandi kantonite vahel. Vastavalt 11. augusti 1712. aasta Aarau rahule ja 16. juuni 1718. aasta Badeni rahule lõppes sõda katoliku hegemoonia lõpuga. 1847 aasta Sonderbundi sõda põhines ka religioonis.