Märtsis 1937 eemaldati Schniewind tema ülikooli ametikohast ja 1938. aasta alguses algatasid võimud kriminaaljuurdluse tema kaasatuse kohta Kirikuga. Ta oli sunnitud võtma 80% palgast maha. Paljud allikad arvavad või viitavad sellele, et ta jäi professoriametist ilma kuni sõja lõpuni.
1945. aasta mais, kuid hiljutine uurimine personaliandmete kohta, mis on säilitatud Halle'i ülikooli arhiivides, näitas, et Schniewind'i professoritöö taastati vaikselt mõne kujul hiljem 1938. aastal. Ei ole teada, kas kriminaalmenetlus on jõudnud süüdistuse esitamise tasemele. Ühe allika sõnul suutis ta lisaks oma loengute pidamisele Kiriku nimel jätkata ka oma õpilaste privaatset juhendamist. Pärast 1939. aastat ühendas ta oma ülikoolitegevuse sõjaväehaigla kirikuisa tööga.