16. sajandil, Guatemala hispaanlaste vallutamise ajal, oli järve kaldal lahing, kus hispaanlased ja nende Kaqchikel liitlased võitsid Tz'utujillid. Pärast Hispaania vallutamist Guatemalas
, rajasid frantsiskaanlased varsti pärast seda Panajachelis kiriku ja kloostri ning kasutasid linna keskpunktina, et pöörata piirkonna põliselanikke katoliku usu vastu. Kiriku esialgne fassaad püsib endiselt ja seda peetakse Guatemalas koloonia stiili üks kalliskivide hulka.