Emory teenis 1862. aastal Potomaci armee brigaadikomandörina ja viidi üle Lääne-teatrile. Ta edutati 1862. aasta 17. märtsil vabatahtlike brigadigeneralisse. Hiljem juhtis ta diviisi Port Hudsoni kampaanias. Seejärel naasis ta Idale üheksateistkümnenda korpuse komandörina, teenides kõigis 1864. aasta Shenandoah Valley kampaania suuremas lahingus.
, eriti Cedar Creeki lahingus, kus Emory tegutsemine aitas päästa liidu armeed laastavast lüüasaamisest kuni major-generaal Philip Sheridani saabumiseni.