Märtsis 1861 sai Ferguson Lõuna-Carolina miliisias kapteniks, seejärel leitnant ja C.S. Armee brigadier-generaal P. G. T. Beauregardi aide-de-camp. Ta oli üks ohvitseridest, kes võttis Fort Sumteris vastu USA armee major Robert Andersoni ametliku alistumise, tõstis esimese Konföderatsiooni lipu ja postitas esimesed valvurid Fort Sumterisse. Pärast piiramist saadeti ta Konföderatsiooni osariikide ajutisele kongressile esitama esimest Konföderatsiooni lippu, mis oli saanud vaenlase tulistamise tagajärjel. Ta oli Shilohi lahingus kindral Beauregardi allkoronel ja aide-de-camp.
- Jah. Farmingtoni lahingus oli ta 28. Mississipi ratsaväe rügemendis. Ta juhtis üksust Vicksburgi kaitsmisel ja aitas peatada USA kindralmajor William T. Shermani ja USA komodoor David Porteri rünnakuid.