Tänapäeval on Kesk-Aasia elanikud erinevate rahvaste, näiteks mongolite, türklaste ja iraanlaste segu. Mongoli vallutus Kesk-Aasias
13. sajandil põhjustasid massilised mõrvad Iraani keelt kõnelevatele inimestele ja piirkonna indoeurooplastele, nende kultuuri ja keeli asendasid mongool-türgi rahvad. Bukhara, Samarkandi, Urgenchi ja teiste sissetungide tagajärjel toimusid massilised mõrvad ja enneolematu hävitus, näiteks osa Khwarezmia täielikult hävitati. Ülejäänud elanikkonnast oli kas ümberasustatud või assimileeritud, abielludes sissetungijatega. Geneetilised uuringud näitavad, et kõik Kesk-Aasia rahvused jagavad mitmesuguseid geneetilisi segu Ida-Euraasia ja Lääne-Euraasia.