Kodusõja puhkemisel oli ta 18. Louisiana jalaväerügemendi komandör, kus ta oli rangelt distsiplinaarne, aga ka eriti sõbralik ja seltskondlik. Haavata Shilohis
1915. aastal sai ta brigadi komandöriks kindral Richard Taylori alluvuses, kellega ta edukalt takistas liidu jõupingutusi kindlustada Bayou Teche'i piirkond Lõuna-Louisiana osariigis. Red River Campaignis sai Mouton surma Mansfieldi lahingus, kui juhtis oma mehi ratsaväe rünnakus.