1991. aastal valiti Batistuta Argentina eest mängima Tšiilis toimunud Copa América's, kus ta lõpetas turniiri kuue väravaga parimaks väravatäitjaks, kui Argentina võitis. Järgmisel aastal võitis ta Argentinaga FIFA Konföderatsioonide karika, lõpetades turniiri parimaks tulistajaks. 1993. aastal mängis Batistuta oma teises Copa América's.
, seekord Ecuadoris, mille Argentina võitis, sest Batistuta tegi mõlemad väravad finaalis Mehhiko üle 2:1.