Badoglio oli peasekretär aastatel 1925-1940. Tema käes oli kogu relvajõudude ülesehitus, sealhulgas doktriin, ohvitseride valik, relvastus, mõjutades kogu sõjalist keskkonda. Badoglio ei pooldanud Itaalia-Saksa terasekokkulepet ja oli pessimistlik Itaalia edu võimaluste suhtes igasuguses Euroopa sõjas. Hoolimata sellistest kahtlustest ei olnud ta vastu Mussolini ja kuninga otsusele kuulutada Prantsusmaale ja Suurbritanniale sõda. Pärast Itaalia armee halba tulemust Kreeka sissetungil
1940. aasta detsembris lahkus ta peastaabist. Badoglio asendas Ugo Cavallero.