16. sajandil, Guatemala hispaanlaste vallutamise ajal, oli järve kaldal lahing, kus hispaanlased ja nende Kaqchikel liitlased võitsid Tz'utujillid. Pärast Hispaania vallutamist Guatemalas
, rajasid frantsiskaanlased varsti pärast seda Panajachelis kiriku ja kloostri ning kasutasid linna keskpunktina, et pöörata piirkonna põliselanikke katoliku usu vastu. Kiriku esialgne fassaad on siiani püsti ja seda peetakse Guatemalas üheks koloonia stiili pärliks.