Linscott määrati operatsioonide ja väljaõppe ohvitseriks amfibiväe, Atlandi laevastiku staabi all kindralmajor Holland Smithi juhtimisel ja ta edutati kolonelli auastmele 1941. aasta oktoobris. Pärast Ameerika Ühendriikide II maailmasõja sisenemist määrati Linscott juunis 1942 Lõuna-Vaikse ookeani merele ja ta liitus aseadmiral Richmond K. Turneri juhitud Lõuna-Vaikse ookeani mere amfibiväe komandöri staabiga. Linscott nimetati personaliülema abiliseks ja osales mitmes suures kampaanias Saalomoni saartel.
, Uus-Georgia, Bougainville ja Gilberti ja Marshalli saared. Ta jäi Turner'i staabile pärast amfibiväe Lõuna-Vaikse ookeani ümbernimetamist kolmanda amfibiväe hulka ja eristas ennast selles võimuses. Hiljem sai ta oma teenistuse eest kaks Legion of Merit'i auhinda.