Hamšík andis 7. detsembril Villarreali vastu Gökhan Inleri avavahetusmärgi jaoks assist ja tegi seejärel otsustava värava, aidates Napolil Hispaanias 2:0 võita. Võit kindlustas kvalifikatsiooni kaheksateistkümnendale voorule väga keerulises grupis, kuhu kuulusid Bayern München ja Manchester City. Hamšík aitas Napolil lõpetada 2011.-2012. aasta hooaja esimese poolaja suurepäraselt, teenides suurepärase värava Napoli 6-1 löögis Genovale 21. detsembril. Hamšík andis ka Goran Pandevi ja Walter Gargano rünnakute eest assist. 2011.-2012. aasta hooaja esimesel poolel oli Hamšík mänginud 16 Serie A mängus.
5 väravat ja 5 assistit. Napoli Euroopa kampaanias osales Hamšík kõikides kuue rühmade kohtumistes ja andis kaks väravat ja ühe assist'i.