Märtsis 1933, vaid kolm kuud pärast seda, kui Adolf Hitler sai kantsleriks, põgenes Eisner Berliinist Pariisi, kus elas üks õde. Siin elas ta ebakindlalt, tehes mistahes tööd (tõlkimine, lapsehoidmine jne) ja töötas võimaluse korral vabakutselise filmikriitikuna erinevates rahvusvahelistes ajakirjades ja ajalehtedes. 1940. aastal arreteeriti ta esimeses "Rafle du billet vert" ja viidi Vel d'Hivisse.
koos sadade teiste vallalisete juudi naistega. Sealt viidi nad Püreneedes asuvasse Gurs'i koonduslaagrisse, mis oli Prantsuse poolt Saksa jaoks korraldatud koonduslaagris. Mõne kuu pärast õnnestus tal põgeneda ja reisida Montpellierisse, kus ta lühiajaliselt õppis, enne kui ta leidis tee Rodezi ja pastori Exbrayati juurde, kes aitas tal võltspabereid saada - ta sai Louise Escoffier'iks Alsace'i piirkonnast. Ta jäi ühendusse Henri Langlois'ga, kes oli Pariisis, ja varjas filmipakkeid üle riigi, et hoida neid natside käest eemal. Üks selline koht oli Kesk-Prantsusmaal Figeaci lähedal Château de Bédueri keldris. Langlois käskis Eisneril minna sinna, et filmid (sealhulgas "Suur diktaator") säilitada. Eisner saavutas selle külma külma tingimustes kuu aega enne raha lõppemist. Vajaduses abi, õnnestus tal saada töö Figeaci tüdrukute koolis. Halva kohtlemise tõttu hakkas ta õpetama saksa keelt mõnele hispaania tüdrukule, kes elasid kohalikus kooliõpetaja Madame Guitardi juures, kes võttis ta enda juurde; ta jäi sinna kuni Pariisi vabastamiseni 1944. aasta augusti lõpuni.