Pinturault ei suutnud 2012. aasta oktoobris Söldenis hooaja algust teha, sest ta vigastas tennise ajal pahkluud ja pidi kolm kuud pausi tegema. Detsembris võitis ta Val-d'Isère'i slalomivõistluses oma teise maailmameistrivõistluse, kus ta üllatas kodumaiseid fännid suurepärase teise jooksmisega, tõustes kuuendast kohast. Ta võitis veenvalt Saksamaa Felix Neureutheri poole sekundi võrra ja tulevase MM-i meistri Marcel Hirscheri, kes oli pärast esimest jooksut 0,57 sekundi võrra ees. Pinturault võitis superkombineeritud võistluse Šveitsis Wengenis, kus tema slalomi oskused olid võti. Pärast 22. koha saavutamist allamäel lõpetas ta 1.15 sekundit Horvaatia Ivica Kostelićist ees. Treeningud allamäge osa oli tema esimene kord allamäge suusatamine kuude jooksul, sest ta jäi hooajal kiirust treening pärast operatsiooni vasaku pahkluu augustis parandada sidemeid kahjustatud mängides tennist. Pinturault ei võitnud 2013. aasta maailmameistrivõistlustel medalit.
, kuid oli neli top-kuus lõpetab. Nädal hiljem võitis ta neljandat maailmameistrivõistlust, esimest hiiglaslaslalomi, Saksamaal Garmischis. Pinturault oli teisel kohal, 0,60 sekundit teisel kohal olnud Hirscherist. 15. märtsil oli ta 2013. aasta Longines Rising Star, kui hooaja parim noor sõitja (alla 23-aastane).