Sebottendorf sündis 17. juulil 1740 Luksemburgis Austria-Madalmaades vanematele Oberst Johann Moritz Sebottendorf van der Rose (d. 1760) ja Maria Anna Bodek von Ellgau (d. 1791). Pärast sõjalisi õpinguid Wiener-Neustadti akadeemias liitus ta 1758. aastal Austria "Waldecki" jalaväerügemendiga nr 35. Baieri pärilussõja ajal
Ta oli tõusnud kapteniks. Aastal 1779 vabastati ta süüdistusest argpüksis. Ta sai 1784. aastal majoriks, märtsis 1787 oberstleutnantiks ja oktoobris 1787 oberstiks.