Duterte jätkas 2016. aastal Filipiinide kommunistliku parteiga rahuvaidlusi, kuid tühistas kõik läbirääkimised 2017. aasta veebruaris pärast rünnakuid ja NPA liikmete sõdurite röövimist, kuulutades ametlikult CPP-NPA terrorirühmituseks. Pärast Maute Grupi juhitud okupatsiooni Marawi
Duterte on kuulutanud Mindanaole välja sõjaseisukorra, mida pikendati hiljem kahe aasta võrra kuni 2019. aastani, et tagada saarel kord. Marawi lahing kestis viis kuud, alates 23. maist kuni 17. oktoobrini 2017, päev pärast võitlejate juhtide Omar Maute ja Isnilon Hapiloni surma. Duterte kuulutas Marawi "terroristide mõju alt vabaks".