Kui kodusõda 1861. aastal algas, liitus Corput Konföderatsiooni armeega. 1861. aastal sai ta kolmanda leitnandina Cherokee suurtükiväe patarei, mis oli värvatud Floyd'i ja Cherokee maakondadest. Mitmed ta sugulased liitusid üksusega, tema vend Felix oli veeremi serjant. Üksus alistus Vicksburgi piiramise ajal, kuid naasis pärast seda kiiresti lahinguväljale. 1864. aastaks oli Corput edutatud kapteniks ja juhtis patarei. Resaca lahingus
selle neli 12-naela Napoleoni vangistati. Corput ise sai sõjavangiks 12. aprillil 1865 Salisburys, Põhja-Carolinas. Ta oli vangis Camp Chase'is, Ohio's kuni vabastamiseni oktoobris.