1862. aasta märtsis määrati Waddell Konföderatsiooni mereväe leitnandiks. Ta saadeti New Orleansi, kus ta töötas kuni aprilli lõpuni laeva hävitamiseni. Järgmisel kuul, teenides kui suurtükiväe ohvitser, osales ta lahingus
Konföderatsiooni rannapatareide ja föderaalriigi relvajõudude vahel Drewry's Bluffis, Virginia. Ta nägi 1862. aasta lõpus ja 1863. aastal Charlestonis, Lõuna-Carolinas, rohkem rannapatarei teenistust. 1863. aasta märtsis lähetati esimene leitnant Waddell Inglismaale, kus ta ootas saadaval olevaid merealaseid positsioone.