1882. aastal jagati teaduskonna Tšehhi ja Saksa osadeks ning loodusteaduste teaduskonnast sai 1920-1939 eraldi institutsioon. Aastal 1939 sulgesid Nazi-Saksamaa okupatsiooniväed kooli ning õpetajad ja õpilased said julmalt tagakiusatud. Pärast okupatsiooni lõppu 1945. aastal õitses kunstiosakond mõne aasta jooksul uuesti; see lõpetati 1948. aastal 1948. aasta kommunistliku riigipöörde tõttu. Õppejõudude prestiiž vähenes kiiresti, kuna paljud lugupeetud õpetajad lahkusid sunniviisiliselt ja võeti kasutusele marksistlikud-leninistlikud uuringud. 1960. aastatel hakkas teaduskonnale aeglaselt avada silmapaistvad ajaloo mõtlejad, kuid see suundumus muutus Nõukogude okupatsiooniga 1968. aastal.
, mille vastu protesteeris teaduskonna õpilane Jan Palach ennast põletades. Pärast kommunistliku režiimi lõppu Tšehhoslovakkias 1989. aastal ja selle esindajate lahkumist teaduskonnast, taastati see kui üks riigi kõige kõrgelt hinnatud ülikooliasutusi.