Morales saadeti Camus' üksusele, 3. liini rügemendile, mis oli suurema osa sõja ajal Tšiili kampaaniate ees. Kuigi ametlikult ei olnud ta sõdur ja ta ei pidanud lahingus osalema, ei takistanud see teda oma rügemendi meestega koos võitlemast. Ta oli tuntud oma suurtel oskustel vintpüssiga. Ta võitles amfiibilises maandumisel ja järgnenud ägedas rünnakus Peruu positsioonidele Pisaguas 2. novembril 1879 ja San Francisco lahingus.
19. novembril. Ta oli oma üksuse meeste eeskujuks, sest hoolis haavatuid enesekindlalt pärast lahinguid. Ta pani end ka mitu korda ohtu, et päästa vangistatud Peruu sõdureid, keda tema kaasmaalased kuritarvitasid.