Pärast Saksa sissetungi 1939. aastal liideti Suur-Poola Natsi-Saksamaaga, saades provintsiks, mida hiljem kutsuti Reichsgau Warthelandiks (mis oli Warta jõe saksa nimi). Natsid klassifitseerisid poola ja juudi elanikkonna ebainimlikuks ja allutasid neile organiseeritud genotsiidi, mis hõlmas massimõrvu ja etnilist puhastust, kusjuures paljud endised ametnikud ja teised, keda natsid pidasid potentsiaalseks vaenlaseks, vangistati või hukati, sealhulgas kurikuulus Fort VII koonduslaagris Poznańis. Poznań kuulutati sõja lõpus kindluslinnaks, mille Punane Armee võttis Poznańi lahingus.
, mis lõppes 22. veebruaril 1945.