Zeman kutsus üles ÜRO Julgeolekunõukogu juhitud ühtseks relvastatud operatsiooniks Islamiriigi (ISIL) vastu. 2015. aasta juunis kommenteeris Zeman: "Kui Euroopa riigid võtavad vastu rändelaine, on nende seas terrorirühmitused, millest on hoiatanud ka Liibüa minister. Sisserändajate vastuvõtmisega hõlbustame tugevalt Islamiriigi laienemist Euroopasse". Zeman kirjeldas Lähis-Ida põgenikke, kes jõuavad Euroopasse
"organiseeritud sissetungina". 2015. aasta septembris lükkas Zeman tagasi Euroopa Liidu ettepaneku kohustuslike rändekvootide kohta, öeldes: "Ainult tulevik näitab, et see oli suur viga".