Sündinud Kilkea, County Kildare, Iirimaa, Shackleton ja tema Anglo-Iirimaa perekond kolis Sydenham külglinna Lõuna-Londonis, kui ta oli kümme. Shackletoni esimene kogemus polaarpiirkondadest oli kapten Robert Falcon Scotti ekspeditsioonil "Discovery" 1901-1904, kus ta saadeti tervislikel põhjustel varakult koju, pärast seda, kui ta ja tema kaaslased Scott ja Edward Adrian Wilson seadisid uue lõuna rekordi, marssides 82 ° lõunalaiuskraadi.
1907.-1909. aastal seadis ta koos kolme kaaslasega uue rekordi kõige kaugema lõunalaiuse 88° lõunaosas, vaid 97 geograafilist miili (112 seaduslikku miili või 180 kilomeetrit) Lõunapoolust, mis on suurim edasiminek poolus uurimise ajaloos. Samuti ronis tema meeskonna liikmed Erebuse mäele, mis on Antarktika kõige aktiivsem vulkaan. Nende saavutuste eest andis kuningas Edward VII Shackletonile kodumaale naasmisel rüütli tiitli.