Kui Napoleon Bonaparte sai aastal 1801 esimeseks konsuliks, allkirjastas ta paavstiga konkordati, milles nõustus taastama endise kiriku vara, sealhulgas Panthéoni. Panthéon oli Pariisi Notre Dame'i katedraali kanoonide jurisdiktsiooni all. Tähtsate sündmuste tähistamine, näiteks Napoleoni võit Austerlitzi lahingus
, seal peeti. Kiriku krüpt oli siiski endiselt ametlik puhkepaik kuulsate prantslaste jaoks. Uus sissepääs otse krüpti tekkis idaportaali kaudu (1809<unk>1811). Kunstnik Antoine-Jean Gros sai tellimuse kaunistada kupli sisemust. See kombineeris kiriku ilmalikku ja religioosset aspekti; see näitas Genevieve'i, kes tõi taevasse inglid, Prantsusmaa suurte juhtide juuresolekul, alates Clovis I ja Charlemagne'ist kuni Napoleonini ja keiseranna Josephine'i.