Jackson alustas oma Ameerika Ühendriikide sõjaväe karjääri USA 1. suurtükiväe rügemendi K-kompaniis teisena luutnantina, läbides Pennsylvania, Ohio ja Mississipi jõe alla New Orleansi, sealt sõitsid väed Texases Point Isabel'i ja saadeti võitlema Mehhiko-Ameerika sõjas 1846-1848. Jacksoni komandol kästi minna kindral Taylor'i juurde ja minna kohe Matamorose ja Camargo kaudu Montereysse ja seejärel Saltillo. Enne Buena Vista lahingut kästi leitnant Jacksoni komandol lahkuda kindral Taylori armee juurest ja marssida Rio Grande suunas, kust nad saadetaks Veracruzi. Ta teenis Veracruzi piiramises.
ja lahingud Contreras, Chapultepec, ja Mexico City, lõpuks teenida kaks brevet edutamine, ja regulaarne armee rütmi leitnant. Thomas Jackson kohtus esimest korda Robert E. Lee'ga Mehhikos.