Pärast seda, kui Jinnah keeldus Põhja-Arakanit Pakistani Dominion'i vastu võtmast, asutasid mõned rohingya vanemad, kes toetasid "džihaadi" liikumist, 1947. aastal Põhja-Arakanis "Mujahid" partei. Mujahidi partei eesmärk oli luua autonoomne islami riik Arakanis. 1950. aastatel hakkasid nad kasutama terminit "Rohingya", mis võib olla termin Rooinga jätkumine, et luua eriline identiteet ja identifitseerida end põliselanikena. Nad olid palju aktiivsemad enne 1962. aasta Burma riigipööret.
Kindral Ne Win, Birma kindral, kes alustas oma sõjaväelist karjääri, võitles Jaapani poolt Teises maailmasõjas. Ne Win korraldas nende vastu sõjalisi operatsioone kahe aastakümne jooksul. Kõige silmapaistvam oli operatsioon "Kuningas draakon", mis toimus 1978. aastal; selle tulemusena põgenesid paljud piirkonna moslemid põgenikena naaberriigis Bangladeshis. Lisaks Bangladeshile rändas suur hulk rohingjaid ka Pakistani Karachi. Rohingya mudžahideenid on endiselt aktiivsed Arakani kaugetes piirkondades.