Kui Coxie Flandriasse naasis, jäi ta Mechelenisse ja võttis oma töökojas kaks õpilast. Kuid Mechelenist oli saanud kultuuriline tühjusmaa, samas kui Antwerpen pakkus atraktiivseid võimalusi, sest paljud hävitatud altarikesed pidid asendama ja selle juhtivad ajaloolastjad Frans Floris ja Willem Key olid just surnud. Ta lõpetas 1575. aastal Antwerpenis altaripilt ja registreeriti 1578. aastal Antwerpenis Saint Luke'i gildi. Ta jäi Antwerpeni ajavahemikul 1580-1585, mil linna valitses kalvinistlik valitsus. Katoliiklasena sai ta isegi kohalikust valitsusest, mis oli katoliiklaste suhtes tolerantne, teenuseid saada. Aastal 1585 registreeriti ta Kloosterstraat'is Antwerpenis üürnikuna, samas kui tema maja Mechelenis oli välja üüritud. Pärast Antwerpni langemist
Ja Hispaania katoliku kontrolli taastamisega linna üle 1585. aastal, sai Coxie koheselt tellimusi Mecheleni patroonidelt, sealhulgas linnavalitsusest. Hispaania kuninga jätkuvat tänulikkust vanema kunstniku vastu ilmnes siis, kui ta 1589. aastal andis talle annuiteedi. Coxie jätkas maalimist ka siis, kui ta oli üle 90 aasta vana. Tema viimane teos, mis pärineb 1592. aastast, oli, mis on täna Brüsselis Püha Miikaeli ja Püha Gudula katedraalis. See sisaldab ühe külgpaneeli tagaküljel ainsa kunstniku poolt maalitud teadaoleva Filiip II portree. Varsti pärast seda suri ta, kui ta sattus õnnetusjuhtumiga alla, kui ta töötas "Saalomoni kohtuotsuse" taastamisel Antwerpeni linnakojas, mille ta oli teinud üheksa aastat varem Antwerpeni linnavolikogule.