Täida järgmine lause: MacRae värvatakse Monroe kerge jalaväe üksusesse ja valitakse kapteniks, kui sellest saab B kompanii, 15. Põhja-Carolina jalaväe rügemend. Aprillis 1862 edutati ta kolonellileitnanti. Poolsaare kampaania ja Teise Manassase ajal oli tema rügement osa Howell Cobbi brigaadist. Antietami lahingus juhtis MacRae brigaadi, mis oli eelnenud paar nädalat kestnud lahingute ajal vähenenud 250 mehele. MacRae'i brigaad tõrjus tagasi kolm liidu rünnakut, kuid langes tagasi, kui tal oli ainult 50 tegelikku meest ja tema laskemoonavarud olid ammendatud. Fredericksburgis võitles ta oma rügemendiga Marye's Heightsis. Kohe pärast lahingut viidi 15. Põhja-Carolina rügement üle brigadegeneraal John Rogers Cooke'i Põhja-Carolina rügemendile. Cooke oli Fredericksburgi lahingus raskelt haavatud ja ta ei naasnud enne 1863. aasta aprillile. 1863. aasta veebruaris edutati MacRae kolonelli. See brigaad teenis Põhja-Carolinas ja Kagu-Virginia kuni Gettysburgi kampaania lõpuni. 1863. aasta veebruaris sai ta kolonelliks ja 1864. aastal brigadigeneraliks. Pärast taasühinemist Põhja-Virginia armee, pälvis MacRae vapruse eest Bristoe jaama lahingus. Pärast seda, kui brigadiigeneral William Whedbee Kirkland sai Cold Harbori lahingus haavata, edutati MacRae ajutiselt brigadiigeneralisse ja määrati Kirkland'i brigaadi juhtimisele (see oli ka brigadiigeneral J. Johnston Pettigrew'i endine brigaad). See on
Reami jaoskonna MacRae'i, Lane'i ja Cooke'i brigadid ajasid välja John Gibboni 2. diviisi Winfield Scott Hancocki II korpuse nende ees ja vallutasid suurtükiväe patarei. Pärast teenistust Boydtoni lahingus jäi MacRae Appomattoxi kampaania ajal sõjaväele.