1942. aasta jaanuaris sai Houghton 40. komando teise komandöriks ja osales liitlaste ebaõnnestunud rünnakus Dieppe'i.
19. augustil 1942. Nagu enamik tema üksusest, vangistati ta sakslaste poolt. Sõjavangina oli Houghton aheldatud 411 päeva ja jäi vangis ülejäänud sõja ajaks. Hiljem anti talle sõjaline risti tema vapruse eest Dieppe'is ja tema vastupidavuse eest sõjavangina.