Kodusõja puhkemisel määrati Brooks 1861. aasta septembris vabatahtlike brigadier-generaliks. Ta juhtis II brigaadi, II diviisi IV korpuse poolsaare kampaanias ja II brigadi, II diviisi VI korpuse Seitsmepäevase lahingus, kus ta sai Savage'i jaama lahingus haavata.
- Jah. Taastus, ta võttis tagasi oma brigaadi juhtimise Maryland Campaign ja juhtis oma mehi Crampton's Gap, kus nad vallutasid Konföderatsiooni lahing lipp kuulub 16. Virginia jalaväe. Antietami lahingus oli Brooks'i brigaad peamiselt reservis, kuigi 48 tunni jooksul oli ta "nii suurtükiväe kui ka snaiperide tulistamise all".