Algsed plaanid Pearl Harbour'i rünnaku jaoks, et kaitsta liikumist "Lõunavarade piirkonda" (jaapani termin Hollandi Ida-Indias ja Kagu-Aasias üldiselt), olid alanud väga varajaselt 1941. aastal admiral Isoroku Yamamoto eestkoste all, kes juhtis Jaapani ühendatud laevastiku. Ta sai Jaapani mereväe peastaabilt nõusoleku rünnaku ametlikuks planeerimiseks ja väljaõppeks alles pärast suurt vaidlust mereväe peakorteriga, sealhulgas ähvardusega tagasi astuda. 1941. aasta kevadel käis täielik planeerimine, peamiselt konteramiraal Ryūnosuke Kusaka, abistades kapten Minoru Genda ja Yamamoto asepealiku, kapten Kameto Kuroshima. Planeerijad uurisid 1940. aasta Briti õhurünnakut Itaalia laevastikul
Taranto's intensiivselt.