Brasiilia jalgpallimeeskonnaga sai Júnior üheksateist rahvusvahelist mängu ajavahemikul 1996-2004 ja tegi ühe värava, mis tuli Costa Rica vastu 2002. aasta FIFA maailmameistrivõistlustel. Ta oli ka varem Brasiilia meeskonna liige, kes osales 1998. aasta CONCACAF Gold Cupil.
ja 2001. aasta Copa América.