15. augustil 1945 alistusid jaapanlased
Liitlasvägedele. Kaks päeva hiljem kuulutati välja Indoneesia iseseisvusdeklaratsioon. Maluku kuulutati Indoneesia Vabariigi provintsiks. Kuid Maluku moodustamine ja positsioon oli tol ajal sunnitud toimuma Jakarta, sest niipea kui jaapanlased alistusid, sisenes Madalmaade Indiase tsiviilvalitsus (NICA) kohe Maluku, et võtta üle kontrolli. Madalmaad kontrollisid Malukuid kuni 1949. aastani, mil Madalmaade ja Indoneesia ümmarguse laua konverentsi kokkulepetes tunnistasid Madalmaad Indoneesia suveräänsust. Hollandlased lahkusid peagi Malukult. Sügava usaldamatuse tõttu Indoneesia juhtkonna vastu, mis oli valdavalt jaava moslemid, kuulutati 1951. aastal Ambonis välja sõltumatu Lõuna-Moluukide vabariik (indoneesia keeles Republik Maluku Selatan), mida toetasid hollandilased. RMS-il oli tugev toetus endiste Moluuka koloonia sõdurite seas. Selle tulemusena tungisid Indoneesia väed Maluku, et purustada separatistid. Indoneesia väed alistasid 1950. aasta novembris mässuliste RMS rühmituse peamise kindluse Ambonis, samas kui Serami saarel jätkus väiksema ulatusega sissisõit kuni 1962. aastani. Amboni lüüasaamine põhjustas aga RMS-i valitsuse põgenemise saarelt ja Hollandi eksiilvalitsuse moodustamise. Järgmisel aastal läks umbes 12000 Moluksa sõdurit koos oma pereliikmetega Hollandi, kus nad asutasid "Lõuna-Moluksa vabariigi" pagulavalitsuse.