Pärast Teise maailmasõja puhkemist värvis Honner 24. oktoobril 1939 Teise Austraalia Keiserliku Väe (2nd AIF). 1939. aasta detsembris võttis ta kaptenirühma juhtimise üle C-kompaniis Lääne-Austraalia jalaväepataljonis. Honner ja tema pataljon purjetasid Lähis-Idasse 1940. aasta aprillis ja saabusid järgmisel kuul. Pärast koolitust Palestiinas läks Honneri kompanii võitlema Lääne-Kauguse kampaania lahingutes itaallaste vastu Bardia lahingus.
, Tobruk ja Derna enne lähetamist Kreekasse pärast Saksa sissetungi aprillis 1941. Kreekas juhtis Honner oma mehi läbi seeria lahingute, kui tugevamad Saksa väed neid tagasi tõrjusid. Hiljem evakueeriti nad Kreetasse, kus nad võtsid osa Retimo lähedal toimunud rasketest lahingutest. Seejärel juhtis Honner rühma üle saare, et vältida kinnipidamist ja pärast kohtumist kuningliku mereväe allveelaevaga evakueeriti nad Aleksandriasse. Hiljem edutati ta majoriks ja tema juhtimise eest Thermopylae'i lähedal toimunud võitlustes Kreeka varasemas kampaanias anti talle sõjaväekruus.