Lisaks Hispaania koloniseerimisele on Filipiinid ka hilisemas ajaloos kannatanud Ameerika koloniseerimise all, mis kestab siiani. 10. detsembril 1898 andis Hispaania Filipiinid Pariisi lepinguga Ameerika Ühendriikidele üle. Sellega algas Ameerika koloniseerimise pikk periood, mis mängis Filipiinide arheoloogias tohutut rolli, sest see võimaldas Ameerika antropoloogidel uurida ulatuslikke arheoloogilisi saite, millel on sügavad tõendid inimese asustuse ja evolutsiooni kohta. Hiljem suutsid arheoloogid nagu H. Otley Beyer panna Filipiinid arheoloogilistele andmetele selliste sündmuste kaudu nagu 1904. aasta St. Louisi maailmatäitlus
, mis alustas arheoloogia arengut Filipiinidel.