Alates 2002. aastast oli Shchekochikhin Sergei Kovalev'i komisjoni liige, kes uuris väiteid, et 1999. aasta Moskva korteripommitused
oli korraldatud Venemaa Föderaalse Julgeolekuteenistuse (FSB) poolt, et luua toetust sõjale.