Hanneken alustas oma karjääri sõjaväelasena ja teenis 1910ndatel ja 1920ndatel banaani sõdades. Ameerika Ühendriikide okupatsiooni ajal Haitil
, mõrvas ta vastupanujuhi Charlemagne Péralte, mille eest ta pälvis Au-medali. Seejärel sai Hanneken ametikohale ja teenis veel mitu kuud Haitil ning sai mereväe risti, sest ta tappis teise mässuliste liidri. Ta sai teise mereväe risti oma tegude eest Nicaragua okupatsiooni ajal 1920. aastate lõpus.