16. septembril 2008 tegi Puyol oma 400-nda esinemise Barselona eest Meistrite liiga rühmade etapi mängus Sporting CP vastu. Liiga hooajal, vaatamata vigastuste probleemidele, osales ta 28 mängus ja aitas neil võita teise liiga tiitli. Tema ainus värav tuli Real Madridi vastu "El Clásico" mängus Santiago Bernabéu'l 2. mail 2009. aastal, mis lõppes 6:2 võiduga, ja ta tähistas oma väravat, suudeldes oma Kataloonia lipu käevõru Madridi vihaste fännide ees. Ta oli meeskonnale oluline, võites ka 2009. aasta Copa del Rey, 2009. aasta Meistrite Liiga, 2009. aasta UEFA Super Cup.
ja 2009. aasta FIFA Klubi maailmameistrivõistlustel, et täita enneolematu kuuevõistlus, esines peaaegu 100 ametlikus mängus.