Järgmise kuue aasta jooksul oli Bogdanov peamine isik varase bolševikluse seas, kelle mõjuvõim oli ainult Vladimir Lenini järel. Aastal 1904-1906 avaldas ta filosoofilise uurimuse "Empiriomonizm" ("Empiriomonism") kolme köite, milles ta püüdis ühendada marksismi Ernst Machi, Wilhelm Ostwaldi ja Richard Avenariuse filosoofiaga. Hiljem mõjutas tema töö mitmeid vene marksistlikke teoreetikuid, sealhulgas Nikolai Buharinit. 1907. aastal aitas ta korraldada 1907. aasta Tiflis pangaröövi.
nii Lenini kui ka Leonid Krasiniga.