Cley mere kaitsetööd on rikutud 1742, 1897, 1953 ja 1996. aastal. Väiksemad sissetungid 1993. ja 1998. aastal. 1953. aasta massiline üleujutus
jõudis 8 km kaugusele Cley'st. 2013. aasta detsembris üleujutas 2 meetri kõrgune torm suure osa Inglismaa ida rannikust ja murdis Cley'i kiviharju, üleujutades kaitseala ja kahjustades või hävitades nahka. Loodusliku Inglismaa toetas kaitseala taastamist ja soola eemaldamist aitasid looduslikud mageveeallikad. Alates 2015. aastast on reserv täielikult taastatud ja funktsionaalne.