1980ndate lõpus, kui Nõukogude Liit langes kriisi, sai Shevardnadze üha ebapopulaarsemaks ja oli konfliktis Nõukogude kõvakäelistega, kellele ei meeldinud tema reformid ja tema pehme joon Läänega. Ta kritiseeris Nõukogude vägede kampaaniat ülestõusu alistamiseks.
oma kodumaal Gruusias 1989. aastal. Gorbatšovi ajal kasvava rangete erakondade mõjule protesteerides astus Shevardnadze 1990. aasta detsembris äkitselt tagasi, öeldes: "Diktatsioon on tulemas". Mõni kuu hiljem ta kartused osaliselt tõestusid, kui kommunistide kõvakäeline riigipöörde edutult kiirendas Nõukogude Liidu lagunemist. Shevardnadze pöördus 1991. aasta novembris lühiajal tagasi Nõukogude Liidu välisministri ametisse, kuid astus koos Gorbatšoviga järgmisel kuul tagasi, kui Nõukogude Liit ametlikult lagunes.