Pärast Batory surma 1586. aastal aitas Zamoyski Sigismund III Vasale saada Poola troon, võitles lühikese kodusõja ajal Habsburgide ardiküti Maximilian III Austria toetusjõudude vastu. Sigismundit toetas Zamoyski ümber, samas kui Maximilianit toetas Zborowski perekond. Zamoyski kaitses Krakovi ja võitis Maximilian'i väed Byczynas
1588. aastal. Selles lahingus, mida Sławomir Leśniewski kirjeldab kui "üks tähtsamaid Poola ajaloos ja kõige tähtsamat Zamoyski sõjalise karjääri jooksul", võeti Maximilian vangi ja tulemuseks oli 1589. aasta Bytomi ja Będzini leping, mis pidi loobuma kõigist pretensioonidest Poola kroonile. Hiljem sel aastal tegi Zamoyski ettepaneku kuningavalimiste reformi kohta, mis ei saanud Seimi poolt vastuvõtu. Zamoyski esitas sellele Seimile projekti, mille kohaselt juhul, kui praegune kuningas sureb ilma järglasteta, ei saa edaspidi Poola troonile kandideerida keegi peale mõne slaavi päritolu kandidaatide. See oli projekt, mis võis isegi ette kujutada mingit liitu katoliku Poola, õigeusu Moskovy ja poolprotestantliku Boheemia vahel. Tegelikult oli see keeruline ja kohmakas vastusettepanek Habsburgide pooldavale poliitikale.