Johnson alustas 2016. aasta hooaega hästi kuue top-10 lõpetamisega oma esimeses kümnes võistluses. Pärast seda, kui ta oli kaks korda kümne parima seast väljas, oli ta Memorial'i turniiri võitmise lähedal, lõpetades ühe löögi pärast lõpliku võitja William McGirt'i. Nädal hiljem sai ta FedEx St. Jude Classicis järjekordse kümnenda koha. Johnson võitis 2016. aasta US Openit.
Ta võitis oma esimese peamise tiitli 19. juunil 2016. aastal oma 29. peamise esinemise ajal. Võit oli vaidluseks, sest Johnson sai ühe löögi karistuse pärast oma viimase raundi lõppu viienda rohelise intsidendi tõttu. Kui ta valmistuda palli par putt, tema pall liigutas kergelt. Johnson astus eemale, öeldes, et ta ei ole palli käsitlenud. Pärast seda, kui ta oli kohtumisel reeglitega tegeleva ametnikuga rääkinud, kästi tal jätkata laskmist, mida ta edukalt tegi. Ta võitis kolme löögiga Shane Lowry, Scott Piercy ja Jim Furyki ees. Liikuva palli juhtum tekitas paljude maailma tippgolfijate pahameelt, kusjuures sellised mängijad nagu Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler ja Webb Simpson kasutasid sotsiaalmeediat, et kritiseerida USGA otsust. Johnson tõusis kolme positsiooni võrra OWGR-is kolmandale kohale pärast seda võitu.