Augustis 2015 nimetati Frederiksen Taani U-21 meeskonna treeneriks, sõlmides kaheaastase lepingu. Tema esimeses mängus kaotasid nad Saksamaale 1<unk>2 sõbralikus mängus Stadion Lohmühle'l Lübecis, Schleswig-Holsteinis. Frederikseni juhtimisel kvalifitseerus Taani UEFA Euroopa U21-de meistrivõistlusele 2017. aastal.
ja 2019, kus nad kukkusid välja rühmade etapis, lõpetades vastavalt kolmandal ja teisel kohal.