Alates 1948. aastast töötas Henkin Ameerika Ühendriikide välisministeeriumi Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni büroos, kus ta oli üks 1951. aasta pagulaste staatuse konventsiooni eest vastutavatest isikutest. See leping kehtestas rahvusvaheliselt kokkulepitud määratluse selle kohta, mis kujutab endast pagulast, ja kehtestas nõuded riikidele, et anda varjupaika selliselt määratud isikutele. Ta lahkus 1956. aastal välisministeeriumist, et õpetada Columbia Ülikoolis tuumarelvatuse teemal, mis sai tema 1958. aasta raamatu "Relvade kontroll ja inspekteerimine Ameerika seaduses" teemaks. Alates 1958. aastast õpetas ta Pennsylvania Ülikoolis, jätkates oma tööd, mis avaldati kui "Berliini kriis"
ja Ühinenud Rahvaste Organisatsioon" aastal 1959 ning raamat "Disarmament: The Lawyer's Interests", mis ilmus aastal 1964.