Seixase klaviatuuriteosed on kirjutatud mitmesugustele instrumentidele, sealhulgas orgule, klavichoorile ja klavichoorile. Stiilselt vaadates on tema sonatades siiski esindatud erinevaid muusikastiile: mõned on barokk-tokkata eeskuju; mõned on kindlalt galantne stiil; mõned on selgelt mõjutatud saksa "Empfindsamer Stil" (sõna otseses mõttes "tundlik stiil"). Vaatamata sellele, et ta reisis harva või mitte kunagi väljaspool Lissabonit, hõlmab tema töö ka erinevaid geograafilisi stiile, nagu Saksa Mannheimi kool, Prantsuse minuett ja tema kolleeg ja kaasaegne Scarlatti koostatud itaalia stiil. Santiago Kastner, Seixase biograaf ja tema teoste toimetaja, kirjeldab Seixase teoseid kui "vaba" konkreetsest vormist ja sageli improviseeritud. Suur osa tema töödest hävis maavärinas.
mis hävitas Lissaboni 1755. aastal. Vaid kolm orkesteritööd ja umbes sada klaviatuursonati üle väidetava seitsme saja on säilinud, lisaks käputäis kooriteoste liturgiliseks kasutamiseks (palju konservatiivsem kui tema instrumentaalsest muusikast oodata).