Teise maailmasõja alguses määrati Protée 3. allveelaevade diviisile, mis asus Toulonis, koos oma õdede ja õdedega. 1940. aasta veebruari alguses saadeti 3. allveelaevade diviis lühikest aega Casablancasse, et jälgida Kanari saari, kus oli paar Saksa kaubalaeva. Allveelaevade diviis määrati 12. aprillil Vahemere teatrile, esmalt Bizerte'i, seejärel ilma "Fresnel'ita" Beiruti, Briti ülemjuhataja alluvuses Aleksandrias. "Protée" osales mitmetes patrullides Dodekanese'is kuni Prantsusmaa ja Saksamaa vahelise relvarahu allkirjastamiseni.
22. juunil 1940. 25. juunil, mil relvarahu jõustus, ignoreeris "Protée" kapten käsu naasta Beiruti ja sõitis selle asemel Aleksandriasse, muutudes osa Force X-st. Kaptenit karistati selle intsidendi eest.