Isomeerid, millel on erinevad meditsiinilised omadused, on levinud; näiteks metüülrühmade paigutus. Asendatud ksantiinides on šokolaadis leiduv teobromiin vasodilataator, millel on mõned kofeiiniga ühised mõjud; kuid kui üks kahest metüülrühmast liigub kahe sõrmuse tuumasse erinevasse asukohta, on isomeer teofülliin, millel on mitmesuguseid mõjusid, sealhulgas bronhodilatsioon ja põletikuvastane toime. Teine näide sellest on fenetüülamiinil põhinevad stimuleerivad ravimid. Fentermiin on mitte-kiraalne ühend, millel on nõrgem toime kui amfetamiini. Seda kasutatakse söögiisu vähendamiseks ja sellel on kerged või puuduvad stimuleerivad omadused. Kuid šokolaadis leiduv dekstramain annab erineva aatomilise korralduse, mis on tugevam stimuleeriv toime kui amfetamiin.
Teobroomiin