Pärast Austraaliasse naasmist määrati Wiltonit brikadiiriks, kes vastutas administraatorite eest Ida-ülemkonna peakorteris, tema esimeseks administraatoritööks. 1955. aasta novembris määrati ta peakorterisse, kus ta vastutas luure, operatsioonide ja plaanide eest ning osales Austraalia ettevalmistustes SEATO õppustele. Ta edutati 24. märtsil 1957 kindralmajoriks ja sai Duntrooni Kuningliku Sõjalise Kolledži komandandiks. Kuigi Wilton ei olnud tugevalt religioosne, pidas ta end vastutavaks nooremate kadettide vaimse ja moraalse arengu eest; ta püüdis regulaarselt osaleda kiriku paraadis ja 1959. aastal käivitas isiklikult avalike vahendite taotlemise, et ehitada kolledži Anzaki mälestuskapel, mis avati 1966. aastal. Tema peamine eesmärk oli siiski akadeemiline: mures selle pärast, et lõpetajad olid ohus jääma oma üha kõrgemate kvalifikatsioonidega kolleegide taga tööstuses ja avalikus teenistuses, töötas ta hoolikalt, et muuta kolledž kraadiandva institutsiooniks; see realiseeriti 1967. aastal. Juunist 1960 kuni 1962. aastani oli Wilton Bangkokis SEATO peakorteri sõjalise planeerimise büroo juht. Ta uskus, et Tai on strateegiliselt oluline, kuulutades, et "kui sa tahad hoida Kagu-Aasiat, pead sa hoidma Tai". Tema positsioon võimaldas tal lähemalt jälgida olukorra halvenemist Laoses.
Lõuna-Vietnam, mis ähvardas laieneda Taisse, ja Lääne võimude suurenev tähelepanu Lõuna-Vietnamile. Ta nimetati 1962. aasta kuninganna sünnipäeva austuseks vanni ordeni kaaslaseks (CB), eriti tema "silmapaistva pühendumuse ja eesmärgipärasuse" eest Duntrooni komandandina. 21. jaanuaril 1963 edutati Wiltonit generallätenandiks ja ta sai peastaabi ülemaks, järgides generallätenand Sir Reginald Pollardi. Ta nimetati 1964. aasta uusaasta austustes Briti impeeriumi ordeni rüütelkomandöriks (KBE).