Li Zongren sündis Guangxi provintsis Guilin'i lähedal asuvas Xixiangi külas, viiest poisist ja kolmest tüdrukust koosneva Hani perekonna teisena. Tema isa, Li Peiying (李培英), oli küla kooliõpetaja. Pärast tühiselt haridust läks Li provintsi sõjalise kooli. Ta ühines 1910. aastal Sun Yat-seni revolutsioonilise parteiga Tongmenghui, kuid sel ajal ei mõistnud ta eriti Sun'i laiemaid eesmärke reformida ja rahvast taasühineda. Li koduprovints Guangxi oli ka Taipingi koduprovints.
Kindral Li Xiucheng, kellega Li perekond väitis, et on sugulane.