Pärast teenimist sellel jaamas edutati Clay 29. aprillil 1802 kapteniks. Ta teenis 20. juulist 1805 kuni maini 1808 Belfastis reguleeriva ohvitserina ja ühines seejärel 98-kauni komandörina. Sel ajal oli "St George" kontradmiraal Sir Eliab Harveyle lipplaevad. Seejärel võttis Clay 6. veebruaril 1809 üle 98-kaunilise laeva juhtimise ja andis käsu naasta Baltikumi kui kontradmiraal Sir Manley Dixoni lipplaev. Sõda oli alanud taanlaste vastu.
Pärast Kopenhaageni teist lahingut 1807. aastal ja Briti laevastiku oli asunud Läänemere all Sir James Saumarez. "Temeraire" saabus 1809. aasta mais ja saadeti Karlskrona blokeerimiseks Rootsi rannikul.