Sõda puhkes 1939. aasta septembris ja Möller liitus sõjaväega. Ta võttis oma kohustused tagasi, kuigi liit oli kuni 1945. aastani üsna mitteaktiivne.
- Jah. Sel aastal suri Nirrnheim paar päeva pärast oma kaheksakümnendat sünnipäeva ja Möller naasis sõjast Hamburgi, jätkates oma kohustusi nii Hamburgi Ajalooühenduses kui ka linna arhiivide juhtimismeeskonna vanemana liikmena. 1948. aastal nimetati ta asukohariigi direktoriks (juht). Ta astus ametisse 1948. aasta 1. jaanuaril, kuid saadeti seejärel 1948. aasta veebruari alguses puhkusele, seistes silmitsi vallandamise väljavaatega.