Sõda puhkes 1939. aasta septembris ja enamikule Pariisi elanikele ei olnud vahetuid muutusi. Kuid mitut tuhat saksa poliitilist põgenikku, kes otsisid tagakiusamise eest varjupaika Pariisis, ei kogenud seda. Leo Bauer oli nende seas, kes arreteeriti 1939. aasta septembris Pariisis. Teda hoiti järjestikustes internatsioonilaagrites sellest ajast kuni Prantsuse-Saksa relvarahu sõlmimiseni
1940. aasta juunis. 1940. aasta juulis suutis ta koos oma partei kaaslasega Šveitsi põgeneda. Šveitsis elas ta ebaseaduslikult Genfis pangatöötaja isiksuse all ja nime "Paul-Eric Perret". Ta sai kommunistliku partei informandiks / kontaktisikuks ("Vertrauensmann") Lääne-Šveitsis ja osales "piiri töös", mis hõlmas Prantsuse-Šveitsi piiri.