Pärast sõda õppis Mackay füüsikat Cambridge'i ülikoolis Ernest Rutherfordi juhtimisel, enne kui ta naasis Austraaliasse ja asus oma vanas töökohal loenguõpetajana Sydney ülikoolis. Aastatel 1933-1940 oli ta Sydney Cranbrooki kooli direktor. Ta jäi sõdade vahel militsisse ja oli teise maailmasõja puhkemisel kindralmajor. Ta valiti juhtima 6. diviisi 1940. aastal ja juhtis seda Austraalia armee esimeses lahingus. Kõik kahtlused tema võimete kohta kadusid varsti, kui diviis oli pühendunud Lääne-Kaugumaale. Bardia lahingu ajal
1941. aasta jaanuaris vallutas 6. diviis kindlustatud linna koos 36 000 Itaalia vangiga. Kreeka lahingus oli ta ainus Austraalia kindral, kes astus lahingus "Waffen-SS" vastu. Ta kannatas Kreekas mitmeid tagasilööke, kuid avaldas oma vägedele suurt muljet oma vaprusega tulekahjus. 1941. aastal kutsuti ta tagasi Austraaliasse, kus ta teenis koduvõimude ülemohvitserina. 6. aprillil 1942 võttis ta üle teise armee juhtimise. 1943. aastal juhtis ta kaks korda Uus-Guinea vägesid Uus-Guinea kampaanias. Tema aktiivne teenistus lõppes tema ametisse nimetamisega India ülemvoliniku ametisse novembris 1943.