29. septembril 1938 kutsuti Thomas tagasi aktiivse teenistusse ja liitus lahingulaeva meeskonnaga. 13. augustil 1939 liitus ta rändlaevaga, kus ta teenis, kui puhkes Teine maailmasõda. 27. juunil 1940 edutati ta komandöriks. Pärast seda, kui itaallased selle Souda lahel uppusid,
, määrati ta kuningliku mereväe rannasüsteemis Egiptuses asuvasse HMS "Nile" ja teenis Vahemere laevastiku ülemjuhataja staabis. Ta abiellus teist korda 10. septembril 1941 Mary Fedora Douglas-Watsoniga, kes oli pianist ja helilooja. Ta oli kaaslaevaohvitseri komandör Francis Douglas-Watsoni lesk ja endise Austraalia senaatori Anthony St Ledgeri tütar.