Pettus ja tema komandörid võtsid osa 1864. aasta Atlanta kampaaniast, võitlesid Kennesaw mäe lahingus 27. juunil Atlanta
22. juulil ja Jonesborough 31. augustist 1. septembrini. Alates 17. detsembrist juhtis ta ajutiselt Tennessee armee diviisi. Carolinas'e 1865. aasta kampaania ajal saadeti Pettus kaitsma Columbia't Lõuna-Carolinas ja võitles Bentonville'is 19.-21. märtsil. Pettus sai selles lahingus haavata, sai esimesel lahingupäeval löögi paremale jalale. 2. mail vabastati ta Salisbury'st, Põhja-Carolinas, ja neli kuud pärast Konföderatsiooni alistumist andestas USA president Andrew Johnson 20. oktoobril Pettusele armu.