Prints Sadruddin nimetati 1966. aasta jaanuaris ÜRO pagulaste ülemvoliniku ametisse, olles kolm aastat olnud selle ülemvoliniku asetäitja. 33-aastaselt sai temast noorim inimene, kes on UNHCR-i juhtinud. Järgmise kaheteistkümne aasta jooksul juhtis ta ÜRO pagulasagentuuri läbi ühe selle kõige raskemate perioodide, koordineerides rahvusvahelist vastust 1971. aasta Bangladeshi kriisile.
1972 sadade tuhandete hutude põgenemine Burundi'st Tansaaniasse ja 1970. aastate keskpaigas toimunud Vietnami paadiinimeste tragöödia. 1972. aastal mängis prints Sadruddin olulist rolli kümnete tuhandete Lõuna-Aasia elanike uute kodude leidmises, keda Idi Amin Ugandast välja ajas.