Augustis 1936 arreteeris teda Ioannis Metaxas' režiimi riigikaitse ja vangistas. Vanglast avaldas ta kirja, milles ta kutsus kõiki kreeklasi üles Itaalia sissetungile vastu seisma
1940. aasta oktoobri sõda ja muuta sõda antifasistlikuks sõjaks. Mõned KKE kaadrid, kes ei uskunud, et käimasolev suurimperialistlike riikide vaheline sõda erineb Esimese Maailmasõjast, kuna Nõukogude Liit on maailmale esinenud, arvasid, et see kiri on Metaxas' režiimi poolt valmistatud. Zachariadist süüdistati isegi selles, et ta andis selle välja, et võita Konstantinos Maniadakise soosing ja saada vanglast vabaks. Zachariadise kiri jääb KKE olulise panuse nurgakiviks rahvusliku vastupanu liikumisele fašistlike okupatorite vastu (1941-1944).