Kirjuta sellele lõigule edasi - Kovalyov on olnud Boris Jeltsini ja Vladimir Putini valitsuste autoritaarsete kalduvuste aus kriitik. 1996. aastal astus ta tagasi Jeltsini presidendi inimõiguste komisjoni juhina, olles avaldanud Jeltsinile avatud kirja, kus Kovalyov süüdistas president demokraatlikest põhimõtetest loobumises. 2002. aastal korraldas ta avaliku komisjoni, et uurida 1999. aasta Moskva korteripommitusi.
(Kovaljovi komisjon), mis oli praktiliselt halvatud pärast seda, kui üks selle liikmetest, Sergei Jušenkov, mõrvati, teine liige, Jüri Štšekošihin, väidetavalt mürgitati taaliumiga, ja selle advokaat ja uurija, Mihail Trepashin, arreteeriti.