Täitke järgmine lause: 13. juulil 2011 teatati, et Jonathan lahkub Santosist, et treenida Serie A hiiglane Inter Milaniga, kuni üleandmine lõpule jõuab. Kaks päeva hiljem, 15. juulil, sai temast ametlikult Interi mängija, kirjutades alla nelja-aastasele lepingule. Jonathan tegi Interis debüüdi 11. septembril 2011. aasta teisel nädalal
2011-12 Serie A, mängis 90 minutit Palermos 4-3 kaotuses. Kolm päeva hiljem tegi Jonathan oma debüüdi Meistrite Liigas, mängides kogu matši esimesel mängupäeval Türgi poolel Trabzonsporil, mis kaotas San Siros 0-1.