Veneetsia vastu käidud kallid sõjad ja Must Surma laastav mõju vähendasid suuresti Genova mereväe jõudu. Suuremate rahvusriikide tõus vähendas ka suhteliselt väikese linnriigi võimet sõjaliselt konkureerida. Genova alustas (prantsuse toetusega) ristisõja
1390. aastal Tuneesia vastu, eesmärgiga kaitsta Genova kaubanduskoloniisid moslemite piraatide eest. Sõja ajal varustas Genova merevägi laevu, samas kui Prantsuse rüütlid piirasid Mahdi kindluse. Sõda oli kristlike jõudude edukas, kuid põhjustas ka prantslaste poliitilise mõju saamise Genovas, mis oli sunnitud kuulutama end 1396. aastal prantsuse liidumaaks. Genova merevägi pandi Prantsuse kontrolli alla ja 7. oktoobril 1403 alistas Veneetsia seda otsustavalt Modoni lahingus, pärast seda, kui Genova laevastik ründas Veneetsia kaubanduskoloniisid. Vabariik saavutas iseseisvuse Prantsusmaalt aastal 1409, kuid sõjaväe prestiiž oli tõsiselt kahjustatud ja linn jäi nii Prantsusmaale kui ka Aragonile ihaldusväärseks poliitiliseks vallutuseks. Aastal 1435 saadeti Milano taotlusel Genova laevastiku Gaeta linna, mida Aragon piiras. Tol ajal võitlesid Milano hertsog ja Aragoni kuningas selle üle, kes kontrollib Sitsiilia kuningriiki. Genova laevastiku jõudis Gaeta ja purustas arvuliselt ülekaalus Aragonia laevastiku Ponza lahingus. Aragoni lipplaev oli sunnitud alla andma ja Aragoni kuningas Alfonso V vangistati. Vaatamata sellele tagasilöögile võitis Aragon konfliktis ja Sitsiiliat sai Aragoni kontrolli alla, muutes läbisõidu Messina väina raskeks ja häirides veelgi Genova mereväe tegevust.