Kirjuta selle paragrahvi jätkamine - abimeister Jimmy Murphy võttis juhina üle, kui Busby taastas oma vigastused ja klubi ajutine pool jõudis FA karika finaali, mille nad kaotasid Bolton Wanderersile. Tunnustades meeskonna tragöödiat, kutsus UEFA klubi osalema 1958.-59. aasta Euroopa karikavõistlustel koos võistkonna võistlejate Wolverhampton Wanderers'iga. Hoolimata jalgpalliliidu heakskiidust otsustas jalgpalliliiga, et klubi ei tohiks võistlusele osaleda, kuna see ei olnud kvalifitseerunud. Busby ehitas meeskonna ümber 1960. aastatel, värbades sellised mängijad nagu Denis Law ja Pat Crerand, kes koos järgmise põlvkonna noorte mängijatega, sealhulgas George Best, võitsid FA karika 1963. aastal. Järgmisel hooajal lõpetasid nad liigas teisena, seejärel võitsid tiitli 1965. ja 1967. aastal. 1968. aastal sai Manchester Unitedist esimene Inglismaa (ja teine Briti) klubi, kes võitis Euroopa karika, võites Benfica 4-1 finaalis meeskonnaga, milles oli kolm Euroopa aasta jalgpallurit: Bobby Charlton, Denis Law ja George Best. Seejärel esindasid nad Euroopat 1968. aasta Intercontinental Cupis.
Argentina Estudiantes'i vastu, kuid kaotas pärast esimese etapi kaotust Buenos Aireses, enne Old Traffordil kolm nädalat hiljem 1:1 tasapisi mängimist. Busby lahkus treenerina 1969. aastal, enne kui ta asendati varurühma treener, endine Manchester Unitedi mängija Wilf McGuinness.