Kościuszko naasis Poolale 1784. aastal ja sai 1789. aastal Poola-Leedu Rahvaste Ühenduse armee kindralmajoriks. Pärast 1792. aasta Poola-Vene sõda
1794. aasta märtsis juhtis ta ülestõusu Vene impeeriumi vastu, kuni ta vangistati Maciejowice lahingus oktoobris 1794. Kościuszko ülestõusu lüüasaamine novembris viis Poola kolmanda jagamiseni aastal 1795, mis lõpetas Rahvaste Ühenduse. 1796. aastal, pärast tsaar Catherine II surma, andestas tema järeltulija tsaar Paul I Kościuszkole andeks ja ta emigreeris Ameerika Ühendriikidesse. Thomas Jeffersoni lähedane sõber, kellega ta jagas inimõiguste ideaale, Kościuszko kirjutas 1798. aastal testamendi, pühendades oma USA varad USA orjade haridusele ja vabadusele. Lõpuks naasis Kościuszko Euroopasse ja elas Šveitsis kuni oma surmani aastal 1817. Tema testamendi täitmine osutus hiljem raskeks ja vahendeid ei kasutatud kunagi Kościuszko kavandatud otstarbeks.