1. novembril 1864 nimetati José Luís Brasiilia peamise sõjaväe 2. diviisi komandöriks, mida siis kutsuti "Lõuna armeeks" ja mida juhtis tema onu feldmaršal João Propício Mena Barreto (hiljem São Gabrieli baron). Lõuna Armee tungis 1. detsembril Uruguaisse. José Luís osales piiramises
Uruguay linna Paysandú, mis langes 2. jaanuaril 1865. Seejärel piirasid Brasiilia armee ja tema liitlased Coloradosid Uruguay pealinna Montevideot. Enne kui linna rünnaku alustati, kapituleerisid blancosid, lõpetades konflikti.