Pärast sõda oli O'Doherty jätkuvalt lojaalne kroonile, kuid 1608. aastal, pärast vaidlust Derry uue kuberneriga, tõusis O'Doherty mässu, kus lossi oli tema peakorter. Derry põletamine
Aprillis vallandas see, mis sai tuntuks kui O'Doherty ülestõus. Vastuseks saatsid Dublini ametivõimud väed O'Doherty Inishoweni südamaa vallutama. Pärast piiramist vallutasid nad Burt'i lossi ja vabastasid Derrys kinni peetud vangid. Varsti pärast seda tapeti O'Doherty Kilmacrennani lahingus ja mäss kukkus kokku.