Kui uudised kodusõjast jõudsid Minnesotasse, ühinesid Bloomer ja tema nõod Stillwater Guards'iga, kohaliku militsirühmaga. Gardid liideti 29. aprillil 1861 Fort Snellingi esimesesse Minessota vabatahtliku jalaväerügementi, moodustades B-kompanii tuuma. Bloomerile anti algselt koprallikraadi ja ta osales kõigis rügemendi suuremates võitlustes kuni Antietami lahinguni. Ta sai Bull Runi lahingus kergelt peahaava. Savage'i jaama lahingu ajal
29. juunil 1862, mis oli osa Peninsula kampaaniast, edutati Bloomerit värvi seersantiks. Keset võitlust tapeti lipu kandja. Bloomer võttis värvid ja eraldati rügemendist viis tundi. Ta andis väeväe värvid tagasi ja ta edutati oma vapruse eest.