Kirjutage selle lõigu jätkumine - 1861. aasta aprillis Konföderatsiooni armee liikmeks astudes sai Kennedy E kompanii 2. Lõuna-Carolina jalaväerügemendi kapteniks, tema Camdenis elava koloneli Joseph Brevard Kershaw juhtimisel. Esimese Manassase lahingus tabas teda Minie pall ja ta sai raskelt haavatud. Taastumisel edutati ta kolonelliks, kui Kershaw edutati brigadigeneraaliks. Kennedy esimene rügemendi juhtimise tegevus toimus lahingus Nine-Mile Roadil Richmondis, Virginia lähedal, 1862. aasta juunis poolsaare kampaania ajal. Pärast Savage'i jaama lahingut
Ta oli mitu nädalat palaviku tõttu invaliidsena. Ta naasis oma rügemendile Maryland Campaign'i ajaks. Stonewall Jacksoni poolt Harpers Ferry vallutamise ajal oli Kennedy koos Kershaw'i brigaadiga Maryland Heights'i vallutamisel. Ta juhtis oma rügementi Kershaw'i vasturünnakus Antietami lahingus, juhtides osa liidu II korpusest enne teda. Kuid ta sai esimeses rünnakus valusalt vigastada, kui ta Hagerstown Pike'i ääres puidust tara ületas. Kennedy juhtis 2. ja 8. Lõuna-Carolinasse, et saada Gen. Howell Cobbi toetust Marye's Heightsis, Fredericksburgi kõige kuumemas lahingus.