1878. aastal tegutses ta Pariisi näitusel India osa arhitekti ja India valitsuse kaubandusagendina. Aastal 1880 korraldas Clarke South Kensingtoni India kogud, mis viis India erivolinikuna ja seejärel 1883. aastal South Kensingtoni India muuseumi hooldajaks. Tema omandamisse kuulusid Hamzanama fooliod, Põhja-India ja Iraani kunstnike varased Mughal illustreeringud Hamza eepilistest seiklustest. Samuti ostis ta kaasaegseid käsitööd, arhitektuurilist puidutööd ja joonistusi. Aastal 1892 määrati Clarke kunstide kogumite hooldajaks, aastal 1893 edutati asedirektoriks, enne kui lõpuks sai direktoriks 1896. aastal. Oma direktoritöö ajal täitis ta ka kuningliku voliniku ametikohti 1900. aasta Pariisi näituses ja St Louis'is.
1904. aastal. Ta lahkus Lõuna-Kensingtoni muuseumist (mida 1899. aastal nimetati ümber Victoria ja Alberti muuseumiks) 1905. aastal.