Jaapani edasiminek Vaikse ookeani piirkonnas peatati 1943. aasta alguses Austraalia vägede poolt Uus-Guineas ja USA vägede poolt Guadalcanal'is, pärast mida liitlased läksid rünnakule, edenevad läbi Uus-Guineas ja Saalomoni saartel Filipiinide suunas. 1944. aasta jooksul hakkasid liitlased planeerima Borneo tagasivõtmist. Operatsiooni planeerimise eest vastutas kindral Douglas MacArthuri Lõuna-Lõuna-Vaikse ookeani piirkonna peakorter, kuid kuna USA väed olid pühendunud Filipiinide tagasivõtmisele, anti Borneo tagasivõtmise ülesanne peamiselt Austraalia maismaavägedele. Liitlaste operatsioonid Borneol koosnesid maandumisest Tarakanis, Labuanis.
, ja Balikpapan. Algselt oli MacArthur kavatsenud kasutada Borneot Java vallutamise alustamiseks, kuid see operatsioon tühistati hiljem ja vastutuse Madalmaade Ida-India üle anti Briti juhitud Kagu-Aasia käsule. Planeerimisetapis soovitas Austraalia sõjaliste jõudude komandör kindral Thomas Blamey maandumist Balikpapanis, uskunud, et see ei teeniks mingit strateegilist eesmärki. Pärast pikka kaalutlust nõustus Austraalia valitsus operatsioonile vägesid andma. Ameerika Ühendriikide ühise peasekretariaadi peasekretäril oli ka muret operatsiooni strateegilise vajalikkuse pärast, kuid ajalooõpetaja Garth Prateni sõnul manipuleeris MacArthur nii Austraalia valitsusega kui ka ühise peasekretariaadiga, et nad kiidaksid heaks Balikpapan'i vallutamise. Ajaloolane Chris Coulthard-Clark kirjutab, et selle operatsiooni eesmärk oli "turvata sadam ja piirkonna naftaväljad ning luua baas, kust alustada" edasisi operatsioone. Lisaks sellele taastatakse Madalmaade Ida-India valitsuse kontroll.