1943. aastal moodustas Jaapani okupatsioonivalitsus Isamaa kaitsjate armee, mis koosnes indoneesiatest, kes olid mõeldud aitama jaapanlasi, kui liitlased peaksid Indoneesiasse tungima. Nagu paljud tema sõjaväe kaasaegsed, liitus ka Panggabean. Panggabeani puhul aga näis, et tal õnnestus läbida ainult sõjaväe koolitus ja põhitreening enne Jaapani alistumist.
Ja rahvuslikud juhid Sukarno ja Mohammad Hatta kuulutasid välja Indoneesia iseseisvuse.