Tema meeskonna õitseng jätkus 2009. aasta teisel poolel, kui Barcelonast sai esimene klubi, kes saavutas kuuskordse, võites kuue tipptaseme trofeed ühe aasta jooksul. Pärast Supercopa de España ja UEFA Super Cup võitu
Augustis võitis Barcelona 19. detsembril Estudiantes de La Plata vastu FIFA klubi maailmameistrivõistluse, kus Messi tegi võitva 2<unk>1 värava oma rinnakesega. 22-aastaselt võitis Messi Ballon d'Or'i ja FIFA aastamängija auhinna, mõlemal korral iga troofi ajaloos suurima hääletusmarginaaliga.