Kirjuta selle lõigu jätkamine - Pärast Mississippi osariigi eraldumist vahetult enne kodusõja algust, Barksdale astus kongressist tagasi, et saada Mississippi militsia adjutant-generaal ja seejärel kvartemister-generaal, brigadier-generaali auastmega, kuupäevaga 1. märts 1861. 1. mail määrati ta 13. Mississipi jalaväe konföderatsiooni armee kolonliks, rügemendiks, mida ta juhtis sel suvel Bull Runi esimeses lahingus ja oktoobris Ball's Bluffi lahingus. Järgmisel kevadel viis ta oma rügemendi Virginia poolsaare ja võitles poolsaare kampaanias ja Seitsme Päeva lahingus. Kui tema brigaadikomandör, brigadigeneraal Richard Griffith, sai Savage'i jaama lahingus surmavalt haavata
29. juunil 1862 võttis Barksdale üle brigaadi juhtimise ja juhtis seda Malvern Hill'i lahingus kangelaslikus, kuid verises ja mõttetu rünnakus. Brigaad sai tuntuks kui "Barksdale'i Mississipi brigad". Ta edutati 12. augustil 1862 brigadigeneralisse.