Laeva kasutuselevõtu ajal oli laev määratud 1. õhuväeosade neljanda laevandusdivisjonile koos, kus juhtis vastuadmiral Kakuji Kakuta. Ta sai ülesandeks toetada operatsiooni AL, mis oli planeeritud rünnakuks mitmete Aleutide saarte vallutamiseks, et anda eelhoiatus Ameeriklaste rünnaku korral Aleutide poolt Kurile saartel, samal ajal kui Ameerika laevastiku peamine osa oli Midway kaitsmisel. "Jun'yō" kandis 18 A6M2 Zerot ja 18 D3A-d. 3. juuni koidikul käivitas ta Dutch Harbori ründamiseks 9 Zero ja tosina D3A.
Unalaska saarel. Nad pidid halva ilmaga tagasi pöörama, kuigi Ameerika PBY Catalina luurelennuk lasti alla Zero poolt. Teine õhurünnak käivitati hiljem samal päeval, et rünnata hävitajate rühma, mille esimesest rünnakust avastasid lennukid, kuid nad ei suutnud sihtmärke leida. Järgmisel päeval korraldasid kaks õhurünnakut, mis koosnesid 15 Zerost, 11 D3A-st ja 6 B5N-st ning edukalt pommitasid Hollandi sadamat. Kui "Jun'yō" lennukid rünnaku järel ümber rühmitusid, ründasid neid 8 Curtiss P-40 hävitajat, kes lasid alla 2 Zero ja paar D3A, kaotades samal ajal 2 enda oma. Veel üks D3A eksis ja ei jõudnud tagasi lennukikandjale. Varsti pärast õhusõidukite käivitamist ründasid ameeriklased lennukikandjaid, kuid ei suutnud neile mingit kahju tekitada. Zeroid tulistasid alla Martin B-26 Marauderi pommitaja ja PBY ning rünnaku ajal tulistasid alla B-17 Flying Fortress pommitaja.