1988 sai Lebed 106. Gardi õhusõiduki diviisi komandöriks. Ta ja tema väed osalesid ülestõusude allasurumisel kogu Nõukogude Kaukaasias, Gruusias (1989
) ja Aserbaidžaan (1990), kus ta keeldus kasutamast vägivalda meeleavaldajate alistamiseks. Aastaks 1991 oli Lebed generalmajor ja sai õhusõidukite komandöri teiseks. 1991. aasta riigipöördekatsel Nõukogude rangejooneliste poolt uue Venemaa valitsuse vastu sai ta kuulsaks, keeldudes käskidest juhtida oma vägesid Boriss Jeltsini vastu Venemaa Valges Majas, aidates kaasa riigipöörde kokkuvarisemisele. Samal ajal sai Lebed ka kindral Pavel Grachevi, õhuväe komandöri ja tulevase Venemaa kaitseministri rivaali, kuna Lebed pidas tema valesti suunatud sõjalisi reforme. Grachevist sai seega tema peamine rivaal. Väidetavalt sai Lebed 1992. aastal 14. Kaitsearmee komandörina Moldovale lähetatud Grachevi pärast. Seal sekkus ta Vene ja Rumeenia erakondade vahelises konfliktis ja kasutas oma positsiooni rahulepingu sõlmimiseks, pakkudes ka etniliste venelaste kaitset. Sellele vaatamata jäi Lebed vaenulikuks separatistide juhtkonna vastu, keda ta pidas korrumpeerunudiks ja ütles, et ta on "haige ja väsinud varitsema petturite une ja ohutust". Sellegipoolest jäi ta vastu presidendi Boris Jeltsiini otsusele tõmmata enamik 14. armeest Moldaviast välja, kuna ta kartis, et see toob piirkonda tagasi kaose.