1846. aastal määrati ta USS "Mississippi", Lääne-India eskadrilli lipplaevale, mis teenis kommodor Matthew C. Perry all. Mehhiko-Ameerika sõja ajal võttis ta osa ekspeditsioonidest Alvarado, Tampico, Pánuco ja Laguna de Términos vastu, mis kõik õnnestus Ameerika kontrolli tugevdada Mehhiko rannikul ja katkestada rannikuäärset kaubandust ja sõjalisi varustusoperatsioone. Laev naasis Norfolki remondiks 1. jaanuaril 1847, kus Andersonit edutati leitnandiks. Mississippi naasis siis lahingusse, jõudes 21. märtsil 1847 Veracruzi, kandes Perry't, et võtta üle Ameerika laevastiku juhtimine. Ta ja tema mehed astusid kohe amfiibilistel operatsioonidel Veracruzi vastu.
, varustades relvi ja nende meeskondi, et viia kaldale patarei jaoks, mis võitles linna vastu, et alistuda nelja päeva pärast. Ülejäänud sõja jooksul aitas "Mississippi" relvade, meeste ja paatidega kaasa rannaülekannetele Mehhiko ida rannikul, osaledes Tabasco vallutamises 1847. aasta juunis.