1672 oli ta hakanud kirja panema oma teoloogilisi uuringuid märkmikutesse, mida ta ei näidanud kellelegi ja mida on alles hiljuti uuritud. Need näitavad ulatuslikku teadmist varajaste kiriku kirjutistest ja näitavad, et Athanasiuse ja Ariuse vahelises konfliktis, mis määratles usutunnistust, võttis ta Ariuse poolele, kes oli kaotanud, lükkades tagasi traditsioonilise kolmainsuse vaate. Newton "tunnistas Kristuse jumaliku vahendajana Jumala ja inimese vahel, kes oli alluvuses Isale, kes teda lõi". Ta oli eriti huvitatud prohvetluse võimalikkusest, kuid tema jaoks oli Kristus "apostatalik trinitarianism".
oli ketser