Duterte jätkas 2016. aastal Filipiinide kommunistliku parteiga rahuvaidlusi, kuid tühistas kõik läbirääkimised 2017. aasta veebruaris pärast rünnakuid ja sõdurite röövimist NPA liikmete poolt, kuulutades ametlikult CPP-NPA terrorirühmituseks. Pärast Maute Grupi juhitud okupatsiooni Marawi, Duterte on kuulutanud sõjaseisukorra kogu Mindanao, mis hiljem pikendati kaks aastat kuni 2019. aastani, et tagada korra saarel. Marawi lahing
See kestis viis kuud, alates 23. maist kuni 17. oktoobrini 2017, päev pärast võitlejate liidrite Omar Maute ja Isnilon Hapiloni surma. Duterte kuulutas Marawi "terrorismi mõju alt vabaks".