Pärast Ameerika Ühendriikide II maailmasõja sisenemist osales O'Neil atolli kaitsmises võimaliku Jaapani rünnaku vastu, mis toimus tegelikult 4.-7. juunil 1942. Tema osa Midway lahingus
, O'Neil oli kaunistatud Bronze Star Medal koos Combat "V". 7. augustil 1942 edutati ta ajutiseks kolonellileitnantiks.