Kodusõja puhkemisel aprillis 1861 määrati ta Atlandi blokaadi eskadrilli lipuohvitseriks. Augustis saadeti ta koos kindral Benjamin F. Butleri väega, et vallutada kaks rannikukilpi Cape Hatterase lähedal. Järgnenud lahingus
, kindlustused vallutati ilma kaotusteta, kuigi mitte ilma ilmast tingitud raskusteta, ja laevastik naasis Fort Monroe'sse üldise tunnustusega. Kuid see andis varsti Stringhamile võimaluse kritiseerida, kuna ta ei võtnud oma laevu lähemalt ja jätkas rannaäärset rünnakut. Fakt, et tema laevad tõmbasid liiga palju vett, et siseneda madalatesse rannikuvetesse, ja et talle oli otseselt käskitud viivitamatult naasta, lõpuks ilmnes, kuid ilmselt liiga hilja, et leevendada tema ärritust, sest järgmisel kuul tema enda taotlusel vabastati ta oma juhtimisest. Väikese hüvitisena tõsteti ta 1. augustil 1862. aastal pensionile jääjate nimekirjas tagasiadmiraali auastmele.