Manekshaw sai 1969. aastal armee seitsmendaks peasekretäriks, olles juba juhtinud diviisi-, korpuse- ja piirkondlikku taset. Tema juhtimisel viisid India väed läbi võitlikud kampaaniad Pakistani vastu 1971. aasta Indo-Pakistani sõjas, mis viis Bangladesh loomiseni.
1971. aasta detsembris. Talle anti Padma Vibhushan ja Padma Bhushan, India teine ja kolmas kõrgeim tsiviilpreemia.