Pärast Gussie Buschi surma 1989. aastal võttis õlletehas kontrolli üle ja palkas Joe Torre'd juhtima 1990. aasta lõpus, seejärel müüs meeskonna 1996. aastal William DeWitt Jr. juhitud investeerimisgrupile. Tony La Russa asendas Torre 1996. aasta kevadel. 1998. aastal võistles Mark McGwire Cubs'i Sammy Sosaga ühe hooaja homerünnaku rekordi saavutamiseks. Aastatel 2000-2013 tõstsid Cardinals oma tee tippu kümne playoffis osalemisega, nelja NL pennandiga, kahe World Series tiitliga ja 1274 regulaarse hooaja võiduga 993 kaotuse vastu.560 võiduprotsentiga, juhtides National League'i ja MLB-is teisel kohal ainult New York Yankees. Jim Edmondsi, Albert Pujolsi ja Scott Roleni lisamisega olid kardinalidel kolm silmapaistvat lööjat ja kaitsjat, keda kutsuti "MV3". Pujols võitis kolm MVP-d ja lõi oma kardinalide karjääris.328 445 kodurünniga. 2004. aastal aitas Chris Carpenteri 3.09 ERA ja 15 võitu meeskonnale saavutada 105 võitu ja võita NL pennant
- Jah. 2006. aastal võitsid nad World Series'i, võites Detroiti viies mängus, et seada kõigi aegade madalaim rekord 83 võitu World Series'i võitja jaoks.