Hoolimata Pizarro kiirest võidust, algasid varsti indiaanlaste mässud, mis kestis perioodiliselt kogu kolooniaperioodi vältel. Aastal 1537 mässas Manco Inca, keda hispaanlased olid seadnud marionettkeiseriks, uute valitsejate vastu ja taastas "neo-Inca" riigi. See riik jätkas Hispaania võimu vastu võitlemist ka pärast seda, kui hispaanlased olid mässu maha surmanud ja 1572. aastal Cuzco avalikul väljakul Tupac Amaru pea maha raiunud. Hiljem toimunud mässu Boliivia mägismaal organiseerisid tavaliselt kogukonna vanemad ja need jäid kohaliku iseloomuga, erandiks oli suur mässu.
Túpac Amaru II 18. sajandil.