Issoufou sai neljandaks (saades vaid 7,60% häältest) vigasate ja vastuoluliste presidendivalimiste käigus 7.-7. juulil 1996.
mis andis Maïnassarale täieliku võidu. Issoufou ja teised kolm opositsiooni kandidaati pandi valimiste teisel päeval koduaresti ja hoiti seal kaks nädalat. Seejärel keeldus ta Maïnassaraga kohtumisest, esitas ebaõnnestunud apellatsiooni ülemkohtule, et valimised tühistataks, ja PNDS kutsus üles meeleavaldusteks. 26. juulil pandi ta koos teise PNDSi juhtiva liikmega Mohamed Bazoumiga taas koduaresti; nad vabastati kohtuniku korraldusega 12. augustil. Pärast 11. jaanuari 1997. aasta demokraatia poolt korraldatud meeleavaldust arreteeriti Issoufou koos Ousmane'iga ja Tandja'ga ja ta peeti kinni kuni 23. jaanuarini.