Maria Isabela elu oli sügavalt mõjutatud Napoleoni tegudest. Kartes oma krooni eest, liitus kuningas Ferdinand Bonaparte'i vastu asunud Kolmanda Koalitsiooniga. Napoleoni väed alistasid liitlaste armeed Austerlitzi lahingus.
1805. aasta detsembris ja Napoli korpus Campo Tenese's. Pärast neid võidusid okupeerisid Napoleoni väed aastal 1806 Napoli. Keiser andis Napoli krooni oma vennale Joseph Bonapartele ja neli aastat hiljem oma õe Joachim Murat'ile.