18. sajandiks vähenes hõbeda tootmine ja majanduse mitmekesistamine suuresti kuninga sissetulekut. Vastuseks sellele kehtestas kroon Bourbonide reforme, mitmesuguseid edikte, mis tõstsid makse ja jagasid Viceroyalty'd. Uued seadused tekitasid Túpac Amaru II mässu
Ja teised ülestõusud, mis kõik alandati. Nende ja teiste muutuste tulemusena hakkasid hispaanlased ja nende kreoollased monopoliseerima kontrolli maa üle, vallutades palju parimaid maid, mis olid maha jäetud põliselanike massilise lahkumise tõttu. Kuid hispaanlased ei olnud vastu Portugalile, kes laiendas oma territooriumi üle meridiaani. Tordesillas'i leping oli mõttetu aastatel 1580-1640, kui Hispaania kontrollis Portugali. Vajadus hõlbustada kommunikatsiooni ja kaubandust Hispaaniaga viis viisekuningriigi jagunemiseni ja uute New Granada ja Rio de la Plata viisekuningriikide loomiseni Peruu viisekuningriigi moodustanud territooriumide arvelt; see vähendas Lima võimu, tähtsust ja tähtsust viisekuningriigi pealinnana ja nihutas tulutoovat Andide kaubandust Buenos Airesi ja Bogotasse, samas kui kaevandamise ja tekstiilitootmise langus kiirendas Peruu viisekuningriigi järkjärgulist lagunemist.