2011. aasta märtsis toetas Rubio USA osalemist sõjalises kampaanias Liibüas
Liibüa liidri Muammar Gaddafi kukutamiseks. Ta nõudis, et senati juhid tooksid senati ette "kakspartei resolutsiooni, mis autoriseerib presidendi otsust osaleda Liibüas sõjalistes operatsioonides". Administratsioon otsustas, et sõjaväe volituste resolutsiooni alusel ei ole vaja kongressilt luba; senaator Joe Lieberman (I-CT) ühines Rubioga 2011. aasta juunis Wall Street Journalile arvamuskirja kirjutades, et taaskord nõuda sellise loa vastuvõtmist. 2011. aasta oktoobris ühines Rubio mitmete teiste senaatoritega, et edendada jätkuvat kaasamist, et "aita Liibüal luua aluse jätkusuutlikule julgeolekule". Varsti pärast Gaddafi vallandamist hoiatas Rubio, et on olemas tõsine oht, mis tuleneb militside ja relvade levikust, ja kutsus üles suurema USA kaasatuse vastu sellele ohule.