Maikuus 1861 värvatakse ta 18. Illinois vabatahtliku jalaväerügementi ja määratakse selle esimeseks koloneliks. Tema aeg rügemendi juhtimisel Kentuckys ja Tennessee's oli vastuoluline ja "ordialase". Ta sai Fort Donelsoni lahingus haavata. 1862. aasta novembris sai ta brigadigeneraali ja juhtis XIII korpuse teise diviisi brigaadi. Ta võitles 1863. aastal Vicksburgi kampaanias. Ta juhtis oma mehi Port Gibsoni lahingus.
, Champion's Hill ja Big Black River Bridge. ning 22. mai 1863. aasta üldrünnakul Vicksburgi MS-i, kus tema juhtimisel olid tema väed ainsad liidu väed, kes sisenesid Konföderatsiooni tehasesse raudtee Redoubt'is, kus nad istutasid USA lipu.