Ainult mõned päevad enne 2010. aasta Aafrika karikavõistluste lõppu Angolas leidis Issa Hayatou end vaidluse keskel pärast seda, kui CAF keelas Togo jalgpallimeeskonna kahe järgmise Aafrika Rahvaste Karikavõistluse osalemisest. Hayatou süüdistas Togo valitsust Togo jalgpalliliidu asjadesse sekkumises, kui meeskond lahkus 2010. aasta karikaturniirist enne selle algust. Togo meeskond sai 8. jaanuaril 2010 relvastatud rünnaku ohvriks
kui nad sõitsid bussiga Angolasse enne karikavõistluse algust, mille tagajärjel suri kaks Togo delegaati. Togo kapten Emmanuel Adebayor ja Togo treener Hubert Velud kritiseerisid eriti Hayatou't CAF-i otsuse pärast, kutsudes teda CAF-i presidendist tagasi astuma.