Samarilt lahkudes 4. novembril sõitis ta tagasi Pearl Harbori, kus ta peatus üle kuu, enne kui jätkas Panama kanali. Ta läbis kanali millalgi 21. ja 24. jaanuaril 1946 ja lahkus Panama kanali tsoonist.
viimasel päeval. "Yukon" saabus Norfolki jaanuari viimasel päeval ja alustas ettevalmistusi inaktiveerimiseks.