1815 liideti vene-saksa leegion Preisi armee ja Clausewitz läks preisi teenistusse taas kolonelina. Varsti määrati ta Johann von Thielmann'i III korpuse staabiülemaks. Sellel ametikohal teenis ta Ligny lahingus ja Wavre'i lahingus.
Waterloo kampaania ajal 1815. Napoleoni isiklikult juhitud armee alistas preislased Ligny's (lõuna pool Mont-Saint-Jean'i ja Waterloo küla) 16. juunil 1815, kuid nad taganesid korrapäraselt. Napoleoni ebaõnnestumine Preisimaa vägede hävitamises viis mõne päeva pärast Waterloo lahingus (18 juuni 1815) tema lüüasaamisele, kui Preisimaa väed saabusid pärastlõunal tema paremale küljele, et toetada Anglo-Hollandi-Belgia vägesid, kes surusid tema ees. Napoleon veenis oma vägesid, et põlluhaljad vormiriided on marssal Grouchy granaadiride vormid. Clausewitzi üksus võitles Wavre'i lahingus (18-19 juuni 1815), takistades suurel hulgal tugevdusi jõuda Napoleoni juurde Waterloos. Pärast sõda oli Clausewitz "Kriegsakademie" direktor, kus ta teenis kuni 1830. aastani. Sel aastal läks ta taas sõjaväkke. Varsti pärast seda paistis mitmete revolutsioonide puhkemine kogu Euroopas ja kriis Poolas ette tulevat uut suurt Euroopa sõda. Clausewitzi nimetati Poola piiri ainsa sõjaväe peasekretäriks, mida Preisi suutis hädaolukorras mobiliseerida. Selle komandör, Gneisenau, suri kolera (1831. aasta august) ja Clausewitz võttis üle Preisi armee jõupingutuste juhtimise, et ehitada suur koleraepideemia (esmakordne kolera oli ilmnenud kaasaegses Euroopa südames, põhjustades kogu mandri ulatuses paanikat). Clausewitz ise suri sama haiguse tagajärjel peagi pärast seda, 17. novembril 1831.