San Pedro Yepocapa sai alguse ajast enne Hispaania vallutamist Guatemalas.
; algselt asus linn otse Volcán de Fuego kõrval, kuid selle arvukate purse tõttu tuli see teisele asukohale viia. Hispaania sõdur Antonio de Guzmán on selle linna asutaja, kui conquistadorid saabusid 1520. aastatel.