1. mail võitles rügement Port Gibsoni lahingus.
, kus see ja 3. Missouri jalaväerügement laadis liiduliini, püüdes pöörata vaenlase paljastatud külge. Kuid kaks rügementi ei suutnud lüüa liidu rinde küljel ja selle asemel tabasid suurema toetusega ala. Pärast rasket võitlust olid mõlemad rügemendid sunnitud taganema. 16. mail osales rügemend suurel rünnakul Champion Hill'i lahingus. Konföderatsiooni rünnak Champion Hillis vallutas kaks olulist lahinguvälja, kuid liidu tugevdused ja laskemoona puudumine sundisid mehed taganema. Pärast lüüasaamist Big Black River Bridge'i lahingus 17. mail sisenes rügement Mississippis Vicksburgi kaitsele. Vicksburgi piiramise ajal aitas rügement lükata tagasi liidu rünnakud 19. ja 22. mail. 25. juunil ja 1. juulil tõrjus rügement liidu püüdlusi lõhkuda konföderatsiooni liinid, plahvatades konföderatsiooni kaitsetööde all musta pulbri. Vicksburgi konföderatsiooni garnison alistus 4. juulil ja 5. Missouri jalaväe mehed vabastati tingimisi. Pärast vahetust ühendati 5. Missouri jalavägi 3. Missouri jalaväega, moodustades 3. ja 5. Missouri jalaväerügemendi (konsolideeritud); 5. Missouri jalavägi lakkas olemast eraldi üksusena.