Kui aga Kreeka sattus kodusõdade vahele, kutsus sultan appi oma tugevaimat alluvat, Egiptuse Muhammed Alid. Sisemiste lahingute ja rahaliste raskuste tõttu ei suutnud kreeklased hoida laevastikku pidevas valmisolekus ning takistada Kasose ja Psara vallutamist ja hävitamist 1824. aastal või Egiptuse armee maandumist Modonis. Vaatamata võidud Samos ja Gerontas, revolutsioon oli ohus kokkuvarisemine kuni sekkumine suurriigid Navarino lahingus
1827. aastal. Seal alistasid Suurbritannia, Prantsusmaa ja Vene impeeriumi ühendatud laevastik Egiptuse-Osmaani laevastikku otsustavalt, tagades seega Kreeka iseseisvuse.