Verstappen alustas 2016. aasta hooaega Toro Rossos, jälle koos Sainziga. Verstappen kvalifitseeriti Austraalias hooaja algusjooksuks viiendana, kuid võistluse ajal tegi ta oma meeskonnale mitmed raadio-hääletused, kuna oli pettunud, et Sainz on rajal taga, enne kui ta oma meeskonnakaaslasega sõitis, püüdes teda mööda minna, kui oli veel kolm ringi aega, ja lõpuks lõpetas kümnes. Verstappenil oli edukam nädalavahetus järgmisel Bahreini võistlusel
, lõpetades kuuendana, saades Toro Rosso esimesed punktid Sakhiris.