Manius Aquillius (surnud 88 eKr) oli Rooma poliitiku ja kindral hilise Rooma vabariigi ajal. Ta oli iidse Rooma "gens Aquillia" liige, tõenäoliselt Manius Aquilliuse poeg, kes oli konsul aastal 129 eKr. Aquillius oli Rooma konsul koos Gaius Mariusega aastal 101 eKr. Enne konsulaadiks saamist oli ta Cimbria sõja ajal olnud Mariuse liige Gallias. Ta mängis olulist rolli Aquae Sextiae lahingus.
kus ta üllatas Teutoneid, ründades neid tagantpoolt. Kui ta Sitsiilias orjade ülestõusu purustas. Esimese Mithridatese sõja alguses võitis ja vangistas teda Pontose Mithridates VI, kes lasi ta hukata, valades tema kõri alla sulanud kulda.