See viis Ferdinandi karjääri kõige ohtlikuma hetke, 1529. aastal, kui Suleiman kasutas Ungari toetust massiliseks, kuid lõpuks ebaõnnestunud rünnakuks Ferdinandi pealinnal: Viini piiramine
, mis saatis Ferdinandi varjupaika Boheemiasse. 1532 lükati tagasi uus Osmanite sissetung (vt Günsi piiramine). Sel aastal sõlmis Ferdinand rahu Osmanitega, jagades Ungari läänes Habsburgide sektoriks ja idaosas John Zápolya valdusalaks, viimane oli Osmanite impeeriumi vasallid.