Jaapani impeerium tungis Malukule 1942. aasta alguses osana oma Hollandi Ida-India kampaaniast II maailmasõjas ja ajas hollandilased piirkonnast välja. Halmahera sai Jaapani mereväebaasi asukohaks Kao lahel. Kaks aastat hiljem alustasid USA väed ja nende liitlased Morotai lahingu.
1944. aastal, pommitades saare augustis ja tungides septembris. Jaapani keisririigi väed Morotail pidasid vastu kuni 1945. aastani, kuid ei suutnud liitlaste sissetungijaid välja ajada. 1944. aasta lõpus maandus Morotaile 61 000 sõdurit. Kaks kolmandikku neist olid insenerid, kes rajasid kiiresti rajatised, sealhulgas sadamad ja kaks lennuvälja ning ulatuslikud kütusehoidlad. Teise Jaapani armee ametlik alistumine toimus 9. septembril 1945. aastal Morotai juures. Viimane Jaapani sõjaväelane, reamees Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), avastati Indoneesia õhujõudude poolt Morotai saarel ja andis end 18. detsembril 1974 otsingupatrulli kätte.