Kui 1861. aastal algas Ameerika kodusõda, kutsus Jones end vabatahtlikult liidu armeesse. 3. oktoobril valiti ta 53. Ohio jalaväerügemendi kapteniks ja nägi seda tegevust Shilohi lahingus ja Korintose piiramises. 2. mail 1862 sai Jones 53. Ohiose rügemendi kolonel ja selle ülemohvitser. Ta juhtis oma rügementi Vicksburgi piiramisel ja Missionary Ridge'i lahingus, mõlemad 1863. aastal. Jones nägi 1864. aasta Atlanta kampaanias edasisi tegevusi, võitles Resacas, Dallases, Kennesaw Mountainis ja Atlantas.
- Jah. Augustis määrati Jones brigadi juhiks, kui tema ülemohvitser, brigadiigeneral Joseph A. J. Lightburn sai haavatud ja loobus sõja lõpuni. Kolonel Jones juhtis nüüd Jonesboros William B. Hazen'i XV korpuse 2. diviisi 2. brigaadi. Kokkusattumusena juhtis selle diviisi 1. brigaadi ka teine "kolonel Jones", Theodore Jones 30. Ohiost. Wells Jones osales 1864. aasta marssis merele ja sai 13. detsembril Fort McAllisteris, Georgias haavatud.