Preston on üks paljudest inimestest, keda nimetatakse "Viiendaks Beatliks". Ühel hetkel "Get Back" seansside ajal pakkus John Lennon välja ideed, et ta liituda bändiga (millele Paul McCartney vastas, et oli piisavalt raske jõuda kokkuleppele neljaga). Preston mängis The Beatles'ile orgu ja elektriapiaano mitmel "Get Back" seanssil; mõned neist seanssidest ilmusid filmis "Let It Be" ja selle kaasalbumil. Preston saatis bändit ka elektri klaveril katusel toimuval kontserdil.
, grupi viimane avalik esinemine. 1969. aasta aprillis võeti nende singl "Get Back" "The Beatles with Billy Preston'ile" - see oli ainus kord, kui selline ühine krediit oli antud Beatlesi poolt heakskiidetud ametlikule väljaandmisele (erinevalt mõnede Hamburgi-ajastu salvestiste heakskiidumata uuesti väljaandmisest, kus nad olid Tony Sheridani toetav grupp). Laul oli The Beatles'i poolt antud, et peegeldada Prestoni kohalolu ulatust laulus; tema elektriline klaver on kogu laulus silmapaistev ja ta mängib pikka soolo. Preston töötas ka "Abbey Road" albumil, panustades orgu lugude "I Want You (She's So Heavy) " ja "Something" jaoks.