Ajubiidide valitsemine (ja iseseisvus) lõppes 1260. aastal Süüria mongollaste sissetungiga, mille käigus tungisid 1. märtsil 1260 linna mongollased Kitbuqa juhtimisel koos Armeenia kuninga Hethumi I ja Antiookia vürsti Bohemondi VIga; seega nägid Damaskuse kodanikud esimest korda kuue sajandi jooksul kolm kristlikku potentaati triumfides oma tänavatel. Kuid pärast mongolite kaotust Ain Jalut'is
3. septembril 1260 vallutati Damaskus viis päeva hiljem ja see sai Egiptusest juhitud Mamluki sultanate provintsist pealinna pärast mongolite taganemist. Pärast oma võitu Wadi al-Khaznadari lahingus piirasid Ghazani juhitud mongolid linna kümme päeva, mis alistus 30. detsembri 1299 ja 6. jaanuari 1300 vahel, kuigi selle tsitadell vastu seisis. Ghazan taganes veebruaris enamiku oma vägedega, ilmselt seetõttu, et mongolite hobused vajasid sööta, ja jättis maha umbes 10 000 ratsanikku mongolite kindrali Mulay juhtimisel. Umbes märtsis 1300 naasis Mulay koos oma ratsanikatega Damaskusesse, seejärel järgnes Ghazanile Eufratuse teisel pool. 1300. aasta mais tulid Egiptuse mamelukid Egiptusest tagasi ja vallutasid kogu piirkonna ilma lahinguta. 1303. aasta aprillis suutsid mamelukid lüüa Kutlushahi ja Mulay juhitud mongolite armee koos nende armeenlaste liitlastega Marj al-Saffari lahingus, et lõpetada mongolite sissetungid Levantisse. Hiljem tapeti 1348-1349. aasta Must Surm nii palju kui pool linna elanikkonnast.