DNA-i kiudude järjestused, mis moodustavad sihtstruktuuri, on kavandatud arvutuslikult, kasutades molekulaarset modelleerimist ja termodünaamilist modelleerimise tarkvara. Tuumahappeid sünteesitakse seejärel standardsete oligonukleotiidide sünteesi meetodite abil, mis on tavaliselt automatiseeritud oligonukleotiidide sünteesaatoris, ja kohandatud järjestuste kiud on kaubanduslikult kättesaadavad. Kiud saab puhastada, denatureerides geeli elektrofooreesi, kui vaja, ja täpsed kontsentratsioonid määratakse mõne mitme nukleiinhappe kvantmeetodite abil, kasutades ultraviolett-absorbentspektroskoopiat. Täielikult moodustatud sihtstruktuurid saab kontrollida, kasutades kodumaist geeli elektrofooreesi, mis annab infot nukleiinhappe kompleksite suuruse ja kuju kohta. Elektrooptilise liikuvuse hindamine, kas kõik soovitud kiud sisaldavad struktuuri.
kas struktuur sisaldab kõiki soovitud kiudu