23. augustil 1951 sai Wisner Allen W. Dullesi järeltulijaks ja teise planeerimissektori asetäitjaks, Richard Helms oli operatsioonide juht. Selles positsioonis oli tal oluline roll toetades Ameerika-meelseid jõude, kes kukutasid
Mohammed Mossadegh Iraanis 1953 ja Jacobo Arbenz Guzmán Guatemalas 1954. Teine projekt, milles ta osales, oli seoses Valgevene brigaadi juhtidega, üksus, mis oli lisatud Saksa SS diviisile, keda aitasid pärast Teist maailmasõda Ameerika Ühendriikidesse, peamiselt tänu tema jõupingutustele. John Loftuse väitel aitas poliitika koordineerimise büroo föderaalseadust eirates saada viisaid Valgevenest pärit natside koostööpartneritele, kes olid väidetavalt hõlbustanud paljude natside Saksamaa julmuste toimepanemist. Loftuse sõnul oli see kõik osa külma sõja plaanist, et käivitada gerilla sõda Nõukogude okupeeritud Euroopas, kus natside kollaborandid pidid mängima võtmerolli. Kui projekt aga lagunes, asusid valgevenelased kiiresti sisse ja said USA kodakondsuse <unk> ning luureagentuurid kaitsesid neid kümneid aastaid paljastamisest.