Alates 1942. aastast oli Crüger võimeline avalikult rääkima oma liikmesusest Saksamaa Kommunistlikus Parteis ja 1943. aastal võttis ta vastu vastutuse Moskva toetatud "Liikumine vaba Saksamaa" ("Bewegung Freies Deutschland") ajakirja Šveitsi versiooni avaldamise eest. Aastatel 1944 ja 1945 toetas ta aktiivselt Šveitsi töölaagrites Vaba Saksamaa liikumist ja oli selle liikumise Šveitsi sekretär kuni selle laialiviimiseni 1945. aasta lõpuni. Selleks ajaks oli sõda läbi.
1945. aasta mais, lahkudes Lääne-Saksamaalt jagatud nelja sõjaväelise okupatsiooni tsooniks. 1946. aasta jaanuaris pöördus Herbert Crüger tagasi Saksamaale ja asus elama mitte oma endises kodulinnas Berliinis, vaid USA okupatsioon tsoonis, kaugemal läänes. Aastatel 1946-1948 töötas ta kõrgemal ametnikul ("Regierungsrat") noorte heaoluga seotud ülesannetega töö- ja heaoluministeeriumis hiljuti taaselustatud regionaalses Hesseni osariigis. Tema positsioon muutus ebanormaalseks pärast piirkondlike valimiste korraldamist 1946. aasta detsembris, kus kommunistlik partei tegi halva tulemuse ja seejärel taganes koostöös piirkondliku SPD-ga, mis oli seni olnud. Rohkem kui aasta hiljem andis partei Crügerile juhend, et ta loobuks oma valitsuse ametikohast, mida ta tegi 31. jaanuaril 1948.