Kaks kuud enne oma 29. sünnipäeva sai J. Wallace Scott üheks Pennsylvaniast, kes esimesena vastas president Abraham Lincolni üleskutsele vabatahtlikeks kaitsta Washingtonit, D.C. pärast Fort Sumteri kukkumist Konföderatiivsete Riikide Armee poolt aprillis 1861. Pärast sõjaväeteenistusse kandumist West Chesteris 4. juunil 1861 astus ta 1. Pennsylvania reservväe rügemendi A-kompaniis (tuntud ka kui 30. Pennsylvania vabatahtlik jalavägi). Oma teenistusaja alguses edutati ta korpraali auastmele. 1861. aasta augustis vallutas ta koos oma meestega kaks vaenlase varustusvagunit, kui nad olid määratud piikettide täitmisele Annapolis Railroad liinil Virginia osariigis. Kaks hobust tõmmatud vagunid olid laaditud 5000 dollari väärtuses kulla ja siidiga, mida kavatseti kasutada CSA sõjaväevormidel ja lippudes, samuti kinini varustus, mis oli mõeldud CSA arstidele. Ta osales koos oma rügemendiga Seitsmepäevastes lahingutes Richmondis, Virginia lähedal 25. juunist 1. juulini 1862, sealhulgas Beaver Dam Creek'i lahingutes (26. juuni), Gaines's Mill'is (27. juuni), Savage's Station'is
29. juunil, Glendale'is 30. juunil ja Malvern Hill'is 1. juulil. Seejärel võitles ta Teises Bull Runi lahingus 28. augustil ja Lõuna-Montaini lahingus 14. septembril ning Antietami lahingus 17. septembril. Ta sai seersandi auastmega 23. oktoobril vabastatud, et võtta endale uus ametikoht teise rügemendi juures.