Deschamps alustas oma karjääri Monacos, aitas klubil võita 2003. aastal Coupe de la Ligue'i, jõudis 2004. aastal UEFA Meistrite Liiga finaali, nimetati 2004. aastal Ligue 1 aasta juhiks. 2006.-2007. aasta hooaja jooksul aitas ta oma endisel klubil Juventusil võita Serie B tiitli ja naasta Serie A-sse pärast nende langemist pärast nende osalemist 2006. aasta Calciopoli skandaalis eelmisel hooajal. Seejärel juhtis ta veel ühte oma endist klubist, Marseille't, kus ta võitis Ligue 1-i tiitli hooajal 2009/10, samuti kolm järjestikust Coupe de la Ligue tiitlit aastatel 2010-2012 ja järjestikused Trophée des Champions tiitlid 2010. aastal.
ja 2011. aastal.