13. juulil 2011 teatati, et Jonathan lahkub Santosist, et treenida Serie A hiiglane Inter Milaniga, kuni ülekandmise lõpuleviimine. Kaks päeva hiljem, 15. juulil, sai temast ametlikult Interi mängija, kirjutades alla nelja-aastasele lepingule. Jonathan tegi Interis debüüdi 11. septembril 2011. aasta Serie A teisel nädalal.
, mängis 90 minutit, kaotades Palermo 4:3. Kolm päeva hiljem tegi Jonathan oma debüüdi Meistrite Liigas, mängides kogu matši esimesel mängupäeval Türgi poolel Trabzonsporil, mis kaotas San Siros 0-1.