Kirkland sai alguses Konföderatsiooni sõja kapteniks ja seejärel valiti 1861. aasta juunis Põhja-Carolina vabatahtlike 11. rügemendi, hiljem 21. Põhja-Carolina rügemendi koloneliks. Ta juhtis oma rügementi First Manassas'is, kuid ei olnud oluliselt kaasatud. Oktoobris liideti 21. Põhja-Carolina rügemend Isaac Trimble'i brigaadi juurde ja järgmisel kevadel osales ta Stonewall Jacksoni Shenandoah Valley kampaanias. Kirkland sai esimeses Winchester'i lahingus kuuli mõlemast reidest.
, mis paneb ta mitmeks kuuks tegevusest eemale. Taastumise ajal oli Kirkland 1862. aasta detsembris Murfreesboro kampaania ajal Patrick Cleburne'i personaliülem.