1978 võitis ta vabariiklaste eelvalimised kuberneri asetäitjaks ja hiljem sel aastal sai temast Pennsylvania noorim kuberner asetäitja. Tema kahekordne rolli kui kuberneri energia nõukogu esimees ja Pennsylvania hädaolukordade juhtimise nõukogu esimees pani ta Three Mile Islandi kriisi keskmesse
1979. aastal. Scranton palkas Transsendentaalse Meditatsiooni liikumise liikme Nat Goldhaber'i Harrisburgis oma peamiseks abiliseks. 1982. aastal valiti ta ühehäälselt kubernerinapealikute rahvusliku konverentsi esimeeseks.