15. veebruaril 2006 nimetas paavst Benedictus XVI ta Egiptuse apostliku nuntsiks ja Araabia riikide liiduga saadikuks, mis oli tema esimene diplomaatiline ametikoht. Ta oli üks vähestest nuntsidest, kes ei käinud Paavstlikus kirikuakadeemias. BBC andmetel "on Saksa päritolu paavsti otsus tekitanud segadust. Vatikani jälgijad püüavad välja selgitada, kas see on arhipiiskopile alla astumine või eriliste andete tunnustamine". Fitzgerald ütles: "Minu taust araabia ja islamiuuringutes peetakse tõenäoliselt praegusel hetkel kasuks Egiptusega ja ülejäänud islamimaailmaga suhete arendamiseks". Üks Vatikani korrespondent nimetas Fitzgeraldi ümberpaigutamist "paavsti kõige hullemaks otsuseks siiani" ja ajakirjandus märkis tema puudumist, kui paavst Benedictus solvas oma Regensburgi loenguga moslemeid
2006. aasta septembris. Fitzgeraldi üleviimine osutus osaks Benedikti poolt kuuria osakondade ümberkorraldamisest, et suunata ümber religioossed arutelud mitte-kristlastega, ühendades PCIDi presidendi rolli Paavstliku Kultuuri Nõukogu rolliga, ümberkorraldamine, mille Benedikt algatas 2006. aasta märtsis ja pööras tagasi 2007. aasta juunis.