1981. aasta suvel liitus 28-aastane Filipović Portugali meistrite S.L. Benficaga, kus järgnenud kolme hooaja jooksul tegi ta 54 liigamängus 28 väravat. Zoran Filipović juhtis ka Benfica klubi 1983. aasta UEFA karika finaali.
R.S.C. Anderlecht'i vastu, olles selle hooaja võistluse parim väravatäitaja ja Portugali mälestusväärsete eesmärkide saavutamine veerandfinaalis AS Roma vastu ja poolfinaalis Universitatea Craiova vastu.