2011. aastal aitas Flournoy, seejärel kaitseministri asetäitja poliitikas, veenda president Obamat Liibüasse sõjaliselt sekkuma.
, hoolimata Kongressi liikmete ja Valge Maja nõuandjate vastuseisust, nagu Joe Biden, asepresident; Tom Donilon, riikliku julgeoleku nõunik; ja Robert Gates, kaitseminister. Flournoy toetas NATO juhitud lennukeelu tsooni kehtestamist Liibüas, et vallutada vastupanuliikumise liider Muammar Gaddafi, keda süüdistati meeleavaldajate tapmise korraldamises ja lubas "rebelide jahtimist ja halastust mitte näidata". Flournoy ütles, et lennukeelu tsooni kehtestamine nõudis kõigepealt Liibüa õhutõrje hävitamist USA ja Briti rändrakettidega, mille sihtmärgiks oli Liibüa raketikõrjesüsteem, ja USA B-2 pommitajad, kes ründasid Liibüa lennuvälju.