Täitke järgmine lause: 5. detsembril 1990, Alomar ja Joe Carter vahetati Toronto Blue Jays Fred McGriff ja Tony Fernández. See oli Toronto, et ta arenes peamine ründav teine baseman, kombineerides.300-plus löögi keskmine võimsus ja kõrge lõpp kiirus baasid. 1991. aastal kasutas ta oma kiirust 11 kolmekordse ja 53 varastatud baasiga, juhtides meeskonda esimesele kolmele järjestikusele playoff'i osalemisele. Järgmisel aastal tegi ta 105 jooksu, tegi 87 jalutuskäiku ja tal oli.405 baasprotsent. 1993. aastal oli Alomaril Blue Jays'iga oma parim hooaeg, tehes 17 kodurünnakut (HR), 93 lööki (RBI) ja 55 varastatud baasi, samal ajal löödes.326, kolmandal kohal American League'is meeskonnakaaslaste John Olerudi ja Paul Molitori järel. Ta oli keskne tegelane Torontos 1992. ja 1993. aasta World Series'i meistrivõistlustel; 1992. aasta World Series'i kuuendas mängus tegi ta sarja võitva löögi Dave Winfieldi kahekordse topeltvõistluse eest 11. inningis. Alomari mänguhäire, üheksanda võistlusperioodi homerünn Oaklandi aase Dennis Eckersley vastu,
1992. aasta American League Championship Series (ALCS) on paljude arvates klubi ajaloo kõige olulisem hit, kuna meeskonna kolm eelmist reisi ALCS-i lõppesid pettumusega; ta nimetati seeria kõige väärtuslikumaks mängijaks (MVP). 1995. aastal mängis ta 104 järjestikust mängu ilma ühegi vea tegemiseta, seades AL-i rekordi teisele baasi mängijatele. Igal viiel hooajal Blue Jays'iga nimetati Alomar All-Star'i meeskonda ja võitis Kuldne Kants.