Facchetti veetis kogu oma karjääri Interis, hiljem sai ta kapteniks pärast Armando Picchit, Mario Corso't ja Sandro Mazzolat oma viimasel hooajal klubis, 1977-78. Oma klubiga võitis Facchetti neli scudetti 1963., 1965., 1966. ja 1971. aastal; ühe Itaalia karika 1978. aastal; kaks Euroopa karikat 1964. ja 1965. aastal; ja kaks Intercontinentaalset karikat 1964. aastal.
ja 1965. aastal. Tänu Interis esitletud esinemistele kaotas Facchetti ka võimaluse saada esimeseks kaitsjaks, kes võitis Ballon d'Or'i, olles 1965. aastal teisel kohal, pärast seda, kui ta oli sel aastal Interis võidu saavutanud. Inter võitis Serie A ja Euroopa karika, kuid võitis 1965. aasta Coppa Italia finaalis Juventus. Facchetti 59 eesmärki Serie A-s teevad temast Itaalia liiga ajaloo kõige produktiivsema kaitsja.