Kodusõja alguses määrati ta 10. Indiana jalaväe kapteniks ja vähem kui kuu ajaga edutati ta koloneliks. Ta juhtis 1862. aasta Mill Springs'i lahingus Ohia armee brigaadi ja sai 24. märtsil 1862. aastal brigadigeneraali. Kindral Manson sai reiehaaval haavata ja konföderatsiooni väed vangistasid ta Richmondi lahingus Kentucky osariigis. Ta vahetati kaks kuud hiljem ja võitles Morganiga tema rünnakul Ohios. Kahe kuu jooksul edenes Manson brigaadist diviisi ja seejärel XXIII korpuse komandöriks. Ta juhtis korpust Knoxville'i kampaania ajal, nähes Campbell'i ja Knoxville'i jaoskonda. Kindral Manson naasis brigadijuhtkonnale Ohio armee Atlanta kampaania ajal ja sai Resaca lahingus raskelt haavatud.
Georgia.