Kodusõja alguses astus Hays uuesti teenistusse 63. Pennsylvania vabatahtliku jalaväerügemendi kolonelina, kellel oli ka kaptenit 16. USA jalaväes regulaarses armees alates 14. maist 1861. Tema mehed teadsid, et ta on "rohke nagu lõvi". Poolsaare kampaania ajal oli ta koos oma rügemendiga seotud Kearny III korpuse esimese brigaadiga. Ta võitles lahingutes Yorktownis, Williamsburgis, Seven Pinesis, Savage'i jaamas.
, ja Malvern Hill. Seitsmepäevaste lahingute lõpus määrati ta regulaarse armee brevet-leitnantkoloneliks, kuna Hays oli juhtinud oma rügemendi bajonettidega rünnakut vaenlase ridades, et katta oma brigaadi taganemist. Kuu hiljem läks Hays lühiajaliselt haiguspuhkusele, kannates osalise pimeduse ja vasaku käe halvatuse all.